genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9245081--9245330	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
9245425--9245456	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
9245668--9245725	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
9247631--9247714	42	2.0	42	95	0	150	38	23	4	33	1.76
9248646--9248745	50	2.0	50	100	0	200	44	18	6	32	1.74
9254505--9254533	4	7.2	4	100	0	58	24	0	0	75	0.80
9257278--9257323	23	2.0	23	83	4	58	34	21	8	34	1.84
9257298--9257373	33	2.3	33	88	2	116	34	18	11	35	1.87
9263018--9263146	50	2.5	51	88	5	190	34	15	22	27	1.94
9263122--9263270	31	4.8	31	93	3	255	25	19	28	26	1.99
9263299--9263418	47	2.6	46	86	4	161	27	15	27	30	1.96
9263389--9263503	42	2.7	43	89	4	171	30	14	26	27	1.95
9267438--9267465	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
9267464--9267524	3	20.3	3	100	0	122	32	0	32	34	1.58
9279120--9279152	17	2.1	17	88	11	52	72	9	0	18	1.10
9282367--9282399	14	2.4	14	95	5	59	33	9	27	30	1.88
9283945--9284023	34	2.3	34	80	0	86	22	18	30	27	1.98
9284654--9284829	87	2.0	86	98	1	343	43	7	13	35	1.73
9294931--9294970	20	2.0	21	90	5	64	32	5	2	60	1.32
9295023--9295073	13	3.8	13	74	10	50	35	0	0	64	0.94
9295018--9295068	25	2.0	25	85	11	68	37	0	0	62	0.95
9295023--9295078	19	2.9	21	79	12	66	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9295612--9295659	25	1.9	25	82	0	60	60	4	4	31	1.35
9296129--9296191	30	2.1	30	91	5	101	25	4	11	58	1.51
9298270--9298308	16	2.5	16	88	12	55	74	0	0	25	0.82
9298252--9298319	11	6.3	11	75	13	52	67	2	1	27	1.13
9309350--9309521	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
9309343--9309518	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
9312622--9312749	41	3.1	41	91	1	202	37	22	22	17	1.94
9312922--9313021	14	6.9	14	70	8	65	29	1	25	45	1.60
9312933--9313014	21	3.7	21	75	12	83	28	1	26	43	1.62
9312937--9313030	46	2.0	46	95	0	170	30	2	24	42	1.66
9313057--9313108	21	2.5	22	81	9	65	21	0	46	32	1.52
9313057--9313115	21	2.8	20	73	16	57	20	0	45	33	1.51
9313710--9313752	17	2.4	18	80	3	52	25	37	0	37	1.56
9317975--9318017	22	1.9	23	85	4	61	58	4	0	37	1.19
9318072--9318194	43	2.9	42	84	2	156	26	16	25	32	1.96
9318212--9319041	418	2.0	417	98	0	1588	36	12	12	38	1.81
9319610--9319674	31	2.1	31	82	2	78	43	10	12	33	1.77
9319620--9319684	31	2.1	30	85	2	85	38	9	13	38	1.77
9320641--9320668	14	2.0	14	100	0	56	35	14	7	42	1.73
9321142--9321215	38	1.9	38	97	0	139	18	22	25	32	1.97
9321137--9321272	43	3.3	43	81	9	176	25	20	25	28	1.99
9321641--9321737	21	4.6	21	82	10	126	0	48	20	30	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9321714--9321743	15	1.9	16	93	6	53	0	46	16	36	1.47
9327282--9327402	9	13.6	9	69	12	63	33	2	20	42	1.65
9327356--9327587	56	4.2	56	89	5	348	34	0	16	48	1.50
9327356--9327566	113	1.9	112	93	3	361	33	0	17	48	1.51
9327512--9327541	13	2.3	13	100	0	60	36	0	10	53	1.35
9327544--9327574	9	3.4	9	90	0	53	29	0	19	51	1.47
9327981--9328071	36	2.5	37	75	22	104	51	2	9	36	1.47
9329958--9330091	59	2.3	59	85	3	182	36	2	38	21	1.69
9330156--9330690	114	4.7	112	79	9	440	36	23	15	25	1.93
9330146--9330679	229	2.3	228	78	7	530	35	23	15	25	1.94
9331564--9331596	16	2.0	17	94	5	59	15	0	42	42	1.46
9331550--9331644	45	2.1	45	86	3	129	16	0	34	48	1.47
9331651--9331941	41	7.1	41	79	6	266	20	20	21	37	1.95
9331650--9331941	123	2.4	123	82	1	343	20	21	21	37	1.95
9346894--9346976	41	2.0	41	92	0	139	31	25	19	24	1.98
9347990--9348106	62	1.9	59	86	5	162	48	3	5	42	1.42
9348085--9348133	20	2.7	18	77	22	57	51	2	2	44	1.24
9348085--9348182	37	2.6	38	77	17	100	52	3	3	41	1.32
9348117--9348193	37	2.1	37	81	13	88	54	2	2	40	1.28
9348835--9348950	57	2.0	57	100	0	232	35	15	12	36	1.86
9351287--9351386	32	3.0	32	70	15	78	46	7	3	44	1.46
9351294--9351421	69	1.9	68	88	1	193	47	6	3	42	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9355117--9355148	12	2.7	12	95	0	55	25	40	18	15	1.90
9375922--9375956	17	2.1	17	94	0	61	48	14	11	25	1.77
9377332--9377365	9	3.7	9	88	7	50	58	0	0	41	0.98
9378955--9379001	24	2.0	24	83	8	60	8	14	29	46	1.74
9380931--9380961	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
9383221--9383264	19	2.2	20	84	8	54	63	2	2	31	1.19
9390811--9390892	21	4.0	21	80	12	82	42	1	1	54	1.15
9393858--9393926	34	2.0	34	100	0	138	42	2	31	23	1.69
9402877--9402981	31	3.4	32	72	12	94	38	1	6	53	1.38
9405454--9405478	6	4.2	6	100	0	50	16	16	16	52	1.76
9410612--9410703	46	2.0	46	93	4	159	27	8	25	39	1.85
9412705--9412775	33	2.2	33	82	10	83	25	21	25	28	1.99
9421013--9421098	42	2.0	42	95	0	154	32	22	16	29	1.95
9421310--9421490	92	2.0	92	91	2	292	23	17	22	36	1.95
9425092--9425121	14	2.1	14	93	0	51	40	6	10	43	1.64
9425086--9425122	18	2.1	18	89	0	56	40	5	13	40	1.67
9427257--9427328	21	3.2	21	64	21	56	36	11	27	25	1.90
9427410--9427484	24	3.2	24	63	30	61	41	14	25	18	1.89
9427160--9427513	46	7.7	46	91	1	478	40	13	24	21	1.89
9427614--9427643	13	2.3	13	94	0	51	36	0	26	36	1.57
9427811--9427843	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
9453359--9453409	10	4.7	11	78	11	52	31	0	1	66	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9453788--9454081	146	2.0	146	82	2	358	36	15	21	26	1.93
9453884--9454286	208	1.9	208	96	0	743	40	15	20	23	1.91
9454877--9454921	23	2.0	23	95	0	81	26	11	15	46	1.79
9458442--9458471	12	2.5	12	88	0	51	56	3	0	40	1.16
9458465--9458518	15	3.5	15	76	11	56	59	1	5	33	1.31
9458464--9458527	32	2.0	31	84	3	83	62	1	4	31	1.25
9459453--9459772	89	3.6	89	75	14	250	37	19	8	34	1.83
9459851--9459938	10	8.5	10	70	10	52	69	0	5	25	1.10
9459850--9459890	10	3.7	11	87	9	57	80	0	2	17	0.82
9459850--9459899	11	4.5	11	79	18	50	80	0	4	16	0.87
9459847--9459906	22	2.8	20	78	14	66	75	0	6	18	1.02
9459894--9459938	21	2.2	20	88	4	63	62	0	6	31	1.21
9459892--9459938	20	2.3	20	89	7	69	61	0	6	31	1.21
9459909--9459947	19	2.0	20	85	5	53	56	2	2	38	1.27
9460132--9460170	20	2.0	20	89	0	60	28	2	2	66	1.18
9460191--9460264	10	7.6	10	66	22	50	29	2	0	67	1.04
9460190--9460262	19	3.8	20	75	17	73	30	2	0	67	1.05
9460229--9460274	19	2.4	19	88	3	65	41	0	0	58	0.98
9460230--9460302	29	2.5	29	78	8	78	36	1	1	60	1.14
9460380--9460562	90	2.0	91	84	3	235	33	8	20	38	1.82
9460734--9460759	6	4.3	6	100	0	52	30	0	0	69	0.89
9467763--9467811	19	2.6	19	83	0	62	57	2	8	32	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9485434--9485458	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
9489636--9489707	37	1.9	37	81	10	85	43	18	0	38	1.50
9490460--9490492	13	2.5	13	95	0	57	0	18	0	81	0.68
9490545--9490601	5	11.4	5	100	0	114	59	0	0	40	0.97
9494912--9494965	27	2.0	27	82	10	67	37	1	0	61	1.07
9496724--9496762	19	2.0	20	85	5	53	58	7	0	33	1.26
9496702--9496762	29	2.2	27	82	11	70	55	4	1	37	1.31
9498183--9498258	9	8.3	9	73	13	50	43	2	1	52	1.23
9501134--9501202	34	2.0	34	94	0	120	44	14	11	28	1.80
9501902--9501937	4	9.0	4	100	0	72	75	0	25	0	0.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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