genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.214.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73607205--73607294	42	2.1	42	95	0	162	36	18	12	32	1.88
73607429--73607512	25	3.4	24	77	9	71	27	22	22	27	1.99
73607445--73607511	25	2.7	25	83	4	82	25	23	25	25	2.00
73608445--73608574	27	4.7	27	78	12	122	33	7	16	42	1.77
73608438--73608606	54	3.1	53	81	7	155	34	10	15	39	1.81
73608531--73608626	27	3.6	26	76	4	102	29	8	20	41	1.81
73608658--73608715	27	2.1	27	83	0	71	43	12	18	25	1.85
73611226--73611448	121	1.8	121	82	7	283	30	31	17	20	1.95
73612365--73612457	44	2.1	45	84	6	118	26	20	18	34	1.96
73612428--73612485	29	2.0	29	100	0	116	17	20	20	41	1.90
73612457--73612633	44	4.0	43	85	9	241	27	22	21	28	1.99
73612357--73612573	117	1.9	116	89	0	335	26	22	20	30	1.98
73612931--73612975	21	2.1	21	100	0	90	0	57	17	24	1.40
73613534--73613571	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
73619116--73619154	20	1.9	21	89	5	62	48	12	7	30	1.69
73624297--73624327	15	2.1	15	93	0	53	32	9	0	58	1.31
73624360--73624401	22	1.9	22	90	0	66	40	33	7	19	1.78
73624696--73624747	25	2.1	25	92	0	86	42	21	5	30	1.76
73624906--73624981	39	2.0	38	85	7	102	40	23	5	30	1.77
73625159--73625376	41	5.4	41	91	1	323	20	23	21	34	1.97
73625159--73625376	81	2.7	82	89	2	332	20	23	21	34	1.97
73631478--73631758	9	31.0	9	69	15	125	36	1	16	45	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73631516--73631617	51	2.0	53	90	3	163	35	0	19	45	1.51
73631483--73631634	56	2.7	56	81	14	188	36	0	17	46	1.49
73631661--73631775	27	4.2	28	75	8	112	37	0	14	46	1.51
73631937--73631970	16	2.1	16	88	0	50	55	8	0	35	1.31
73634415--73634581	48	3.5	48	89	0	253	26	29	19	24	1.98
73637684--73637755	27	2.6	28	77	16	69	68	1	6	23	1.22
73647994--73648081	14	6.4	14	73	2	61	46	31	2	19	1.62
73647991--73648081	7	13.1	7	65	6	51	46	32	2	18	1.62
73648349--73648683	155	2.2	156	80	10	366	31	22	14	31	1.94
73654514--73654619	48	2.2	48	93	0	176	33	5	27	33	1.80
73654753--73654824	37	1.9	37	94	0	126	22	20	34	22	1.97
73657820--73657873	27	2.0	27	85	0	72	38	9	12	38	1.76
73658121--73658359	49	4.8	48	80	6	262	24	17	26	31	1.97
73658224--73658307	28	3.2	28	64	25	74	23	15	29	30	1.95
73658122--73658365	99	2.5	99	85	3	312	25	16	26	31	1.97
73661066--73661241	46	3.8	46	81	4	210	21	21	30	27	1.98
73661062--73661233	93	1.8	93	92	0	290	20	21	30	26	1.98
73669657--73669710	27	2.0	27	85	0	72	38	9	12	38	1.76
73669957--73670196	49	4.8	50	82	2	268	24	20	26	28	1.99
73675529--73675561	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
73676629--73676721	28	3.3	28	95	0	159	32	26	9	31	1.89
73676827--73676915	27	3.2	27	84	9	110	20	24	22	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73677379--73677417	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
73680733--73680933	101	2.0	99	86	1	276	29	26	17	26	1.97
73680920--73681071	67	2.3	64	81	7	164	26	28	15	28	1.96
73681737--73681797	30	2.0	30	84	6	79	31	22	6	39	1.80
73684748--73685109	46	7.7	47	75	11	266	23	29	19	27	1.98
73685453--73685487	16	2.2	16	94	0	61	37	11	17	34	1.85
73692386--73692493	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
73699356--73699463	26	4.2	26	88	4	164	36	23	8	32	1.84
73701608--73701674	34	2.0	34	93	0	116	49	4	23	22	1.68
73704860--73704932	30	2.5	30	86	2	103	46	10	19	23	1.81
73712334--73712508	93	1.9	92	83	8	230	24	20	30	24	1.99
73726337--73726394	30	1.9	30	85	0	80	43	8	24	24	1.82
73726598--73726644	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
73726995--73727229	50	4.7	50	77	3	249	25	19	26	28	1.99
73726995--73727177	101	1.8	101	84	0	249	25	19	25	29	1.98
73733459--73733570	27	4.2	26	80	7	125	16	22	23	38	1.93
73733460--73733566	54	2.0	54	87	3	153	16	21	22	39	1.92
73735943--73735967	6	4.2	6	100	0	50	48	0	36	16	1.46
73738633--73738853	46	4.8	46	84	8	279	28	28	20	21	1.98
73744171--73744282	27	4.2	26	82	7	125	16	22	23	38	1.93
73748063--73748220	33	4.8	33	88	0	208	37	10	19	32	1.85
73758028--73758071	15	2.9	15	86	3	52	20	11	15	52	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73760377--73760436	30	2.0	30	83	0	75	40	6	26	26	1.81
73760657--73760703	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
73761052--73761447	50	7.9	50	78	3	418	27	18	24	30	1.98
73761051--73761447	101	4.0	100	80	3	357	27	18	24	29	1.98
73761051--73761443	151	2.6	151	92	0	651	27	18	24	30	1.98
73761646--73761677	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
73766576--73766681	52	2.0	52	96	0	194	26	16	16	39	1.91
73773369--73773463	42	2.3	42	92	0	154	13	44	18	23	1.86
73775456--73775578	28	4.4	28	90	2	176	33	28	12	26	1.92
73783653--73783775	28	4.4	28	90	2	176	33	28	12	26	1.92
73786019--73786238	47	4.7	46	78	8	187	24	30	18	27	1.98
73786017--73786238	93	2.4	92	77	10	227	24	29	18	27	1.98
73800930--73801117	52	3.7	50	77	4	171	25	17	26	31	1.97
73800930--73801117	50	3.7	51	79	2	171	25	17	26	31	1.97
73801035--73801118	26	3.3	26	63	15	66	28	19	23	28	1.98
73801072--73801212	51	2.8	50	78	8	142	28	17	27	26	1.97
73820343--73820394	15	3.2	15	73	19	50	42	0	3	53	1.19
73820432--73820462	16	2.0	16	93	6	55	38	0	0	61	0.96
73820471--73820530	22	2.8	22	85	5	70	50	0	0	50	1.00
73821189--73821255	28	2.4	28	73	11	66	43	2	2	50	1.32
73821315--73821375	18	3.2	19	77	11	63	37	3	3	55	1.32
73821835--73821982	70	2.1	70	85	5	192	31	13	13	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73827181--73827229	16	3.1	16	79	5	55	42	10	10	36	1.73
73827883--73827956	30	2.4	30	82	6	87	29	13	6	50	1.67
73833560--73833604	18	2.4	18	85	10	56	26	2	4	66	1.22
73835044--73835107	31	2.1	30	85	8	85	25	3	10	60	1.44
73838343--73838390	23	2.1	23	100	0	96	45	4	12	37	1.61
73838598--73838708	58	1.9	58	96	0	204	18	21	22	36	1.95
73843846--73843883	20	1.9	20	94	0	67	42	2	5	50	1.39
73845460--73845587	31	4.1	31	83	3	141	17	22	16	42	1.88
73845705--73846288	109	5.3	109	75	9	472	24	27	11	36	1.91
73845819--73846229	58	7.4	57	74	11	230	23	27	11	36	1.90
73845877--73846023	51	2.7	54	85	7	183	24	27	12	35	1.91
73845931--73846120	57	3.3	57	85	2	247	24	25	12	38	1.90
73846103--73846279	51	3.4	50	68	12	147	22	28	11	38	1.88
73850429--73850472	22	2.0	22	95	0	79	18	9	29	43	1.80
73853500--73853535	13	2.8	13	91	0	54	38	2	19	38	1.66
73857003--73857224	44	4.7	46	77	11	186	28	18	29	23	1.98
73859570--73859652	40	2.1	40	100	0	166	34	12	10	42	1.77
73864366--73864426	31	2.0	31	96	0	113	55	6	1	36	1.36
73864367--73864445	31	2.4	31	87	8	104	56	5	2	35	1.35
73867349--73867411	30	2.1	30	90	0	99	55	12	4	26	1.57
73867779--73867814	10	3.0	13	76	23	51	47	16	0	36	1.47
73868183--73868236	16	3.4	16	86	0	81	35	7	29	27	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73868218--73868310	43	2.1	43	84	6	114	33	4	26	35	1.76
73881608--73881655	23	2.1	23	100	0	96	47	8	4	39	1.53
73886450--73886536	45	1.9	45	95	4	158	35	21	13	28	1.92
73892785--73892810	6	4.3	6	100	0	52	15	0	84	0	0.62
73898129--73898194	33	2.0	33	100	0	132	18	9	42	30	1.81
73903340--73903392	26	2.0	26	100	0	106	22	11	18	47	1.81
73909544--73909569	13	2.0	13	100	0	52	23	30	7	38	1.83
73911480--73911661	27	6.7	27	86	0	247	30	23	6	40	1.79
73911480--73911661	54	3.4	54	89	0	274	30	23	6	40	1.79
73911693--73911872	27	6.7	27	77	6	168	40	22	7	28	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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