genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.114.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38880212--38880420	48	4.6	48	80	12	269	30	23	15	31	1.95
38880253--38880451	86	2.3	86	96	0	371	29	25	15	30	1.96
38890861--38891037	40	4.4	40	81	6	209	26	27	22	23	1.99
38900447--38900603	38	3.9	38	71	14	125	31	25	13	29	1.94
38900448--38900659	85	2.5	85	88	1	307	32	22	14	31	1.93
38900576--38900698	48	2.6	48	89	1	194	31	21	15	30	1.95
38902438--38902529	28	3.3	28	96	0	166	33	27	7	31	1.85
38902624--38902712	28	3.2	27	87	7	117	21	22	23	32	1.98
38912885--38913109	40	5.6	39	81	7	188	24	21	28	25	1.99
38912885--38913109	80	2.8	79	82	4	256	24	21	28	25	1.99
38912965--38913142	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	24	1.99
38920396--38920619	40	5.6	39	79	10	193	24	21	28	25	1.99
38920449--38920619	39	4.3	40	84	9	181	23	21	28	25	1.99
38920476--38920654	81	2.3	79	79	8	175	25	21	28	24	1.99
38999511--38999658	27	5.6	26	83	7	140	27	16	27	29	1.97
38999511--38999658	26	5.6	26	81	7	124	27	16	27	29	1.97
38999510--38999683	53	3.3	53	81	9	169	27	15	27	29	1.96
39007550--39007726	27	6.6	26	83	5	185	27	15	28	28	1.96
39007550--39007726	54	3.3	54	82	7	207	27	15	28	28	1.96
39007551--39007705	81	1.9	81	86	5	224	27	16	28	28	1.97
39007547--39007726	81	2.2	81	82	3	220	27	16	27	28	1.97
39007632--39007737	27	3.9	27	86	0	77	26	15	28	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39009603--39009728	19	6.9	19	84	10	183	36	11	15	36	1.84
39009611--39009728	35	3.3	35	93	3	191	36	12	14	36	1.84
39010210--39010267	17	3.6	16	77	17	66	34	1	0	63	1.04
39010203--39010268	17	3.9	17	69	25	50	36	1	0	62	1.05
39010245--39010293	26	1.9	25	83	4	62	36	4	0	59	1.17
39011872--39011898	8	3.4	8	100	0	54	88	0	0	11	0.50
39012395--39012437	3	14.7	3	85	4	52	62	0	37	0	0.95
39013583--39013619	13	2.8	13	95	0	65	43	0	18	37	1.51
39016455--39016587	43	3.1	43	84	2	178	26	12	28	32	1.93
39025133--39025172	21	1.9	21	89	0	62	70	5	2	22	1.19
39026962--39027396	44	9.8	44	67	9	170	29	18	21	30	1.97
39026928--39027374	88	5.0	88	77	6	465	29	17	21	31	1.96
39027324--39027637	143	2.2	143	81	6	377	29	23	17	29	1.97
39028983--39029021	20	1.9	20	84	5	51	7	23	15	53	1.67
39038817--39038920	53	2.0	53	90	3	165	51	8	15	24	1.71
39040506--39040750	49	4.9	49	83	3	310	27	27	20	25	1.99
39040563--39040646	28	3.2	28	68	25	92	27	30	17	23	1.97
39040519--39040750	100	2.3	98	85	2	311	27	27	19	25	1.99
39043476--39043514	15	2.5	15	91	4	60	56	15	12	15	1.68
39046261--39046505	49	4.9	49	81	3	283	27	26	19	26	1.99
39046274--39046505	100	2.3	98	83	4	286	28	26	19	25	1.99
39058177--39058292	44	2.7	43	81	7	144	25	17	26	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39059753--39059974	86	2.6	86	83	0	275	29	28	16	25	1.97
39059754--39059974	43	5.2	43	82	2	239	29	28	16	25	1.97
39062688--39062732	22	2.0	22	95	0	81	57	20	0	22	1.40
39064264--39064351	14	6.0	15	77	6	74	37	0	1	61	1.04
39064276--39064378	7	12.9	8	75	13	72	33	0	2	64	1.09
39064279--39064378	29	3.2	32	78	16	93	33	0	3	64	1.09
39064762--39064804	21	2.0	21	86	0	59	46	32	2	18	1.62
39065871--39066010	40	3.5	40	83	6	153	25	18	19	37	1.94
39068783--39068834	22	2.5	20	85	11	77	50	15	11	23	1.76
39074744--39075102	47	7.6	47	92	2	549	32	8	29	29	1.87
39078304--39078339	16	2.2	16	90	9	56	0	25	0	75	0.81
39080271--39080491	40	5.6	40	86	4	297	26	26	22	24	2.00
39088527--39088746	40	5.6	40	83	5	270	26	25	22	25	2.00
39091924--39091994	33	2.2	33	97	0	133	35	29	7	28	1.83
39096829--39096866	20	2.0	20	94	5	69	0	28	0	71	0.87
39096827--39096859	16	2.0	17	88	5	50	0	30	0	69	0.88
39099848--39099992	48	3.0	47	83	1	173	27	24	20	27	1.99
39101967--39102017	25	2.0	25	100	0	102	15	19	23	41	1.90
39114404--39114451	18	2.7	18	87	6	71	18	2	25	54	1.55
39119317--39119605	145	2.0	145	93	1	490	23	15	25	34	1.95
39121886--39122058	46	3.8	45	74	13	172	32	30	16	20	1.95
39121893--39122065	93	1.9	93	92	0	292	31	30	17	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39122244--39122349	48	2.2	48	94	0	185	48	7	7	36	1.60
39125744--39126081	40	8.5	40	89	1	475	26	26	22	23	2.00
39128670--39128694	13	1.9	13	100	0	50	24	0	12	64	1.27
39133388--39133418	12	2.5	12	94	5	53	67	3	29	0	1.06
39143708--39143821	47	2.4	47	95	2	203	30	30	17	21	1.96
39180519--39180674	56	2.8	54	83	5	170	28	33	17	21	1.96
39186435--39186482	18	2.7	18	86	0	69	25	16	14	43	1.86
39196606--39196742	43	3.2	43	78	8	154	28	24	19	27	1.99
39203894--39204708	409	2.0	409	95	0	1452	34	20	13	31	1.91
39211888--39211955	30	2.3	29	94	2	118	32	26	17	23	1.97
39217985--39218028	20	2.3	20	88	7	65	18	36	36	9	1.82
39219289--39219426	43	3.3	43	82	6	165	32	15	22	28	1.95
39224812--39224995	50	3.7	49	81	4	226	26	16	25	32	1.96
39224812--39224995	99	1.9	100	88	1	280	26	16	25	32	1.96
39230125--39230176	27	1.9	27	84	7	70	48	7	1	42	1.43
39230157--39230200	22	2.0	22	81	0	52	43	2	0	54	1.12
39231640--39231683	14	3.1	14	76	0	52	25	2	4	68	1.20
39237051--39237228	40	4.5	40	90	6	265	23	23	28	24	2.00
39244879--39245096	40	5.5	40	92	2	343	23	23	27	25	2.00
39357432--39357501	25	2.8	25	80	8	72	24	21	24	30	1.99
39358463--39358560	49	2.0	49	97	0	187	25	9	6	59	1.51
39359819--39359975	43	3.7	43	79	5	124	29	14	23	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39362762--39362798	16	2.3	16	90	0	56	40	24	27	8	1.83
39363021--39363086	28	2.4	28	87	5	89	22	18	33	25	1.97
39364643--39364793	28	5.4	28	91	1	214	26	11	27	33	1.92
39367606--39367639	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
39372695--39372794	28	3.6	28	84	0	128	26	34	14	26	1.94
39374957--39375012	16	3.5	16	85	4	78	48	16	23	12	1.80
39375236--39375345	28	3.9	29	77	9	102	27	15	30	26	1.96
39377078--39377254	40	4.4	40	85	5	216	24	27	22	24	2.00
39384265--39384437	40	4.3	40	87	5	226	25	27	24	23	2.00
39401453--39401482	14	2.2	13	94	5	51	60	13	6	20	1.55
39410529--39410562	18	1.9	18	94	5	61	11	23	44	20	1.84
39410970--39411045	39	1.9	39	86	5	109	31	18	22	27	1.97
39414669--39414817	40	3.7	40	89	1	210	23	20	26	29	1.99
39414669--39414842	40	4.3	40	88	1	208	24	22	25	27	2.00
39422667--39422875	80	2.6	80	84	5	255	23	23	26	26	2.00
39422654--39422835	40	4.6	40	89	1	258	24	21	25	27	2.00
39422654--39422875	40	5.6	40	83	6	229	24	23	25	26	2.00
39430234--39430363	47	2.8	48	84	2	156	22	16	26	35	1.94
39433421--39433620	29	6.7	29	71	14	129	37	13	26	23	1.91
39433489--39433618	59	2.2	59	88	0	197	36	12	26	24	1.91
39442302--39442449	43	3.4	43	78	9	142	29	14	23	33	1.94
39443320--39443385	30	2.2	30	94	0	114	13	22	36	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39443587--39443617	11	2.7	12	90	10	55	38	0	0	61	0.96
39445043--39445125	34	2.5	34	84	7	100	30	19	20	30	1.97
39469035--39469258	40	5.7	40	81	7	224	25	28	20	25	1.99
39469190--39469267	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
39476904--39477128	40	5.7	40	83	6	242	25	27	21	25	1.99
39477060--39477137	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
39481584--39481628	20	2.2	21	88	4	65	15	4	0	80	0.87
39483456--39483482	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
39487408--39487437	14	2.1	14	100	0	60	33	20	6	40	1.78
39491704--39491857	42	3.7	41	85	5	202	31	14	24	29	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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