genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.170.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58045243--58045281	17	2.2	17	90	4	60	38	0	12	48	1.42
58050066--58050105	20	2.0	20	100	0	80	55	25	5	15	1.60
58052759--58052924	56	3.0	56	88	3	228	34	27	13	24	1.93
58060475--58060761	48	6.0	48	96	0	520	34	7	27	31	1.84
58060911--58061050	37	3.8	37	93	0	235	25	18	32	24	1.97
58065530--58065556	14	1.9	14	100	0	54	33	0	0	66	0.92
58066238--58066303	32	2.1	32	100	0	132	21	27	25	25	1.99
58069241--58069274	10	3.2	10	91	8	50	50	8	0	41	1.34
58069241--58069270	12	2.5	12	100	0	60	50	6	0	43	1.28
58069729--58069831	29	3.6	29	92	2	145	26	16	32	25	1.96
58080171--58080300	68	2.0	65	89	8	203	51	19	3	26	1.61
58080991--58081019	14	2.1	14	100	0	58	51	6	0	41	1.28
58085679--58085787	28	3.9	28	89	1	139	35	18	26	19	1.95
58087019--58087071	18	3.1	17	76	12	63	67	0	28	3	1.07
58089187--58089300	38	3.0	38	82	5	149	19	23	20	36	1.95
58091151--58091282	43	3.0	43	71	20	121	31	21	17	29	1.96
58097446--58097629	40	4.6	40	79	5	192	26	22	25	25	2.00
58097446--58097629	80	2.3	80	84	5	221	26	22	25	25	2.00
58105524--58105707	40	4.6	40	84	6	239	25	23	26	24	2.00
58105524--58105707	80	2.3	80	88	3	264	25	23	26	24	2.00
58108324--58108439	28	4.2	28	87	2	155	35	18	25	20	1.96
58112207--58112384	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58112208--58112363	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
58112204--58112384	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
58120234--58120410	27	6.6	27	82	4	187	26	15	28	29	1.96
58120235--58120385	82	1.9	81	87	4	223	26	15	28	29	1.96
58120234--58120410	55	3.3	53	81	6	194	26	15	28	29	1.96
58138017--58138129	43	2.7	41	76	9	111	30	15	22	30	1.95
58142644--58142758	29	4.0	28	85	2	131	27	15	26	29	1.96
58144918--58144980	32	2.0	32	96	0	117	17	9	36	36	1.82
58147122--58147192	29	2.5	29	88	2	99	26	16	29	26	1.97
58147176--58147281	53	2.0	53	98	0	203	23	9	33	33	1.87
58149838--58150069	49	4.7	49	85	3	329	28	26	18	25	1.98
58149838--58150069	100	2.3	98	87	2	329	28	26	18	25	1.98
58150717--58150776	30	2.0	30	87	6	86	28	26	8	36	1.85
58155169--58155343	49	3.5	48	80	9	192	29	27	18	25	1.98
58155169--58155351	100	1.8	98	87	8	271	28	27	18	25	1.98
58155995--58156054	30	2.0	30	87	6	86	28	26	8	36	1.85
58164570--58164730	50	3.4	48	80	10	161	31	27	14	26	1.95
58164570--58164732	45	3.4	45	77	10	155	31	27	14	26	1.95
58164570--58164774	95	2.1	97	82	5	238	28	26	16	27	1.97
58177399--58177478	34	2.4	34	83	8	92	25	20	23	31	1.98
58177752--58177804	27	2.0	27	88	0	79	33	16	15	33	1.90
58182353--58182563	43	4.9	43	92	0	305	31	32	23	13	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58182560--58182655	38	2.5	38	86	0	129	33	25	18	22	1.97
58187262--58187296	18	1.9	18	94	0	61	40	2	2	54	1.30
58203376--58203401	7	3.7	7	100	0	52	84	0	0	15	0.62
58205679--58205783	43	2.5	43	81	7	133	30	17	24	27	1.97
58207782--58207869	28	3.3	27	85	4	115	37	23	20	18	1.94
58207971--58208034	26	2.4	26	81	2	74	26	10	25	37	1.89
58213973--58214316	30	11.5	30	81	3	336	27	25	12	35	1.91
58214273--58214331	30	2.0	30	82	0	73	20	32	11	35	1.89
58217730--58217844	29	4.0	29	75	5	108	25	31	14	28	1.95
58217917--58217963	19	2.5	19	86	3	60	19	36	17	27	1.93
58225113--58225201	29	3.1	29	78	0	88	24	32	12	30	1.92
58225422--58225483	8	7.8	8	74	0	61	9	22	17	50	1.75
58225416--58225479	24	2.7	24	85	2	94	9	23	17	50	1.75
58226698--58226736	16	2.4	17	95	4	71	7	5	38	48	1.54
58232682--58232727	24	1.9	24	82	8	58	47	13	28	10	1.76
58233123--58233185	27	2.3	28	81	8	76	46	12	15	25	1.82
58237388--58237429	22	2.0	22	90	4	68	19	21	45	14	1.85
58238107--58238140	16	2.1	16	88	0	50	29	23	5	41	1.78
58238715--58238992	49	5.7	49	73	9	201	25	28	17	28	1.97
58238720--58238995	98	2.8	97	83	2	322	25	28	17	28	1.97
58240653--58240731	34	2.4	34	79	8	83	10	12	30	46	1.75
58247429--58247491	15	4.2	15	74	8	65	55	15	17	11	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58247427--58247486	30	2.0	30	90	0	93	55	16	18	10	1.69
58250392--58250563	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
58250384--58250559	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
58252322--58252387	13	5.1	13	100	0	132	15	31	37	15	1.88
58266298--58266660	47	7.8	45	74	13	222	21	28	21	28	1.99
58266298--58266658	94	3.9	92	77	9	347	21	29	21	28	1.98
58298800--58298873	31	2.4	31	83	0	94	40	14	20	24	1.90
58298850--58298954	31	3.4	32	75	10	87	48	12	16	22	1.79
58308465--58308573	29	3.8	29	81	3	114	25	31	16	26	1.97
58308789--58308847	8	7.4	8	81	7	75	5	20	23	50	1.67
58308789--58308847	16	3.7	16	82	8	84	5	20	23	50	1.67
58310174--58310212	16	2.4	16	83	16	53	76	23	0	0	0.78
58312760--58313105	132	2.6	131	83	4	412	28	20	19	32	1.97
58316541--58316619	37	2.1	37	88	0	113	24	31	20	24	1.98
58316741--58317502	47	16.4	47	80	12	726	29	29	8	32	1.88
58316741--58317502	94	8.2	96	82	11	923	29	29	8	32	1.88
58317128--58317179	26	2.0	26	100	0	104	30	30	7	30	1.85
58317079--58317228	75	2.0	75	97	0	282	30	28	8	32	1.87
58317154--58317502	49	7.2	49	93	3	611	29	28	8	33	1.87
58317032--58317420	122	3.0	121	83	13	449	29	28	8	32	1.88
58321096--58321446	40	8.8	40	90	0	551	25	26	21	26	2.00
58322659--58322737	37	2.1	37	86	4	106	22	31	20	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58322856--58323545	47	14.5	48	92	2	1071	28	30	8	32	1.87
58333674--58333944	48	5.6	50	76	6	177	25	28	18	26	1.98
58333674--58333943	144	1.9	144	80	6	321	25	28	18	27	1.98
58333674--58333960	96	3.0	96	84	6	366	26	28	18	26	1.98
58336902--58336942	14	2.6	16	81	14	50	34	24	0	41	1.55
58341336--58341438	43	2.4	42	83	1	116	31	28	16	24	1.96
58341381--58341490	43	2.6	42	78	7	114	29	26	20	24	1.99
58343659--58343865	53	3.8	53	78	3	216	37	17	24	20	1.94
58350535--58350620	43	2.0	43	84	8	113	25	18	27	27	1.98
58352150--58352196	21	2.2	22	77	11	53	38	2	17	42	1.61
58353847--58353900	21	2.6	21	82	5	65	16	29	24	29	1.97
58356306--58356336	4	7.8	4	92	0	53	0	25	0	74	0.82
58356351--58356385	12	2.9	12	91	0	52	5	5	8	80	1.03
58356389--58356424	8	4.5	8	100	0	72	36	0	0	63	0.94
58361323--58361390	32	2.1	32	97	0	127	45	7	23	23	1.78
58361629--58361746	60	2.0	59	93	1	200	47	12	6	33	1.68
58362095--58362153	19	3.1	19	67	0	55	33	1	8	55	1.40
58362125--58362177	20	2.7	20	82	2	63	39	1	5	52	1.36
58362048--58362268	111	2.0	110	85	5	302	33	7	7	51	1.58
58367938--58368160	119	1.9	120	83	6	292	25	27	22	25	2.00
58367936--58368160	40	5.7	40	85	6	278	25	27	22	24	2.00
58369288--58369407	56	2.1	56	100	0	240	22	24	9	44	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58376530--58376599	28	2.5	28	88	9	99	27	15	28	28	1.96
58379013--58379059	22	2.2	22	88	3	69	29	31	29	8	1.87
58379308--58379365	27	2.1	27	81	6	64	29	15	15	39	1.88
58383263--58383292	5	5.8	5	96	4	51	16	0	0	83	0.65
58387700--58387737	6	6.5	6	85	14	53	15	0	0	84	0.63
58387706--58387737	11	2.9	11	100	0	64	15	0	0	84	0.63
58387872--58387946	36	2.1	36	100	0	150	44	2	8	45	1.47
58388637--58388670	16	2.1	16	88	0	50	29	0	0	70	0.87
58397365--58397415	24	2.1	24	96	0	93	41	11	17	29	1.85
58402018--58402264	40	6.2	40	90	3	367	24	22	27	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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