genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14225755--14225787	17	1.9	17	100	0	66	63	0	0	36	0.95
14228587--14228626	21	1.9	21	89	0	62	0	12	15	72	1.12
14228586--14228632	21	2.2	21	80	0	58	0	12	12	74	1.07
14232833--14232897	32	2.0	32	93	0	112	16	23	9	50	1.74
14234061--14234108	15	3.2	15	91	5	71	29	29	10	31	1.90
14234262--14234622	41	8.9	41	77	6	326	38	19	16	25	1.92
14234282--14234622	82	4.2	81	85	4	411	37	19	16	26	1.93
14235052--14235136	34	2.3	36	84	9	102	23	1	30	44	1.61
14235221--14235269	22	2.2	22	78	7	55	24	0	32	42	1.55
14235196--14235261	30	2.2	31	86	8	91	25	1	28	43	1.63
14236049--14236155	41	2.6	41	86	3	133	39	11	18	30	1.86
14243578--14244065	241	2.0	242	96	0	906	33	15	17	34	1.91
14245426--14245469	17	2.5	17	88	3	70	56	11	4	27	1.53
14246917--14247009	44	2.2	44	90	7	147	36	0	43	20	1.52
14247945--14247985	14	2.9	14	77	0	55	46	41	0	12	1.41
14248108--14248159	14	3.6	14	74	5	50	34	46	0	19	1.50
14248170--14248302	46	2.8	47	78	9	126	43	25	2	28	1.66
14248222--14248315	14	6.9	14	70	13	70	45	24	1	28	1.60
14248216--14248282	21	2.9	24	76	15	77	43	25	2	28	1.69
14248470--14248597	41	3.1	41	68	11	109	21	20	19	39	1.93
14248621--14248646	12	2.2	12	100	0	52	46	23	15	15	1.83
14249292--14249617	9	36.2	9	68	15	149	47	15	2	34	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14249301--14249603	16	19.0	16	72	12	151	47	14	2	34	1.60
14249292--14249603	34	9.7	34	70	19	215	47	15	2	34	1.60
14249319--14249478	64	2.5	65	89	3	245	46	15	3	34	1.62
14249395--14249572	46	3.8	46	92	3	275	47	14	3	34	1.60
14249395--14249572	93	1.9	94	89	4	279	47	14	3	34	1.60
14251206--14251237	16	2.1	15	94	5	55	28	6	12	53	1.62
14253680--14253704	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
14255277--14255587	41	7.6	39	87	8	401	27	18	24	29	1.98
14255277--14255587	82	3.8	82	91	5	468	27	18	24	29	1.98
14255277--14255587	123	2.5	123	89	5	452	27	18	24	29	1.98
14261444--14261468	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
14263039--14263351	41	7.7	40	88	8	409	27	18	23	30	1.98
14263039--14263349	82	3.8	82	92	3	477	27	18	24	30	1.98
14263039--14263349	123	2.5	123	90	5	468	27	18	24	30	1.98
14266014--14266121	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
14271502--14271554	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
14273037--14273144	26	4.2	26	91	2	173	37	23	7	32	1.82
14275407--14275435	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
14277017--14277056	21	1.9	21	100	0	80	77	12	5	5	1.09
14279324--14279353	15	1.9	16	93	6	53	60	10	10	20	1.57
14279387--14279594	64	3.2	64	90	0	344	31	16	13	37	1.88
14279913--14280008	44	2.2	46	81	5	108	27	16	27	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14279867--14280138	132	2.1	133	87	3	388	29	19	24	27	1.98
14279776--14280442	309	2.1	311	82	5	796	29	19	24	25	1.98
14280173--14280581	137	3.0	137	83	4	400	30	18	24	26	1.98
14280359--14280591	44	5.2	44	70	18	158	32	15	24	27	1.96
14280496--14280591	43	2.2	45	86	3	142	32	15	22	29	1.95
14280448--14280841	177	2.2	176	83	4	481	31	17	22	28	1.97
14279866--14280759	451	2.0	444	83	5	1122	30	19	24	26	1.98
14283355--14283405	26	2.0	24	82	14	59	33	7	21	37	1.82
14284667--14284699	11	2.8	12	86	13	50	51	33	3	12	1.54
14285973--14286023	24	2.0	26	85	7	70	39	3	0	56	1.18
14285981--14286244	26	10.0	26	71	14	143	29	5	4	59	1.40
14287913--14288012	28	3.5	29	86	5	141	59	10	12	19	1.60
14293178--14293238	30	2.0	31	84	9	81	29	24	6	39	1.80
14297455--14298047	300	2.0	300	83	1	758	30	21	15	32	1.94
14303527--14303566	18	2.2	19	86	4	55	27	0	10	62	1.27
14304725--14304782	26	2.2	26	96	0	107	24	3	12	60	1.47
14306296--14306396	50	2.0	52	82	5	125	60	3	7	27	1.43
14306371--14306413	18	2.4	18	84	0	59	55	2	11	30	1.48
14306437--14306495	25	2.3	25	80	16	68	57	5	3	33	1.37
14306482--14306527	17	2.7	18	87	12	62	67	2	4	26	1.21
14307069--14307097	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
14309056--14309095	19	2.1	19	85	0	53	50	7	2	40	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14313641--14313674	15	2.3	15	89	0	50	32	14	11	41	1.82
14319097--14319194	19	5.2	19	90	7	155	38	9	16	35	1.80
14319087--14319194	36	2.9	35	75	20	103	38	9	15	36	1.80
14324795--14324868	7	9.7	7	75	22	53	82	2	12	2	0.88
14324798--14324864	18	3.8	19	77	16	74	80	2	13	2	0.94
14324798--14324868	9	8.6	8	75	16	65	81	2	12	2	0.91
14325722--14326027	44	7.0	44	73	7	253	32	17	22	27	1.96
14325722--14326027	132	2.3	132	93	1	506	32	17	22	27	1.96
14325987--14326918	206	4.5	206	91	1	1469	31	17	21	29	1.96
14325987--14326918	409	2.3	410	91	1	1483	31	17	21	29	1.96
14327312--14327409	19	5.2	19	91	7	155	38	10	15	35	1.81
14327302--14327409	36	2.9	35	76	20	103	38	10	14	36	1.80
14336620--14336664	17	2.9	16	78	18	51	13	37	35	13	1.84
14345356--14345410	28	2.0	28	88	0	83	21	27	18	32	1.96
14347552--14347590	16	2.4	16	82	0	51	35	7	25	30	1.84
14347576--14347665	44	2.0	46	86	4	130	32	5	26	35	1.80
14347837--14347868	16	2.0	16	93	0	55	62	3	0	34	1.11
14349889--14349916	9	3.1	9	100	0	56	0	10	10	78	0.96
14361858--14361950	43	2.1	44	84	7	127	34	21	20	23	1.97
14362381--14362597	87	2.5	87	80	7	217	35	20	23	20	1.96
14364536--14364563	9	3.1	9	100	0	56	0	10	10	78	0.96
14368148--14368195	22	2.2	20	80	20	60	0	10	14	75	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14370780--14370862	31	2.7	31	94	3	143	27	25	16	30	1.97
14371082--14371151	25	2.8	25	93	0	113	24	22	25	27	2.00
14372055--14372297	27	9.0	27	75	10	131	31	8	18	40	1.81
14372285--14372441	27	5.8	27	88	0	197	40	6	22	31	1.79
14372274--14372460	81	2.3	81	84	0	248	38	6	21	33	1.79
14372151--14372465	27	11.7	27	82	2	179	34	6	21	36	1.80
14372283--14372441	54	2.9	54	83	3	221	40	6	22	31	1.78
14375880--14375942	31	2.0	31	90	6	101	15	22	7	53	1.67
14375920--14375962	21	2.0	21	100	0	86	13	32	9	44	1.76
14377134--14377181	15	3.2	15	90	0	78	31	29	8	31	1.87
14377343--14377652	41	7.7	40	77	6	286	37	19	16	27	1.92
14377350--14377652	81	3.7	82	82	9	354	36	19	16	27	1.93
14378091--14378177	34	2.4	36	83	9	97	24	1	28	45	1.60
14378247--14378304	15	3.9	15	77	8	73	24	0	34	41	1.55
14378242--14378310	22	3.1	21	81	8	75	23	0	34	42	1.54
14379891--14380050	27	6.0	26	88	5	212	35	23	23	17	1.96
14379900--14380050	81	1.9	81	97	0	284	34	24	24	16	1.95
14381608--14381724	26	4.5	26	95	0	207	35	25	5	32	1.80
14382186--14382303	41	2.9	41	83	2	130	38	14	17	28	1.89
14384295--14384576	9	31.2	9	67	16	120	46	14	3	35	1.61
14384287--14384508	25	9.0	25	69	16	115	47	14	2	35	1.58
14384304--14384572	16	17.0	16	71	12	119	47	14	3	34	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14384306--14384463	64	2.5	63	87	5	237	47	14	3	34	1.60
14384380--14384557	93	1.9	94	89	4	279	47	14	3	34	1.60
14384380--14384557	46	3.8	46	91	3	275	47	14	3	34	1.60
14388839--14388867	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
14389260--14389299	21	1.9	21	89	0	62	30	20	47	2	1.63
14389552--14389591	22	1.9	20	85	10	53	15	10	17	57	1.64
14389524--14389607	31	2.6	32	81	7	82	16	7	19	57	1.62
14393623--14393652	15	2.0	15	93	0	51	6	13	36	43	1.70
14402284--14402374	45	2.0	46	83	8	116	31	19	5	42	1.74
14408518--14408625	26	4.2	26	91	0	180	32	6	24	37	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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