genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.208.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71411819--71411972	47	3.3	47	93	0	272	29	29	7	33	1.84
71413822--71413846	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
71415421--71415459	17	2.2	18	86	4	53	43	0	41	15	1.46
71419217--71419249	16	2.1	16	94	0	57	57	18	9	15	1.63
71421723--71421796	28	2.6	28	85	4	87	22	31	17	28	1.97
71428649--71428762	47	2.4	47	85	2	140	28	22	13	35	1.92
71428649--71428738	24	3.8	23	77	4	99	27	22	13	36	1.91
71428718--71428761	23	1.9	23	85	0	61	25	25	15	34	1.95
71433693--71434344	49	13.6	49	93	2	1026	33	8	28	28	1.87
71433857--71433932	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90
71433693--71434344	145	4.5	145	93	1	1064	33	8	28	28	1.87
71436471--71436544	37	2.0	37	86	5	105	31	18	25	24	1.98
71436598--71436904	40	7.7	40	92	1	474	24	21	28	25	1.99
71440344--71441007	49	13.6	49	91	4	1042	33	8	29	28	1.87
71440344--71441007	145	4.5	146	91	5	1029	33	8	29	28	1.87
71440344--71441007	194	3.4	194	93	4	1138	33	8	29	28	1.87
71440760--71440952	57	3.7	56	91	8	247	32	9	29	28	1.88
71440344--71441007	96	6.8	103	91	5	921	33	8	29	28	1.87
71440817--71441007	94	2.0	95	87	2	276	31	9	31	27	1.88
71446771--71446873	43	2.4	44	90	3	156	29	20	18	32	1.96
71454084--71454134	20	2.5	20	90	0	75	33	7	17	41	1.79
71456193--71456435	23	10.6	23	79	7	269	22	20	24	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71456178--71456435	46	5.6	46	93	1	385	22	20	24	32	1.98
71459231--71459297	35	1.9	35	100	0	134	25	26	8	38	1.85
71462850--71463038	38	4.9	38	89	1	261	31	26	21	20	1.98
71470595--71470745	38	3.9	38	87	1	203	31	26	21	20	1.98
71472336--71472480	40	3.6	40	97	0	272	21	27	22	28	1.99
71477274--71477448	40	4.4	39	87	2	154	22	27	21	28	1.99
71477313--71477455	40	3.6	40	93	0	250	22	27	21	28	1.99
71479113--71479434	27	11.9	27	85	0	347	26	14	18	41	1.88
71483149--71483378	27	8.5	27	80	3	176	26	14	17	40	1.89
71483153--71483349	81	2.4	82	82	6	240	27	16	17	38	1.92
71483149--71483352	54	3.8	54	82	3	212	27	16	17	38	1.91
71484550--71484673	39	3.2	39	88	6	162	25	26	22	25	2.00
71484559--71484690	40	3.3	40	88	5	187	25	25	21	27	2.00
71492482--71492595	38	3.0	38	97	0	219	32	12	23	31	1.92
71493780--71493924	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
71497861--71497948	6	14.3	6	73	17	74	47	14	18	19	1.82
71497870--71497948	31	2.5	31	91	0	122	48	13	18	18	1.81
71498368--71498732	27	13.6	27	84	4	450	25	19	21	34	1.96
71498634--71498745	27	4.2	26	73	15	84	27	12	24	35	1.91
71498737--71499275	27	19.8	27	76	7	338	38	8	21	31	1.83
71499292--71499376	27	3.2	25	77	12	80	30	8	21	40	1.82
71508462--71508639	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71508483--71508638	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
71511301--71511425	46	2.7	46	92	0	205	21	20	26	31	1.98
71514051--71514114	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
71514308--71514424	23	5.0	23	84	6	146	31	20	21	26	1.98
71514476--71514514	20	2.0	20	100	0	78	30	20	12	35	1.90
71514477--71514521	20	2.2	20	92	0	72	31	22	13	33	1.92
71521844--71521979	39	3.5	39	87	1	164	24	26	22	27	2.00
71521867--71521998	40	3.3	40	91	1	185	25	24	23	27	2.00
71527704--71527780	38	2.0	38	100	0	154	42	12	10	33	1.77
71532835--71532976	40	3.6	40	82	8	166	26	23	26	23	2.00
71551226--71551255	13	2.3	13	100	0	60	16	36	0	46	1.47
71553120--71553221	40	2.5	40	88	1	150	17	23	29	29	1.97
71558933--71559030	27	3.5	28	88	5	128	32	28	13	25	1.93
71567216--71567312	28	3.5	28	90	4	135	32	28	12	25	1.92
71573655--71573698	22	1.9	24	86	9	65	40	0	25	34	1.56
71574271--71574317	20	2.3	20	96	0	85	31	19	6	42	1.76
71577236--71577383	43	3.5	42	81	2	170	29	14	24	32	1.94
71578706--71578892	27	7.1	27	77	8	181	35	18	20	25	1.96
71578770--71578811	21	2.0	21	90	0	66	30	26	21	21	1.98
71578722--71578864	75	1.9	75	85	0	196	36	18	21	23	1.95
71578706--71578892	102	1.8	102	85	4	261	35	18	20	25	1.96
71579255--71579295	20	2.0	20	90	0	64	17	17	26	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71579507--71579606	6	16.3	6	72	15	80	19	18	15	48	1.82
71579510--71579580	25	2.8	25	86	0	106	18	19	16	45	1.86
71580557--71580623	32	2.1	32	100	0	134	26	5	23	43	1.77
71581615--71581834	27	8.1	27	85	0	242	36	17	18	26	1.93
71582429--71582559	6	21.3	6	72	16	99	19	19	12	48	1.81
71582429--71582514	25	3.5	25	82	4	113	19	19	13	46	1.83
71582429--71582538	31	3.6	29	73	16	89	20	20	12	47	1.82
71582435--71582557	43	2.8	43	85	3	149	19	19	13	47	1.81
71585579--71585640	26	2.3	27	86	10	92	37	27	8	27	1.85
71585744--71585858	27	4.3	27	82	6	135	20	22	20	37	1.94
71604077--71604235	27	5.9	27	82	12	186	18	25	22	33	1.96
71604074--71604235	54	3.0	54	90	4	240	18	25	22	33	1.96
71604077--71604235	81	2.0	80	85	6	214	18	25	22	33	1.96
71605193--71605233	15	2.6	17	81	14	52	65	0	4	29	1.13
71605560--71605590	12	2.6	12	100	0	62	9	25	51	12	1.70
71646712--71646934	104	2.2	103	92	2	367	17	18	31	31	1.95
71646854--71647003	70	2.1	71	92	1	248	23	16	30	30	1.96
71646964--71647015	26	2.0	26	92	0	86	15	21	34	28	1.94
71656615--71656670	26	2.3	25	84	9	71	33	8	8	48	1.66
71659435--71659476	22	1.9	22	85	0	57	40	0	2	57	1.12
71668617--71668728	37	3.0	37	93	2	181	26	30	19	23	1.98
71668851--71669097	49	5.1	49	88	4	367	28	30	8	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71674605--71674782	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
71674606--71674761	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
71674602--71674782	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
71681206--71681250	9	5.2	9	77	20	51	53	17	2	26	1.56
71681212--71681243	15	2.1	16	94	5	57	62	12	0	25	1.30
71685840--71685873	17	2.0	17	88	0	50	41	17	0	41	1.50
71706549--71706586	20	1.9	20	89	10	60	63	2	5	28	1.30
71706808--71706847	16	2.5	16	95	0	71	55	10	12	22	1.67
71708252--71708284	11	3.0	11	87	12	50	69	0	3	27	1.03
71712177--71712234	22	2.6	22	68	10	55	43	18	22	15	1.88
71712219--71712301	22	3.8	22	79	3	78	43	21	24	10	1.84
71713121--71713159	18	2.2	18	95	0	69	46	0	10	43	1.37
71723138--71723199	32	1.9	32	86	0	88	27	25	14	32	1.95
71723396--71723513	23	5.0	24	90	5	170	29	22	21	27	1.99
71723563--71723629	20	3.3	20	91	0	107	32	19	11	35	1.88
71723563--71723615	11	5.2	11	69	17	51	32	18	13	35	1.90
71731505--71731608	23	4.4	24	89	8	142	30	22	18	28	1.97
71731658--71731724	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
71731658--71731713	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
71733539--71733601	20	3.1	20	69	13	65	33	9	6	50	1.60
71733539--71733601	21	3.0	21	72	4	74	33	9	6	50	1.60
71738504--71738545	21	2.0	21	86	9	59	16	2	23	57	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71738889--71738931	20	2.2	20	84	8	54	39	16	2	41	1.61
71742830--71742898	28	2.5	28	87	0	102	34	10	26	28	1.89
71752097--71752124	9	3.1	9	100	0	56	78	0	0	21	0.75
71759772--71759865	44	2.2	44	84	7	122	23	18	26	31	1.97
71759757--71759928	43	4.0	42	68	16	111	23	15	26	34	1.94
71765949--71766049	44	2.3	43	86	8	134	22	17	25	33	1.96
71768215--71768384	93	1.8	92	92	1	286	21	20	28	28	1.98
71768219--71768389	46	3.7	46	79	11	197	22	20	28	29	1.98
71775789--71775961	46	3.7	46	79	10	199	21	20	27	30	1.98
71775786--71775956	93	1.8	93	92	0	288	21	21	28	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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