genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.226.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77910961--77911184	117	1.9	117	91	1	369	24	20	25	30	1.99
77910961--77911184	39	5.7	39	88	4	335	24	20	25	30	1.99
77912923--77913016	28	3.2	27	72	19	80	25	25	23	25	2.00
77912923--77913026	33	3.3	32	73	23	96	25	24	23	26	2.00
77920203--77920246	19	2.3	19	92	0	70	22	2	9	65	1.32
77928804--77928846	15	3.0	15	80	10	54	13	0	37	48	1.43
77931829--77931882	13	4.2	13	90	0	90	9	33	29	27	1.88
77931829--77931890	26	2.4	25	86	7	88	8	32	32	27	1.86
77947249--77947355	43	2.5	42	81	3	133	32	28	17	21	1.96
77950022--77950055	17	2.0	17	88	0	50	70	0	0	29	0.87
77950822--77950857	14	2.6	14	95	0	63	58	0	8	33	1.28
77955002--77955079	20	3.9	20	73	18	65	15	2	34	47	1.59
77956391--77956430	21	1.9	21	84	0	53	55	5	0	40	1.22
77959257--77959318	28	2.2	28	82	8	72	38	1	30	29	1.67
77959799--77959966	43	3.9	43	83	2	196	27	14	23	34	1.93
77961794--77961950	43	3.6	44	73	13	139	24	19	25	30	1.98
77969250--77969408	43	3.7	43	69	15	114	22	22	25	29	1.99
77972590--77972699	40	2.8	40	95	0	193	26	26	23	23	2.00
77972681--77972718	19	2.0	19	100	0	76	26	21	26	26	1.99
77972641--77972758	59	2.0	59	98	0	227	27	24	23	24	2.00
77972700--77972871	40	4.3	40	96	1	258	25	29	24	20	1.99
77972605--77972792	99	1.9	99	97	0	358	26	27	23	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77975853--77975918	33	2.0	33	100	0	132	15	24	33	27	1.95
77976918--77977072	43	3.6	43	78	9	165	32	25	17	23	1.96
77984401--77984559	43	3.7	44	82	3	180	28	15	23	32	1.95
77989797--77989972	46	3.8	46	79	11	207	21	21	28	28	1.98
77989794--77989964	93	1.8	93	92	2	290	21	21	28	28	1.99
77993602--77993752	43	3.5	43	77	5	144	28	15	23	33	1.95
78003669--78003840	93	1.8	93	86	2	247	21	17	29	31	1.96
78013349--78013444	48	2.0	48	100	0	192	31	4	25	39	1.74
78024704--78024835	48	2.8	48	85	2	176	25	15	30	29	1.95
78026603--78026730	43	3.0	43	77	11	127	32	29	16	21	1.95
78032122--78032241	43	2.8	43	86	7	172	29	27	20	23	1.98
78037907--78038083	40	4.4	40	85	4	234	25	27	22	23	2.00
78045919--78046086	40	4.2	40	83	3	223	27	27	21	23	1.99
78047903--78048054	73	2.1	73	98	0	295	38	6	26	28	1.81
78051216--78051409	48	4.0	48	92	1	309	24	17	30	27	1.97
78051224--78051435	48	4.4	48	87	7	281	27	16	29	26	1.97
78055852--78055990	43	3.2	43	78	10	151	35	23	13	28	1.92
78076822--78076875	27	2.0	27	85	0	72	42	11	11	35	1.76
78087623--78087670	25	1.9	25	91	0	78	20	20	18	39	1.92
78090784--78090822	19	2.1	19	100	0	78	51	15	0	33	1.44
78092949--78092993	20	2.2	20	84	8	54	17	8	0	73	1.08
78092963--78093000	20	2.0	20	84	5	51	21	2	0	76	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78098758--78099071	27	11.6	27	84	0	385	40	19	8	31	1.82
78099055--78099126	27	2.7	27	84	4	101	38	20	9	30	1.85
78098758--78099072	54	5.8	54	89	1	479	40	19	8	31	1.82
78098758--78099124	108	3.4	105	84	5	396	39	19	8	31	1.83
78099172--78099385	27	8.0	27	89	3	279	35	19	20	24	1.95
78099172--78099385	80	2.7	80	87	1	284	35	19	20	24	1.95
78099162--78099385	107	2.1	108	85	0	306	37	18	19	24	1.94
78099630--78099680	27	1.9	26	84	4	66	21	25	17	35	1.95
78099804--78099971	6	27.2	6	70	16	112	18	18	14	48	1.81
78099831--78099959	19	6.6	19	73	19	104	18	18	13	48	1.80
78099804--78099867	25	2.6	25	92	0	101	17	18	17	46	1.84
78099822--78099904	37	2.2	37	89	0	130	19	18	15	46	1.83
78099865--78099929	25	2.6	25	92	0	112	20	18	13	47	1.82
78099804--78099959	62	2.5	62	91	0	258	18	18	14	48	1.82
78099890--78099969	37	2.2	37	90	0	124	17	17	13	51	1.77
78104831--78104874	19	2.3	19	84	11	54	70	0	2	27	0.99
78104909--78104949	18	2.3	18	95	0	73	58	0	9	31	1.31
78105261--78105299	21	2.0	20	85	10	53	56	5	2	35	1.35
78105296--78105339	12	3.5	12	82	11	61	63	0	0	36	0.95
78105297--78105339	14	3.2	14	80	12	63	62	0	0	37	0.95
78105350--78105382	16	2.1	16	88	11	50	63	0	9	27	1.24
78107004--78107559	206	2.7	206	92	1	925	28	22	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78111102--78111140	19	2.1	19	85	0	51	17	5	2	74	1.12
78112327--78112397	35	2.0	35	97	0	133	32	21	19	26	1.97
78116594--78116623	11	2.7	11	94	0	51	0	13	0	86	0.57
78122895--78122927	8	4.0	8	96	4	57	84	0	15	0	0.61
78127165--78127266	23	4.3	23	81	13	102	30	17	22	29	1.97
78132797--78132828	16	1.9	17	93	6	57	43	0	12	43	1.42
78134130--78134321	94	2.0	94	97	0	366	23	11	17	46	1.81
78134939--78134977	20	2.0	20	89	0	60	41	7	10	41	1.68
78138821--78139304	49	10.1	49	88	4	727	31	8	30	28	1.87
78138821--78139304	96	5.0	96	96	0	797	31	8	30	28	1.87
78149807--78149858	21	2.5	21	87	0	68	23	17	21	38	1.93
78157982--78158262	48	5.8	48	78	4	271	24	27	19	28	1.99
78157982--78158262	96	2.9	96	89	1	427	24	27	19	28	1.99
78159359--78159548	38	4.9	38	85	2	227	32	25	21	21	1.98
78173704--78173763	30	2.0	30	87	6	86	28	25	6	40	1.80
78183174--78183428	48	5.3	48	92	1	395	23	17	32	27	1.96
78187475--78187641	40	4.2	40	85	4	219	32	23	17	25	1.96
78187475--78187641	81	2.1	80	85	3	219	32	23	17	25	1.96
78193715--78193780	33	2.0	33	85	5	89	36	7	4	51	1.51
78195395--78195579	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
78195396--78195579	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
78195448--78195612	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78203498--78203682	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
78203499--78203682	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
78203551--78203715	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
78208358--78208527	49	3.5	48	73	3	151	29	30	12	28	1.93
78208357--78208537	98	1.8	98	89	0	281	28	30	11	28	1.92
78210140--78210179	20	2.1	19	95	4	71	65	0	5	30	1.14
78214978--78215008	8	3.9	8	100	0	62	64	0	0	35	0.94
78215862--78215890	13	2.1	14	93	6	51	13	13	0	72	1.13
78215862--78215890	7	4.3	7	91	8	51	13	13	0	72	1.13
78215879--78215988	56	1.9	57	87	5	161	29	19	8	43	1.79
78216451--78216550	52	1.9	52	91	4	166	41	13	18	28	1.87
78221662--78221825	42	3.9	42	79	1	193	27	23	15	33	1.95
78226477--78226629	42	3.6	42	83	6	184	28	25	16	29	1.97
78229012--78229062	20	2.5	20	84	6	59	41	9	0	49	1.36
78257011--78257063	27	2.0	27	85	3	72	28	11	20	39	1.87
78258635--78258689	17	3.0	19	72	22	55	63	1	3	30	1.22
78258715--78258755	21	2.0	21	85	0	55	60	2	2	34	1.23
78258876--78258929	10	5.7	10	79	12	53	59	0	3	37	1.15
78263296--78263348	17	3.0	19	71	23	53	64	1	3	30	1.22
78263530--78263579	19	2.7	19	81	12	59	62	0	4	34	1.14
78265978--78266125	48	3.1	48	86	0	206	39	7	22	30	1.82
78267127--78267243	40	3.0	40	84	3	130	22	19	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78267528--78267626	29	3.5	28	74	9	92	23	19	26	31	1.98
78267525--78267635	57	1.9	58	90	1	179	23	18	28	29	1.97
78269249--78269301	27	2.0	27	85	3	72	28	11	20	39	1.87
78270571--78270718	48	3.1	48	89	0	224	38	7	24	29	1.83
78275627--78275797	93	1.8	93	88	0	261	29	27	19	22	1.98
78275626--78275794	46	3.7	45	75	10	162	30	27	19	23	1.98
78283201--78283371	93	1.8	93	89	0	270	28	28	21	21	1.99
78283196--78283368	46	3.7	46	77	10	181	28	27	21	21	1.99
78286281--78286307	9	3.0	9	100	0	54	44	11	11	33	1.75
78289267--78289352	45	1.9	45	87	0	127	43	11	22	23	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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