genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.103.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33263072--33263385	46	6.7	48	77	12	253	29	18	28	23	1.98
33263364--33263424	31	2.0	31	96	0	113	22	22	24	29	1.99
33266701--33266754	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
33267001--33267182	49	3.7	49	86	2	274	26	19	25	28	1.98
33267003--33267195	100	1.9	100	96	0	359	27	19	24	28	1.99
33272544--33272985	219	2.0	219	99	0	875	40	20	11	27	1.87
33277075--33277111	18	2.1	18	89	0	56	13	8	2	75	1.13
33284760--33284806	20	2.3	20	92	7	78	36	10	19	34	1.86
33284856--33284953	25	3.8	26	93	2	146	26	21	23	28	1.99
33292666--33292751	6	14.5	6	86	1	93	20	4	0	74	1.00
33293911--33294179	6	45.2	6	90	2	310	18	21	15	43	1.88
33298555--33298589	15	2.3	15	85	0	52	20	11	14	54	1.70
33298802--33299053	6	42.0	6	87	1	281	17	21	15	44	1.86
33301118--33301159	10	4.1	10	80	14	50	54	28	0	16	1.42
33303483--33303559	31	2.5	31	93	0	127	38	20	14	25	1.91
33304509--33304549	19	2.2	19	86	0	55	75	0	2	21	0.92
33306219--33306601	44	8.3	44	70	13	216	30	20	16	33	1.95
33306340--33306604	95	2.8	95	77	6	261	30	19	16	33	1.94
33306251--33306525	139	2.0	139	84	4	367	30	18	16	34	1.93
33306453--33306621	93	1.8	93	83	2	223	32	20	16	30	1.95
33313993--33314038	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
33314000--33314044	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33324950--33325147	27	7.3	27	83	2	227	28	22	8	40	1.82
33324950--33325147	81	2.4	81	88	0	279	28	22	8	40	1.82
33325137--33325290	27	5.8	25	73	15	71	37	21	11	29	1.89
33325139--33325273	27	5.1	26	77	12	96	36	22	12	28	1.91
33325186--33325298	27	4.2	27	82	11	119	38	22	9	29	1.86
33325146--33325298	53	2.9	52	78	10	157	39	20	11	29	1.87
33325179--33325316	27	5.2	25	81	9	109	39	21	8	30	1.83
33325302--33325382	29	2.9	27	82	13	110	44	12	8	34	1.73
33325305--33325390	27	3.1	27	83	11	111	40	12	9	37	1.76
33326316--33326399	25	3.4	24	85	8	107	27	22	23	26	2.00
33326534--33326667	42	3.2	42	97	0	250	32	14	19	33	1.92
33326691--33326798	31	3.5	31	93	0	180	28	16	25	28	1.97
33331922--33331977	25	2.2	26	84	9	71	76	3	16	3	1.06
33342639--33342917	139	2.0	139	88	2	418	34	15	21	27	1.94
33343330--33343383	28	1.9	28	100	0	108	29	14	20	35	1.93
33346968--33347060	15	6.2	15	75	14	66	44	3	1	51	1.24
33347019--33347063	5	9.0	5	100	0	90	40	0	0	60	0.97
33349691--33349719	12	2.4	12	100	0	58	44	0	0	55	0.99
33367294--33367343	25	2.0	25	84	0	64	20	32	24	24	1.98
33372574--33372636	29	2.2	29	91	5	101	20	30	33	15	1.94
33375390--33375681	49	6.1	49	93	3	470	31	8	30	28	1.88
33375390--33375681	96	3.0	96	93	2	480	31	8	30	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33375800--33375878	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
33379275--33379345	35	2.0	35	97	0	133	46	21	16	15	1.84
33386326--33386528	47	4.3	47	87	3	286	33	9	29	27	1.88
33386361--33386436	22	3.3	22	67	16	64	32	10	30	26	1.90
33386599--33386683	40	2.2	39	82	2	98	20	21	29	29	1.98
33388739--33388789	25	2.0	25	96	0	93	25	25	9	39	1.86
33393159--33393193	8	4.4	8	92	0	52	28	0	31	40	1.57
33397955--33397987	17	1.9	17	88	11	50	42	6	0	51	1.26
33399112--33399173	31	2.1	28	82	11	72	12	6	4	75	1.15
33403705--33403733	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
33406000--33406180	49	3.8	48	77	11	165	28	21	26	23	1.99
33417042--33417083	21	2.0	21	85	0	57	21	16	42	19	1.89
33429330--33429438	37	2.9	37	94	0	182	27	31	18	22	1.97
33429585--33429719	48	2.8	48	91	0	216	29	28	8	33	1.86
33429689--33429882	47	4.1	47	95	0	334	25	28	12	32	1.92
33429757--33429834	23	3.2	25	64	29	69	29	32	10	28	1.90
33429782--33429857	22	3.3	22	65	28	59	25	31	13	30	1.93
33432193--33432244	25	2.1	25	96	0	95	15	13	9	61	1.56
33433969--33434007	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
33442298--33442323	13	2.0	13	100	0	52	30	0	23	46	1.53
33446466--33446595	42	3.0	44	81	9	153	27	17	21	33	1.96
33456965--33457145	94	1.9	94	89	2	283	24	27	24	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33460725--33460749	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
33462087--33462141	27	2.0	27	96	0	101	27	7	25	40	1.82
33463700--33463762	30	2.1	30	100	0	126	49	20	9	20	1.77
33464264--33464320	27	2.1	27	100	0	114	52	7	21	19	1.69
33465456--33465500	18	2.6	18	85	3	56	71	0	4	24	1.05
33467006--33467063	17	3.2	17	74	16	55	74	0	3	22	0.97
33467019--33467051	12	2.8	12	82	17	50	81	0	0	18	0.68
33468392--33468440	25	2.0	25	84	4	64	63	8	0	28	1.23
33468404--33468468	25	2.9	23	80	15	66	66	7	0	26	1.19
33468430--33468468	19	2.0	20	90	5	62	71	7	0	20	1.10
33473333--33473363	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
33473330--33473369	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
33473442--33473486	23	1.9	24	86	4	65	26	22	11	40	1.87
33473555--33473809	55	4.8	54	80	10	237	21	24	17	36	1.94
33473602--33473801	108	1.8	110	88	4	307	23	25	17	35	1.95
33477575--33477750	46	3.8	46	78	12	189	30	28	19	20	1.97
33477583--33477753	93	1.8	93	89	0	270	29	29	20	20	1.98
33479900--33479932	10	3.3	10	100	0	66	30	9	27	33	1.88
33490649--33490734	40	2.2	40	95	0	154	22	22	29	26	1.99
33490649--33490761	40	2.8	40	88	4	149	23	23	28	24	2.00
33506789--33506884	29	3.4	28	87	5	122	33	31	11	23	1.90
33507503--33507598	29	3.3	29	84	7	124	27	12	28	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33511773--33511803	16	1.9	16	93	0	53	48	12	16	22	1.80
33512016--33512141	29	4.4	29	86	5	175	25	14	28	31	1.95
33513454--33513500	19	2.5	19	92	0	85	19	10	38	31	1.86
33518730--33518832	48	2.2	47	83	1	125	33	16	25	24	1.96
33528390--33528914	48	11.0	48	93	3	893	35	6	27	31	1.81
33528750--33528881	41	3.0	41	82	14	183	35	3	26	34	1.72
33528701--33528881	89	2.0	89	96	0	335	35	3	26	34	1.75
33529055--33529163	37	2.9	37	94	0	182	23	19	30	26	1.98
33537459--33537732	48	5.8	48	79	7	272	29	18	28	23	1.97
33545877--33546052	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
33545874--33546045	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
33554210--33554283	9	8.4	9	76	11	73	40	22	9	27	1.85
33554211--33554280	17	4.1	17	83	1	77	40	24	10	25	1.86
33554291--33554388	17	5.4	17	65	13	61	48	14	5	31	1.65
33554282--33554393	37	3.0	37	92	0	197	45	15	6	33	1.71
33554283--33554374	17	5.0	18	65	15	62	45	15	6	32	1.71
33556811--33556869	21	2.8	21	85	15	70	55	3	0	40	1.16
33556820--33556869	21	2.5	20	90	9	77	56	4	0	40	1.18
33556917--33556950	11	3.0	11	83	8	50	64	0	0	35	0.94
33561226--33561392	47	3.6	47	88	2	228	32	8	30	28	1.87
33565520--33565576	30	1.9	30	92	0	96	40	15	12	31	1.85
33567836--33567895	30	2.0	30	100	0	120	33	10	33	23	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33571034--33571069	17	2.1	18	94	5	65	16	11	30	41	1.83
33577746--33577774	12	2.4	12	100	0	58	34	17	0	48	1.47
33578535--33578584	25	2.0	25	100	0	100	28	8	0	64	1.22
33578535--33578577	15	3.2	15	69	30	51	27	6	0	65	1.18
33578539--33578592	25	2.3	23	84	12	67	35	7	0	57	1.27
33585527--33585630	45	2.3	47	78	6	115	25	23	17	34	1.96
33588337--33588462	50	2.6	49	87	3	164	29	28	16	25	1.97
33590653--33590717	15	4.4	15	78	16	73	63	13	13	9	1.53
33590653--33590721	30	2.3	31	83	14	92	60	17	13	8	1.56
33593121--33593176	23	2.5	22	79	5	58	35	21	12	30	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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