genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.219.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75427801--75427906	27	3.9	26	84	7	131	16	23	22	36	1.94
75427801--75427910	54	2.0	54	87	3	159	16	23	21	38	1.93
75433965--75434015	24	2.1	24	92	0	84	35	1	39	23	1.66
75435430--75435541	27	4.2	26	81	12	127	16	23	22	37	1.94
75435430--75435541	54	2.1	54	86	3	154	16	23	22	37	1.94
75437687--75437730	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
75440127--75440174	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
75440222--75440277	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
75440211--75440277	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
75440326--75440481	24	6.4	24	92	2	242	30	19	21	28	1.98
75440689--75440752	31	2.1	31	90	0	101	35	15	25	23	1.94
75442414--75442465	16	3.2	16	83	0	68	38	3	26	30	1.74
75442611--75442661	26	2.0	26	88	3	77	41	0	7	50	1.31
75442910--75442958	25	1.9	26	87	4	73	48	0	2	48	1.12
75442923--75443034	57	1.9	57	85	5	154	52	2	1	42	1.25
75442921--75443056	58	2.3	58	80	7	161	52	2	1	42	1.25
75454446--75454523	33	2.4	32	83	10	95	34	17	23	24	1.96
75455508--75455545	19	2.0	19	94	0	67	23	21	34	21	1.97
75467358--75467400	20	2.0	23	86	13	65	20	4	27	46	1.71
75475122--75475244	40	3.1	40	78	5	124	26	14	23	35	1.93
75475176--75475269	40	2.3	40	90	0	143	27	14	22	35	1.94
75475284--75475343	28	2.1	28	93	0	102	33	13	25	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75483978--75484035	17	3.6	17	71	21	61	62	0	1	36	1.06
75484332--75484456	26	4.9	23	72	21	74	61	0	4	34	1.15
75484329--75484443	7	17.1	7	71	25	81	59	0	4	36	1.18
75484329--75484444	20	5.8	19	79	14	119	59	0	4	36	1.17
75486046--75486422	205	1.8	205	96	0	700	28	21	18	31	1.97
75498598--75498731	22	5.9	23	64	25	70	60	0	5	34	1.19
75498558--75498731	18	9.1	18	69	23	83	60	0	5	33	1.23
75498595--75498725	18	6.8	19	70	21	87	59	0	5	35	1.20
75498595--75498725	13	10.3	12	69	27	69	59	0	5	35	1.20
75498647--75498717	38	1.9	36	83	11	90	54	0	5	39	1.24
75506115--75506169	15	3.8	14	85	7	56	67	1	1	29	1.11
75511958--75512014	29	2.0	29	96	0	105	45	15	7	31	1.73
75522998--75523154	44	3.7	43	71	16	146	24	19	24	31	1.98
75532237--75532881	321	2.0	321	97	0	1227	29	13	14	43	1.82
75532795--75532848	22	2.5	22	80	13	60	33	1	3	61	1.25
75534610--75534647	19	2.1	19	90	5	60	44	5	0	50	1.24
75536986--75537095	26	4.2	26	90	2	159	36	4	23	35	1.76
75538712--75538819	27	4.0	27	85	9	139	17	24	22	36	1.95
75538710--75538822	54	2.1	54	88	3	165	16	23	22	37	1.94
75541248--75541355	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
75545492--75545527	2	18.0	2	94	0	63	52	47	0	0	1.00
75556030--75556074	23	1.9	24	82	13	58	42	8	17	31	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75556494--75556526	15	2.2	15	100	0	66	36	12	0	51	1.39
75558162--75558357	23	8.0	24	67	17	91	17	23	20	37	1.94
75560636--75560710	37	2.0	37	97	0	141	42	26	12	18	1.85
75566657--75566747	44	2.1	44	91	0	146	48	10	10	29	1.73
75567498--75567547	24	2.1	24	88	0	73	30	16	24	30	1.96
75571188--75571232	18	2.5	19	82	10	58	35	0	0	64	0.94
75571204--75571231	6	4.7	6	100	0	56	32	0	0	67	0.91
75581704--75581731	11	2.5	11	100	0	56	7	39	10	42	1.67
75585097--75585131	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
75585047--75585268	120	1.9	120	99	0	435	44	1	5	48	1.37
75585217--75585251	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
75585416--75585506	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
75585487--75585555	16	4.2	16	92	3	120	36	37	1	24	1.65
75585487--75585555	33	2.1	32	94	2	120	36	37	1	24	1.65
75586328--75586382	23	2.4	23	96	0	101	23	43	3	29	1.71
75586511--75586535	12	2.1	12	100	0	50	36	16	16	32	1.90
75587296--75587344	17	2.9	17	81	6	64	38	0	0	61	0.96
75587285--75587343	22	2.8	21	84	5	66	42	0	0	57	0.98
75591528--75591580	15	3.4	15	73	16	54	39	0	1	58	1.09
75593327--75593752	27	15.7	27	79	2	307	38	20	7	32	1.81
75593327--75593749	54	7.8	54	81	1	353	39	20	7	32	1.81
75593734--75593927	27	7.2	26	81	5	185	37	18	18	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75593734--75593910	54	3.3	53	86	4	214	37	19	17	24	1.93
75593730--75593924	81	2.4	81	82	6	220	37	17	18	25	1.93
75594155--75594256	27	3.8	27	87	5	134	18	24	20	36	1.95
75594393--75594518	6	20.3	6	72	18	98	19	16	15	48	1.81
75594393--75594473	31	2.6	31	92	2	135	18	16	17	48	1.82
75594416--75594509	37	2.5	37	87	0	125	19	18	15	46	1.84
75596197--75596230	18	1.9	17	88	5	50	52	11	11	23	1.70
75596218--75596351	6	21.8	6	71	15	87	47	13	17	21	1.82
75596235--75596345	31	3.6	31	82	4	152	47	14	18	19	1.82
75596239--75596366	31	3.8	35	79	8	110	50	14	17	18	1.79
75596511--75596581	27	2.6	27	95	0	124	33	14	26	25	1.94
75596511--75596639	27	4.8	27	87	3	116	36	19	23	20	1.95
75596798--75596862	22	3.0	22	75	8	69	32	23	24	20	1.98
75597307--75597463	27	5.9	27	90	1	226	25	21	19	34	1.96
75597307--75597465	53	3.0	54	87	1	239	25	20	18	34	1.96
75597289--75597463	80	2.2	80	87	2	244	26	21	18	33	1.96
75597464--75597530	27	2.5	27	87	0	89	28	10	20	40	1.86
75597488--75597878	27	14.5	27	78	4	227	32	8	21	37	1.85
75597464--75597878	54	7.7	54	74	5	266	32	9	20	37	1.86
75597464--75597857	81	4.9	81	70	6	260	32	9	20	37	1.85
75601244--75601292	25	2.0	25	84	8	64	46	8	26	18	1.76
75602188--75602220	15	2.1	16	94	5	59	33	24	0	42	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75607762--75607810	22	2.2	23	96	3	91	42	8	14	34	1.75
75626296--75626336	21	2.0	21	90	0	64	56	7	4	31	1.48
75627228--75627257	8	3.8	8	100	0	60	10	0	63	26	1.26
75634781--75635087	47	6.6	45	73	13	207	22	28	20	28	1.99
75634727--75635087	47	7.8	44	73	13	176	21	29	20	28	1.98
75634727--75635090	94	3.9	94	78	10	361	21	29	20	28	1.98
75636582--75636614	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
75636898--75637217	46	7.0	46	90	0	426	21	23	14	40	1.90
75646214--75646352	47	2.9	48	78	11	160	21	33	19	25	1.97
75646231--75646488	47	5.5	46	70	12	132	22	29	20	27	1.98
75646126--75646486	94	3.9	95	77	9	298	23	28	19	27	1.98
75651170--75651211	11	3.7	11	79	17	50	30	2	2	64	1.19
75651172--75651215	23	1.9	23	90	0	70	31	2	4	61	1.28
75653323--75653442	57	2.1	57	84	0	150	35	20	20	25	1.96
75654397--75654481	43	2.0	43	85	0	116	25	24	24	24	2.00
75658592--75658810	49	4.6	46	73	12	165	29	19	26	24	1.98
75658592--75658812	98	2.3	95	81	7	243	29	19	26	23	1.99
75664662--75664978	64	4.9	64	79	7	282	24	29	14	31	1.95
75664662--75664978	132	2.4	129	79	7	318	24	29	14	31	1.95
75672783--75672841	30	2.0	30	83	6	75	44	1	0	54	1.10
75673974--75674040	33	2.0	33	94	0	116	31	14	31	22	1.94
75685883--75685942	33	1.9	32	83	10	79	35	8	11	45	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75692837--75692868	14	2.3	14	94	0	55	43	12	12	31	1.80
75696333--75696380	26	1.9	24	83	8	60	62	8	0	29	1.24
75702678--75702709	14	2.3	15	89	10	50	46	3	0	50	1.17
75704769--75704802	14	2.4	14	95	5	59	52	0	20	26	1.46
75706917--75707066	49	3.1	49	83	1	185	27	33	18	21	1.96
75716319--75716364	22	2.1	22	100	0	92	52	23	0	23	1.48
75720167--75720201	17	2.0	18	88	5	54	11	25	45	17	1.81
75720368--75720400	12	2.6	13	85	9	50	36	6	15	42	1.71
75731898--75731989	23	4.0	23	74	5	87	40	25	16	18	1.91
75731898--75731987	46	2.0	46	82	8	112	40	25	16	17	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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