genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.172.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58840683--58840753	15	4.7	15	83	0	88	59	15	16	8	1.60
58840683--58840755	30	2.4	30	90	0	110	58	15	16	9	1.61
58846419--58846484	31	2.1	31	94	0	114	10	33	31	24	1.89
58847754--58847818	31	2.1	31	85	5	87	32	24	12	30	1.92
58848065--58848134	25	2.8	25	95	0	122	25	22	25	25	2.00
58848182--58848229	20	2.3	21	89	3	71	35	16	10	37	1.83
58855708--58855772	31	2.1	31	88	5	96	32	24	13	29	1.94
58856019--58856088	25	2.8	25	95	0	122	25	22	25	25	2.00
58856136--58856183	20	2.3	21	92	3	80	35	18	10	35	1.85
58858137--58858165	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
58858788--58858915	45	2.8	45	82	4	134	25	15	27	31	1.96
58858819--58859005	45	4.3	45	76	11	169	27	16	27	29	1.97
58863463--58863577	45	2.6	45	83	2	151	26	13	26	32	1.94
58864929--58865098	46	3.7	46	75	13	186	28	28	20	22	1.98
58864934--58865104	93	1.8	93	92	0	288	28	29	20	21	1.98
58872808--58872990	45	4.2	44	80	7	185	22	14	27	34	1.93
58883786--58883812	12	2.2	12	100	0	54	44	7	7	40	1.60
58888833--58889007	45	3.8	46	79	13	216	29	29	20	20	1.98
58888840--58889010	93	1.8	92	96	1	315	28	29	21	21	1.98
58895906--58896076	92	1.8	93	93	3	301	28	29	21	21	1.98
58895899--58896073	46	3.8	46	77	15	200	29	29	20	20	1.98
58907945--58908002	24	2.5	22	81	10	71	46	18	13	20	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58911480--58911552	22	3.3	21	81	7	83	39	15	15	30	1.87
58912126--58912155	12	2.6	12	94	5	53	43	0	6	50	1.28
58935814--58935911	44	2.3	42	82	8	117	25	19	26	28	1.99
58937262--58937317	24	2.3	24	82	8	69	75	3	17	3	1.10
58937274--58937321	12	4.1	11	75	15	51	77	0	18	4	0.93
58939804--58939847	22	2.0	22	100	0	88	36	18	13	31	1.90
58943621--58943742	47	2.7	47	82	6	144	24	19	29	26	1.99
58944554--58944672	55	2.2	55	80	5	134	23	23	27	25	2.00
58951000--58951314	94	3.4	93	78	5	296	26	20	29	24	1.99
58950996--58951358	47	7.7	46	70	13	179	26	20	30	23	1.98
58952125--58952243	55	2.2	54	83	5	150	21	26	30	22	1.99
58952140--58952256	55	2.1	55	82	3	137	18	28	33	19	1.96
58954394--58954560	39	4.3	39	89	0	253	22	27	19	29	1.98
58962424--58962590	39	4.3	39	89	0	253	22	26	19	31	1.98
58965719--58965757	20	2.0	20	84	0	51	23	28	15	33	1.95
58971939--58972005	32	2.1	32	91	2	109	17	29	32	19	1.95
58973667--58973743	28	2.8	28	79	0	100	29	31	11	27	1.92
58973752--58973827	40	1.9	40	84	10	102	32	28	18	19	1.96
58977074--58977114	20	2.0	20	95	0	73	34	17	7	41	1.77
58979425--58979462	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
58982873--58983050	27	6.6	27	82	3	115	29	28	15	26	1.96
58982894--58983049	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58982873--58983049	54	3.3	54	81	6	205	29	28	15	26	1.96
58990948--58991125	27	6.6	27	82	3	115	29	28	15	26	1.96
58990969--58991124	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
58990948--58991124	54	3.3	54	81	6	205	29	28	15	26	1.96
58997770--58997942	46	3.7	46	77	11	192	21	20	27	30	1.98
58997767--58997937	93	1.8	93	91	2	281	21	21	28	29	1.98
58998167--58998204	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
58999261--58999436	55	3.3	54	76	2	183	21	23	18	36	1.94
59007932--59007970	21	1.9	20	89	5	60	28	2	20	48	1.62
59007936--59007984	21	2.3	22	79	10	57	28	2	18	51	1.58
59010565--59010641	34	2.2	35	84	13	104	29	9	22	38	1.85
59011219--59011359	57	2.4	58	80	1	158	31	17	22	28	1.97
59016414--59016615	40	5.1	39	79	12	216	25	20	26	27	1.99
59016402--59016586	80	2.3	80	86	3	248	24	21	26	27	1.99
59016402--59016615	80	2.7	80	84	5	238	25	21	26	27	1.99
59018050--59018080	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
59019593--59019765	93	1.9	93	88	0	265	28	29	20	20	1.98
59019586--59019761	46	3.8	45	76	11	158	30	28	19	21	1.98
59019647--59019780	46	2.9	45	74	11	119	29	30	20	20	1.97
59027874--59028073	55	3.7	52	76	12	174	35	16	25	23	1.94
59027873--59028073	108	1.8	110	84	8	277	35	16	25	22	1.95
59028312--59028342	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59033178--59033340	43	3.8	43	70	9	116	26	15	22	34	1.95
59040722--59040880	43	3.7	43	77	4	160	24	15	26	33	1.95
59045151--59045388	49	4.8	49	76	5	235	30	26	16	26	1.97
59045164--59045393	100	2.3	99	83	3	275	30	26	16	26	1.97
59056603--59056777	38	4.7	38	84	4	187	32	24	22	20	1.98
59072389--59072558	30	5.6	30	78	12	177	40	25	14	20	1.90
59072427--59072558	29	4.3	29	78	13	133	40	27	12	18	1.87
59072417--59072558	61	2.3	61	93	0	248	40	26	13	19	1.88
59077727--59077838	48	2.3	48	84	6	138	24	22	25	27	2.00
59077748--59077861	48	2.4	48	86	2	149	28	21	22	26	1.99
59080588--59080670	29	2.9	28	82	3	103	27	14	32	25	1.95
59081343--59081368	11	2.4	11	100	0	52	26	0	19	53	1.45
59081419--59081510	46	2.0	46	100	0	184	26	17	23	32	1.97
59087871--59087917	24	2.0	24	100	0	94	42	29	6	21	1.77
59088238--59088487	27	9.3	27	82	0	257	43	16	14	26	1.86
59088598--59088631	18	1.9	18	94	5	61	20	44	23	11	1.84
59088598--59088638	18	2.3	18	87	8	57	24	43	21	9	1.83
59090329--59090597	46	5.8	46	82	9	241	22	19	27	30	1.98
59090323--59090497	47	3.7	47	83	10	225	22	19	28	29	1.98
59090939--59091035	49	2.0	49	100	0	194	15	28	16	39	1.89
59093629--59093684	15	3.7	15	75	15	62	14	16	10	58	1.62
59093627--59093693	30	2.3	30	82	10	84	13	14	13	58	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59096418--59096592	47	3.8	46	76	13	178	23	17	27	31	1.97
59096474--59096646	46	3.8	45	75	13	163	24	19	26	30	1.98
59096425--59096638	93	2.3	93	88	1	304	24	18	26	30	1.98
59099232--59099302	36	2.0	35	91	2	115	32	4	22	40	1.73
59099304--59099989	344	2.0	345	93	1	1187	37	10	20	31	1.86
59100208--59100360	42	3.6	42	79	3	173	29	17	24	28	1.97
59107358--59107474	29	4.0	29	83	2	119	29	31	11	27	1.92
59108396--59108451	23	2.3	23	81	6	58	25	7	30	37	1.82
59111550--59111686	29	4.8	29	80	6	131	27	30	14	27	1.95
59113212--59113250	16	2.4	17	87	12	55	12	5	33	48	1.63
59114881--59114948	9	7.6	9	89	0	91	45	22	7	25	1.77
59114881--59114940	27	2.2	27	90	0	102	46	23	6	23	1.75
59114968--59115008	6	6.5	6	83	10	55	17	0	4	78	0.93
59115033--59115057	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
59115034--59115070	18	2.1	18	94	0	65	8	2	48	40	1.47
59117094--59117136	20	2.2	20	100	0	86	32	0	32	34	1.58
59117199--59117518	48	6.7	48	76	5	315	25	21	29	24	1.99
59117186--59117517	96	3.5	96	87	0	450	25	21	28	25	1.99
59124991--59125358	48	7.7	47	73	7	258	26	18	29	25	1.98
59124978--59125356	96	3.9	96	85	0	454	26	18	29	25	1.98
59140269--59140312	22	2.0	22	100	0	88	40	22	9	27	1.84
59143892--59144032	42	3.3	42	79	7	115	29	24	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59143960--59144045	44	2.0	43	83	2	109	32	27	13	25	1.94
59148177--59148208	12	2.7	12	95	0	55	6	21	40	31	1.78
59150897--59151053	44	3.7	42	79	9	133	28	28	17	25	1.98
59164865--59164965	27	3.8	27	85	2	141	30	17	16	34	1.93
59164956--59165075	27	4.4	27	85	3	143	39	15	18	26	1.91
59164929--59165075	54	2.7	53	78	8	161	38	15	18	27	1.91
59185103--59185160	30	1.9	30	85	0	80	29	24	5	41	1.76
59196225--59196255	16	1.9	16	93	0	53	87	0	12	0	0.55
59200604--59200878	138	2.0	138	85	6	369	43	10	3	42	1.56
59201660--59201741	34	2.4	34	87	4	121	30	7	19	42	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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