genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.221.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76125604--76125659	23	2.5	24	81	18	68	48	3	1	46	1.30
76126617--76126655	18	2.2	17	86	4	51	30	0	7	61	1.24
76131028--76131064	19	2.1	17	90	10	56	67	0	27	5	1.12
76131666--76132306	177	3.6	177	90	1	937	26	23	18	31	1.98
76134191--76134225	17	2.0	18	88	5	54	71	0	22	5	1.07
76135788--76135825	19	2.0	20	89	5	60	55	0	5	39	1.23
76135966--76136012	17	2.8	17	75	15	53	46	4	2	46	1.34
76136749--76136793	16	2.7	16	79	6	54	31	2	8	57	1.41
76137672--76137868	66	3.0	66	92	0	313	28	15	29	25	1.96
76138695--76138719	12	2.1	12	100	0	50	32	8	24	36	1.84
76143320--76143469	48	3.1	48	83	0	183	26	24	22	26	2.00
76150060--76150115	27	2.1	27	100	0	112	44	25	3	26	1.70
76152058--76152102	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
76153766--76153862	33	2.9	33	87	1	140	15	22	37	24	1.93
76155864--76156059	96	2.0	97	89	2	295	41	7	18	32	1.78
76158325--76158367	21	2.0	21	82	8	52	58	9	0	32	1.30
76167028--76167123	41	2.3	41	83	0	120	25	23	22	28	2.00
76169507--76169594	32	2.8	32	84	3	106	36	9	10	44	1.70
76170525--76170570	18	2.6	17	80	6	56	63	8	6	21	1.46
76171415--76171448	17	2.0	17	100	0	68	35	41	5	17	1.74
76172267--76172295	15	1.9	15	100	0	58	13	10	6	68	1.37
76173551--76173815	103	2.6	104	90	3	417	29	29	20	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76178581--76178669	27	3.3	27	84	6	101	31	15	14	38	1.88
76178621--76179015	27	14.7	27	82	6	365	30	10	20	38	1.86
76180625--76180671	21	2.3	21	77	3	60	23	21	36	19	1.95
76182149--76182208	17	3.8	16	74	14	54	38	3	1	56	1.26
76183929--76183984	15	3.9	15	86	9	80	42	32	5	19	1.74
76183929--76183984	28	1.9	29	85	7	78	42	32	5	19	1.74
76187937--76188007	33	2.1	33	84	2	88	26	0	9	63	1.26
76189303--76189365	17	3.3	17	71	25	54	33	1	0	65	1.03
76189302--76189368	18	3.4	18	70	22	55	32	1	0	65	1.02
76189302--76189366	19	3.3	19	70	16	60	32	1	0	66	1.01
76195711--76195747	14	2.4	17	73	26	53	40	0	5	54	1.24
76195717--76195751	14	2.5	14	100	0	70	40	0	8	51	1.33
76201868--76201940	37	2.0	37	94	0	128	26	12	21	39	1.89
76202554--76202608	22	2.5	22	84	3	65	69	5	20	5	1.29
76204150--76204233	21	4.0	21	87	3	116	14	25	26	34	1.94
76206544--76206969	233	1.8	233	90	0	690	25	13	17	43	1.86
76211111--76211149	6	6.5	6	96	0	60	64	15	0	20	1.30
76238220--76238287	31	2.2	31	94	0	118	50	2	27	19	1.62
76238702--76238759	28	2.1	28	100	0	116	46	18	20	13	1.83
76243758--76243790	8	4.2	8	96	3	59	21	0	24	54	1.45
76243752--76243932	100	1.8	96	88	6	274	33	0	15	51	1.44
76243752--76244162	114	3.9	100	76	16	318	32	0	14	52	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76243839--76244210	114	3.4	112	84	7	462	31	0	15	51	1.49
76244396--76244439	22	2.0	22	100	0	88	27	0	13	59	1.35
76246337--76246432	33	2.9	33	81	3	95	18	45	10	25	1.81
76246352--76246434	33	2.5	33	86	0	103	18	44	12	25	1.84
76250035--76250111	27	2.9	27	84	3	93	28	25	24	20	1.99
76251848--76251899	26	2.0	26	100	0	104	30	15	26	26	1.96
76251675--76252103	223	1.9	223	94	0	750	34	13	20	30	1.92
76257227--76257342	60	1.9	60	85	0	160	29	14	20	35	1.93
76259815--76259869	23	2.3	24	87	9	78	60	5	0	34	1.20
76259864--76259952	11	7.3	11	73	19	61	77	3	16	2	1.01
76268911--76268975	15	4.4	15	79	9	71	9	16	12	61	1.55
76268907--76268975	30	2.3	30	82	7	88	8	15	15	59	1.60
76275848--76276011	85	1.9	85	83	6	215	32	24	16	26	1.96
76280819--76280919	35	2.9	35	90	0	157	37	29	14	17	1.90
76281374--76281406	10	3.4	10	95	4	59	51	33	0	15	1.43
76282994--76283298	93	3.3	92	73	9	285	31	20	26	21	1.97
76289196--76289325	50	2.6	49	87	1	170	30	28	16	24	1.97
76293421--76293688	47	5.7	47	72	13	185	29	20	29	20	1.98
76293421--76293690	91	2.9	96	78	8	311	28	20	30	20	1.98
76301603--76302025	89	5.0	89	80	9	420	32	14	12	40	1.84
76305692--76305738	20	2.4	20	85	3	69	31	6	10	51	1.62
76311017--76311054	17	2.2	18	85	4	51	31	18	5	44	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76313090--76313137	21	2.3	21	81	0	60	14	39	20	25	1.91
76314545--76314892	190	1.8	190	88	2	529	23	18	16	41	1.90
76322604--76322854	27	9.3	27	87	0	322	27	13	19	39	1.90
76322604--76322839	81	2.9	80	89	1	355	27	13	19	39	1.89
76331157--76331189	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
76331236--76331294	21	2.8	22	80	7	61	22	0	8	69	1.15
76331265--76331313	26	2.0	24	88	8	71	30	0	6	63	1.19
76338025--76338063	17	2.3	17	90	0	60	20	7	0	71	1.10
76342253--76342512	123	2.1	127	82	7	309	38	15	11	34	1.84
76342758--76343052	3	97.0	3	66	18	96	61	3	7	27	1.40
76342814--76342853	16	2.5	16	80	15	55	65	2	7	25	1.32
76343435--76343487	24	2.1	26	86	6	74	15	18	9	56	1.65
76343435--76343486	25	2.1	24	85	3	68	15	19	9	55	1.67
76352832--76352947	57	2.0	57	83	3	144	29	19	12	38	1.88
76353906--76353948	3	14.3	3	100	0	86	67	0	32	0	0.91
76356381--76356430	19	2.6	19	84	6	66	40	22	22	16	1.91
76367498--76367609	27	4.2	26	85	7	134	16	23	24	35	1.95
76367498--76367609	54	2.1	54	86	3	154	16	23	24	35	1.95
76377549--76377586	18	2.2	18	90	4	60	21	0	0	78	0.74
76377656--76377684	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
76379739--76379812	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
76387486--76387518	16	2.1	15	94	5	57	15	0	6	78	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76388611--76388649	17	2.3	17	86	8	53	5	25	0	69	1.09
76395221--76395361	21	7.1	20	68	21	66	54	4	6	34	1.47
76395221--76395264	20	2.1	21	87	4	63	50	6	9	34	1.61
76395298--76395749	24	20.1	22	66	24	105	56	5	3	33	1.42
76395488--76395757	47	5.8	44	74	18	189	57	5	3	33	1.40
76395579--76395804	71	3.2	72	77	14	183	58	5	3	32	1.39
76395583--76395844	24	11.2	23	73	20	165	56	6	3	33	1.41
76396144--76396183	14	2.9	14	85	10	55	10	2	2	85	0.80
76396144--76396185	15	2.9	15	89	6	61	11	2	2	83	0.84
76397358--76397393	14	2.7	13	91	8	63	47	5	13	33	1.67
76397239--76397637	88	4.6	87	80	8	399	38	19	15	27	1.91
76397448--76397483	15	2.5	14	86	8	54	69	5	5	19	1.29
76397221--76397537	176	1.8	175	86	6	462	36	20	14	28	1.92
76397481--76397769	79	3.7	79	87	3	401	33	20	16	30	1.94
76397501--76397786	153	1.9	155	85	7	395	35	18	16	29	1.93
76412775--76412818	20	2.1	21	87	4	63	50	6	9	34	1.61
76412853--76412933	21	3.5	22	75	21	69	58	3	4	33	1.37
76412958--76413014	24	2.4	23	80	13	62	56	5	1	36	1.32
76413061--76413114	23	2.5	20	77	13	54	53	9	1	35	1.44
76413134--76413363	72	3.2	71	78	13	199	59	5	3	32	1.37
76413138--76413363	23	9.5	23	75	19	164	59	5	3	32	1.35
76413095--76413308	12	17.5	12	65	29	55	58	5	3	32	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76413277--76413332	24	2.4	23	85	8	69	58	8	1	30	1.39
76413141--76413363	96	2.3	96	82	10	253	59	5	3	32	1.36
76413380--76413414	18	1.9	18	88	0	52	45	5	2	45	1.41
76413466--76413528	28	2.1	31	80	13	71	61	0	4	33	1.17
76414073--76414114	15	2.8	15	86	10	59	9	2	2	85	0.77
76414073--76414114	16	2.8	16	89	7	61	9	2	2	85	0.77
76414117--76414147	2	15.5	2	93	0	53	0	3	45	51	1.17
76414414--76414453	15	2.7	15	100	0	80	17	12	55	15	1.70
76416363--76416401	19	2.1	19	100	0	78	53	5	10	30	1.56
76418831--76418873	22	2.0	22	86	8	63	65	16	13	4	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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