genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24580312--24580511	49	3.8	53	79	8	191	39	14	24	23	1.91
24585610--24585677	35	1.9	35	90	0	109	29	14	14	41	1.86
24586274--24586315	18	2.3	19	88	8	61	11	0	16	71	1.14
24591457--24591548	40	2.3	40	88	0	130	25	18	25	31	1.98
24591478--24591573	40	2.4	40	82	0	111	27	16	20	35	1.94
24596506--24596596	25	3.7	25	94	1	139	28	24	21	25	1.99
24597157--24597215	25	2.4	25	83	8	68	11	11	23	52	1.71
24605702--24605754	22	2.4	22	96	0	97	43	3	1	50	1.30
24605715--24605765	22	2.3	22	82	3	57	45	1	1	50	1.24
24606413--24606552	10	14.8	9	72	16	97	62	2	0	33	1.15
24606413--24606536	28	4.4	28	74	17	87	61	3	0	34	1.18
24606408--24606447	20	2.0	20	90	9	64	55	2	0	42	1.13
24606458--24606507	21	2.4	22	84	15	63	56	2	0	42	1.11
24606436--24606542	18	5.8	18	68	22	55	63	3	0	31	1.18
24606941--24606981	19	2.1	20	86	13	59	68	0	0	31	0.90
24615848--24615974	46	2.7	48	85	6	161	23	29	19	27	1.98
24624767--24624794	13	2.2	13	100	0	56	25	21	17	35	1.95
24625184--24625306	61	2.0	61	93	3	212	22	21	13	41	1.89
24628168--24628399	50	4.6	50	83	2	297	24	18	28	28	1.98
24628172--24628353	101	1.8	101	93	0	319	25	19	26	28	1.98
24632606--24632663	25	2.4	25	85	2	91	36	13	25	24	1.92
24633369--24633509	63	2.3	61	85	8	178	41	2	3	53	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24633460--24633530	16	4.2	16	67	19	54	47	0	2	49	1.16
24633414--24633530	24	4.8	24	72	13	87	45	0	3	50	1.24
24633454--24633544	26	3.4	27	75	15	100	46	2	2	49	1.26
24633633--24633726	44	2.1	44	86	7	127	35	26	6	31	1.82
24633708--24633762	16	3.4	16	84	0	74	29	25	7	38	1.83
24640306--24640421	43	2.7	43	88	7	148	33	28	14	23	1.94
24647063--24647364	39	7.7	39	93	0	487	29	30	21	18	1.97
24655260--24655359	40	2.4	44	83	8	127	28	28	16	28	1.97
24657694--24657789	43	2.2	43	83	7	115	26	18	21	33	1.97
24660732--24660962	40	5.8	39	91	1	311	21	23	29	25	1.99
24660732--24660962	120	1.9	119	89	4	358	21	23	29	25	1.99
24664431--24664780	39	9.0	39	93	0	592	22	23	29	24	1.99
24666976--24667027	26	2.0	26	100	0	104	38	15	7	38	1.76
24672027--24672086	26	2.3	27	85	5	79	41	30	11	16	1.84
24679176--24679268	46	2.0	46	100	0	186	51	12	9	25	1.70
24686435--24686551	61	1.9	63	81	10	143	29	22	0	47	1.51
24686583--24686614	11	2.9	11	100	0	64	43	18	0	37	1.51
24686750--24686860	48	2.3	47	86	9	152	36	9	4	49	1.56
24688486--24688528	18	2.4	18	88	0	59	20	25	9	44	1.81
24691962--24692343	126	3.0	126	92	1	622	27	19	18	35	1.95
24697956--24697995	21	1.9	21	94	0	71	35	20	25	20	1.96
24698172--24698211	21	1.9	21	94	0	71	35	20	25	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24697903--24698336	216	2.0	216	96	0	807	34	15	26	23	1.94
24699997--24700091	48	2.0	48	91	0	154	43	5	15	35	1.70
24701652--24701706	16	3.4	16	92	0	92	23	18	40	18	1.91
24705554--24705690	6	22.3	6	70	18	95	48	13	18	18	1.80
24705563--24705681	43	2.7	43	83	6	134	48	13	19	18	1.80
24705581--24705690	31	3.5	31	81	7	118	48	13	19	19	1.81
24705809--24705868	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
24705836--24705981	71	2.1	71	93	0	247	32	21	26	19	1.97
24706199--24706256	27	2.1	28	78	9	66	31	20	20	27	1.98
24706207--24706277	27	2.6	27	88	0	97	26	23	19	29	1.98
24707049--24707073	10	2.5	10	100	0	50	48	0	0	52	1.00
24707041--24707095	25	2.2	25	78	9	60	52	1	0	45	1.11
24732945--24733013	35	2.0	35	100	0	138	37	23	2	36	1.70
24733134--24733233	49	2.0	49	98	0	191	36	18	4	42	1.69
24733507--24733644	69	2.0	69	98	0	267	28	27	10	33	1.90
24739713--24739767	29	1.9	29	85	3	76	36	27	18	18	1.94
24742271--24742451	48	3.8	48	78	7	197	19	19	27	33	1.97
24748066--24748126	30	2.0	30	90	0	95	29	24	8	37	1.84
24754790--24755010	40	5.6	40	87	4	297	26	28	22	22	1.99
24757470--24757511	12	3.4	13	80	9	52	21	35	30	11	1.90
24758052--24758145	49	1.9	49	95	0	170	23	25	7	43	1.79
24758710--24758853	72	2.0	72	98	0	279	40	23	4	30	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24759715--24759756	20	2.1	20	100	0	84	28	26	0	45	1.54
24759928--24760197	47	5.8	46	72	12	176	21	30	21	27	1.98
24766246--24766445	102	2.0	102	91	0	328	35	16	12	36	1.86
24771388--24771543	43	3.6	43	76	11	167	26	19	25	28	1.99
24771384--24771543	86	1.9	86	84	7	218	26	19	25	28	1.99
24780676--24780745	3	25.3	3	72	21	55	64	1	2	31	1.17
24780674--24780743	16	4.1	16	74	16	52	65	1	2	30	1.15
24780679--24780750	36	2.1	34	86	5	99	63	2	2	30	1.22
24780673--24780746	14	5.5	13	74	16	62	64	1	2	31	1.15
24780754--24780794	21	1.9	22	85	5	57	65	14	7	12	1.45
24788773--24788881	40	2.7	40	91	0	182	25	23	26	23	2.00
24788773--24788914	40	3.6	39	85	4	178	27	23	26	23	2.00
24793075--24793150	23	3.3	23	96	0	143	31	26	21	21	1.98
24800413--24800488	23	3.3	23	96	0	143	31	26	21	21	1.98
24801995--24802076	26	3.2	26	92	0	137	31	7	25	35	1.84
24803684--24803824	27	5.2	26	85	10	185	17	24	23	34	1.96
24803684--24803824	54	2.6	53	93	2	228	17	24	23	34	1.96
24803684--24803842	27	5.9	27	82	11	184	18	24	22	34	1.96
24807549--24807769	40	5.6	40	84	6	281	26	28	22	23	1.99
24809922--24809968	23	2.0	23	95	0	85	53	4	14	27	1.60
24811710--24811834	46	2.7	45	85	8	162	45	2	8	43	1.48
24812064--24812107	22	2.0	22	95	0	79	34	13	20	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24812249--24812303	20	2.9	19	81	7	60	27	14	18	40	1.89
24812249--24812305	18	3.0	18	78	14	53	28	14	17	40	1.88
24812806--24812846	19	2.2	19	100	0	82	43	14	4	36	1.67
24816542--24816620	41	1.9	41	97	0	149	48	13	6	31	1.68
24821533--24821566	7	4.9	7	100	0	68	14	58	11	14	1.63
24831658--24831710	21	2.5	21	96	0	97	56	16	20	5	1.60
24834825--24834851	13	2.1	13	100	0	54	14	7	7	70	1.32
24836116--24836140	12	2.1	12	100	0	50	16	0	8	76	1.02
24840331--24840396	33	2.0	33	96	0	123	19	9	40	30	1.83
24845222--24846211	247	4.0	247	97	0	1847	45	8	13	32	1.73
24846203--24846228	13	2.0	13	100	0	52	46	7	15	30	1.74
24847905--24847943	21	1.9	20	94	5	69	33	10	25	30	1.89
24848116--24848154	16	2.6	15	88	11	62	53	0	0	46	1.00
24848144--24848206	21	3.3	20	80	14	80	58	0	0	41	0.98
24848128--24848206	28	2.8	27	80	17	90	58	0	0	41	0.98
24848151--24848206	8	7.2	8	80	19	66	58	0	0	41	0.98
24848201--24848231	12	2.5	12	94	5	53	64	0	16	19	1.29
24848249--24848279	16	1.9	16	93	0	53	35	6	0	58	1.24
24849947--24850035	21	4.1	21	84	5	90	53	10	23	12	1.68
24849947--24850015	21	3.3	21	87	2	95	55	8	24	11	1.64
24859042--24859140	33	3.0	33	87	0	144	33	40	8	18	1.80
24863444--24863498	16	3.4	16	92	0	92	34	7	29	29	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24863480--24863573	44	2.1	46	88	4	138	35	5	25	34	1.79
24863702--24863820	12	10.4	11	66	22	50	52	2	0	45	1.14
24863955--24864096	58	2.5	57	83	2	185	52	2	1	43	1.24
24863985--24864121	58	2.4	57	81	7	152	53	3	1	41	1.27
24871211--24871267	29	2.0	29	89	6	89	70	5	0	24	1.08
24873164--24873201	19	2.0	20	89	5	60	34	15	10	39	1.82
24875170--24875255	17	5.1	17	70	1	66	47	20	9	22	1.78
24875170--24875253	34	2.5	34	86	1	116	47	20	9	22	1.78
24876907--24877035	25	5.2	25	84	3	170	35	17	18	28	1.93
24876907--24877061	50	3.1	49	83	5	188	35	18	17	28	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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