genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27770837--27771064	120	1.9	121	81	2	280	19	27	16	36	1.93
27770842--27771073	40	5.8	40	80	2	241	19	27	16	36	1.93
27776320--27776490	39	4.3	39	87	2	227	25	21	27	25	1.99
27776267--27776490	40	5.7	40	83	7	237	25	21	26	25	2.00
27776320--27776513	79	2.5	79	84	5	207	26	20	26	25	1.99
27776320--27776523	78	2.6	78	83	6	207	26	20	26	25	1.99
27785567--27785698	29	4.6	29	93	1	203	24	16	34	25	1.96
27793541--27793643	29	3.6	29	90	2	145	24	16	33	25	1.96
27800296--27800456	29	5.6	29	92	2	211	25	16	32	24	1.96
27800296--27800456	58	2.8	58	91	1	243	25	16	32	24	1.96
27800296--27800456	87	1.9	87	88	2	243	25	16	32	24	1.96
27803326--27803355	12	2.5	12	94	0	51	30	40	23	6	1.80
27804226--27804271	17	2.8	16	80	6	56	21	6	34	36	1.80
27805900--27805946	20	2.2	22	88	7	71	46	10	0	42	1.38
27810597--27810822	40	5.7	40	88	4	289	25	20	26	26	1.99
27810608--27810855	80	3.1	79	81	8	227	27	20	26	26	1.99
27810597--27810855	120	2.2	120	80	7	278	26	20	27	25	1.99
27816961--27817519	136	4.0	137	87	5	759	45	5	7	41	1.55
27816961--27817519	281	2.0	274	86	5	784	45	5	7	41	1.55
27817495--27817641	75	2.0	75	88	0	222	31	12	8	46	1.72
27822478--27822676	30	6.7	30	78	6	163	19	28	12	39	1.88
27822478--27822544	29	2.3	30	92	2	109	14	32	11	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27822463--27822680	119	1.8	120	89	4	343	20	28	13	37	1.90
27822663--27822732	31	2.3	31	80	2	79	24	20	11	44	1.84
27824251--27824281	6	5.2	6	92	0	53	0	64	0	35	0.94
27827372--27827413	19	2.2	20	95	4	77	50	14	9	26	1.73
27827397--27827434	14	2.7	14	91	0	58	39	15	5	39	1.70
27836707--27836748	20	2.1	20	95	0	75	33	16	9	40	1.81
27837519--27837571	24	2.2	24	89	0	79	33	3	39	22	1.72
27838981--27839088	27	4.0	26	79	5	117	15	23	23	37	1.93
27845170--27845194	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
27859502--27859559	28	2.2	26	84	6	71	39	24	22	13	1.90
27860974--27861044	24	3.0	24	97	0	133	26	38	0	35	1.57
27862083--27862244	54	3.0	54	98	0	306	38	10	17	33	1.84
27872637--27872673	20	1.9	18	89	10	56	43	2	5	48	1.40
27882501--27882672	46	3.7	45	77	10	177	22	20	29	28	1.98
27883995--27884076	40	2.1	39	83	2	101	30	25	15	28	1.96
27889815--27889862	22	2.1	24	85	14	66	39	6	0	54	1.26
27895866--27895899	18	1.9	17	88	5	50	11	35	5	47	1.65
27898378--27898543	82	2.0	84	89	3	257	25	21	18	34	1.96
27903498--27904047	49	11.1	49	85	7	727	29	29	9	31	1.88
27907512--27907591	30	2.7	29	83	9	99	27	33	15	23	1.94
27907573--27907766	44	4.4	43	89	8	284	27	32	15	23	1.95
27907573--27907766	89	2.2	88	87	9	288	27	32	15	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27909838--27910376	97	5.5	96	92	5	834	28	29	9	32	1.88
27909838--27910376	147	3.7	143	89	8	775	28	29	9	32	1.88
27913767--27913945	27	6.6	27	81	7	173	29	29	15	26	1.96
27913767--27913945	54	3.3	54	80	8	193	29	29	15	26	1.96
27926387--27926420	17	2.0	17	94	0	59	44	23	14	17	1.86
27940839--27940973	43	3.2	43	80	12	161	32	16	24	26	1.96
27943547--27943591	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
27945943--27946071	39	3.3	39	82	3	161	40	9	13	37	1.76
27945935--27946084	39	3.8	39	81	0	156	39	10	12	38	1.77
27946688--27946733	23	2.0	23	100	0	92	30	26	17	26	1.97
27958555--27958600	23	2.0	23	100	0	92	34	8	17	39	1.80
27964147--27964364	40	5.5	40	87	3	289	26	27	23	22	1.99
27972188--27972403	40	5.5	40	88	4	298	25	28	24	22	2.00
27972188--27972403	118	1.8	119	86	3	319	25	28	24	22	2.00
27974363--27974427	25	2.6	25	83	9	87	27	20	21	30	1.98
27974364--27974491	50	2.6	49	81	10	145	31	20	22	25	1.98
27974409--27974491	25	3.4	25	72	12	82	33	20	22	22	1.97
27977931--27978012	41	2.0	41	100	0	164	26	12	34	26	1.92
27984842--27984895	25	2.2	25	86	6	74	29	0	0	70	0.88
27984926--27985081	12	13.0	12	72	18	103	33	3	0	62	1.16
27984926--27985029	29	3.6	28	73	20	90	33	0	0	64	1.07
27984927--27985081	19	8.6	18	67	21	76	32	3	0	63	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27984973--27985087	25	4.9	25	75	15	88	33	3	0	63	1.11
27984939--27985027	37	2.5	36	82	10	96	31	1	1	66	1.06
27984968--27985089	12	10.6	12	78	14	114	32	3	0	63	1.10
27985485--27985560	43	1.9	40	82	17	97	27	2	13	56	1.50
27986386--27986423	18	2.1	19	85	5	51	60	0	23	15	1.35
27988325--27988427	39	2.6	39	83	6	120	36	15	20	27	1.93
27989720--27989790	5	14.6	5	80	16	87	43	0	0	56	0.99
27989890--27989930	21	2.0	21	85	0	55	46	0	2	51	1.14
27991146--27991194	24	2.0	26	84	15	68	44	2	18	34	1.61
27992141--27992166	6	4.3	6	100	0	52	30	53	0	15	1.42
28016658--28016709	13	3.7	13	72	18	50	11	26	28	32	1.91
28016654--28016727	30	2.5	30	93	0	121	17	29	25	27	1.97
28016671--28016727	17	3.6	17	68	18	50	17	29	26	26	1.97
28018180--28018299	46	2.6	45	77	9	127	26	20	31	21	1.98
28018267--28018395	47	2.7	48	78	7	136	24	15	33	26	1.95
28019364--28019418	29	1.9	28	85	10	76	16	21	43	18	1.88
28025777--28026083	46	6.5	46	72	14	191	28	18	29	23	1.98
28025957--28026092	48	2.8	50	84	8	174	28	18	29	23	1.98
28026518--28026637	46	2.6	45	77	9	127	26	20	31	21	1.98
28026605--28026733	47	2.7	48	80	7	145	24	16	33	26	1.96
28025819--28027112	643	2.0	644	90	2	2057	29	15	24	30	1.96
28027889--28027927	21	1.9	21	94	5	71	10	38	30	20	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28032793--28032830	20	1.9	20	88	0	58	21	0	7	71	1.11
28040781--28040835	21	2.6	21	86	8	85	29	36	9	25	1.87
28040941--28040998	21	2.8	21	81	0	71	29	8	31	31	1.87
28041076--28041109	5	6.8	5	96	0	59	55	2	0	41	1.15
28042509--28042571	17	3.8	17	91	2	92	7	0	33	58	1.27
28042728--28042959	114	2.0	115	97	0	439	40	4	19	36	1.71
28042549--28043104	268	2.1	264	85	8	755	36	3	21	38	1.70
28042980--28043221	130	2.0	123	81	11	289	38	2	19	39	1.67
28043324--28043911	126	4.7	126	91	3	915	37	15	18	28	1.92
28043324--28043911	251	2.4	245	90	2	928	37	15	18	28	1.92
28046945--28046975	9	3.6	9	91	8	55	64	0	0	35	0.94
28047223--28047278	21	2.6	21	86	8	78	5	17	46	30	1.71
28047234--28047278	21	2.1	21	95	4	81	4	15	44	35	1.67
28047234--28047284	21	2.4	21	90	6	68	5	13	43	37	1.69
28048184--28048216	7	4.7	7	92	0	57	60	12	0	27	1.32
28051445--28051622	89	2.0	89	97	0	338	35	19	24	20	1.96
28057134--28057176	20	2.3	18	81	14	52	37	20	0	41	1.53
28059896--28059956	28	2.2	28	90	0	104	16	45	19	18	1.85
28061820--28061979	45	3.4	47	78	9	139	35	20	24	19	1.96
28061817--28062049	95	2.5	91	75	10	227	34	17	25	22	1.96
28062007--28062147	54	2.6	54	95	0	255	37	15	24	22	1.93
28062110--28062227	29	4.2	29	74	16	122	38	18	25	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28062056--28062230	83	2.1	83	95	0	314	37	17	25	20	1.93
28062139--28062386	54	4.6	54	86	3	320	35	16	25	22	1.95
28062013--28062284	137	2.0	137	94	0	472	37	15	23	23	1.93
28072102--28072224	47	2.6	48	85	5	160	26	28	21	23	1.99
28072104--28072231	49	2.7	47	84	6	159	25	29	21	23	1.99
28072194--28072370	48	3.7	49	78	15	160	23	30	18	27	1.98
28074034--28074079	19	2.5	19	89	10	69	45	8	4	41	1.55
28075733--28075897	42	3.9	40	74	9	132	32	14	23	29	1.94
28081419--28081502	42	2.0	42	92	0	141	46	14	11	27	1.79
28081421--28081515	42	2.3	41	87	1	127	48	14	8	28	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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