genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.256.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88300959--88301011	23	2.5	21	85	11	72	54	0	11	33	1.36
88300959--88301005	23	2.1	23	92	4	78	57	0	10	31	1.33
88306553--88306605	24	2.2	24	82	0	61	58	7	1	32	1.37
88308766--88308800	18	2.0	18	88	5	54	40	5	17	37	1.73
88311341--88311398	6	10.2	6	75	14	52	77	0	6	15	0.97
88311341--88311397	23	2.5	24	81	16	68	77	0	7	15	0.98
88311340--88311398	29	2.0	29	83	6	75	77	0	6	15	0.96
88313757--88313797	12	3.3	12	86	3	55	46	7	0	46	1.30
88315110--88315238	56	2.3	56	90	0	195	34	24	13	27	1.92
88321932--88322059	56	2.3	58	81	9	167	37	21	11	28	1.89
88324234--88324262	13	2.1	14	93	6	51	0	20	0	79	0.74
88324755--88324812	29	2.0	28	83	3	71	20	24	34	20	1.97
88328342--88328383	21	2.0	21	90	4	66	19	0	2	78	0.86
88330010--88330192	91	2.0	91	98	0	357	22	15	13	48	1.79
88340421--88340908	207	2.4	207	95	0	870	30	18	21	28	1.97
88342558--88342622	14	4.6	14	74	11	53	33	3	0	63	1.10
88342940--88342982	22	2.0	22	90	0	68	20	2	2	74	1.04
88346544--88346578	7	4.7	7	86	13	52	0	11	2	85	0.69
88346546--88346575	16	1.9	16	93	6	53	0	13	3	83	0.77
88349135--88349186	16	3.2	16	100	0	104	25	0	36	38	1.56
88349415--88349456	17	2.6	16	82	17	52	45	0	0	54	0.99
88349405--88349787	120	3.2	120	97	0	712	46	6	1	45	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88357058--88357109	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
88356933--88357229	119	2.5	121	92	2	483	42	3	4	49	1.39
88357443--88357510	16	4.2	16	96	0	127	39	35	0	25	1.56
88362586--88362694	49	2.2	49	83	8	139	50	4	2	42	1.37
88364990--88365139	27	5.6	27	80	6	169	40	20	8	30	1.83
88365151--88365320	27	6.3	27	88	0	241	30	22	8	39	1.83
88365272--88365411	27	5.2	26	79	5	102	40	24	5	29	1.78
88365164--88365349	81	2.3	80	84	1	237	31	22	7	38	1.82
88365280--88365411	54	2.4	54	82	2	140	42	22	5	29	1.75
88365207--88365376	81	2.1	81	80	0	187	35	22	6	34	1.80
88365307--88365440	27	5.0	27	79	3	117	43	21	5	29	1.76
88365423--88365591	27	6.3	27	86	0	221	35	18	20	25	1.95
88365392--88365591	81	2.5	81	80	3	224	36	19	18	26	1.94
88365986--88366073	6	14.3	6	74	17	74	20	17	14	47	1.82
88365986--88366073	37	2.4	37	84	3	106	20	17	14	47	1.82
88368029--88368332	27	11.3	27	76	6	251	40	21	7	29	1.82
88368317--88368512	27	7.3	27	92	0	302	33	18	21	26	1.96
88368917--88368973	25	2.3	25	84	0	69	21	19	14	45	1.85
88370746--88371067	67	4.8	67	82	1	360	24	24	16	33	1.96
88373884--88373914	12	2.6	12	94	0	53	0	25	0	74	0.82
88373994--88374024	16	1.9	16	93	0	53	54	3	0	41	1.16
88378938--88379143	40	5.2	40	88	5	287	25	26	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88384786--88384816	12	2.6	12	94	0	53	0	25	0	74	0.82
88384896--88384926	16	1.9	16	93	0	53	54	3	0	41	1.16
88389838--88390044	40	5.2	40	88	4	287	25	26	22	25	2.00
88395701--88395731	12	2.6	12	94	0	53	0	25	0	74	0.82
88400660--88400809	45	3.3	44	76	8	140	39	17	14	28	1.89
88400645--88400809	90	1.8	90	81	5	208	38	17	14	29	1.89
88404442--88404570	64	2.0	64	89	0	195	44	7	19	27	1.78
88405216--88405267	27	1.9	27	84	0	68	40	15	15	28	1.88
88411198--88411350	45	3.4	45	84	0	198	35	18	17	28	1.94
88414297--88414390	34	2.7	34	81	1	116	45	10	15	27	1.80
88415325--88415441	62	1.9	61	89	5	184	52	3	1	42	1.28
88415420--88415468	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
88415455--88415528	36	2.1	36	85	10	98	54	2	2	40	1.29
88424345--88424375	16	1.9	16	93	0	53	58	0	0	41	0.98
88425903--88425951	25	2.0	24	84	11	64	36	2	2	59	1.21
88427860--88427913	6	8.7	6	86	11	74	12	1	3	81	0.91
88428594--88428642	21	2.3	21	85	0	62	20	36	24	18	1.94
88428606--88428647	21	2.0	21	95	0	75	19	30	23	26	1.98
88432568--88432660	40	2.3	40	90	3	143	32	18	22	26	1.97
88439504--88439570	29	2.3	29	84	7	82	47	4	22	25	1.70
88439958--88440050	40	2.3	40	94	0	159	31	18	24	25	1.98
88440086--88440189	44	2.4	44	98	0	199	25	23	25	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88445380--88445587	53	3.9	54	78	9	208	24	24	16	35	1.95
88445422--88445580	55	2.9	54	77	12	173	25	25	15	33	1.95
88447450--88447673	40	5.7	40	88	6	289	25	21	27	26	1.99
88455618--88455839	40	5.7	40	87	7	296	24	22	27	25	1.99
88457187--88457289	47	2.2	47	92	0	170	27	25	12	34	1.92
88457386--88457469	44	1.9	44	82	4	107	25	23	13	38	1.91
88460916--88461141	40	5.7	40	91	4	323	26	27	21	23	1.99
88487324--88487368	20	2.2	20	88	0	63	37	13	2	46	1.55
88491710--88491756	23	2.0	25	87	8	71	65	4	2	27	1.22
88492221--88492311	45	2.0	45	100	0	182	40	2	15	41	1.59
88492890--88492934	22	2.0	22	100	0	90	40	4	40	15	1.67
88493548--88493641	40	2.4	40	83	3	120	38	37	11	12	1.80
88497917--88497973	27	2.1	28	93	3	98	31	3	3	61	1.30
88504196--88504237	22	1.9	22	100	0	84	57	0	11	30	1.35
88505183--88505371	39	4.8	39	87	2	263	15	18	31	33	1.93
88507274--88507326	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
88515372--88515424	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
88517090--88517148	21	2.8	21	92	0	91	27	22	20	30	1.98
88522199--88522264	23	2.8	24	81	6	82	31	13	13	40	1.84
88522521--88522678	53	3.0	52	73	12	124	27	22	25	24	2.00
88522821--88522867	22	2.1	22	84	7	60	36	10	19	34	1.86
88522956--88523045	34	2.7	35	82	6	98	30	22	20	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88524406--88524599	47	4.1	48	74	9	134	27	29	8	34	1.87
88524479--88525045	47	12.1	47	91	0	848	24	27	13	34	1.93
88524542--88524669	25	5.4	25	63	23	78	27	25	10	35	1.90
88530496--88530520	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
88531574--88531631	10	5.8	10	88	8	82	24	8	1	65	1.30
88531574--88531631	20	2.9	20	89	5	91	24	8	1	65	1.30
88534338--88534449	27	4.1	27	79	7	120	16	23	22	38	1.93
88537661--88537875	76	2.8	77	85	4	267	32	12	12	42	1.80
88539450--88539572	56	2.2	56	97	1	228	33	6	17	42	1.75
88542597--88542643	19	2.6	17	81	12	58	44	6	21	27	1.76
88542606--88542643	19	2.0	19	94	0	67	52	7	15	23	1.69
88547423--88547456	16	2.1	16	88	0	50	29	11	5	52	1.61
88547871--88547925	20	3.0	18	89	7	76	43	1	0	54	1.10
88548976--88549015	18	2.2	19	90	4	64	40	0	5	55	1.22
88550125--88550158	16	2.1	16	94	0	59	32	32	11	23	1.91
88552491--88552534	18	2.4	18	100	0	88	11	25	9	54	1.65
88556851--88556879	6	5.0	6	91	8	51	34	0	0	65	0.93
88556851--88556879	11	2.5	12	94	5	51	34	0	0	65	0.93
88557465--88557503	20	2.0	20	89	0	60	56	2	0	41	1.13
88557471--88557530	20	3.0	20	83	9	70	50	3	0	46	1.18
88557481--88557537	27	2.1	27	84	12	73	47	5	0	47	1.24
88557478--88557613	9	14.7	9	67	18	66	53	2	0	43	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88559397--88559475	40	2.0	40	100	0	158	41	10	25	22	1.85
88563080--88563104	5	5.0	5	100	0	50	20	0	40	40	1.52
88564357--88564502	37	4.0	37	92	1	233	24	21	16	37	1.93
88564466--88564687	52	4.6	46	88	8	275	27	22	14	35	1.93
88564509--88564681	52	3.3	52	94	0	292	26	23	13	36	1.92
88564466--88564681	104	2.1	98	88	5	306	26	22	14	36	1.93
88566258--88566320	31	2.0	31	100	0	126	26	19	15	38	1.92
88569321--88569493	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	28	1.99
88569318--88569488	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
88570831--88570893	29	2.2	29	85	0	81	25	31	25	17	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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