genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.255.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87826302--87826364	13	4.5	15	75	18	64	73	0	11	15	1.10
87826302--87826365	28	2.3	29	86	8	96	73	0	10	15	1.09
87826302--87826367	16	4.7	15	70	22	54	72	0	10	16	1.11
87826318--87826372	28	2.0	28	100	0	110	69	0	12	18	1.19
87846022--87846408	191	2.0	191	97	0	729	40	11	19	28	1.86
87847647--87847673	14	1.9	14	100	0	54	22	29	40	7	1.81
87850068--87850092	8	3.1	8	100	0	50	12	0	12	76	1.04
87854727--87854793	25	2.7	25	74	17	68	2	32	0	64	1.09
87854923--87854953	15	2.1	15	100	0	62	74	19	6	0	1.03
87859998--87860038	21	2.0	21	90	0	64	48	0	2	48	1.14
87863319--87863348	15	2.0	15	93	0	51	30	20	30	20	1.97
87863784--87863816	15	2.2	15	94	0	57	57	9	12	21	1.62
87866591--87866627	13	3.0	13	80	11	51	67	8	0	24	1.17
87874814--87874864	18	2.5	20	81	18	61	47	1	13	37	1.55
87878989--87879024	17	2.1	18	89	5	56	13	36	33	16	1.89
87880920--87881134	21	10.3	21	73	5	114	19	20	16	43	1.88
87880920--87881073	63	2.4	63	81	4	159	20	18	15	45	1.85
87880979--87881117	63	2.2	64	80	5	158	20	20	16	43	1.88
87881085--87881134	19	2.5	21	87	12	70	18	24	18	40	1.91
87882814--87882869	25	2.2	25	93	0	94	32	16	21	30	1.95
87883443--87883562	44	2.8	44	80	12	124	34	23	18	24	1.96
87890337--87890376	21	1.9	21	100	0	80	25	12	27	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87891891--87892036	27	5.5	27	80	7	165	39	19	10	30	1.86
87891883--87892048	54	3.1	53	82	7	185	38	22	10	28	1.87
87892026--87892086	26	2.2	28	85	8	90	36	21	13	29	1.91
87895297--87895344	18	2.7	17	78	15	53	18	50	25	6	1.70
87899679--87899739	6	10.5	6	82	7	65	77	3	0	19	0.91
87899679--87899740	5	11.0	5	80	16	52	75	3	0	20	0.94
87906413--87906526	42	2.7	42	76	10	115	35	22	13	28	1.92
87914279--87914311	13	2.5	13	100	0	66	39	15	0	45	1.46
87914347--87914383	13	2.8	13	91	0	65	13	13	8	64	1.48
87914673--87914755	21	3.8	22	82	6	98	39	25	20	14	1.90
87914843--87914876	18	1.9	18	88	5	52	26	20	0	52	1.46
87916663--87916718	3	18.7	3	100	0	112	67	32	0	0	0.91
87921257--87921296	21	2.0	20	90	5	62	10	37	30	22	1.87
87927476--87927539	24	2.7	24	92	0	101	25	17	32	25	1.96
87930743--87930864	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
87930715--87931220	47	10.6	47	93	2	709	27	29	9	33	1.88
87932428--87932545	56	2.1	56	96	0	218	22	23	10	44	1.83
87934430--87934607	49	3.6	50	81	6	177	30	21	24	22	1.99
87934423--87934607	98	1.9	98	87	3	275	30	21	25	22	1.99
87936256--87936518	46	5.6	45	78	9	203	28	18	29	23	1.98
87936256--87936518	47	5.6	46	77	8	201	28	18	29	23	1.98
87940454--87940517	26	2.4	27	82	5	69	37	20	21	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87947810--87948030	46	4.7	47	78	9	177	31	17	27	23	1.97
87947819--87948030	47	4.5	48	77	9	197	31	17	27	23	1.97
87954262--87954404	27	5.3	27	74	6	110	39	18	8	33	1.80
87954284--87954403	54	2.2	53	80	5	125	39	17	9	34	1.82
87954382--87954578	27	7.3	27	90	0	304	27	23	8	40	1.83
87954382--87954578	54	3.6	54	95	0	340	27	23	8	40	1.83
87954572--87954631	27	2.2	27	81	0	66	43	23	5	28	1.74
87954379--87954622	54	4.5	54	89	0	182	32	22	7	37	1.83
87954382--87954622	81	3.0	81	86	0	230	31	22	7	38	1.83
87954545--87954684	54	2.6	54	81	2	138	40	22	7	30	1.80
87954586--87954714	27	4.8	27	78	0	132	41	20	7	30	1.81
87954696--87954891	27	7.3	27	91	0	302	34	20	22	22	1.97
87955293--87955363	31	2.3	31	92	4	117	18	15	16	49	1.80
87955293--87955405	6	18.3	6	69	21	56	19	17	15	47	1.82
87955337--87955391	25	2.2	25	86	0	74	20	21	12	45	1.84
87962256--87962395	44	3.3	42	79	5	120	32	25	15	26	1.95
87967462--87967492	3	10.3	3	92	0	53	35	0	0	64	0.94
87967677--87967719	20	2.0	22	86	8	63	81	2	13	2	0.89
87968868--87969860	497	2.0	497	98	0	1923	31	9	21	37	1.86
87981142--87981191	18	2.9	17	76	5	55	36	6	30	28	1.81
87987111--87987200	29	3.0	29	76	15	103	33	22	15	28	1.95
87993970--87994015	24	1.9	24	90	0	74	21	10	19	47	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87995213--87995245	2	16.5	2	93	0	57	0	3	45	51	1.16
87995886--87995967	41	2.0	42	85	4	114	20	39	18	21	1.93
88004110--88004172	30	2.1	31	81	3	74	36	9	23	30	1.87
88004501--88004669	46	3.6	45	78	9	171	27	20	29	22	1.98
88004549--88004715	46	3.6	43	77	13	149	25	20	31	22	1.98
88011696--88011755	31	2.0	30	86	3	84	33	13	25	28	1.93
88012093--88012219	47	2.8	45	77	14	134	30	18	26	24	1.98
88017003--88017124	61	2.0	61	98	0	235	30	19	20	29	1.97
88026487--88026682	40	4.9	40	83	9	265	24	28	22	25	2.00
88026487--88026682	80	2.5	80	88	3	313	24	28	22	25	2.00
88028120--88028823	234	3.0	234	99	0	1390	33	23	11	30	1.91
88032001--88032178	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
88032002--88032157	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
88031998--88032178	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
88168490--88168673	79	2.3	81	83	8	227	25	27	22	24	2.00
88168471--88168673	39	5.1	40	81	9	229	24	27	22	25	2.00
88172038--88172122	44	2.0	43	86	4	118	54	3	3	38	1.35
88172058--88172122	20	3.0	20	67	16	58	53	1	3	41	1.25
88184021--88184159	48	2.9	48	88	1	199	30	15	23	31	1.95
88184892--88185100	41	5.1	40	81	4	159	35	18	22	22	1.96
88184947--88185103	41	3.8	41	84	5	174	30	18	24	26	1.98
88185333--88185396	7	9.0	7	77	3	56	25	1	25	48	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88185333--88185389	21	2.6	22	81	10	64	24	1	24	49	1.60
88185349--88185399	15	3.5	15	78	7	61	23	0	27	49	1.51
88191685--88191773	43	2.0	43	82	6	108	26	16	26	29	1.97
88194097--88194149	15	3.5	15	82	5	63	13	15	11	60	1.59
88194093--88194149	30	1.9	30	85	7	80	12	14	15	57	1.65
88206918--88207028	43	2.6	43	81	7	120	28	20	23	27	1.99
88206911--88207028	42	2.8	42	77	8	123	27	20	23	27	1.99
88209170--88209363	50	3.9	48	80	8	192	25	17	28	28	1.98
88213975--88214104	46	2.8	46	88	4	183	30	27	20	21	1.98
88229675--88229848	49	3.5	49	79	1	204	29	24	18	27	1.98
88229669--88229853	99	1.9	99	89	0	289	29	24	18	27	1.98
88233996--88234169	49	3.5	49	77	10	192	29	24	17	27	1.98
88233990--88234174	99	1.9	99	89	0	289	29	24	18	27	1.98
88236735--88236910	46	3.8	44	81	10	183	23	31	17	27	1.97
88237232--88237290	30	2.0	29	83	3	73	27	22	11	38	1.89
88239898--88239929	16	1.9	17	93	6	57	50	34	6	9	1.60
88243228--88243277	21	2.3	22	80	13	59	34	12	22	32	1.90
88252044--88252141	44	2.3	42	82	8	117	23	20	24	31	1.98
88255388--88255444	28	2.0	28	100	0	114	47	21	7	24	1.75
88257329--88257451	42	2.9	42	88	1	174	28	25	16	30	1.96
88257553--88257647	46	2.1	46	97	0	181	40	21	4	34	1.72
88258319--88258344	12	2.2	12	100	0	52	15	7	15	61	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88271266--88271404	29	4.8	29	84	2	156	28	33	12	25	1.93
88291380--88291419	18	2.2	18	86	0	53	37	17	17	27	1.92
88291674--88291714	6	6.5	6	89	10	64	80	2	0	17	0.82
88291651--88291708	20	2.6	22	81	15	66	72	3	0	24	1.00
88291674--88291715	20	2.1	20	90	0	66	80	2	0	16	0.81
88291736--88291810	9	8.3	9	84	0	87	26	10	20	42	1.84
88291736--88291811	27	2.8	27	85	0	98	26	10	19	43	1.83
88294345--88294406	13	4.8	13	83	0	88	32	8	24	35	1.85
88296462--88296671	72	2.9	72	89	2	323	55	15	7	21	1.64
88297100--88297165	18	3.7	18	97	0	123	39	12	13	34	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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