genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.105.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33877774--33877869	49	2.0	49	100	0	192	27	9	30	33	1.88
33881853--33881922	28	2.6	27	86	2	86	28	20	28	22	1.98
33881798--33881949	55	2.8	53	81	4	178	28	16	27	26	1.97
33881799--33881954	27	5.7	27	78	6	145	28	16	28	27	1.97
33883895--33883949	5	11.2	5	79	11	60	76	0	3	20	0.94
33883868--33883949	21	3.5	25	78	18	79	71	0	6	21	1.07
33898696--33898809	56	2.0	56	84	0	147	49	13	15	21	1.79
33906757--33906847	46	2.0	46	84	0	119	27	30	6	35	1.82
33906864--33906939	22	3.3	22	66	28	59	23	27	13	35	1.92
33906861--33907168	47	6.6	47	92	0	436	25	27	11	34	1.91
33917569--33917702	37	3.6	37	92	0	214	24	29	19	26	1.98
33917843--33918180	48	7.0	48	95	0	586	31	26	6	35	1.81
33922889--33922933	22	2.0	24	82	8	58	37	22	0	40	1.54
33922883--33922933	23	2.2	23	82	10	59	37	21	0	41	1.54
33923305--33923337	10	3.2	10	95	4	57	0	18	0	81	0.68
33923298--33923339	17	2.5	17	84	7	50	0	21	0	78	0.75
33923375--33923408	17	2.1	16	88	5	50	2	14	5	76	1.09
33923397--33923447	14	3.6	14	76	7	50	17	13	0	68	1.21
33923597--33923633	14	2.4	17	86	13	53	51	0	0	48	1.00
33928966--33929065	51	2.0	50	92	2	164	29	24	16	31	1.96
33929089--33929183	28	3.5	28	80	11	126	27	23	13	35	1.92
33930775--33930879	53	2.0	53	88	0	156	19	25	19	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33948290--33948390	51	2.0	51	94	0	175	29	27	12	29	1.93
33948414--33948532	52	2.3	52	91	0	193	27	23	12	36	1.91
33948414--33948529	24	4.4	28	79	15	140	27	24	12	36	1.91
33949648--33949680	17	1.9	17	93	0	57	51	15	9	24	1.72
33951671--33951826	67	2.4	66	81	6	185	28	16	32	22	1.96
33964159--33964360	27	7.6	27	86	4	230	29	28	14	27	1.95
33964159--33964360	53	3.8	52	83	5	244	29	28	14	27	1.95
33964159--33964359	80	2.5	80	83	4	237	29	28	14	26	1.96
33972017--33972084	27	2.5	27	95	2	118	25	14	27	32	1.95
33972137--33972226	25	3.3	27	80	12	103	25	13	30	31	1.94
34055960--34056160	27	7.5	27	87	3	253	30	27	14	26	1.95
34055960--34056160	80	2.5	80	85	2	251	30	27	14	26	1.95
34059804--34059855	28	1.9	27	84	7	70	28	23	3	44	1.71
34061044--34061068	8	3.1	8	100	0	50	24	24	12	40	1.88
34073941--34074028	43	2.0	43	100	0	176	42	12	22	22	1.87
34077097--34077131	18	1.9	18	100	0	70	34	11	14	40	1.82
34085224--34085299	39	1.9	39	94	0	134	42	10	10	36	1.74
34092990--34093061	34	2.1	35	84	7	94	43	11	25	20	1.85
34095834--34096093	50	5.2	50	83	3	272	30	11	18	39	1.87
34095834--34096093	100	2.6	100	84	3	326	30	11	18	39	1.87
34113455--34113684	40	5.8	40	92	1	336	25	21	28	24	1.99
34121992--34122221	40	5.8	40	92	1	336	25	21	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34123708--34123967	50	5.2	50	81	5	265	30	11	18	39	1.87
34123708--34123967	100	2.6	100	84	4	310	30	11	18	39	1.87
34132583--34132747	42	3.9	42	85	1	213	32	15	23	28	1.95
34132583--34132747	85	2.0	84	87	1	240	32	15	23	28	1.95
34132592--34132766	85	2.1	84	82	3	208	29	16	25	29	1.96
34137709--34137927	48	4.6	48	82	1	242	23	27	21	26	1.99
34137983--34138424	219	2.0	219	97	0	839	34	19	11	35	1.87
34145675--34145941	48	5.6	48	78	5	263	21	28	19	29	1.98
34145639--34145909	96	2.8	96	84	3	339	22	27	19	30	1.98
34145680--34145958	144	1.9	144	84	2	373	22	29	18	29	1.97
34148047--34148122	32	2.3	34	84	11	111	11	40	7	39	1.71
34148057--34148117	32	1.9	32	96	0	113	13	42	9	34	1.77
34151291--34151320	15	2.0	15	93	0	51	0	13	3	83	0.77
34153311--34153340	14	2.1	14	100	0	60	46	6	6	40	1.56
34157139--34157182	14	3.0	14	80	6	52	45	6	0	47	1.29
34165179--34165292	58	2.0	57	89	5	176	22	8	17	50	1.73
34171752--34171830	25	3.2	25	77	16	92	24	20	22	32	1.97
34171712--34171830	50	2.4	49	83	8	141	24	20	20	35	1.96
34176780--34176965	40	4.7	40	88	5	252	24	22	27	26	2.00
34176833--34176998	80	2.1	79	86	5	228	25	20	27	26	1.99
34183763--34183824	30	2.1	30	96	0	115	37	11	22	29	1.89
34183806--34183883	39	2.0	40	87	2	113	33	15	28	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34190221--34190511	40	7.3	40	94	0	465	24	20	28	26	1.99
34194537--34194587	18	2.8	19	79	8	70	37	19	21	21	1.95
34194821--34194876	23	2.4	23	80	14	62	42	21	12	23	1.86
34194959--34195026	27	2.5	27	86	9	93	20	17	17	44	1.87
34195018--34195307	27	10.7	27	85	1	357	35	15	16	32	1.91
34195018--34195307	81	3.6	81	87	1	402	35	15	16	32	1.91
34195018--34195307	54	5.4	54	92	0	427	35	15	16	32	1.91
34196734--34196785	12	4.3	12	77	0	50	21	50	0	28	1.49
34196734--34196785	24	2.2	24	82	6	61	21	50	0	28	1.49
34209207--34209378	46	3.7	45	75	10	186	30	27	20	21	1.98
34209212--34209382	93	1.8	93	91	2	281	30	28	20	21	1.98
34212915--34213122	27	7.7	27	81	2	213	25	18	19	36	1.94
34212916--34213122	81	2.6	80	83	3	238	26	18	18	36	1.94
34231601--34231659	29	2.0	29	100	0	118	35	20	6	37	1.79
34235451--34235518	24	2.8	25	79	4	84	27	17	22	32	1.96
34238960--34239171	12	17.2	13	67	24	88	61	1	2	34	1.19
34239026--34239077	20	2.7	20	81	3	61	65	1	5	26	1.26
34239014--34239170	28	5.6	28	71	21	82	64	1	2	31	1.18
34239103--34239169	18	3.7	19	75	15	61	68	2	0	28	1.04
34239206--34239253	14	3.4	14	74	5	51	60	2	2	35	1.20
34239416--34239473	30	1.9	30	85	0	80	58	6	13	20	1.58
34241560--34241781	40	5.6	40	85	5	281	24	21	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34241564--34241814	79	3.2	78	78	11	235	25	21	27	25	1.99
34249418--34249634	39	5.6	39	78	10	214	24	21	28	25	1.99
34249418--34249634	76	2.8	77	80	9	221	24	21	28	25	1.99
34249562--34249653	40	2.3	40	76	10	91	26	21	28	23	1.99
34251631--34252211	90	6.4	89	77	15	481	27	27	14	29	1.96
34251647--34252145	181	2.8	179	80	14	514	27	27	15	29	1.96
34251808--34252211	181	2.2	179	81	11	452	27	28	14	29	1.95
34329341--34329528	81	2.3	81	86	0	268	29	23	7	39	1.83
34329337--34329528	27	7.1	27	85	1	242	28	23	8	39	1.84
34329564--34329714	27	5.6	27	81	8	166	41	21	9	27	1.83
34329564--34329712	81	1.8	81	85	8	214	42	20	9	28	1.83
34329726--34329777	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
34330704--34330786	25	3.4	24	85	8	96	27	22	24	25	2.00
34330921--34331054	42	3.2	42	96	0	250	32	14	20	32	1.93
34331078--34331223	31	4.7	31	94	0	249	30	15	25	29	1.95
34334928--34334974	23	2.0	23	100	0	94	34	12	17	36	1.87
34340006--34340050	24	1.9	23	82	13	56	55	17	0	26	1.42
34349867--34350025	43	3.7	43	81	10	200	23	16	26	32	1.96
34349867--34350024	85	1.8	85	85	9	223	24	17	25	32	1.96
34351485--34351602	55	2.1	55	78	9	134	22	26	30	21	1.98
34357115--34357177	27	2.3	27	94	0	108	22	41	22	14	1.89
34368966--34369043	39	2.0	39	97	0	147	20	52	8	17	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34377224--34377249	9	2.9	9	100	0	52	34	34	23	7	1.83
34378621--34378659	12	3.2	12	88	0	60	20	46	0	33	1.51
34379278--34379388	47	2.4	47	85	0	141	31	27	14	27	1.95
34381264--34381356	43	2.2	43	80	5	109	35	24	13	25	1.93
34386998--34387106	37	2.9	37	93	0	182	26	30	19	23	1.98
34387253--34387992	48	15.0	48	89	4	1050	31	25	6	36	1.81
34387253--34387992	298	2.5	290	88	5	1092	31	25	6	36	1.81
34389593--34389777	40	4.6	41	80	7	204	25	22	27	25	2.00
34389649--34389800	79	1.9	79	81	7	184	28	20	25	25	1.99
34391119--34391693	48	11.7	48	90	3	839	32	25	6	36	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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