genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27366209--27366282	17	3.7	22	82	14	65	37	9	14	37	1.79
27366251--27366296	21	2.1	22	84	8	58	36	4	15	43	1.66
27366238--27366296	22	2.7	23	79	7	61	37	5	16	40	1.71
27373524--27373559	18	1.9	19	94	5	65	75	0	22	2	0.94
27379801--27379960	33	4.8	33	73	10	121	23	16	41	18	1.89
27381934--27382060	64	2.0	63	84	6	166	46	9	7	36	1.65
27382706--27385304	648	4.0	649	95	0	4620	38	19	8	32	1.83
27393521--27393552	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
27393521--27393551	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
27397976--27398007	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
27397976--27398006	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
27399472--27399608	56	2.4	56	89	2	186	35	23	14	26	1.93
27400218--27400247	15	2.0	15	93	0	51	56	16	0	26	1.40
27400747--27400790	14	3.1	14	86	3	52	63	15	2	18	1.41
27409935--27409985	26	2.0	26	96	0	93	15	9	31	43	1.80
27411864--27411906	21	2.0	21	100	0	86	39	18	9	32	1.83
27412842--27412866	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
27414685--27414723	21	1.9	20	84	5	51	35	2	7	53	1.43
27415134--27415217	25	3.2	25	66	21	73	50	19	7	23	1.72
27415136--27415224	29	3.2	29	64	20	82	49	17	6	25	1.71
27415123--27415227	53	2.0	53	100	0	210	49	19	6	24	1.72
27424307--27424345	20	2.0	20	100	0	78	17	25	30	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27428512--27428540	8	3.8	8	90	9	51	0	13	0	86	0.58
27428512--27428540	15	1.9	15	100	0	58	0	13	0	86	0.58
27431394--27431501	26	4.2	26	91	0	180	35	24	8	32	1.85
27435477--27435553	38	2.0	38	100	0	154	36	2	22	38	1.68
27435492--27435575	38	2.2	38	82	4	98	40	3	17	38	1.67
27440275--27440400	40	3.2	40	81	8	159	43	27	15	13	1.84
27444035--27444090	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
27445707--27445845	54	2.6	54	93	2	226	17	25	21	35	1.95
27445709--27445845	27	5.1	27	81	11	156	18	24	21	35	1.96
27445747--27445867	27	4.5	26	79	12	84	20	24	19	34	1.96
27449451--27449484	8	4.4	8	92	7	61	64	0	0	35	0.94
27449451--27449484	15	2.2	15	94	5	59	64	0	0	35	0.94
27451117--27451162	18	2.6	18	82	0	56	32	2	2	63	1.19
27453971--27454026	29	1.9	29	82	7	69	35	1	8	53	1.43
27455713--27455780	33	2.1	33	97	0	127	47	2	16	33	1.62
27456079--27456162	41	2.0	41	93	0	141	44	8	4	42	1.55
27457615--27457654	21	2.0	21	95	5	73	27	7	0	65	1.20
27463232--27463261	14	2.2	13	94	5	51	33	6	20	40	1.78
27474797--27475058	46	5.6	48	79	14	264	28	18	29	23	1.98
27480748--27480917	47	3.7	44	79	14	150	28	17	29	24	1.97
27480748--27480967	46	4.7	46	79	13	202	29	17	29	23	1.97
27480748--27480917	94	1.8	93	86	7	247	28	17	29	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27480748--27480967	94	2.3	95	82	7	243	29	17	29	23	1.97
27486063--27486174	37	2.8	40	71	15	99	30	25	19	25	1.98
27490438--27490486	24	2.0	24	88	0	71	20	30	2	46	1.62
27504270--27504318	11	4.3	11	77	10	53	44	0	2	53	1.12
27504283--27504307	13	1.9	13	100	0	50	48	0	4	48	1.20
27505352--27505447	27	3.5	27	72	20	90	43	8	17	30	1.78
27507481--27507521	12	3.5	12	84	12	50	65	4	7	21	1.37
27507922--27507967	2	23.0	2	95	0	83	2	0	47	50	1.13
27511019--27511102	42	2.0	42	83	4	105	34	17	20	27	1.95
27511034--27511238	43	4.8	43	79	0	187	30	25	20	23	1.99
27512055--27512083	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
27517099--27517323	27	7.9	27	73	13	132	33	2	17	46	1.63
27517132--27517362	9	25.9	9	73	8	159	34	1	18	45	1.60
27517238--27517361	63	2.0	63	93	0	212	33	0	20	45	1.51
27520901--27520974	7	11.0	7	74	8	55	45	35	1	17	1.57
27520903--27520969	27	2.5	26	86	11	84	44	35	1	17	1.58
27520980--27521012	15	2.3	15	89	5	50	48	27	0	24	1.51
27521562--27521731	41	4.1	41	81	3	171	22	22	16	38	1.92
27522170--27522235	34	2.0	33	85	8	89	33	12	10	43	1.76
27529446--27529494	23	2.1	23	82	14	57	20	8	4	67	1.34
27533966--27534003	16	2.4	17	82	13	53	18	10	0	71	1.14
27534336--27534519	43	4.3	43	76	4	178	30	25	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27538572--27538596	7	3.6	7	100	0	50	60	0	0	40	0.97
27538594--27538642	7	7.0	7	95	0	89	28	2	0	69	1.00
27538818--27538863	14	3.3	14	75	22	51	19	0	28	52	1.47
27538812--27538885	28	2.6	27	82	6	94	21	1	22	54	1.53
27538931--27538988	22	2.7	22	76	12	66	22	0	32	44	1.53
27539488--27539538	14	3.5	14	79	10	66	58	0	0	41	0.98
27539481--27539541	30	2.0	30	100	0	122	55	0	0	44	0.99
27542687--27542711	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
27543489--27543513	3	8.3	3	100	0	50	32	0	32	36	1.58
27545072--27545098	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
27546933--27546990	30	1.9	31	89	3	91	62	17	1	18	1.42
27547517--27547561	17	2.5	18	82	10	56	71	0	15	13	1.15
27547582--27547639	18	3.2	17	81	13	55	68	0	24	6	1.13
27550923--27550950	14	2.0	14	100	0	56	42	14	0	42	1.45
27582089--27582113	13	1.9	13	100	0	50	20	16	24	40	1.91
27605751--27605818	34	2.0	34	85	5	93	32	23	23	20	1.98
27620704--27620751	25	1.9	25	95	0	87	37	6	18	37	1.76
27621134--27621168	8	4.2	8	96	3	61	11	14	0	74	1.08
27622660--27622726	30	2.3	30	82	10	84	40	4	4	50	1.43
27623556--27623600	18	2.4	19	81	7	56	66	0	6	26	1.16
27624483--27624524	19	2.2	19	86	0	57	57	0	4	38	1.20
27624504--27624540	12	3.0	12	84	7	56	59	0	5	35	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27624504--27624537	13	2.7	13	86	4	52	58	0	5	35	1.22
27630401--27630461	32	1.9	32	83	6	79	34	1	1	62	1.15
27636395--27636432	19	2.0	20	84	5	51	50	2	5	42	1.39
27644723--27644846	26	4.8	26	71	7	76	54	6	8	30	1.57
27645068--27645153	26	3.4	26	77	6	77	62	3	3	30	1.28
27645226--27645262	15	2.5	15	95	4	67	75	0	0	24	0.80
27645226--27645260	5	7.2	5	90	3	54	77	0	0	22	0.78
27645356--27645413	18	3.3	18	85	4	75	63	3	5	27	1.31
27645371--27645413	3	14.7	3	81	13	54	65	0	4	30	1.13
27669984--27670026	16	2.6	16	82	14	52	58	4	2	34	1.32
27670577--27670652	6	12.7	6	74	14	59	17	2	5	75	1.11
27675392--27675416	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
27678885--27678913	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
27680308--27680418	47	2.4	47	83	6	145	35	22	16	26	1.95
27681174--27681206	4	8.2	4	100	0	66	0	24	0	75	0.80
27684662--27684698	4	9.2	4	100	0	74	0	24	0	75	0.80
27688001--27688210	40	4.9	40	84	13	285	22	19	29	28	1.98
27688122--27688146	12	2.1	12	100	0	50	36	16	24	24	1.94
27688082--27688186	52	2.0	52	100	0	210	25	19	28	26	1.98
27688033--27688210	92	1.9	93	94	2	313	22	18	29	29	1.97
27697588--27697617	5	6.0	5	100	0	60	80	0	20	0	0.72
27701625--27701678	23	2.3	23	96	0	99	46	35	11	7	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27701646--27701780	39	3.5	39	81	4	148	37	29	16	16	1.90
27705856--27705883	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
27711656--27711684	13	2.3	13	94	5	51	62	0	0	37	0.96
27711734--27711783	13	3.2	16	75	18	61	52	0	0	48	1.00
27711790--27711845	19	3.2	18	71	19	55	48	0	1	50	1.11
27711796--27711859	34	2.0	34	87	9	98	51	0	3	45	1.17
27712224--27712270	22	2.1	23	88	4	69	46	0	8	44	1.33
27713630--27713678	21	2.3	22	82	3	55	22	0	12	65	1.26
27718901--27718944	18	2.4	18	84	3	61	47	13	15	22	1.81
27724568--27724597	15	2.1	15	93	6	53	66	0	0	33	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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