genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.192.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65779480--65779526	20	2.3	20	81	0	58	29	34	12	23	1.92
65780875--65781024	37	4.1	37	95	0	255	23	19	30	26	1.98
65782301--65782722	40	10.6	40	95	0	718	22	24	29	23	1.99
65782898--65782952	25	2.2	25	83	6	67	30	12	29	27	1.93
65786825--65786947	22	5.3	22	62	27	58	32	13	29	25	1.93
65786809--65786993	47	3.9	47	91	0	289	33	11	28	26	1.92
65787198--65787297	37	2.7	37	96	0	182	25	22	31	22	1.98
65789448--65789625	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
65789469--65789624	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
65799659--65799748	28	3.3	27	83	7	110	36	21	24	17	1.94
65800975--65801031	18	3.2	18	78	7	62	63	0	31	5	1.17
65811063--65811224	43	3.8	43	77	6	150	32	27	16	23	1.96
65811116--65811224	44	2.5	42	83	4	137	33	27	16	22	1.96
65813471--65813516	19	2.4	19	85	0	65	39	23	15	21	1.92
65813480--65813517	19	2.0	19	94	0	67	39	26	15	18	1.91
65819535--65819587	26	2.0	26	100	0	106	35	18	18	26	1.95
65822032--65822091	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
65822059--65822200	71	2.1	67	84	5	176	30	23	27	18	1.97
65828660--65828830	93	1.8	93	93	0	297	29	29	20	21	1.98
65828655--65828827	46	3.7	46	80	13	210	30	28	20	21	1.98
65829251--65829310	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
65836559--65836742	67	2.8	64	79	8	203	29	17	29	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65836535--65836688	67	2.3	64	83	7	182	32	16	28	22	1.96
65840441--65840683	27	9.0	26	81	7	245	32	20	22	25	1.98
65840441--65840683	54	4.5	54	83	1	281	32	20	22	25	1.98
65840462--65840686	81	2.8	81	85	0	299	33	20	21	24	1.97
65840826--65840912	27	3.2	27	80	0	84	20	18	21	39	1.93
65844706--65844922	27	8.2	26	80	7	213	34	18	21	25	1.96
65844712--65844922	78	2.6	81	83	8	281	34	18	21	26	1.96
65845062--65845143	27	3.0	26	80	7	92	21	21	19	36	1.95
65846058--65846132	36	2.1	36	90	7	118	32	13	17	37	1.88
65846827--65846983	39	4.1	39	91	0	244	28	22	23	26	1.99
65854948--65855066	39	3.1	39	85	4	168	27	20	23	28	1.99
65866256--65866298	16	2.7	16	88	0	59	51	16	20	11	1.75
65866512--65866613	28	3.6	28	85	3	116	28	16	28	26	1.97
65866512--65866619	56	1.9	56	84	3	146	26	16	30	25	1.97
65875228--65875259	10	3.0	11	90	9	57	9	0	9	81	0.88
65878292--65878335	18	2.4	18	92	0	70	54	9	9	27	1.62
65882163--65882205	16	2.7	16	88	0	59	51	18	20	9	1.74
65882419--65882520	28	3.6	28	80	3	98	27	14	27	30	1.95
65882426--65882532	28	3.8	28	72	9	85	26	15	28	28	1.96
65885363--65885532	93	1.8	93	93	0	295	28	30	20	20	1.97
65885354--65885534	46	3.9	46	79	12	208	28	30	20	20	1.98
65892091--65892129	18	2.2	18	90	0	60	69	15	12	2	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65895808--65896058	68	3.8	65	78	11	219	29	16	29	24	1.97
65895853--65896000	67	2.2	68	84	8	187	31	17	29	21	1.96
65901827--65901860	14	2.4	14	100	0	68	38	14	11	35	1.83
65902178--65902211	5	6.8	5	90	10	52	35	0	0	64	0.94
65907464--65907610	33	4.5	33	81	4	129	27	22	15	34	1.94
65912193--65912240	25	1.9	25	86	0	69	29	20	18	31	1.97
65912371--65912438	26	2.7	25	88	4	100	27	26	20	25	1.99
65912661--65912744	31	2.7	31	94	1	143	33	17	25	23	1.97
65916985--65917060	29	2.6	29	97	0	143	28	27	11	31	1.92
65916946--65917060	58	2.0	58	81	1	133	29	27	12	30	1.93
65922031--65922254	40	5.6	40	85	6	292	26	26	22	24	2.00
65922031--65922254	83	2.8	80	86	4	299	26	26	22	24	2.00
65930301--65930336	15	2.4	15	100	0	72	38	0	8	52	1.32
65934897--65935009	27	4.2	26	82	8	118	36	21	24	17	1.95
65934897--65935009	55	2.1	54	83	5	138	36	21	24	17	1.95
65935265--65935304	16	2.5	16	91	0	62	17	37	27	17	1.92
65936459--65936532	24	3.1	24	86	11	107	20	40	5	33	1.75
65939154--65939212	13	4.3	13	71	12	55	76	5	5	13	1.13
65939300--65939325	12	2.2	12	100	0	52	76	7	0	15	0.99
65939306--65939379	34	2.2	34	85	0	94	75	4	10	9	1.16
65939318--65939382	34	1.9	34	90	0	103	75	3	13	7	1.14
65940268--65940302	18	1.9	18	88	11	54	57	0	20	22	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65944876--65944927	27	2.0	26	84	3	68	28	17	21	32	1.96
65948600--65948637	17	2.2	17	100	0	76	26	42	5	26	1.76
65953700--65954024	163	2.0	162	94	5	568	40	19	15	24	1.90
65957423--65957547	29	4.3	29	85	1	162	27	12	30	29	1.93
65959490--65959593	53	1.9	54	82	5	131	32	24	6	36	1.81
65959502--65959593	27	3.4	27	88	7	134	29	25	6	39	1.81
65959623--65959771	27	5.6	27	86	6	189	42	22	7	28	1.80
65959595--65959771	53	3.3	53	82	7	198	41	21	9	27	1.83
65959885--65959948	26	2.4	26	82	7	76	35	17	25	21	1.95
65960753--65960821	25	2.8	25	89	6	97	24	26	24	24	2.00
65960753--65960848	25	4.0	23	84	9	86	27	23	23	25	2.00
65960966--65961100	42	3.2	42	98	0	261	31	14	20	33	1.93
65961124--65961207	31	2.7	31	96	1	152	29	17	25	27	1.98
65963476--65963567	27	3.4	27	88	5	132	29	25	6	39	1.81
65963599--65963749	27	5.6	27	79	3	151	42	19	7	30	1.79
65963599--65963751	54	2.8	54	78	0	171	41	19	7	31	1.78
65964736--65964805	25	2.8	24	91	4	104	24	27	24	24	2.00
65964735--65964818	25	3.4	24	83	8	98	27	23	23	25	2.00
65964953--65965040	42	2.1	42	97	0	167	32	14	18	34	1.91
65966269--65966301	16	2.1	16	94	0	57	15	12	0	72	1.12
65969950--65970059	29	3.9	29	83	2	107	24	31	18	25	1.97
65973490--65973566	28	2.7	29	85	4	102	27	31	16	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65973637--65973670	18	1.9	18	88	5	52	20	38	23	17	1.93
65973794--65973824	16	1.9	16	93	0	53	19	19	16	45	1.86
65976083--65976304	40	5.6	40	83	4	261	24	22	27	26	2.00
65976083--65976306	80	2.8	79	85	2	313	25	21	26	26	2.00
65983547--65983764	40	5.5	40	90	2	316	24	23	27	24	2.00
65993627--65993693	26	2.5	26	82	2	80	44	23	5	25	1.76
65993627--65993832	27	7.7	27	76	2	128	41	19	8	30	1.80
65993627--65993804	81	2.2	80	80	3	196	42	20	7	29	1.80
65993816--65994145	27	12.3	26	85	4	363	34	19	20	25	1.96
65993816--65994127	54	5.8	54	88	2	423	34	19	19	25	1.96
65994548--65994614	31	2.2	31	97	0	125	19	14	14	50	1.77
65994576--65994645	25	2.8	25	84	0	95	20	20	12	47	1.82
65994548--65994654	6	17.3	6	67	19	51	20	16	14	48	1.81
66001418--66001482	29	2.3	28	81	2	76	27	26	13	32	1.94
66001703--66001737	16	2.2	16	89	0	52	14	20	20	45	1.85
66005412--66005441	15	2.0	15	93	0	51	16	13	0	70	1.18
66005919--66005953	15	2.2	16	90	5	54	20	11	0	68	1.20
66009549--66009584	15	2.4	15	95	0	63	19	19	8	52	1.70
66012914--66013107	27	7.2	27	88	0	253	29	24	7	38	1.82
66012914--66013086	81	2.1	81	92	0	283	30	24	6	38	1.81
66013143--66013268	27	4.7	27	90	0	207	41	22	7	29	1.80
66013110--66013265	54	2.9	54	86	1	179	40	19	10	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66013143--66013295	54	2.8	54	85	3	202	42	20	7	30	1.79
66013143--66013292	81	1.9	81	88	2	230	43	20	7	29	1.78
66013259--66013321	29	2.2	29	88	5	94	46	17	6	30	1.73
66013143--66013379	27	8.7	27	81	3	179	40	19	8	31	1.81
66015076--66015210	40	3.3	40	82	5	182	25	28	22	24	1.99
66016587--66016659	20	3.7	20	85	1	94	26	27	16	30	1.97
66018994--66019077	25	3.4	24	87	9	107	27	22	25	25	2.00
66018994--66019064	25	2.8	25	91	6	108	23	25	25	25	2.00
66019212--66019303	42	2.2	42	100	0	184	31	16	20	31	1.95
66019327--66019410	31	2.7	31	88	1	134	28	15	27	28	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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