genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.210.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72086490--72086538	22	2.2	22	85	0	62	26	24	18	30	1.98
72086488--72086549	22	2.8	21	78	4	61	25	22	19	32	1.97
72086707--72086841	27	5.0	26	83	4	135	20	22	20	37	1.95
72086959--72087062	6	16.8	6	70	16	70	19	20	13	47	1.82
72086959--72087047	25	3.6	25	90	0	142	19	20	14	46	1.84
72089138--72089569	27	16.0	27	86	0	533	34	19	20	25	1.96
72090180--72090315	27	5.1	26	81	7	139	20	22	19	37	1.94
72090430--72090548	6	19.3	6	70	20	77	21	18	11	48	1.79
72090459--72090527	31	2.2	31	94	0	120	18	21	13	46	1.83
72090430--72090527	25	3.7	25	74	19	90	21	19	11	47	1.80
72092381--72092596	27	8.0	27	90	0	297	32	18	21	26	1.97
72093205--72093339	27	5.0	26	83	4	144	19	24	20	35	1.96
72093457--72093581	6	20.3	6	69	19	62	20	16	12	50	1.77
72093486--72093552	19	3.6	19	72	11	75	20	20	11	46	1.82
72093486--72093572	37	2.4	37	88	0	120	19	19	11	49	1.78
72098278--72098452	46	3.8	46	79	13	205	28	29	20	21	1.98
72098286--72098472	46	4.0	44	71	15	121	28	28	20	21	1.98
72100507--72100570	31	2.1	31	96	0	119	35	17	6	40	1.75
72100878--72100927	15	3.4	15	81	13	59	62	12	16	10	1.55
72104411--72104443	16	2.0	17	88	5	50	39	9	12	39	1.74
72107723--72107776	27	2.0	27	85	7	74	29	18	20	31	1.96
72112350--72112708	47	7.6	46	74	10	244	29	18	28	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72112353--72112710	96	3.8	94	79	10	410	29	18	29	22	1.98
72113802--72113827	8	3.2	8	100	0	52	34	0	42	23	1.54
72115259--72115291	5	6.6	5	92	0	57	78	0	3	18	0.87
72119963--72120000	18	2.2	18	86	9	53	23	10	2	63	1.39
72125089--72125179	45	2.0	45	91	4	148	31	26	17	24	1.97
72134087--72134281	53	3.7	53	77	8	150	35	18	23	22	1.96
72134087--72134232	55	2.7	55	77	6	163	34	18	23	23	1.96
72134087--72134245	53	2.9	55	77	5	180	34	17	23	23	1.96
72139160--72139318	45	3.7	45	77	11	161	30	27	16	25	1.97
72298527--72298555	15	1.9	15	100	0	58	55	13	17	13	1.70
72304002--72304030	15	1.9	15	100	0	58	55	13	17	13	1.70
72306958--72307130	46	3.7	46	73	13	174	29	27	19	23	1.98
72306966--72307137	93	1.8	93	91	2	283	28	27	20	22	1.99
72311477--72311503	7	3.9	7	100	0	54	0	11	0	88	0.50
72313351--72313400	25	2.0	25	96	0	91	30	16	10	44	1.80
72323821--72323940	43	2.8	42	76	7	134	34	16	21	27	1.95
72325731--72325937	53	3.8	54	76	1	200	21	25	17	36	1.95
72328806--72328996	43	4.5	42	73	10	140	29	26	20	23	1.99
72328847--72328994	43	3.5	43	74	9	167	28	26	20	25	1.99
72328801--72328996	85	2.3	85	89	1	295	29	27	20	23	1.99
72339565--72339623	31	1.9	31	89	0	91	30	23	16	28	1.97
72339628--72339703	31	2.5	31	89	2	109	27	23	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72339582--72339672	45	2.0	46	87	6	132	27	21	23	27	1.99
72339558--72339731	76	2.3	77	90	2	296	28	24	19	27	1.99
72339711--72339900	50	3.8	50	95	0	299	25	23	14	35	1.93
72340225--72340269	6	7.5	6	100	0	90	35	0	15	48	1.45
72348590--72348629	20	2.0	20	95	0	71	42	20	12	25	1.86
72352698--72352902	43	4.9	41	73	14	157	29	26	19	24	1.98
72352751--72352897	43	3.4	43	74	12	167	29	27	17	25	1.97
72352722--72352902	85	2.1	85	92	0	308	30	26	18	24	1.98
72355145--72355401	40	6.4	40	90	2	367	22	22	28	25	1.99
72363333--72363589	40	6.5	40	90	3	360	22	22	28	25	1.99
72368528--72368678	43	3.5	41	85	4	160	28	28	15	27	1.96
72368513--72368670	86	1.8	86	82	5	203	29	29	15	24	1.96
72370329--72370367	19	2.1	19	85	9	53	30	25	0	43	1.55
72371495--72371547	26	2.0	26	96	0	97	9	22	37	30	1.86
72374004--72374038	9	3.9	9	92	0	61	25	11	22	40	1.88
72374002--72374044	18	2.3	18	96	4	77	30	13	20	34	1.92
72374088--72374124	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
72375726--72375988	40	6.6	40	87	3	316	26	28	20	24	1.99
72383672--72383934	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
72388057--72388140	41	2.1	41	91	6	136	44	16	8	30	1.77
72392290--72392320	15	2.1	15	100	0	62	41	6	12	38	1.69
72399906--72399972	35	1.9	35	96	0	125	22	10	19	47	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72402170--72402217	25	1.9	25	86	0	69	35	14	25	25	1.94
72402226--72402385	26	6.4	26	68	15	81	35	19	25	19	1.95
72417240--72417354	29	4.0	28	80	8	124	28	28	15	26	1.96
72420290--72420778	48	10.2	48	93	0	784	36	5	26	31	1.80
72420919--72421026	37	2.9	37	93	2	173	23	19	32	25	1.97
72424265--72424334	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
72424265--72424362	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
72432221--72432290	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
72432221--72432318	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
72435835--72435942	27	4.0	27	86	4	146	35	22	16	25	1.95
72438051--72438424	42	8.6	42	84	5	417	30	24	15	29	1.96
72438351--72438524	48	3.6	48	82	4	120	27	27	18	27	1.98
72438393--72438530	48	2.9	48	85	2	170	24	28	18	27	1.98
72453534--72453632	29	3.4	29	83	1	128	27	17	28	27	1.97
72457432--72457492	29	2.3	26	81	13	70	24	4	32	37	1.77
72457442--72457507	29	2.3	29	97	0	123	25	6	34	33	1.81
72457910--72458004	29	3.3	29	86	1	129	27	14	28	29	1.95
72457918--72458028	58	1.9	57	85	1	150	27	15	28	28	1.96
72459891--72460060	93	1.8	92	97	1	322	28	29	20	21	1.98
72459886--72460068	45	4.0	45	76	15	196	29	28	19	21	1.98
72460234--72460274	22	1.9	21	85	5	55	51	12	7	29	1.66
72467433--72467603	93	1.8	93	91	2	281	28	28	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72467430--72467600	46	3.7	46	77	14	183	29	28	21	21	1.98
72469577--72469696	39	3.1	38	85	4	143	27	30	19	23	1.98
72485224--72485303	26	3.0	27	83	3	108	35	16	15	33	1.90
72489487--72489529	17	2.6	17	81	3	52	32	4	20	41	1.73
72492979--72493027	25	2.0	25	91	0	80	28	12	26	32	1.92
72499073--72499165	45	2.0	48	87	6	138	35	25	12	25	1.92
72504231--72504459	40	5.7	40	94	0	395	26	27	22	24	2.00
72511445--72511672	40	5.7	40	91	1	368	26	25	22	25	2.00
72511413--72511667	80	3.2	80	89	3	376	25	25	22	26	2.00
72514256--72514337	42	2.0	42	88	9	123	30	15	23	30	1.96
72514852--72514883	16	2.0	16	93	0	55	25	9	18	46	1.79
72515321--72515366	24	1.9	24	95	0	83	28	2	26	43	1.66
72515325--72515377	24	2.3	24	87	6	74	30	3	22	43	1.71
72516911--72516981	35	2.0	35	100	0	142	28	22	11	38	1.88
72518437--72518517	40	2.0	40	97	0	153	28	9	17	44	1.80
72530828--72530868	17	2.4	17	95	0	73	7	0	26	65	1.18
72538223--72538306	25	3.4	24	76	12	80	25	22	22	29	1.99
72538211--72538326	50	2.3	50	80	5	144	28	21	19	30	1.98
72538665--72538742	26	3.2	24	89	7	79	38	5	23	33	1.77
72538674--72538753	26	3.1	26	98	0	151	32	7	25	35	1.84
72540318--72540537	27	8.1	27	85	5	275	16	24	23	35	1.94
72540321--72540531	81	2.6	81	90	1	316	17	24	22	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72540321--72540559	81	3.0	80	86	3	309	17	25	22	35	1.95
72549374--72549413	19	2.1	19	95	0	71	42	12	5	40	1.64
72549518--72549602	23	3.5	25	76	13	72	32	21	24	21	1.97
72558797--72558854	25	2.3	25	82	11	66	65	1	10	22	1.32
72558797--72558880	26	3.4	25	72	21	70	67	1	10	20	1.27
72560423--72560475	27	2.0	27	92	7	90	56	3	24	15	1.55
72562678--72562819	39	3.6	39	86	1	187	23	22	29	24	1.99
72562677--72562839	78	2.1	77	80	7	179	23	22	28	25	1.99
72570054--72570100	19	2.4	19	89	3	67	44	19	8	27	1.79
72570066--72570105	19	2.1	19	100	0	80	42	15	5	37	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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