genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20958170--20958242	26	2.9	25	91	4	119	34	24	15	26	1.94
20958179--20958318	51	2.8	51	73	8	117	33	22	17	26	1.96
20959858--20959914	16	3.8	16	73	21	52	26	0	1	71	0.95
20959940--20959993	25	2.2	25	90	6	83	35	1	0	62	1.06
20963220--20963299	33	2.4	33	93	0	133	41	12	7	38	1.71
20965961--20966044	38	2.2	40	82	8	102	65	10	2	21	1.35
20967010--20967054	22	2.0	22	100	0	90	35	13	22	28	1.92
20973770--20973816	23	2.0	23	87	0	67	36	21	12	29	1.91
20980182--20980225	23	1.9	23	90	0	70	25	0	25	50	1.50
20980189--20980264	38	2.0	38	82	7	91	23	0	26	50	1.50
20980926--20981300	126	3.0	125	82	4	474	35	17	17	28	1.93
20984790--20984832	18	2.4	18	88	0	59	46	6	23	23	1.76
20985413--20985462	7	7.0	7	93	2	82	56	14	4	26	1.56
20986244--20986378	48	2.8	46	82	6	146	54	5	8	32	1.52
20987238--20987295	30	1.9	30	86	6	82	22	32	27	17	1.96
20994613--20994665	4	13.2	4	100	0	106	50	24	0	24	1.49
20995463--20995522	30	2.0	30	90	6	95	23	36	25	15	1.93
21002128--21002272	53	2.8	50	80	10	132	28	33	19	19	1.96
21002158--21002272	53	2.2	53	88	3	178	29	33	19	18	1.95
21007970--21008053	42	2.0	42	100	0	168	28	21	7	42	1.79
21015731--21015819	43	2.1	43	93	0	151	39	21	14	24	1.91
21016525--21016698	49	3.5	49	86	1	267	29	28	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21016525--21016706	99	1.8	99	97	0	346	29	28	17	25	1.97
21025579--21025603	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
21026327--21026635	47	6.6	46	71	12	220	27	19	29	23	1.98
21026897--21026939	19	2.3	19	100	0	86	30	20	11	37	1.89
21026903--21026944	19	2.4	17	88	11	59	28	21	9	40	1.84
21032535--21032559	11	2.3	11	100	0	50	64	0	28	8	1.22
21032842--21032965	63	2.0	63	96	0	230	32	11	12	44	1.77
21033575--21033609	18	1.9	18	88	0	52	42	11	17	28	1.83
21038111--21038239	69	1.9	68	88	1	195	51	4	3	40	1.41
21038104--21038204	20	5.6	18	70	20	61	50	5	1	41	1.38
21040908--21041132	48	4.7	48	83	7	278	27	20	30	22	1.98
21052426--21052745	48	6.7	46	80	8	279	24	29	19	26	1.98
21052425--21052758	144	2.3	142	82	6	379	25	29	19	26	1.98
21056006--21056056	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
21056796--21056970	92	1.9	94	82	8	223	26	20	29	24	1.99
21056843--21056970	48	2.7	49	85	6	174	27	21	29	21	1.98
21056841--21057018	95	1.9	97	83	4	236	27	19	29	23	1.98
21062800--21062929	65	2.0	65	95	3	235	38	16	23	22	1.93
21063329--21063452	46	2.7	47	85	9	166	30	21	28	19	1.98
21063533--21063568	17	2.1	17	100	0	72	25	27	22	25	2.00
21063550--21063596	24	2.0	24	95	0	85	25	21	25	27	1.99
21063986--21064024	20	1.9	21	84	5	53	38	5	12	43	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21070679--21070908	48	4.8	48	80	3	221	25	27	19	27	1.99
21070674--21070912	96	2.5	96	79	5	268	25	28	18	27	1.98
21074972--21075008	3	12.7	3	94	5	67	0	32	0	67	0.91
21075178--21075215	20	1.9	20	89	10	60	34	0	28	36	1.58
21077015--21077130	42	2.7	42	85	10	146	32	25	17	24	1.96
21077049--21077168	44	2.8	43	82	6	127	35	27	16	20	1.94
21079914--21080001	23	3.8	22	85	11	115	35	18	22	23	1.96
21079905--21080007	23	4.4	23	83	13	113	34	16	23	25	1.95
21085693--21085736	23	1.9	23	95	0	79	47	2	11	38	1.52
21085716--21085749	17	2.0	17	94	0	59	55	0	5	38	1.24
21087484--21087510	12	2.2	12	100	0	54	14	7	22	55	1.64
21096391--21096548	68	2.3	70	78	5	169	34	15	29	20	1.94
21096451--21096580	66	1.9	68	82	7	165	33	15	30	20	1.94
21099777--21099826	25	2.0	25	100	0	100	24	12	20	44	1.85
21117156--21117202	20	2.3	20	92	7	78	36	10	19	34	1.86
21117248--21117318	25	2.9	24	87	6	97	25	25	23	25	2.00
21117248--21117331	24	3.4	24	85	8	98	28	22	23	25	1.99
21117540--21117602	30	2.1	31	87	3	92	41	14	20	23	1.89
21119710--21119739	13	2.4	13	94	5	53	60	26	13	0	1.34
21120649--21120687	16	2.4	17	86	4	53	28	7	2	61	1.37
21120632--21120713	17	5.4	16	71	21	61	25	4	2	67	1.23
21120660--21120715	27	2.2	25	87	6	76	23	3	3	69	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21128933--21128970	15	2.4	17	86	8	53	57	26	10	5	1.53
21137439--21137612	46	3.8	43	79	11	159	24	29	18	27	1.98
21137439--21137612	94	1.9	92	86	4	251	24	29	18	27	1.98
21145121--21145234	43	2.7	42	81	1	129	23	16	27	32	1.96
21145195--21145305	51	2.2	51	86	0	150	25	14	27	33	1.94
21147621--21147669	15	3.3	15	85	5	64	14	8	16	61	1.56
21150692--21150805	43	2.7	43	77	1	131	22	15	27	34	1.95
21150775--21150856	43	1.9	43	87	0	119	25	19	28	26	1.99
21151578--21151619	22	1.9	22	81	18	52	42	7	11	38	1.69
21151926--21151963	19	2.0	19	89	0	58	15	21	18	44	1.86
21158863--21158945	31	2.7	31	90	3	125	28	25	14	31	1.95
21159165--21159234	25	2.8	25	88	0	104	25	22	24	27	2.00
21160043--21160120	27	2.9	27	77	11	79	20	19	23	37	1.95
21160161--21160268	27	3.9	27	75	13	85	30	7	18	43	1.77
21160210--21160373	27	6.1	27	79	5	127	28	6	22	42	1.79
21160251--21160406	54	2.9	53	80	5	163	28	9	21	39	1.85
21160249--21160392	27	5.4	27	73	17	79	27	8	23	40	1.83
21160249--21160373	27	4.7	27	84	1	153	28	7	24	40	1.81
21160405--21160602	27	7.3	27	84	2	245	39	8	23	28	1.83
21160405--21160602	81	2.4	81	88	1	272	39	8	23	28	1.83
21160405--21160602	54	3.7	54	87	1	272	39	8	23	28	1.83
21160448--21160622	81	2.2	81	88	0	251	38	8	21	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21163285--21163431	37	4.0	37	90	3	233	26	29	19	24	1.98
21163291--21163442	74	2.1	74	96	0	277	25	29	18	26	1.98
21163578--21163817	48	5.0	48	91	2	381	30	27	6	35	1.83
21163578--21163817	98	2.5	96	90	1	381	30	27	6	35	1.83
21170683--21170711	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
21192817--21193124	27	11.6	27	79	6	258	39	20	8	31	1.83
21192817--21193125	79	3.9	77	80	9	284	39	20	8	31	1.83
21193107--21193181	27	2.8	26	74	8	78	36	21	9	33	1.85
21193161--21193222	27	2.3	27	80	5	72	37	12	20	29	1.90
21193750--21193839	25	3.6	25	70	16	78	20	18	13	47	1.82
21193747--21193881	6	22.0	6	65	15	53	22	17	12	48	1.80
21193784--21193830	19	2.5	19	96	0	85	23	23	8	44	1.80
21195809--21196108	27	11.1	27	83	3	309	38	20	8	32	1.83
21195809--21196037	54	4.3	54	89	1	352	39	20	7	31	1.81
21196155--21196217	27	2.3	27	86	0	90	34	17	20	26	1.95
21196168--21196260	27	3.4	27	73	8	64	23	18	23	34	1.96
21196292--21196330	19	2.1	19	95	0	69	28	0	25	46	1.53
21196481--21196541	31	1.9	32	86	3	88	22	24	16	36	1.94
21196504--21196562	27	2.2	26	84	3	73	25	23	15	35	1.94
21196682--21196791	6	18.0	6	71	14	82	19	18	14	48	1.82
21196694--21196743	19	2.6	19	93	0	82	20	24	12	44	1.85
21198601--21198662	31	2.0	32	84	9	83	22	24	19	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21198862--21198942	6	13.3	6	72	12	67	19	18	14	46	1.83
21198825--21198924	37	2.7	37	84	0	128	20	19	14	47	1.83
21200876--21201135	54	4.8	54	84	3	274	41	19	7	31	1.80
21200896--21201109	81	2.6	80	83	4	259	41	18	7	32	1.80
21200884--21201142	81	3.2	81	83	4	238	40	19	8	32	1.81
21200896--21201136	27	8.9	28	78	7	205	40	19	8	31	1.81
21201074--21201189	27	4.3	27	71	6	83	37	22	9	31	1.86
21201172--21201233	27	2.3	27	80	5	72	35	16	20	27	1.94
21201459--21201608	73	2.0	73	88	1	219	21	26	20	32	1.97
21201755--21201827	31	2.4	31	88	0	101	19	19	13	47	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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