genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.216.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  216  of  295  ( 35319 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74428680--74428813	54	2.5	53	77	3	146	23	17	23	35	1.95
74430630--74430743	43	2.7	41	76	10	122	27	22	18	31	1.97
74441723--74442007	48	5.9	48	78	0	311	27	26	17	28	1.98
74441727--74442007	96	2.9	95	91	1	445	27	26	17	28	1.98
74443776--74443833	18	3.1	19	76	16	66	36	1	1	60	1.17
74444830--74444856	10	2.7	10	100	0	54	62	0	11	25	1.28
74448000--74448171	93	1.8	93	95	2	310	29	29	20	20	1.98
74447993--74448171	46	3.8	49	77	16	200	29	29	20	20	1.98
74451974--74452125	44	3.5	44	85	7	220	22	21	30	25	1.99
74454430--74454646	49	4.6	47	77	16	200	22	28	20	28	1.99
74458178--74458202	7	3.6	7	100	0	50	12	12	0	76	1.04
74464717--74464937	46	4.7	47	80	10	233	21	28	21	28	1.99
74464717--74464982	94	2.9	92	78	11	265	22	27	21	28	1.99
74465178--74465206	15	1.9	15	100	0	58	44	6	13	34	1.71
74465338--74465394	30	1.9	30	96	0	105	29	24	12	33	1.92
74467217--74467349	49	2.7	48	80	6	151	21	23	23	32	1.98
74468927--74469060	66	2.0	66	98	0	259	36	13	14	35	1.85
74469185--74469277	24	3.9	24	76	16	86	27	21	23	26	1.99
74469348--74469387	20	2.0	21	90	5	64	30	10	17	42	1.82
74470930--74470975	24	1.9	24	81	0	56	54	4	4	36	1.40
74471511--74471709	51	3.9	51	84	3	267	30	25	13	31	1.93
74471745--74471812	24	2.8	24	93	0	109	22	23	17	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74473030--74473107	15	5.1	15	79	4	75	42	10	16	30	1.82
74473033--74473092	31	2.0	30	83	3	75	43	10	16	30	1.81
74478446--74478587	48	2.9	47	80	11	162	33	28	15	22	1.95
74493857--74493909	22	2.4	22	93	0	88	20	22	39	16	1.92
74495919--74496134	45	4.6	47	78	11	178	22	28	18	30	1.97
74500436--74500485	19	2.6	19	100	0	100	16	34	34	16	1.90
74519482--74519527	6	7.5	6	80	4	56	17	6	0	76	1.00
74519482--74519535	18	2.9	19	83	5	74	18	7	0	74	1.05
74525328--74525641	27	11.7	27	76	5	230	39	20	9	30	1.84
74525320--74525477	53	3.0	53	76	3	138	39	20	10	29	1.85
74525374--74525586	80	2.6	81	80	5	209	39	20	8	31	1.82
74525328--74525639	54	5.8	53	79	2	268	40	20	9	30	1.84
74525319--74525639	107	3.0	108	79	4	292	39	20	9	30	1.84
74525622--74525694	27	2.7	27	74	4	67	35	24	10	28	1.90
74525687--74525777	27	3.4	27	82	0	101	31	21	20	25	1.98
74526491--74526550	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
74532665--74533054	192	2.0	192	97	0	744	33	20	11	35	1.88
74537114--74537369	46	5.6	43	73	15	160	24	30	19	25	1.98
74537149--74537363	46	4.7	45	79	9	177	22	30	19	26	1.98
74541482--74541610	44	3.0	43	81	3	170	34	24	16	25	1.95
74542668--74542692	13	1.9	13	100	0	50	48	20	0	32	1.50
74549665--74549784	44	2.8	43	78	6	136	32	27	15	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74551090--74551156	29	2.3	30	84	7	84	47	0	23	28	1.52
74555518--74555542	10	2.5	10	100	0	50	44	0	20	36	1.52
74560077--74560136	27	2.2	27	90	0	93	23	23	21	31	1.98
74566443--74566473	14	2.2	14	94	0	53	32	0	6	61	1.21
74572836--74572989	47	3.3	47	73	17	165	26	20	28	24	1.99
74572836--74573086	94	2.7	94	85	6	323	27	21	27	23	1.99
74572873--74573138	46	5.7	45	73	15	175	28	20	27	22	1.99
74572881--74573132	140	1.8	140	81	6	323	28	20	28	23	1.99
74582383--74582534	27	5.6	27	93	3	232	26	13	28	30	1.94
74582383--74582534	55	2.8	55	93	0	250	26	13	28	30	1.94
74590507--74590656	28	5.4	27	92	4	228	26	13	28	32	1.94
74590507--74590656	55	2.7	55	93	1	246	26	13	28	32	1.94
74594040--74594097	30	1.9	30	85	0	80	37	8	29	24	1.85
74595991--74596140	47	3.3	48	75	18	165	27	20	29	23	1.98
74595991--74596184	90	2.1	93	89	5	297	27	19	29	23	1.98
74596018--74596184	47	3.7	45	77	17	168	25	18	31	23	1.97
74599386--74599519	40	3.3	40	90	0	187	32	25	17	23	1.97
74603907--74604024	46	2.6	46	98	0	227	30	27	19	22	1.98
74605189--74605310	49	2.5	48	93	5	203	27	31	8	31	1.86
74614913--74615068	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
74614912--74615065	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
74614913--74615068	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74614905--74615089	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
74614905--74615089	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
74622792--74622947	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
74622791--74622944	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
74622792--74622947	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
74622784--74622968	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
74622784--74622968	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
74624321--74624444	47	2.6	49	90	3	189	28	12	27	31	1.93
74624404--74624516	42	2.7	43	81	4	140	32	15	23	28	1.95
74625198--74625249	26	2.1	26	83	16	67	46	0	23	30	1.53
74627130--74627259	40	3.3	40	83	2	145	33	24	16	24	1.96
74630216--74630395	51	3.5	51	94	0	306	21	21	29	27	1.99
74637998--74638085	29	3.1	29	95	1	151	29	13	26	30	1.94
74645509--74645603	39	2.4	38	86	6	111	30	25	20	24	1.98
74645527--74645607	39	2.1	39	92	0	135	30	23	19	25	1.98
74653400--74653495	42	2.3	42	80	10	124	27	29	22	20	1.99
74653400--74653521	42	2.9	42	76	9	122	24	27	22	24	2.00
74658314--74658481	27	6.3	26	81	8	178	41	19	15	23	1.89
74658314--74658481	81	2.1	81	84	5	216	41	19	15	23	1.89
74679522--74679559	19	2.0	19	85	10	51	42	2	36	18	1.64
74683985--74684139	43	3.6	43	85	3	222	32	30	24	11	1.91
74684137--74684389	38	6.7	38	89	3	325	29	23	22	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74684137--74684376	75	3.2	74	86	5	322	30	23	22	24	1.99
74684146--74684390	113	2.2	112	85	3	321	28	23	23	24	2.00
74686954--74687012	30	2.0	29	83	9	75	28	33	20	16	1.95
74688522--74688667	71	2.1	71	96	0	265	28	19	21	30	1.98
74698659--74698818	24	6.7	24	95	0	275	39	29	13	18	1.88
74701742--74701956	40	5.5	40	82	8	237	23	23	28	24	1.99
74701742--74701956	118	1.8	118	82	7	276	23	23	28	24	1.99
74708473--74708513	20	2.2	20	86	8	59	58	2	21	17	1.50
74709848--74710061	40	5.4	40	79	8	179	24	23	27	24	2.00
74709845--74710061	119	1.8	119	82	5	278	24	23	27	24	2.00
74713888--74713985	27	3.6	27	81	8	110	30	17	17	34	1.93
74714342--74714407	18	3.7	18	77	0	78	22	22	16	37	1.93
74716001--74716067	24	2.9	23	80	6	73	35	17	20	25	1.95
74723233--74723354	45	2.8	45	83	6	144	31	27	18	23	1.97
74724061--74724098	12	3.2	13	85	14	55	34	0	42	23	1.55
74726538--74726709	93	1.8	93	93	0	299	28	30	19	21	1.98
74726530--74726705	46	3.8	45	80	10	203	29	29	19	21	1.98
74728702--74728777	39	1.9	39	85	15	104	32	19	21	26	1.97
74730405--74730584	40	4.5	39	80	6	175	23	26	25	25	2.00
74738441--74738551	40	2.8	40	83	1	98	25	28	23	22	1.99
74738464--74738607	40	3.6	40	86	3	184	23	26	24	25	2.00
74739794--74739869	38	2.0	38	97	0	143	31	22	13	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74750974--74751017	21	2.1	21	87	8	63	63	2	6	27	1.31
74757342--74757617	47	5.8	49	74	12	227	24	28	17	30	1.97
74757342--74757564	48	4.7	47	77	9	193	23	28	17	30	1.97
74757394--74757610	94	2.3	94	90	0	326	23	27	17	30	1.97
74760177--74760217	15	2.7	15	79	20	50	60	17	7	14	1.55
74763943--74764174	46	4.9	46	73	16	179	23	28	18	28	1.98
74767387--74767632	49	4.9	50	83	2	307	26	19	26	28	1.98
74769456--74769497	21	2.0	21	81	9	50	66	2	16	14	1.35
74770939--74771088	27	5.4	28	92	1	223	26	12	28	33	1.92
74770939--74771088	55	2.7	56	90	3	223	26	12	28	33	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295