genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.258.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88861504--88861626	55	2.2	55	89	2	185	21	15	31	30	1.95
88867896--88868109	47	4.6	46	74	11	177	29	19	28	22	1.98
88867896--88868069	95	1.8	94	83	3	233	29	21	28	20	1.98
88873176--88873322	40	3.7	40	82	7	190	25	26	22	25	2.00
88878197--88878221	12	2.1	12	100	0	50	24	16	24	36	1.94
88879486--88879638	43	3.6	43	79	5	141	27	16	25	30	1.97
88881976--88882069	6	15.3	6	77	16	95	47	15	18	18	1.82
88881985--88882069	37	2.3	37	93	0	143	48	15	18	17	1.82
88882598--88882907	81	3.8	81	89	2	444	23	19	19	38	1.94
88882598--88882907	27	11.5	27	84	2	336	23	19	19	38	1.94
88885270--88885385	41	2.8	41	74	14	103	19	19	30	30	1.97
88897809--88897981	46	3.8	46	76	15	196	28	30	20	20	1.98
88897816--88897985	91	1.8	93	93	2	299	28	30	20	21	1.98
88905390--88905561	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
88905383--88905558	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
88919798--88919889	47	2.0	45	91	4	148	51	23	6	18	1.70
88920456--88920659	56	3.6	56	91	0	318	33	24	14	27	1.94
88920477--88920683	112	1.8	112	88	0	315	32	25	15	26	1.96
88928453--88928628	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
88928450--88928621	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
88936014--88936189	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
88936011--88936182	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88939093--88939150	30	1.9	30	85	0	80	17	32	22	27	1.96
88948873--88949064	40	4.8	40	89	1	287	24	22	28	23	1.99
88956771--88956962	40	4.8	40	89	1	287	23	22	28	24	1.99
88962278--88962374	49	2.0	49	100	0	194	42	8	18	30	1.80
88967260--88967335	40	1.9	40	83	5	100	31	22	17	28	1.96
88969002--88969327	162	2.0	162	95	0	589	34	17	24	23	1.96
88973276--88973362	42	2.1	42	100	0	174	34	5	18	41	1.74
88980444--88980681	49	4.8	49	85	2	296	26	18	26	28	1.98
88980437--88980668	99	2.3	100	85	2	306	25	18	27	28	1.98
88984478--88984517	22	1.9	20	85	10	53	62	7	7	22	1.47
88984673--88984720	15	3.5	15	72	21	59	64	6	0	29	1.18
88984871--88984997	3	43.3	3	65	16	52	57	3	5	33	1.38
88986862--88987459	44	13.5	44	67	9	225	27	25	17	29	1.97
88986687--88987505	177	4.6	177	85	0	994	28	25	16	28	1.97
88988775--88988837	6	10.0	6	81	10	72	14	1	1	82	0.82
88988774--88988830	14	4.3	14	76	13	66	12	1	1	84	0.79
88988775--88988830	19	2.8	20	86	5	87	12	1	1	83	0.79
88988761--88988836	25	3.1	23	77	15	73	11	3	1	82	0.86
88994243--88994282	22	1.9	22	90	10	66	65	7	5	22	1.38
88994375--88994486	26	4.3	26	74	8	95	59	4	4	31	1.37
88994631--88994755	3	42.3	3	69	15	73	58	2	4	34	1.32
88999943--88999972	4	7.5	4	100	0	60	76	0	0	23	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89007705--89007966	40	6.6	40	91	1	377	24	22	26	27	2.00
89012940--89013061	41	2.9	41	80	10	140	28	14	25	31	1.95
89019425--89019555	68	1.9	68	98	0	253	34	16	16	33	1.90
89033000--89033060	29	2.1	29	96	0	113	24	14	26	34	1.94
89038057--89038416	47	7.6	49	74	11	238	27	18	29	24	1.98
89039461--89039500	21	2.0	21	90	5	64	12	40	27	20	1.88
89040739--89040960	48	4.7	48	73	8	197	30	24	19	25	1.98
89041037--89041062	11	2.4	11	100	0	52	26	26	15	30	1.96
89047556--89047624	35	2.0	35	88	0	102	18	18	26	36	1.94
89051784--89051829	22	2.1	22	84	4	58	47	8	0	43	1.34
89051918--89051957	21	1.9	21	85	10	55	30	20	2	47	1.63
89053345--89053397	19	2.7	19	82	2	70	30	30	22	16	1.96
89062602--89062736	59	2.2	60	79	10	143	44	13	5	37	1.66
89067050--89067457	48	8.7	47	74	15	212	21	29	20	29	1.98
89067050--89067360	94	3.3	94	78	10	307	21	29	19	29	1.98
89070941--89071048	26	4.2	26	84	0	153	32	8	23	36	1.84
89077671--89077776	26	4.1	26	92	0	176	33	6	23	35	1.81
89086580--89086618	21	1.9	20	89	5	60	30	0	28	41	1.57
89088086--89088124	12	3.3	12	96	3	71	33	0	23	43	1.54
89090104--89090165	28	2.2	28	85	5	81	48	1	9	40	1.46
89093890--89094004	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
89093890--89094004	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89095614--89095723	26	4.2	26	96	0	184	36	24	4	34	1.76
89099649--89099763	27	4.3	26	85	5	140	37	23	22	16	1.94
89099649--89099763	54	2.1	54	87	3	160	37	23	22	16	1.94
89099861--89099911	26	1.9	26	88	4	75	31	19	19	29	1.97
89101380--89101475	26	3.7	26	98	0	174	36	25	6	32	1.81
89104835--89104886	26	2.0	26	96	0	95	32	7	25	34	1.84
89108850--89108888	19	2.0	20	90	5	62	41	5	10	43	1.61
89115882--89115992	27	4.1	26	83	10	125	36	22	23	17	1.94
89115882--89115992	54	2.1	54	84	6	145	36	22	23	17	1.94
89119464--89119576	42	2.7	41	77	11	122	30	23	15	30	1.96
89127404--89127442	19	2.1	19	100	0	78	20	7	15	56	1.63
89131096--89131245	64	2.2	65	81	8	167	33	17	28	21	1.96
89131120--89131303	67	2.8	64	80	8	212	30	17	29	22	1.97
89133769--89133801	14	2.4	14	90	10	50	60	0	0	39	0.97
89138074--89138121	20	2.4	20	100	0	96	22	8	47	20	1.77
89146273--89146431	46	3.4	46	83	9	182	27	18	30	23	1.97
89149597--89149646	14	3.5	14	70	24	50	50	8	2	40	1.43
89150479--89150570	18	4.8	19	75	16	66	15	16	7	60	1.56
89150476--89150548	21	3.6	21	80	12	73	16	13	6	63	1.51
89152812--89152871	20	3.0	20	75	4	59	15	16	8	60	1.58
89152793--89152888	40	2.4	40	82	5	104	18	19	7	54	1.67
89160971--89161081	53	2.1	53	93	0	186	45	8	20	26	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89166714--89166773	24	2.5	24	81	7	68	13	23	35	28	1.92
89166731--89166786	24	2.3	25	82	11	64	14	25	32	28	1.94
89167087--89167139	17	3.0	17	76	10	52	33	9	20	35	1.85
89167105--89167168	22	3.0	21	82	12	78	32	4	18	43	1.71
89170098--89170131	15	2.3	15	94	0	59	44	0	44	11	1.40
89171310--89171339	14	2.1	14	93	0	51	46	23	13	16	1.82
89171672--89171697	13	2.0	13	100	0	52	30	7	23	38	1.83
89179624--89179666	23	2.0	21	86	9	59	25	4	0	69	1.07
89179604--89179718	8	13.8	8	69	21	51	23	6	0	69	1.12
89179684--89179758	15	5.0	16	67	20	63	13	6	4	76	1.13
89179684--89179716	16	2.1	16	94	0	57	15	6	0	78	0.93
89182510--89182562	17	3.0	17	76	10	52	33	9	20	35	1.85
89182551--89182592	21	1.9	23	85	9	61	33	0	23	42	1.55
89183055--89183274	42	5.2	41	92	2	242	19	28	30	22	1.98
89183099--89183357	85	3.1	84	79	7	215	20	25	31	23	1.98
89182974--89183583	43	14.4	42	73	10	305	19	25	31	23	1.98
89187054--89187192	43	3.2	42	75	4	143	23	29	29	17	1.97
89187024--89187307	86	3.4	84	81	11	336	18	29	32	20	1.96
89187025--89187341	162	2.0	163	83	5	401	18	28	32	20	1.96
89189058--89189142	25	3.2	25	66	23	66	22	24	16	36	1.94
89188905--89189166	54	4.9	54	84	5	314	22	24	17	35	1.95
89189145--89189266	47	2.6	46	93	2	199	25	26	13	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89191007--89191240	85	2.8	84	78	4	220	17	25	34	23	1.95
89190990--89191230	128	1.9	127	81	4	297	16	24	34	24	1.95
89191093--89191252	85	1.9	85	88	0	239	18	21	36	23	1.95
89191097--89191274	85	2.1	85	82	2	223	17	23	34	23	1.96
89191139--89191374	128	1.8	129	80	2	287	21	25	31	21	1.98
89195941--89196041	41	2.4	43	86	5	143	27	24	19	27	1.99
89218871--89218960	47	1.9	47	86	4	128	24	31	15	28	1.96
89224112--89225122	43	23.7	42	71	12	267	20	30	28	19	1.97
89224322--89224921	85	7.0	84	76	7	316	20	31	28	19	1.97
89224234--89224921	171	4.0	168	75	9	520	20	31	28	19	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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