genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9502603--9502628	5	5.2	5	100	0	52	0	19	0	80	0.71
9505705--9505750	19	2.3	21	82	14	53	36	0	6	56	1.25
9506913--9506945	17	1.9	17	93	0	57	45	12	0	42	1.41
9509368--9509544	46	3.8	46	87	4	216	24	24	19	31	1.98
9516811--9517129	46	6.8	48	75	13	215	24	29	18	27	1.98
9518653--9518696	22	2.0	21	86	4	61	15	34	29	20	1.94
9522166--9522294	48	2.7	48	92	1	215	21	13	31	33	1.93
9522320--9522377	29	2.0	29	100	0	116	24	20	20	34	1.97
9523772--9523976	104	2.0	104	88	0	302	26	26	12	34	1.92
9528394--9528464	21	3.3	23	80	13	87	38	25	22	14	1.92
9528394--9528480	21	4.0	23	79	10	83	37	24	21	16	1.93
9529963--9530017	27	1.9	30	82	10	71	3	20	5	70	1.22
9530232--9530271	21	1.9	21	85	10	55	40	22	2	35	1.68
9532400--9532640	128	1.9	127	93	0	419	37	22	14	25	1.92
9535031--9535128	45	2.2	45	87	3	135	25	23	18	32	1.97
9534835--9535296	178	2.6	177	86	5	586	27	22	19	30	1.98
9539936--9539979	21	2.1	21	91	0	70	54	9	11	25	1.65
9548327--9548487	88	1.8	87	84	4	216	21	22	20	35	1.96
9548375--9548531	43	3.6	43	81	2	136	20	22	23	33	1.97
9560442--9560500	3	20.0	3	77	10	50	55	5	5	33	1.43
9560439--9560500	12	5.0	12	75	21	56	54	4	6	33	1.47
9560729--9560772	14	3.1	14	78	15	54	52	4	9	34	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9560728--9560817	26	3.4	25	79	11	74	51	2	11	35	1.50
9562902--9562926	13	1.9	13	100	0	50	12	16	32	40	1.84
9571274--9571317	20	2.2	20	87	0	61	36	0	0	63	0.95
9572759--9572785	8	3.4	8	100	0	54	77	0	0	22	0.76
9572878--9572909	11	2.8	12	90	9	50	0	50	0	50	1.00
9573300--9573336	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
9573309--9573546	127	1.9	129	83	7	315	31	5	6	56	1.48
9581689--9581747	29	2.0	29	100	0	118	27	16	27	28	1.97
9586422--9586643	75	2.9	75	89	0	354	28	17	23	30	1.97
9586750--9587053	72	4.0	72	79	14	313	27	19	21	31	1.97
9586822--9587369	161	3.4	157	73	18	457	27	17	21	33	1.96
9586876--9587171	89	3.4	85	82	9	321	26	17	18	37	1.93
9586879--9587220	177	1.9	175	79	9	381	26	18	19	35	1.95
9587139--9587376	73	3.2	72	84	8	284	29	16	20	33	1.95
9587213--9587621	165	2.4	165	79	9	416	28	15	19	35	1.93
9587284--9587603	87	3.6	85	78	9	288	29	14	18	38	1.90
9586822--9587553	325	2.2	328	79	8	806	28	17	20	34	1.95
9588613--9588647	11	3.2	11	88	11	54	0	54	0	45	0.99
9595185--9595252	32	2.1	32	81	10	77	22	4	17	55	1.59
9595248--9595320	32	2.5	27	76	19	83	26	4	19	50	1.65
9595261--9595321	32	1.9	32	93	0	104	27	4	18	49	1.68
9596303--9596351	22	2.2	22	92	0	80	28	4	20	46	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9596274--9596364	22	4.2	22	69	23	59	29	7	19	42	1.79
9596794--9596853	29	2.1	29	93	3	104	36	18	10	35	1.84
9596794--9596853	14	4.2	14	89	4	93	36	18	10	35	1.84
9599279--9599322	20	2.2	20	83	0	52	29	4	9	56	1.50
9599490--9599550	30	2.0	31	84	9	81	60	0	3	36	1.13
9599491--9599541	23	2.2	23	82	6	59	64	0	1	33	1.05
9602981--9603020	20	2.0	20	100	0	80	55	5	15	25	1.60
9610045--9610409	186	1.9	187	84	3	484	26	17	13	41	1.87
9610277--9611059	410	1.9	413	84	2	1049	29	18	12	38	1.88
9613696--9613791	29	3.5	29	64	23	80	18	9	22	48	1.76
9613678--9613781	53	2.0	53	100	0	208	15	6	26	50	1.68
9620473--9620502	6	5.0	6	100	0	60	33	33	0	33	1.58
9630353--9630390	19	2.0	19	85	10	51	23	31	26	18	1.97
9634535--9634595	30	2.1	29	96	3	113	36	22	16	24	1.94
9652881--9652924	18	2.4	18	92	0	70	25	15	38	20	1.92
9653499--9653537	18	2.1	19	85	4	53	28	10	15	46	1.78
9654345--9654369	11	2.3	11	100	0	50	40	0	16	44	1.47
9662580--9662636	24	2.4	24	96	0	105	24	12	3	59	1.48
9662650--9662688	20	2.1	18	86	13	53	48	7	0	43	1.31
9663166--9663219	19	2.9	18	76	17	58	40	3	3	51	1.37
9679094--9679403	73	4.3	72	78	12	330	26	18	21	33	1.96
9679383--9679413	14	2.2	14	100	0	62	12	19	6	61	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9679260--9679959	161	4.2	162	84	7	779	27	18	20	34	1.96
9679398--9679561	78	2.2	74	85	6	222	28	17	22	31	1.96
9679890--9679922	15	2.2	15	94	0	57	21	6	3	69	1.24
9679639--9679959	89	3.6	90	85	5	436	26	17	18	38	1.92
9681602--9681626	11	2.3	11	100	0	50	20	0	8	72	1.10
9681729--9681775	21	2.3	21	92	3	78	38	2	0	59	1.09
9681750--9681819	32	2.2	32	87	7	97	34	2	4	58	1.32
9682208--9682279	37	1.9	38	83	8	94	29	11	1	58	1.41
9683753--9683809	21	2.6	22	83	8	64	42	0	7	50	1.29
9684897--9684936	18	2.1	20	86	9	57	37	2	0	60	1.11
9684931--9685001	32	2.3	31	76	16	74	42	0	7	50	1.29
9684897--9685009	8	13.9	8	68	23	58	39	0	4	54	1.26
9687947--9688030	16	4.8	17	72	19	50	38	2	2	57	1.25
9697054--9697115	31	2.0	31	96	0	115	24	16	20	38	1.92
9704095--9704411	46	6.7	47	76	11	202	26	18	30	24	1.98
9711711--9711747	10	3.7	10	92	0	56	18	13	0	67	1.23
9716818--9716858	21	2.0	21	100	0	82	34	24	12	29	1.91
9717000--9717042	20	2.1	21	91	4	70	32	9	9	48	1.67
9723863--9723913	26	2.0	26	88	3	77	60	1	0	37	1.08
9730373--9730405	16	2.1	16	94	0	57	72	0	12	15	1.12
9735620--9735659	21	2.0	21	90	5	64	70	5	0	25	1.08
9736499--9736573	36	2.1	37	87	2	107	29	4	2	64	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9736546--9736604	8	7.4	8	78	14	68	35	1	0	62	1.05
9736548--9736602	17	3.3	17	82	5	67	38	1	0	60	1.08
9739149--9739176	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
9741265--9741302	16	2.5	15	84	16	51	63	5	0	31	1.17
9742709--9742777	31	2.2	31	87	5	95	53	8	7	30	1.59
9742714--9742789	31	2.3	32	82	12	93	52	7	7	31	1.59
9742716--9742789	33	2.3	32	83	6	96	51	8	8	32	1.61
9761757--9761792	13	2.7	13	91	4	54	50	0	2	47	1.15
9764080--9764109	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
9765903--9766006	31	3.2	33	77	9	88	42	2	1	52	1.27
9771339--9771388	13	3.8	13	77	17	50	82	6	12	0	0.85
9772098--9772131	18	1.9	18	88	5	52	23	2	2	70	1.15
9773071--9773095	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
9773460--9773518	22	2.9	22	78	12	63	55	0	3	40	1.16
9773458--9773524	20	3.4	20	72	10	57	56	0	2	40	1.14
9777821--9777957	38	3.6	38	87	2	177	40	18	11	29	1.86
9777836--9777957	38	3.2	38	89	2	183	40	17	12	30	1.86
9779332--9779386	21	2.7	21	83	8	60	36	0	18	45	1.49
9779689--9779741	25	2.2	25	82	3	63	20	24	20	33	1.97
9779991--9780053	25	2.5	25	84	5	83	19	28	23	28	1.98
9779991--9780070	25	3.2	25	82	7	74	21	26	23	28	1.99
9784021--9784061	21	2.0	21	85	0	55	29	0	2	68	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9789817--9789955	32	4.4	32	90	2	221	48	8	9	33	1.66
9792690--9792741	5	10.4	5	91	0	86	42	1	19	36	1.62
9795451--9795512	30	2.1	30	93	0	106	29	1	11	58	1.42
9797348--9797388	21	2.0	21	90	0	64	39	4	2	53	1.35
9802909--9802942	17	1.9	18	88	5	52	70	0	0	29	0.87
9806306--9806477	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
9806299--9806474	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
9813399--9813521	46	2.8	42	91	6	192	30	30	18	20	1.96
9815281--9815310	14	2.1	14	93	0	51	36	6	10	46	1.64
9815330--9815366	15	2.5	16	87	12	53	21	24	10	43	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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