genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.238.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  238  of  295  ( 35319 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82183205--82183275	25	2.8	24	81	10	70	36	2	1	59	1.21
82183245--82183276	16	1.9	17	93	6	57	43	0	0	56	0.99
82183260--82183290	12	2.6	12	94	0	53	41	0	0	58	0.98
82184202--82184341	27	5.2	28	90	5	184	35	22	24	17	1.96
82185740--82185875	26	5.2	26	93	0	218	36	25	5	32	1.78
82186244--82186288	20	2.2	21	77	18	51	28	6	0	64	1.19
82186554--82186578	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
82192325--82192372	14	3.5	14	80	8	55	83	0	14	2	0.74
82192312--82192376	21	3.0	21	82	13	78	83	0	13	3	0.77
82192316--82192382	22	3.0	23	82	6	84	77	0	19	2	0.89
82193253--82193434	44	4.1	44	73	13	167	29	16	24	29	1.97
82193421--82194005	119	4.9	119	93	0	972	32	18	19	29	1.95
82193941--82194437	83	6.1	83	88	6	746	32	20	20	26	1.97
82193941--82194437	167	3.0	166	92	4	791	32	20	20	26	1.97
82194261--82194414	74	2.1	73	95	1	272	31	22	21	24	1.98
82195980--82196075	25	3.7	24	78	13	75	36	2	1	60	1.15
82196006--82196080	7	10.9	7	75	13	66	40	0	0	60	0.97
82196020--82196083	16	4.1	17	76	13	66	39	0	0	60	0.97
82196029--82196081	3	17.0	3	77	14	54	37	0	0	62	0.96
82196094--82196138	20	2.2	21	77	18	51	28	6	0	64	1.19
82200149--82200199	22	2.4	22	80	3	59	21	29	15	33	1.94
82203437--82203646	23	9.2	23	83	5	264	29	25	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82208083--82208117	17	1.9	17	88	11	52	37	0	2	60	1.12
82208070--82208122	19	2.8	20	75	18	58	41	0	1	56	1.10
82209126--82209171	19	2.3	20	78	14	51	43	0	0	56	0.99
82211291--82211348	29	2.0	30	83	10	75	29	0	5	65	1.14
82211465--82211515	21	2.7	18	72	18	50	21	0	3	74	0.98
82214036--82214213	27	6.6	27	84	3	205	26	14	28	29	1.95
82214036--82214213	54	3.3	55	84	4	227	26	14	28	29	1.95
82221947--82222122	27	6.5	27	84	2	192	26	14	28	30	1.95
82221946--82222122	54	3.3	54	84	5	225	26	14	28	29	1.95
82221947--82222101	81	1.9	81	89	2	240	26	14	29	29	1.95
82221943--82222122	81	2.2	81	84	2	236	26	15	28	30	1.96
82225144--82225195	22	2.4	22	87	3	70	23	28	15	32	1.95
82226209--82226351	71	2.0	71	98	0	277	25	13	21	38	1.91
82227983--82228080	19	5.2	19	92	7	164	37	10	16	35	1.82
82227973--82228080	36	2.9	35	78	20	112	37	10	15	36	1.82
82231071--82231123	14	3.7	14	77	20	56	22	20	13	43	1.86
82233634--82233681	7	6.4	7	79	13	51	81	0	14	4	0.84
82233613--82233681	16	4.2	15	77	20	59	79	0	15	4	0.88
82233622--82233681	24	2.5	23	84	10	75	80	0	15	5	0.88
82234515--82235015	44	11.5	44	75	8	391	30	17	24	27	1.97
82234616--82234688	38	1.9	38	100	0	146	24	17	27	30	1.97
82234515--82234914	170	2.3	172	87	3	572	31	18	24	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82234651--82235000	132	2.7	132	95	0	628	31	17	24	27	1.97
82234962--82235695	206	3.6	206	93	0	1227	30	18	22	28	1.97
82236088--82236185	19	5.2	19	86	7	137	36	11	15	36	1.83
82236088--82236174	36	2.3	37	86	11	124	35	12	13	37	1.83
82241895--82241951	22	2.6	22	77	5	62	26	26	15	31	1.96
82248237--82248494	90	2.9	90	79	6	256	26	17	30	25	1.98
82248282--82248494	44	4.7	44	82	9	243	24	17	31	25	1.97
82248278--82248495	90	2.4	90	82	8	273	25	18	31	25	1.98
82248286--82248531	90	2.7	92	79	8	263	25	18	30	26	1.98
82256076--82256110	17	1.9	17	88	11	52	37	0	2	60	1.12
82256069--82256115	19	2.5	20	76	20	55	42	0	2	55	1.12
82257128--82257178	16	3.0	17	74	8	50	49	0	0	50	1.00
82259190--82259235	24	2.0	23	95	4	83	26	0	4	69	1.07
82261800--82261849	22	2.3	22	86	3	66	22	28	16	34	1.95
82267810--82267834	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
82268305--82268566	39	6.7	39	86	2	314	20	20	29	29	1.98
82274297--82274344	6	8.2	6	86	2	62	18	4	0	77	0.93
82274297--82274342	18	2.6	18	93	3	76	19	4	0	76	0.96
82290720--82290798	19	4.2	19	90	9	126	37	10	16	35	1.82
82290710--82290797	36	2.4	36	80	17	119	38	10	15	35	1.82
82296356--82296410	11	4.7	12	72	19	53	80	0	16	3	0.86
82296356--82296412	7	8.4	7	74	16	50	80	0	15	3	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82296356--82296412	14	4.2	13	78	14	62	80	0	15	3	0.84
82297361--82297886	84	6.3	84	87	4	744	30	22	21	25	1.99
82297361--82297886	166	3.1	167	86	5	726	30	22	21	25	1.99
82297702--82297839	41	3.3	41	67	13	111	30	20	21	27	1.98
82298661--82298757	19	5.2	19	88	9	146	37	10	17	35	1.84
82298661--82298757	35	2.6	37	87	11	135	37	10	17	35	1.84
82300312--82300362	16	3.0	17	74	8	50	49	0	0	50	1.00
82304530--82304607	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
82304560--82304886	173	1.9	174	92	0	548	31	14	23	31	1.94
82309316--82309408	40	2.3	40	90	5	143	24	20	27	26	1.99
82317785--82317962	41	4.4	41	75	8	148	23	20	29	27	1.99
82324808--82324993	79	2.3	80	82	7	218	24	22	27	25	2.00
82324810--82324993	40	4.6	40	80	9	198	25	22	27	25	2.00
82324862--82325026	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	25	1.99
82333586--82333641	16	3.2	17	75	10	51	48	0	0	51	1.00
82336623--82336675	27	2.0	27	88	3	81	30	16	16	35	1.92
82337007--82337122	40	2.9	40	78	0	133	29	22	21	26	1.99
82337165--82337273	40	2.7	40	84	0	137	27	21	24	26	1.99
82337333--82337401	35	2.0	35	88	0	102	31	15	18	33	1.93
82337786--82337924	7	19.6	7	77	5	82	20	0	32	46	1.51
82338295--82338378	40	2.1	40	86	4	116	47	16	17	17	1.83
82345237--82345314	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82345267--82345593	173	1.9	174	92	0	557	30	14	24	31	1.94
82353396--82353473	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
82353426--82353752	173	1.9	174	93	0	566	29	14	24	31	1.94
82359301--82359391	43	2.1	43	85	0	119	27	14	27	30	1.95
82359315--82359406	43	2.1	43	87	0	130	25	17	27	30	1.97
82364819--82365058	48	5.1	48	77	7	213	26	24	19	29	1.98
82368875--82368939	33	2.0	33	90	0	103	24	41	4	29	1.75
82373110--82373548	50	8.7	50	81	6	451	30	26	18	24	1.98
82373102--82373548	151	3.0	151	90	2	675	30	26	18	24	1.98
82381696--82381738	23	1.9	23	85	4	61	30	4	2	62	1.28
82391401--82391433	15	2.2	15	89	10	50	30	9	21	39	1.84
82392516--82392569	27	2.0	27	85	7	74	29	22	24	24	1.99
82398134--82399253	49	23.3	49	94	2	1879	30	28	8	33	1.87
82398134--82399253	96	11.6	96	95	1	1878	30	28	8	33	1.87
82402817--82402882	34	1.9	34	84	0	87	33	10	18	37	1.85
82404714--82404805	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
82404950--82405047	26	3.8	26	87	1	153	29	23	21	25	1.99
82405849--82405926	27	2.9	27	79	11	88	20	20	21	37	1.95
82405971--82406100	27	4.7	27	75	7	109	32	6	16	43	1.75
82405947--82406213	54	4.9	54	74	6	189	30	10	18	40	1.85
82406034--82406180	27	5.4	27	81	4	120	29	8	19	42	1.82
82406061--82406213	81	1.9	81	80	8	177	29	11	18	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82406032--82406220	27	7.0	26	73	11	105	28	10	20	40	1.86
82406212--82406384	27	6.4	27	87	2	231	38	8	24	28	1.84
82406212--82406384	54	3.2	53	90	1	256	38	8	24	28	1.84
82406212--82406384	81	2.1	81	88	2	258	38	8	24	28	1.84
82406212--82406404	81	2.4	81	84	2	244	37	8	23	30	1.84
82407779--82407844	34	1.9	34	84	0	87	33	10	18	37	1.85
82409676--82409767	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
82409911--82410007	25	3.8	26	87	4	153	28	23	21	25	1.99
82410808--82410871	27	2.4	26	82	7	76	20	25	18	35	1.95
82410929--82411058	27	4.7	27	75	7	109	32	6	16	43	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295