genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.168.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57468892--57468933	20	2.2	20	91	4	68	38	4	26	30	1.77
57471821--57471965	42	3.4	44	78	8	120	27	16	26	29	1.97
57471821--57471974	43	3.6	43	77	9	127	26	16	26	30	1.96
57477696--57477771	38	2.0	38	97	0	143	31	11	23	32	1.91
57478960--57479104	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
57487020--57487164	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
57488774--57488842	34	2.1	34	88	2	104	28	26	24	20	1.99
57493844--57493919	38	2.0	38	100	0	152	31	13	23	31	1.93
57495108--57495252	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
57502344--57502561	44	4.8	44	82	8	224	27	18	29	24	1.98
57508644--57508897	46	5.5	45	76	13	168	27	17	29	24	1.97
57508686--57508897	92	2.3	91	82	8	243	27	17	29	24	1.98
57516198--57516390	6	31.3	6	70	18	112	49	13	17	19	1.80
57516264--57516327	25	2.6	25	89	0	101	46	14	18	20	1.83
57516219--57516306	37	2.4	37	82	0	113	48	12	18	20	1.80
57516286--57516368	37	2.2	37	83	8	114	45	15	19	19	1.85
57516330--57516390	25	2.4	25	88	0	95	49	13	18	19	1.79
57516286--57516390	31	3.4	31	74	10	106	47	15	18	19	1.83
57516225--57516390	62	2.7	62	89	2	253	48	13	18	19	1.80
57516512--57516590	27	2.9	27	79	9	88	34	20	24	21	1.97
57516536--57516675	67	2.1	68	89	2	210	30	22	28	19	1.98
57516897--57517165	27	10.0	27	83	4	283	25	21	18	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57516893--57517165	81	3.4	81	85	3	320	25	21	17	35	1.95
57517160--57517316	27	5.8	27	89	0	233	40	8	21	28	1.83
57517149--57517327	81	2.2	80	82	4	232	37	8	22	30	1.85
57517160--57517316	54	2.9	54	93	0	260	40	8	21	28	1.83
57517293--57517492	27	7.4	26	81	5	84	32	8	20	39	1.83
57517366--57517478	54	2.1	54	88	0	145	33	7	21	37	1.82
57517378--57517544	27	6.2	27	89	0	253	32	7	18	41	1.78
57519682--57519727	24	1.9	24	86	0	65	52	13	15	19	1.75
57519697--57519846	6	24.3	6	73	17	121	47	15	18	19	1.83
57519697--57519783	25	3.5	25	84	7	108	47	14	18	19	1.83
57519680--57519845	62	2.7	62	91	2	255	48	15	17	18	1.81
57519706--57519796	37	2.5	37	84	10	80	47	15	18	18	1.83
57519742--57519818	37	2.1	37	90	0	118	48	16	18	16	1.82
57519767--57519846	25	3.2	25	82	5	101	48	16	17	17	1.81
57519965--57520046	27	3.0	27	80	8	94	34	20	24	20	1.97
57519992--57520131	67	2.1	68	89	2	210	30	22	28	19	1.98
57520353--57520594	27	9.0	27	82	3	254	26	21	17	35	1.95
57520349--57520577	81	2.8	80	86	2	280	25	22	17	35	1.95
57520588--57520718	27	4.9	27	89	0	181	41	5	22	31	1.76
57520696--57520919	27	8.3	27	82	5	188	31	8	20	39	1.82
57520585--57520756	81	2.1	82	76	3	177	37	7	21	33	1.82
57520696--57520899	81	2.5	80	80	4	221	32	8	19	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57520751--57520919	27	6.3	27	90	0	248	31	7	19	41	1.78
57524809--57524900	29	3.2	29	92	1	141	29	27	14	29	1.95
57540528--57540654	46	2.8	46	79	13	154	22	20	26	29	1.98
57550369--57550525	43	3.7	42	81	3	170	24	15	24	34	1.95
57553977--57554023	21	2.2	21	96	0	85	40	17	12	29	1.86
57557178--57557390	109	2.0	109	96	0	390	48	7	12	31	1.68
57558998--57559064	25	2.7	25	83	0	89	47	11	19	20	1.81
57559161--57559221	27	2.2	28	82	5	72	36	16	22	24	1.94
57559322--57559385	22	2.9	22	77	9	76	32	20	26	20	1.97
57559888--57559996	54	2.0	54	82	3	130	31	21	16	31	1.95
57559901--57560006	27	3.9	27	82	0	122	27	20	16	35	1.94
57563558--57563612	28	2.0	28	85	0	74	25	21	25	27	2.00
57563762--57563854	27	3.5	27	86	1	107	37	19	21	21	1.94
57563979--57564036	26	2.2	27	84	9	75	25	27	18	27	1.98
57563987--57564049	26	2.4	25	84	10	81	25	26	15	31	1.96
57568775--57568832	30	2.0	30	86	3	82	44	12	8	34	1.72
57574014--57574047	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
57578688--57578789	28	3.6	28	89	0	150	24	35	16	23	1.95
57583694--57583832	49	2.8	50	88	2	217	30	28	16	24	1.97
57584322--57584381	30	2.0	30	87	6	86	28	26	8	36	1.85
57586424--57586456	15	2.1	16	94	5	59	60	15	12	12	1.59
57589161--57589403	49	4.9	49	83	3	297	30	27	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57589265--57589348	26	3.3	26	63	21	68	32	25	16	26	1.96
57589900--57589959	30	2.0	30	87	6	86	28	23	8	40	1.83
57595087--57595155	30	2.3	30	97	0	129	15	20	42	21	1.89
57599617--57599724	40	2.7	40	88	0	153	33	25	17	24	1.96
57604042--57604071	15	2.0	15	100	0	60	26	20	13	40	1.89
57606888--57606929	17	2.5	17	96	0	75	33	9	19	38	1.84
57607182--57607289	41	2.7	40	82	5	128	33	26	15	24	1.95
57616525--57616699	48	3.6	50	81	8	146	27	30	15	26	1.96
57616573--57616747	48	3.7	47	86	5	212	25	32	16	26	1.96
57616616--57616832	45	4.8	45	79	7	174	25	30	17	25	1.97
57620787--57620914	47	2.7	47	85	0	157	32	28	14	24	1.94
57624665--57624698	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
57625733--57625807	28	2.7	28	87	8	116	28	34	13	24	1.93
57627676--57627769	47	2.0	47	93	0	161	24	36	7	31	1.83
57631467--57631641	46	3.8	46	86	1	233	20	25	14	39	1.90
57636933--57636998	28	2.4	28	86	0	87	30	39	9	21	1.84
57650422--57651213	47	16.5	49	94	2	1325	32	8	29	29	1.87
57650422--57651213	145	5.5	145	94	2	1343	32	8	29	29	1.87
57651332--57651410	37	2.1	37	88	0	113	24	20	31	24	1.98
57653945--57654121	46	3.8	46	75	12	182	21	20	28	29	1.98
57653943--57654113	93	1.8	93	91	0	279	21	21	28	29	1.98
57657012--57657192	27	6.5	28	81	7	149	29	28	14	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57657033--57657192	54	2.8	56	80	8	182	28	28	15	27	1.96
57665174--57665324	81	1.9	82	85	4	216	28	28	15	27	1.96
57665148--57665325	27	6.6	27	80	6	171	29	28	15	26	1.96
57670235--57670413	51	3.5	52	88	4	233	26	29	15	27	1.96
57670235--57670413	52	3.5	51	87	4	229	26	29	15	27	1.96
57674849--57674926	24	3.2	24	90	3	113	34	3	41	20	1.71
57676399--57676469	27	2.7	26	83	12	99	19	21	19	39	1.93
57680501--57680630	47	2.7	47	77	16	133	30	28	12	29	1.93
57680534--57680644	49	2.2	51	90	4	172	29	29	12	27	1.93
57685509--57685693	40	4.6	40	79	3	120	25	24	25	23	2.00
57689070--57689482	48	8.6	47	82	4	337	23	29	18	29	1.98
57689068--57689495	96	4.5	95	79	4	376	23	29	18	28	1.98
57689070--57689485	144	2.9	143	81	3	424	23	29	18	28	1.98
57697957--57698164	40	5.2	40	82	7	244	24	21	28	25	1.99
57697961--57698178	79	2.7	78	78	10	228	24	21	28	25	1.99
57699566--57699882	48	6.6	48	83	2	244	23	27	18	31	1.97
57703833--57703859	14	1.9	14	100	0	54	29	3	14	51	1.60
57704472--57704496	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
57708433--57708651	47	4.6	47	73	19	186	28	17	28	24	1.98
57708385--57708554	93	1.8	93	88	1	261	29	19	27	23	1.98
57708388--57708655	97	2.8	94	82	7	260	29	18	27	23	1.98
57712064--57712166	54	1.9	54	84	5	138	34	8	12	43	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57715152--57715190	18	2.2	17	90	4	60	33	15	2	48	1.58
57716692--57716818	46	2.7	48	81	4	152	22	21	25	31	1.98
57727077--57727155	31	2.6	31	80	7	90	39	0	2	58	1.12
57737274--57737346	23	3.3	23	76	5	69	35	1	0	63	1.04
57737298--57737355	20	2.9	19	71	14	55	34	3	0	62	1.12
57737341--57737421	40	2.0	40	85	0	108	24	2	9	62	1.38
57738539--57738689	56	2.7	54	83	8	171	29	33	17	20	1.95
57743613--57743720	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
57747973--57748004	16	2.0	16	93	0	55	25	3	12	59	1.48
57748636--57748767	27	4.9	26	90	5	176	34	21	25	18	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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