genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28081540--28081584	19	2.4	19	89	10	67	44	8	4	42	1.56
28103850--28104049	55	3.7	53	75	7	188	34	17	24	24	1.96
28103851--28104049	108	1.8	110	85	4	287	34	16	24	24	1.95
28113580--28113640	30	2.0	30	83	0	77	31	22	4	40	1.75
28119754--28119806	16	3.3	16	94	0	97	39	5	33	20	1.76
28119786--28119894	45	2.6	43	83	12	138	32	6	29	32	1.83
28119998--28120030	11	3.0	11	91	8	50	57	0	0	42	0.98
28119975--28120088	20	5.1	21	69	19	79	55	0	0	42	1.12
28119988--28120123	58	2.4	56	85	7	166	54	2	0	43	1.12
28120401--28120552	77	2.0	77	97	0	286	40	9	7	42	1.66
28123020--28123126	53	2.0	54	96	1	198	57	14	21	5	1.58
28128917--28129087	46	3.7	45	78	10	193	21	29	21	28	1.98
28137634--28137827	47	4.1	47	89	0	280	32	11	29	26	1.91
28137663--28137734	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
28137708--28137783	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
28137798--28137981	98	1.9	96	93	4	316	35	7	26	30	1.83
28137797--28137981	48	3.8	48	90	5	309	35	7	26	30	1.83
28138131--28138236	37	2.9	37	92	0	176	23	18	32	25	1.97
28155241--28155288	20	2.4	20	71	0	51	31	16	29	22	1.96
28157016--28157054	19	2.0	21	85	14	57	10	15	0	74	1.07
28157066--28157113	6	7.8	6	78	2	51	2	22	2	72	1.05
28157047--28157113	18	3.3	21	76	21	63	4	25	2	67	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28157064--28157133	18	3.7	19	80	17	83	4	25	1	68	1.16
28157083--28157133	21	2.6	20	79	11	61	5	25	1	66	1.24
28159661--28159695	10	3.5	10	88	0	52	37	22	25	14	1.92
28159658--28159705	20	2.4	20	75	0	60	31	18	29	20	1.97
28161103--28161178	40	1.9	40	86	0	107	21	15	35	27	1.94
28172995--28173076	42	2.0	42	97	0	155	28	19	25	26	1.99
28180990--28181122	45	3.0	45	85	0	185	24	23	25	26	2.00
28181597--28181629	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
28182916--28183079	20	8.2	20	91	0	265	17	29	32	21	1.96
28185978--28186015	20	2.0	19	85	10	51	50	18	28	2	1.61
28194608--28195360	377	2.0	377	94	0	1319	25	20	27	26	1.99
28201063--28201123	30	2.0	30	87	0	86	29	24	8	37	1.84
28209396--28209455	31	1.9	31	89	0	93	26	21	16	35	1.95
28209652--28209771	24	5.0	24	88	10	174	27	21	20	30	1.98
28209673--28209770	47	2.1	47	94	5	171	28	20	20	30	1.98
28209817--28209887	20	3.5	20	90	0	115	30	19	14	35	1.91
28209924--28209971	25	1.9	25	82	0	60	22	16	27	33	1.96
28217029--28217204	51	3.6	51	72	12	170	27	25	19	27	1.99
28217021--28217198	94	1.9	94	88	0	266	28	25	17	28	1.97
28219970--28220206	50	4.7	50	79	7	221	25	17	26	30	1.97
28219966--28220207	101	2.4	97	82	5	261	25	18	26	30	1.98
28220295--28220346	26	2.0	26	81	11	61	38	0	25	36	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28227579--28227701	50	2.5	50	89	1	185	25	16	28	30	1.96
28229792--28229856	34	1.9	34	96	0	121	21	32	10	35	1.88
28230916--28230962	24	2.0	24	95	0	85	25	31	8	34	1.86
28232651--28232936	48	6.0	48	79	6	278	27	27	16	27	1.97
28232651--28232937	95	3.0	95	82	8	321	27	27	16	27	1.97
28233262--28233326	30	2.2	28	78	10	69	32	18	13	35	1.90
28238632--28238668	18	2.0	19	89	5	58	51	0	2	45	1.15
28246776--28246938	47	3.5	47	75	11	190	30	29	18	21	1.97
28246729--28246942	93	2.3	93	94	1	367	28	29	19	21	1.98
28246723--28246897	46	3.8	45	76	10	174	30	29	19	21	1.97
28251864--28252147	39	7.3	39	93	0	453	23	25	27	23	2.00
28254369--28254599	40	5.8	40	88	1	304	25	24	27	22	2.00
28260450--28260653	45	4.6	45	88	2	270	26	26	22	24	1.99
28263238--28263785	47	11.6	47	93	1	925	29	29	8	33	1.86
28263238--28263785	190	2.9	190	96	0	983	29	29	8	33	1.86
28267953--28268506	48	11.5	48	91	0	892	35	6	27	30	1.82
28275322--28275418	48	2.0	48	100	0	194	31	22	14	30	1.94
28277763--28277935	46	3.7	46	77	1	166	22	17	29	30	1.97
28279731--28279897	45	3.8	45	90	3	243	25	28	22	23	1.99
28283865--28283937	23	3.2	22	69	11	67	45	12	5	36	1.65
28285854--28285924	29	2.4	29	95	2	124	26	29	25	18	1.98
28287252--28287288	18	2.1	18	89	0	56	56	24	0	18	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28292955--28293026	22	3.3	22	78	3	74	34	23	27	13	1.93
28293270--28293334	28	2.2	29	81	5	69	27	16	15	40	1.89
28296453--28296511	22	2.7	22	78	5	66	37	28	16	16	1.92
28303670--28304240	47	12.2	47	95	0	975	31	8	30	29	1.88
28304359--28304437	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
28307710--28308429	27	26.7	27	87	2	408	35	21	8	35	1.84
28307724--28308095	54	6.9	54	87	0	521	29	23	8	39	1.83
28307724--28308095	81	4.6	81	91	0	557	29	23	8	39	1.83
28308088--28308459	27	13.8	27	87	0	465	39	19	9	31	1.83
28308439--28308496	27	2.1	28	90	3	91	37	13	22	25	1.91
28308706--28308775	25	2.8	25	95	0	122	25	24	22	27	2.00
28310847--28310943	49	2.0	49	100	0	194	24	20	29	24	1.99
28311047--28311475	27	15.9	27	86	0	444	32	22	6	38	1.79
28311047--28311448	54	7.4	54	87	0	498	31	21	6	39	1.79
28311047--28311446	81	4.9	81	86	0	530	31	21	6	40	1.79
28311182--28311672	54	9.1	54	85	1	329	36	20	6	35	1.80
28311034--28311672	81	7.9	81	85	0	436	35	20	7	36	1.81
28311371--28311672	27	11.2	27	86	0	352	40	20	7	31	1.80
28311950--28312019	25	2.8	25	97	0	131	25	27	22	24	2.00
28314819--28315215	27	14.7	27	80	7	236	38	21	8	31	1.83
28314788--28315004	81	2.7	81	75	1	211	34	22	8	34	1.84
28314941--28315187	54	4.6	53	83	6	266	41	21	7	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28314955--28315189	81	2.9	80	89	5	357	42	21	7	28	1.80
28314941--28315297	54	6.6	54	76	8	260	40	21	8	29	1.83
28315226--28315277	27	1.9	27	88	7	79	38	13	13	34	1.84
28315322--28315418	27	3.6	27	83	2	88	34	21	21	22	1.97
28316223--28316368	26	5.7	26	90	2	217	26	22	24	26	2.00
28316223--28316368	51	2.9	52	90	4	235	26	22	24	26	2.00
28316515--28316602	42	2.1	42	89	0	131	30	12	19	37	1.89
28316630--28316706	31	2.5	31	87	4	102	29	16	24	28	1.97
28317852--28318017	43	3.9	43	84	2	192	27	15	25	31	1.95
28329565--28329683	48	2.5	48	83	4	145	35	15	22	26	1.94
28329565--28329702	48	3.0	45	79	7	132	34	15	24	26	1.95
28332179--28332287	43	2.5	43	85	2	130	28	15	21	34	1.94
28333173--28334345	585	2.0	585	98	0	2274	39	19	12	28	1.88
28337956--28338126	93	1.8	93	94	2	308	28	29	21	21	1.98
28337948--28338123	46	3.8	46	79	14	218	28	28	21	21	1.98
28340491--28340579	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
28340491--28340573	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
28340502--28340579	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
28341394--28341442	25	2.0	25	100	0	98	26	24	8	40	1.83
28343561--28343729	47	3.6	47	81	4	216	28	30	19	21	1.97
28343516--28343778	93	2.8	93	94	0	456	28	30	19	21	1.98
28343508--28343780	46	5.9	46	78	8	277	28	30	19	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28353007--28353069	31	2.0	31	100	0	126	55	12	22	9	1.65
28369089--28369141	25	2.2	24	86	3	70	39	20	22	16	1.92
28369618--28369662	21	2.2	20	84	4	54	42	17	0	40	1.50
28371617--28371682	34	1.9	34	96	0	123	18	31	19	30	1.96
28376617--28376927	157	2.0	158	94	0	552	20	24	33	21	1.97
28386199--28386287	42	2.1	42	87	0	124	25	35	21	16	1.94
28410107--28410151	21	2.2	20	84	4	54	42	17	0	40	1.50
28412402--28412470	30	2.3	30	97	0	129	20	34	24	20	1.96
28413876--28413939	27	2.3	28	82	15	71	23	32	15	28	1.95
28413903--28413992	29	3.1	28	79	4	90	26	28	13	31	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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