genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21201811--21201897	6	14.3	6	81	11	106	17	18	16	48	1.82
21201793--21201865	19	3.6	19	72	16	65	17	20	13	47	1.81
21201777--21201888	43	2.6	43	89	0	161	17	20	15	46	1.84
21207903--21207963	30	2.0	30	87	0	86	39	6	22	31	1.80
21214337--21214395	28	2.1	28	100	0	118	27	22	6	44	1.78
21215639--21215677	19	2.1	19	100	0	78	30	30	10	28	1.90
21222178--21222237	31	1.9	31	86	0	84	26	20	15	38	1.91
21222431--21222575	24	6.0	24	84	8	170	28	20	20	30	1.97
21222451--21222575	24	5.2	24	92	2	207	29	20	19	31	1.97
21222624--21222670	20	2.3	20	96	0	85	34	21	10	34	1.88
21230154--21230213	31	1.9	31	89	0	93	26	20	16	36	1.93
21230282--21230401	24	5.0	24	87	5	172	29	20	20	30	1.97
21230450--21230496	20	2.3	20	96	0	85	34	21	10	34	1.88
21237192--21237221	16	1.9	15	93	6	51	63	3	0	33	1.11
21247804--21247876	21	3.5	21	88	0	110	16	32	31	19	1.94
21253348--21253609	40	6.6	40	90	1	393	25	27	22	25	2.00
21266500--21266761	40	6.6	40	89	1	384	24	26	22	25	2.00
21280435--21280476	21	2.0	21	86	9	59	26	7	23	42	1.80
21281574--21281621	25	1.9	25	83	8	62	43	10	6	39	1.64
21286998--21287221	40	5.6	40	87	3	281	25	27	22	24	2.00
21287028--21287222	81	2.4	80	89	2	291	25	28	22	24	2.00
21290689--21290717	13	2.1	14	93	6	51	13	0	10	75	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21304572--21304746	43	4.1	42	80	9	178	32	28	16	23	1.96
21309519--21309662	27	5.3	27	80	5	139	43	18	17	21	1.88
21309651--21309778	27	4.8	26	77	8	123	25	15	22	35	1.94
21309651--21309779	54	2.4	55	79	7	147	25	16	22	35	1.94
21312212--21312389	27	6.6	27	84	5	198	29	27	14	28	1.95
21320263--21320466	27	7.6	27	85	4	241	29	27	15	27	1.96
21320263--21320465	53	3.8	54	81	6	232	29	28	15	27	1.96
21323886--21323969	43	2.0	43	95	0	150	26	20	27	26	1.99
21327837--21327990	43	3.6	42	79	6	168	29	27	18	24	1.98
21327868--21327977	41	2.6	43	85	4	143	31	27	17	23	1.97
21332779--21332842	24	2.7	24	75	2	67	54	6	4	34	1.46
21338984--21339222	55	4.5	53	78	10	231	36	17	24	20	1.94
21338991--21339191	108	1.8	110	89	4	318	34	17	25	22	1.96
21344810--21345011	86	2.3	86	82	5	230	28	14	24	32	1.94
21344811--21344934	43	2.9	43	96	0	230	27	13	25	33	1.93
21344814--21344977	43	3.8	43	88	1	186	26	15	25	32	1.95
21345635--21345676	22	1.9	22	85	9	59	26	7	23	42	1.80
21345635--21345683	22	2.2	22	82	7	55	24	6	26	42	1.78
21352561--21352590	14	2.1	14	100	0	60	26	13	26	33	1.93
21352584--21352775	43	4.5	43	85	3	244	26	15	26	32	1.95
21356084--21356592	140	3.6	140	83	2	590	27	18	21	32	1.97
21358778--21358817	19	2.2	18	90	4	62	45	12	2	40	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21363451--21363490	19	2.2	18	95	4	71	42	15	0	42	1.46
21364342--21364456	43	2.7	43	82	5	144	29	27	14	27	1.95
21372412--21372465	10	5.7	10	80	12	60	25	35	1	37	1.67
21372412--21372471	9	6.4	9	86	3	57	23	35	3	38	1.71
21376869--21377025	86	1.8	85	82	9	203	22	17	26	33	1.96
21376916--21377025	42	2.6	43	80	1	132	24	17	26	31	1.97
21379213--21379629	210	2.0	210	95	0	753	29	25	14	30	1.95
21381005--21381052	24	2.0	24	100	0	96	37	8	20	33	1.83
21384846--21384953	26	4.2	26	90	0	162	34	22	8	35	1.84
21390956--21390989	13	2.6	13	90	0	50	55	17	0	26	1.42
21414944--21415148	43	4.8	43	79	2	196	26	17	27	28	1.97
21414944--21415148	86	2.4	86	80	3	225	26	17	27	28	1.97
21417600--21417629	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
21419789--21419874	25	3.4	25	91	0	145	30	22	22	25	1.99
21427749--21427880	40	3.3	40	87	3	169	25	26	21	25	2.00
21427730--21427933	40	5.1	40	76	12	165	25	25	22	25	2.00
21439946--21440069	48	2.6	48	89	2	178	28	27	19	25	1.99
21440476--21440505	14	2.2	13	94	5	51	53	13	0	33	1.40
21452780--21452875	28	3.4	28	89	0	147	20	13	35	30	1.91
21453192--21453478	27	10.7	27	78	10	275	39	19	10	30	1.86
21453192--21453480	81	3.6	81	83	5	354	38	19	11	30	1.87
21453322--21453518	27	7.3	27	83	7	154	37	17	14	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21454576--21454610	18	2.0	18	88	5	54	40	8	20	31	1.82
21482611--21482836	48	4.8	48	77	8	250	28	26	19	25	1.98
21484965--21485036	5	15.4	5	85	9	66	2	9	2	84	0.82
21484958--21485036	1	79.0	1	69	0	50	3	8	2	84	0.82
21487709--21487765	3	17.7	3	79	16	53	68	3	1	26	1.15
21487708--21487776	21	3.3	20	77	16	77	69	4	2	23	1.20
21487712--21487780	18	3.5	18	71	21	57	69	4	2	23	1.20
21488683--21488708	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
21498339--21498417	41	1.9	41	97	0	149	53	6	10	30	1.59
21500658--21500758	46	2.2	46	85	7	134	22	30	15	30	1.95
21508771--21508878	22	4.9	22	76	3	83	42	17	23	16	1.88
21511641--21511920	50	5.6	49	78	8	271	33	26	14	24	1.94
21511629--21511920	101	2.9	99	82	4	336	33	26	15	25	1.95
21513959--21514090	27	4.9	27	79	11	146	38	18	10	32	1.85
21513954--21514090	54	2.6	52	84	9	168	37	19	10	32	1.87
21513962--21514090	53	2.4	54	84	7	165	39	18	10	31	1.84
21517857--21518028	27	6.3	27	77	9	136	42	18	6	33	1.75
21517909--21518007	28	3.5	30	78	8	86	45	16	5	33	1.69
21517953--21518014	30	2.1	30	84	0	79	48	11	4	35	1.60
21517882--21518041	57	2.8	58	82	8	154	43	16	7	32	1.76
21518010--21518068	27	2.2	27	87	3	84	38	15	16	28	1.89
21518759--21518826	27	2.6	27	76	2	66	23	17	27	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21521182--21521332	40	3.8	39	78	10	112	23	20	28	27	1.99
21521235--21521364	40	3.2	40	87	2	190	23	19	27	29	1.98
21521262--21521410	40	3.8	38	79	11	122	25	21	28	24	1.99
21532772--21532836	22	3.0	21	78	13	69	33	23	23	20	1.97
21532980--21533100	41	3.0	41	87	7	174	28	28	22	20	1.99
21533358--21533709	27	13.0	27	75	6	194	30	8	18	42	1.80
21533340--21533709	54	6.8	55	74	9	244	30	8	19	41	1.81
21533340--21533727	81	4.8	81	74	8	279	30	8	19	41	1.81
21533665--21533726	26	2.3	26	88	2	88	30	6	20	41	1.78
21533723--21533789	27	2.5	27	82	0	80	26	17	13	41	1.87
21541750--21541861	27	4.1	27	82	7	129	16	24	23	36	1.94
21541750--21541861	54	2.1	54	86	3	154	16	24	23	36	1.94
21548227--21548269	22	2.0	22	85	0	59	6	23	2	67	1.27
21548849--21548955	27	3.9	27	80	9	119	15	25	21	37	1.93
21548849--21548958	54	2.0	53	84	6	141	15	25	20	38	1.92
21562459--21562935	47	10.1	47	94	1	742	31	10	30	28	1.90
21562459--21562979	187	2.8	188	88	1	776	31	9	30	28	1.89
21563097--21563175	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
21565025--21565169	43	3.4	43	97	1	274	23	15	34	26	1.94
21565151--21565224	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
21565537--21565692	40	3.9	40	85	0	195	23	23	28	25	1.99
21569191--21569262	22	3.2	22	63	18	58	29	11	31	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21569148--21569623	47	10.1	47	95	1	787	31	9	30	28	1.89
21569785--21569863	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
21572206--21572389	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
21572206--21572386	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
21572287--21572436	40	3.8	38	80	8	122	24	22	28	24	1.99
21580103--21580286	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
21580103--21580283	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
21580184--21580333	40	3.8	38	80	8	122	24	22	28	24	1.99
21584171--21584207	15	2.5	15	95	0	65	56	13	16	13	1.67
21587938--21588182	50	4.9	50	77	5	237	28	28	18	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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