Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  77  of  295  ( 35342 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
22263954--22264011
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3.2
18
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3
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22263949--22264028
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2
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0
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16
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1.94
22266940--22267098
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3.7
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164
23
15
27
33
1.94
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18
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2.0
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21
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32
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75
4
3
16
1.09
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0
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0.92
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18
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2.8
19
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73
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0
0
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16
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59
33
0
0
66
0.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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20
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2
2
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1.20
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5
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5
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35
2
0
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1.16
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2.2
52
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2
1
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22310860--22311015
10
14.8
10
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32
2
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0
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2.2
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17
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2.0
38
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20
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19
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6
6
43
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41
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23
1.95
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50
2.1
51
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18
1
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1.62
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24
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20
1
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21
2.0
22
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0
30
0
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20
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53
2
25
2
70
1.09
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55
2.5
55
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27
29
29
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1.94
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18
2.0
18
89
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55
13
0
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1.39
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2.0
15
93
0
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63
23
0
13
1.29
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0
50
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2.0
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5
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49
1.44
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2.0
45
83
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1
21
3
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1.03
22348799--22348883
20
4.3
19
76
16
68
1
21
2
75
0.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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50
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21
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1.98
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42
2.1
43
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21
13
21
1.85
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50
3.0
49
82
9
184
26
27
20
25
1.99
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10
2.6
10
100
0
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19
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2.1
35
100
0
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11
30
25
1.90
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22
2.5
22
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45
0
7
47
1.30
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18
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11
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5
14
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14
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2.0
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10
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25
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1.81
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0
0
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29
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22398604--22398654
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3
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1.08
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22413830--22413869
21
1.9
21
84
0
53
27
25
7
40
1.82
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
22430904--22430983
39
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39
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0
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17
1.74
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34
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24
99
48
3
9
40
1.50
22437213--22437337
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2.0
61
98
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48
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40
1.51
22453859--22453956
29
3.3
29
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51
18
20
10
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23
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5.0
10
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68
20
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18
2.0
18
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0
0
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33
100
0
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20
42
1.84
22470568--22470618
26
2.0
26
84
7
68
29
3
3
62
1.31
22470455--22470830
186
2.0
190
84
6
498
43
9
11
35
1.72
22471437--22471479
20
2.2
20
82
0
50
44
4
9
41
1.57
22479647--22479701
21
2.6
21
82
0
65
25
40
23
10
1.87
22480031--22480073
19
2.3
19
91
0
68
37
18
16
27
1.92
22492758--22492803
17
2.6
18
86
6
58
50
0
2
47
1.13
22492904--22492947
16
3.0
16
71
25
51
40
0
0
59
0.98
22494693--22494947
62
4.1
63
81
2
273
27
24
27
20
1.99
22494715--22494974
125
2.1
125
83
5
321
27
24
27
20
1.99
22497421--22497457
16
2.3
16
100
0
74
16
21
18
43
1.88
22498661--22498685
13
1.9
13
100
0
50
48
0
4
48
1.20
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
22507290--22507487
63
3.2
62
80
2
236
29
27
25
18
1.98
22512920--22512976
30
1.9
30
85
0
78
28
22
7
42
1.80
22514949--22514996
16
2.8
18
76
20
57
35
0
0
64
0.94
22514895--22514981
33
3.0
28
71
19
79
33
4
0
62
1.16
22514895--22514996
16
6.6
16
71
14
56
34
3
0
61
1.14
22515225--22515275
15
3.3
15
71
15
50
29
0
7
62
1.23
22515219--22515279
31
1.9
32
87
9
90
32
0
6
60
1.22
22527127--22527341
44
4.9
44
74
12
181
31
16
24
27
1.96
22527022--22527442
132
3.2
132
93
0
682
30
17
25
27
1.97
22527034--22527429
88
4.5
86
72
12
252
30
17
25
27
1.97
22527506--22527981
198
2.4
201
88
2
697
30
18
20
29
1.97
22529656--22529737
33
2.6
30
75
17
78
34
4
0
60
1.18
22529714--22529756
19
2.3
19
84
11
54
37
2
0
60
1.10
22529655--22529753
11
9.0
11
68
21
57
34
5
0
60
1.18
22529652--22529737
30
2.9
29
75
14
102
33
4
0
61
1.17
22529987--22530037
15
3.3
15
71
15
50
29
0
7
62
1.23
22529981--22530041
31
1.9
32
87
9
90
32
0
6
60
1.22
22530126--22530191
24
2.5
27
73
19
66
36
3
6
54
1.41
22534842--22534905
21
3.0
22
76
15
64
39
3
0
57
1.14
22542255--22542299
21
2.3
19
79
17
56
73
8
0
17
1.08
22542260--22542300
21
2.0
21
90
4
66
73
7
0
19
1.07
22542244--22542300
20
2.8
21
82
12
66
70
7
0
22
1.11
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
22542347--22542379
15
2.1
16
88
11
50
69
0
0
30
0.88
22552537--22552581
18
2.6
18
89
6
67
15
26
22
35
1.94
22553772--22553839
35
2.0
34
94
2
118
26
16
13
44
1.84
22554806--22554883
39
2.0
39
100
0
156
30
17
7
43
1.77
22564625--22565177
105
5.3
104
80
4
484
29
23
14
31
1.95
22566073--22566097
4
6.2
4
100
0
50
0
0
24
76
0.80
22568199--22568278
34
2.3
34
83
10
92
43
2
13
40
1.58
22568233--22568320
30
2.7
31
79
11
90
38
2
19
39
1.64
22572626--22572657
7
4.6
7
92
0
55
56
12
3
28
1.51
22573505--22573599
25
3.7
23
68
22
57
63
4
2
30
1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295