genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.286.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97064971--97065024	27	2.0	27	100	0	108	25	14	25	33	1.95
97069696--97069808	60	1.9	60	87	7	158	38	16	18	25	1.92
97076211--97076255	22	2.0	22	83	8	56	53	2	13	31	1.52
97082873--97082919	13	3.5	13	85	5	67	34	0	0	65	0.93
97085700--97085748	18	2.7	18	96	0	89	28	34	36	0	1.58
97089084--97089135	21	2.6	18	77	19	50	1	30	0	67	1.02
97089245--97089302	27	2.1	27	84	6	73	17	22	37	22	1.93
97093687--97093737	21	2.4	21	75	12	59	33	3	19	43	1.70
97096205--97096268	28	2.5	23	69	23	56	51	1	0	46	1.10
97098425--97098460	19	1.9	19	94	5	65	55	2	8	33	1.44
97101143--97101297	75	2.1	75	86	2	213	39	10	11	38	1.77
97102877--97102937	31	2.0	31	86	0	86	34	9	13	42	1.77
97118167--97118227	19	2.8	22	76	19	65	63	0	1	34	1.04
97122927--97123108	46	4.0	46	91	1	267	40	14	23	21	1.90
97123369--97123415	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
97130160--97130191	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
97131030--97131078	22	2.3	21	79	10	55	26	10	6	57	1.55
97140369--97140550	46	4.0	46	86	1	222	39	14	24	21	1.91
97143552--97143629	28	2.7	29	80	8	86	30	16	19	33	1.94
97145893--97146067	46	3.7	46	76	13	153	22	28	19	29	1.98
97147310--97147392	41	2.0	41	100	0	166	42	7	19	31	1.78
97156303--97156349	18	2.7	18	86	3	69	38	6	6	48	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97156310--97156359	24	2.0	25	88	3	75	40	4	10	46	1.56
97156658--97156687	16	1.9	15	93	6	51	23	0	0	76	0.78
97162259--97162400	72	2.0	72	87	5	207	37	15	12	34	1.85
97164828--97164863	3	12.0	3	87	0	54	63	2	2	30	1.22
97166397--97166437	16	2.5	17	80	11	59	31	0	0	68	0.90
97166378--97166466	46	2.0	46	86	6	128	38	0	0	61	0.96
97167068--97167105	19	2.0	19	89	0	58	44	7	7	39	1.63
97173615--97173682	19	3.5	19	93	4	109	11	29	20	38	1.88
97177614--97177651	20	1.9	20	84	10	51	42	10	0	47	1.38
97177638--97177692	24	2.3	24	90	0	92	45	14	0	40	1.45
97179172--97179347	46	3.8	46	77	12	189	21	20	28	29	1.98
97179169--97179339	93	1.8	93	91	0	279	21	21	28	28	1.98
97181554--97181594	18	2.3	18	87	8	57	29	21	0	48	1.50
97182752--97182782	12	2.6	12	94	0	53	0	25	0	74	0.82
97182924--97182994	23	3.1	22	72	18	65	30	12	4	52	1.58
97184086--97184129	21	2.1	21	83	8	54	20	20	45	13	1.85
97184850--97184880	15	2.1	15	100	0	62	38	19	9	32	1.84
97185131--97185190	27	2.2	27	82	5	77	58	0	6	35	1.24
97193684--97193712	6	4.8	6	100	0	58	13	0	51	34	1.42
97193939--97194187	123	2.0	123	83	3	315	40	10	9	40	1.72
97194003--97194280	123	2.3	123	81	3	310	34	11	12	41	1.80
97204083--97204196	51	2.2	51	82	0	138	45	4	13	36	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97213886--97213967	37	2.2	37	91	0	128	40	15	8	35	1.78
97214002--97214077	33	2.3	33	97	0	143	43	15	5	35	1.70
97217098--97218201	120	9.2	120	97	1	1966	43	3	5	47	1.43
97217098--97218201	241	4.6	239	96	1	1962	43	3	5	47	1.43
97218150--97218184	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
97218349--97218439	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
97218420--97218488	16	4.2	16	92	3	120	36	37	1	24	1.65
97218420--97218488	33	2.1	32	94	2	120	36	37	1	24	1.65
97226422--97226446	13	1.9	13	100	0	50	72	0	12	16	1.13
97226418--97226473	9	6.2	9	79	6	60	73	0	14	12	1.11
97227730--97227777	15	3.3	15	82	2	62	37	2	12	47	1.53
97228277--97228328	23	2.3	23	96	0	95	9	3	38	48	1.54
97228396--97228466	18	3.9	18	71	15	56	32	9	14	43	1.78
97234209--97234914	133	5.3	133	92	0	1133	28	20	23	26	1.99
97234906--97235100	85	2.3	85	92	4	315	28	23	25	23	1.99
97236791--97236846	26	2.0	28	86	10	80	28	5	1	64	1.26
97253495--97253629	67	2.0	68	97	1	254	41	12	11	34	1.79
97262200--97262408	104	2.0	104	99	0	411	48	15	12	23	1.78
97270440--97270499	23	2.7	23	75	12	63	78	1	8	11	1.03
97270477--97270502	7	3.7	7	100	0	52	84	0	0	15	0.62
97276218--97276267	25	2.0	26	84	11	68	52	4	8	36	1.50
97277741--97277774	17	2.1	17	88	5	52	26	14	0	58	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97292963--97293590	44	14.5	44	72	10	429	26	16	26	30	1.97
97292958--97293567	129	4.7	132	90	2	889	26	16	26	30	1.97
97292958--97293531	264	2.2	258	89	2	882	26	16	26	30	1.97
97296926--97296997	30	2.4	29	75	13	74	48	4	2	44	1.36
97299404--97299489	44	2.0	44	85	0	118	52	15	6	25	1.67
97302997--97303038	20	2.1	20	86	0	57	50	0	0	50	1.00
97302969--97303034	27	2.5	26	78	9	71	50	0	3	46	1.16
97303827--97303946	60	2.0	60	95	0	213	47	15	19	18	1.83
97307546--97307590	20	2.2	20	84	0	54	55	4	8	31	1.51
97313652--97313728	9	8.6	9	77	5	84	46	18	7	27	1.76
97313652--97313728	27	2.9	27	82	3	93	46	18	7	27	1.76
97313749--97313789	6	6.5	6	83	10	55	17	0	4	78	0.93
97314593--97314730	58	2.4	55	84	8	188	31	5	2	60	1.32
97314619--97314713	29	3.2	29	68	14	86	28	5	2	64	1.27
97331479--97331535	17	3.3	18	74	16	66	59	7	0	33	1.24
97344355--97344400	24	2.0	23	86	4	65	50	8	6	34	1.59
97344526--97344568	12	3.6	12	81	9	52	74	0	25	0	0.82
97344530--97344563	17	1.9	18	94	5	61	70	0	29	0	0.87
97347953--97348204	131	1.9	132	86	2	355	33	17	19	30	1.95
97347953--97348238	131	2.2	131	82	5	335	33	17	17	31	1.93
97351100--97351210	47	2.4	47	81	6	127	37	20	13	27	1.91
97353602--97353634	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97353930--97354277	46	7.6	47	89	4	469	21	22	13	42	1.88
97357335--97357448	42	2.7	42	88	0	165	28	28	14	28	1.96
97357419--97357542	47	2.7	46	83	2	158	29	26	16	27	1.97
97357567--97357715	31	4.8	31	88	3	219	26	26	19	28	1.99
97357706--97357829	62	2.0	63	95	1	223	25	21	13	38	1.91
97361857--97362061	105	2.0	105	98	0	392	27	25	18	28	1.98
97371290--97371342	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
97375712--97375758	23	2.0	23	100	0	94	25	8	34	31	1.86
97376549--97376676	35	3.5	35	75	12	123	31	10	25	32	1.90
97381936--97381966	14	2.2	14	94	0	53	16	9	0	74	1.07
97385654--97385753	50	2.0	50	86	0	137	35	15	24	26	1.94
97385868--97385983	27	4.3	27	78	5	99	37	13	22	26	1.92
97385980--97386031	27	1.9	28	84	7	72	36	23	13	26	1.92
97386385--97386411	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
97388809--97389160	129	2.7	128	81	3	379	34	19	16	28	1.94
97392240--97392312	27	2.7	27	73	2	74	28	28	19	23	1.98
97392789--97392846	30	1.9	30	82	6	73	18	8	15	56	1.64
97395824--97395848	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
97399421--97399485	29	2.2	30	81	8	71	27	12	3	56	1.50
97399643--97399690	23	2.1	22	84	3	60	64	8	4	22	1.38
97400573--97400604	15	2.1	15	94	0	55	31	6	43	18	1.75
97405140--97405225	11	7.5	11	74	10	55	31	2	3	62	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97405769--97405821	22	2.4	22	75	9	54	41	1	0	56	1.10
97407074--97407104	16	1.9	16	93	0	53	51	25	0	22	1.48
97415816--97415876	12	5.1	12	77	0	68	1	44	4	49	1.33
97415816--97415876	24	2.5	24	91	0	95	1	44	4	49	1.33
97415847--97415886	17	2.3	18	87	8	57	5	35	5	55	1.44
97416736--97416969	73	3.1	73	82	7	240	29	28	5	37	1.80
97421722--97421779	26	2.2	26	96	0	107	41	3	8	46	1.51
97425112--97425159	24	2.0	24	100	0	96	16	20	29	33	1.95
97435430--97435484	27	2.0	27	100	0	110	36	0	3	60	1.15
97437905--97437944	22	1.9	22	85	10	57	45	7	0	47	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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