genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22770477--22770520	23	1.9	23	85	0	61	45	11	6	36	1.67
22787837--22787988	60	2.5	60	90	1	232	40	25	17	17	1.91
22795642--22795764	45	2.9	41	74	17	117	41	14	20	23	1.89
22795680--22795765	45	1.9	45	87	0	127	41	15	19	23	1.89
22795843--22795895	27	2.0	27	85	7	72	47	32	13	7	1.70
22795962--22796021	27	2.3	25	80	11	66	28	16	35	20	1.94
22802641--22802847	46	4.6	44	73	13	154	25	28	20	25	1.99
22808631--22808741	46	2.5	44	84	8	127	26	30	18	25	1.98
22810077--22810101	11	2.3	11	100	0	50	48	8	8	36	1.62
22813860--22813957	39	2.5	38	85	3	115	19	25	30	24	1.98
22813862--22814000	39	3.6	37	76	9	100	20	23	27	28	1.99
22821695--22821797	39	2.6	39	83	3	109	21	23	29	26	1.99
22821763--22821837	39	1.9	39	81	5	89	22	24	26	26	2.00
22833009--22833126	42	2.7	42	83	6	130	35	22	16	26	1.94
22832990--22833146	43	3.7	42	77	7	156	33	23	17	25	1.97
22832990--22833151	86	1.9	85	82	3	200	33	23	17	24	1.96
22834717--22834876	42	3.8	42	80	4	187	31	24	15	29	1.95
22834704--22834877	85	2.1	84	87	3	251	31	25	14	28	1.95
22835706--22835734	12	2.3	13	94	5	51	20	6	13	58	1.58
22838821--22838861	20	2.0	20	100	0	82	29	24	21	24	1.99
22848531--22848714	50	3.7	50	86	1	253	28	25	18	27	1.98
22848574--22848654	26	3.2	26	66	25	73	29	27	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22848531--22848714	101	1.8	99	89	2	287	28	25	18	27	1.98
22857179--22857242	31	2.1	31	100	0	128	28	17	3	51	1.60
22862970--22863022	23	2.2	24	83	9	65	41	9	15	33	1.79
22865818--22865890	35	2.1	35	89	0	110	16	19	34	30	1.94
22884046--22884100	28	1.9	29	88	3	85	20	47	20	12	1.82
22905246--22905289	21	2.2	20	87	4	61	34	18	11	36	1.86
22907880--22908142	101	2.6	101	92	1	420	30	25	14	29	1.95
22907981--22908134	33	4.6	33	72	7	96	28	25	16	29	1.97
22923570--22923702	46	2.9	47	82	3	153	24	22	22	30	1.99
22927047--22927110	32	2.0	32	96	0	119	25	6	23	45	1.76
22933939--22934028	46	2.0	46	93	0	153	24	24	22	28	1.99
22933947--22934034	23	3.8	23	79	5	106	23	25	23	27	2.00
22940158--22940225	23	3.0	23	82	0	73	27	19	20	32	1.97
22942868--22942949	24	3.4	24	82	0	101	45	8	23	23	1.80
22946264--22946384	51	2.4	49	81	2	125	33	19	18	28	1.96
22950797--22950825	15	2.0	15	93	6	51	55	20	13	10	1.68
22951525--22951574	15	3.3	15	80	0	55	60	16	10	14	1.59
22968897--22969025	39	3.3	40	84	3	172	31	22	20	24	1.98
22969198--22969442	7	34.6	7	69	10	77	21	1	30	46	1.59
22969216--22969294	22	3.6	22	81	8	90	20	0	32	46	1.51
22969217--22969287	15	4.9	15	66	19	51	19	0	35	45	1.51
22969353--22969442	21	4.3	21	79	0	90	18	2	32	46	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22969423--22969511	36	2.5	35	82	7	110	20	1	28	50	1.55
22976264--22976333	34	2.1	34	91	0	113	50	4	8	37	1.53
22976388--22976679	43	6.8	43	83	3	347	24	16	28	31	1.96
22982087--22982196	29	3.9	28	83	2	121	28	16	28	27	1.97
22985301--22985555	55	4.8	54	78	9	251	36	17	25	21	1.95
22985308--22985508	108	1.8	110	88	4	309	34	17	25	22	1.96
22985747--22985777	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
22986745--22987006	136	1.9	135	94	0	461	24	17	22	34	1.96
22992132--22992336	27	7.6	27	86	3	259	26	15	27	30	1.96
22992133--22992336	109	1.9	108	89	3	320	26	15	27	30	1.96
23000269--23000473	27	7.6	27	86	3	259	26	15	27	30	1.96
23000270--23000473	109	1.9	108	89	3	320	26	15	27	30	1.96
23008361--23008564	27	7.6	27	86	4	259	26	15	27	29	1.96
23008361--23008564	82	2.5	79	84	3	264	26	15	27	29	1.96
23018497--23018539	8	5.4	8	85	0	50	13	13	23	48	1.79
23022985--23023040	18	3.0	18	73	14	51	23	35	25	16	1.94
23027423--23027457	18	1.9	18	88	11	54	25	5	0	68	1.11
23030414--23030480	27	2.5	27	90	4	100	28	10	26	34	1.90
23030414--23030495	27	3.0	27	82	7	69	30	9	24	35	1.88
23030434--23030496	27	2.3	27	83	5	72	31	9	22	36	1.86
23047841--23047937	27	3.6	27	90	0	140	34	25	2	38	1.68
23047942--23048098	27	5.8	27	82	5	176	41	21	9	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23047942--23048097	81	1.9	81	87	5	226	41	20	9	28	1.83
23047807--23048099	54	5.5	53	75	6	178	37	22	7	32	1.83
23048054--23048161	27	3.9	27	77	13	103	41	17	8	32	1.79
23048215--23048279	27	2.4	27	79	5	69	35	13	24	26	1.93
23049080--23049162	25	3.4	24	85	8	96	27	22	25	24	2.00
23049297--23049428	42	3.1	42	98	0	255	31	14	19	34	1.92
23049453--23049598	31	4.7	31	87	4	206	29	17	24	28	1.97
23051769--23051796	14	2.0	14	100	0	56	35	21	0	42	1.53
23059724--23059779	23	2.4	23	82	14	71	28	3	0	67	1.07
23062915--23063024	42	2.6	42	88	0	157	28	26	15	30	1.96
23067050--23067201	40	3.8	40	79	5	144	37	23	19	19	1.94
23067093--23067158	20	3.3	20	73	0	69	45	24	15	15	1.84
23068596--23068638	13	3.3	13	76	0	50	30	6	23	39	1.81
23078674--23078770	39	2.5	38	81	5	115	23	23	27	24	2.00
23083522--23083557	5	7.0	5	93	6	63	38	0	0	61	0.96
23083590--23083650	30	2.0	30	81	9	70	57	8	34	0	1.29
23086267--23086438	46	3.7	46	75	13	190	29	27	20	22	1.98
23086272--23086442	93	1.8	93	94	0	306	29	28	21	21	1.98
23087584--23087759	46	3.8	46	76	16	175	22	21	27	28	1.99
23087580--23087751	93	1.8	93	93	2	301	22	21	28	27	1.99
23088346--23088445	31	3.2	33	62	21	86	31	14	18	37	1.90
23088359--23088456	31	3.2	31	62	21	78	28	15	20	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23088338--23088462	62	2.0	62	100	0	250	32	14	17	35	1.90
23101090--23101133	18	2.5	17	85	10	61	29	13	29	27	1.94
23101130--23101233	45	2.3	45	83	0	136	32	10	26	29	1.90
23101175--23101213	18	2.2	18	85	0	51	41	12	23	23	1.88
23102289--23102334	23	2.0	23	88	12	69	47	10	4	36	1.58
23102295--23102347	23	2.2	24	83	9	65	43	15	5	35	1.70
23107527--23107678	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
23107527--23107678	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
23139413--23139538	40	3.2	40	91	1	200	23	22	27	26	1.99
23144052--23144105	22	2.4	22	73	17	56	5	22	7	64	1.40
23147518--23147574	9	6.3	9	77	0	51	28	10	33	28	1.90
23147518--23147611	27	3.5	27	86	0	98	23	11	32	31	1.91
23147518--23147613	18	5.3	18	74	0	84	25	11	32	31	1.91
23147534--23147628	27	3.5	27	85	0	109	26	13	31	28	1.94
23150409--23150434	10	2.6	10	100	0	52	50	0	0	50	1.00
23151144--23151189	22	2.1	22	84	8	58	10	10	0	78	0.97
23155707--23155882	46	3.8	45	74	10	167	21	19	28	30	1.97
23167142--23167195	27	2.0	27	85	0	72	38	14	5	40	1.70
23168176--23168229	21	2.6	21	81	0	72	35	9	33	22	1.86
23174775--23174818	23	1.9	23	86	9	63	43	6	15	34	1.74
23179360--23179656	40	7.5	40	91	1	456	26	27	22	22	1.99
23179360--23179655	159	1.9	159	91	2	488	27	27	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23187069--23187351	40	7.4	35	86	9	113	27	26	22	22	1.99
23187116--23187381	40	6.7	40	98	0	505	26	27	23	22	1.99
23190901--23190979	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
23191098--23191342	47	5.1	49	90	4	367	28	30	8	32	1.88
23197670--23197713	23	1.9	23	86	9	63	43	6	15	34	1.74
23206975--23207242	48	5.6	48	86	4	335	26	29	17	26	1.97
23206978--23207242	144	1.8	145	86	2	381	26	30	17	26	1.97
23219594--23219759	27	6.2	26	78	7	161	17	23	22	36	1.95
23219594--23219759	54	3.1	54	86	1	217	17	23	22	36	1.95
23223334--23223425	33	2.8	32	78	4	94	29	22	14	33	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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