genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.237.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81853227--81853283	29	2.0	28	90	10	89	31	24	21	22	1.98
81854775--81854843	6	11.5	6	82	0	57	1	26	7	65	1.27
81854775--81854843	9	7.7	9	76	0	57	1	26	7	65	1.27
81854775--81854843	18	3.7	18	79	11	66	1	26	7	65	1.27
81857352--81857391	20	2.0	20	95	0	71	27	5	22	45	1.73
81865004--81865069	32	2.1	32	91	0	105	46	9	3	40	1.51
81866592--81866644	24	2.3	24	74	6	56	33	1	3	60	1.26
81877561--81877591	11	2.8	11	100	0	62	25	0	0	74	0.82
81878697--81878927	48	4.9	47	79	4	185	30	18	23	27	1.98
81878686--81878927	95	2.5	95	80	2	252	29	19	23	27	1.98
81881880--81881940	31	2.0	31	90	6	97	27	4	4	62	1.37
81890675--81890701	14	1.9	14	100	0	54	44	18	22	14	1.86
81890633--81890742	56	2.0	55	94	1	193	35	21	20	22	1.96
81890689--81890812	41	3.0	42	88	4	180	34	22	18	24	1.96
81890590--81890784	97	2.0	98	90	5	306	34	21	19	25	1.96
81890443--81890812	42	8.5	42	80	9	384	31	23	19	25	1.98
81890548--81890812	139	1.9	140	88	0	397	33	22	18	24	1.97
81897335--81897491	42	3.6	42	77	13	151	28	24	18	28	1.98
81915236--81915331	43	2.2	43	92	3	158	31	13	19	35	1.91
81916039--81916146	26	4.2	26	92	0	171	33	6	23	37	1.80
81920757--81920788	16	2.0	16	93	0	55	59	12	3	25	1.48
81924996--81925103	27	4.2	25	79	15	114	33	6	24	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81932711--81932963	31	8.1	31	79	2	265	39	14	26	19	1.90
81932724--81932954	62	3.7	62	88	0	309	39	14	26	19	1.90
81935775--81935860	41	2.1	41	86	0	118	32	26	18	22	1.97
81937421--81937484	23	2.8	23	90	0	92	23	26	17	32	1.96
81937421--81937493	23	3.2	23	88	1	85	21	26	17	34	1.96
81937431--81937505	23	3.3	23	85	5	73	26	22	18	32	1.97
81938391--81938480	43	2.1	43	89	0	135	18	26	27	26	1.98
81940274--81940418	40	3.6	40	84	7	186	25	27	22	24	2.00
81946690--81946896	53	3.8	55	76	4	179	22	22	17	37	1.94
81948583--81948654	27	2.7	27	91	0	117	33	18	19	29	1.95
81948636--81948813	27	6.6	27	86	1	171	38	21	9	29	1.85
81948636--81948821	81	2.3	82	78	7	202	38	21	9	30	1.86
81948809--81949242	27	16.2	27	84	5	495	32	20	4	42	1.73
81949738--81949846	6	17.7	6	68	16	62	19	18	13	48	1.81
81949771--81949820	19	2.6	19	93	0	82	20	24	12	44	1.85
81949762--81949825	19	2.8	25	71	26	77	18	23	12	45	1.84
81954591--81954618	13	2.2	13	100	0	56	25	14	21	39	1.91
81958327--81958478	43	3.6	41	71	7	117	32	14	25	27	1.94
81958275--81958474	85	2.3	86	78	10	214	31	16	24	27	1.96
81980197--81980282	43	2.0	43	83	0	109	29	29	19	22	1.98
81987052--81987086	17	2.1	17	94	0	61	28	14	17	40	1.88
81987094--81987155	21	3.0	21	64	17	58	20	14	29	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81987091--81987275	40	4.6	40	82	1	210	23	14	27	35	1.93
81989526--81989729	94	2.2	94	86	5	279	29	18	22	29	1.97
81989665--81989753	44	2.0	43	82	4	106	33	16	21	28	1.95
81989806--81989926	44	2.8	43	84	5	136	33	19	19	27	1.96
81989862--81990078	94	2.3	94	79	0	218	34	17	16	30	1.93
81989830--81990359	228	2.3	228	80	4	557	32	18	20	28	1.96
81990103--81990547	188	2.4	188	81	6	471	29	18	22	29	1.97
81990288--81990458	44	3.8	44	71	17	134	30	21	22	26	1.98
81990103--81990536	94	4.7	94	80	6	424	29	19	21	29	1.98
81992545--81992713	45	3.8	44	87	7	220	24	28	23	24	2.00
82003217--82003411	45	4.5	42	77	10	130	23	28	21	27	1.99
82003255--82003425	45	3.9	45	81	6	181	24	28	22	25	2.00
82023590--82023628	21	1.9	20	84	5	51	10	2	15	71	1.23
82037384--82037439	8	7.9	7	77	20	55	82	0	14	3	0.81
82037381--82037437	12	4.9	12	75	14	57	82	0	14	3	0.80
82037382--82037438	30	1.9	30	82	7	71	82	0	14	3	0.80
82038387--82039254	166	5.2	164	89	3	1087	30	23	21	24	1.99
82038387--82039254	250	3.5	247	87	5	1128	30	23	21	24	1.99
82038387--82039254	416	2.1	416	94	0	1549	30	23	21	24	1.99
82040072--82040158	19	4.7	19	87	5	133	33	11	16	39	1.84
82040080--82040149	36	1.9	36	94	0	122	34	10	15	40	1.81
82040752--82040798	21	2.3	20	80	20	53	17	4	8	70	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82040752--82040798	22	2.3	21	82	13	62	17	4	8	70	1.29
82055865--82055899	17	1.9	17	88	11	52	37	0	2	60	1.12
82055852--82055904	19	2.8	20	75	18	58	41	0	1	56	1.10
82056393--82056478	42	2.0	42	100	0	172	22	9	6	61	1.50
82061661--82061721	22	2.9	22	78	4	63	19	26	19	34	1.96
82065155--82065269	32	3.5	33	77	10	94	64	5	4	26	1.33
82066015--82066052	17	2.3	17	86	13	53	78	10	5	5	1.06
82066962--82067346	44	8.7	44	86	2	497	28	25	14	31	1.94
82079628--82079674	15	3.2	15	77	14	53	59	14	12	12	1.61
82079619--82079674	30	2.0	27	86	10	76	58	16	14	10	1.62
82082621--82082790	92	1.8	92	94	0	304	27	29	21	21	1.99
82082613--82082787	46	3.8	46	81	11	214	28	29	21	21	1.98
82082618--82082806	46	4.1	46	73	17	142	28	29	21	21	1.99
82087298--82087426	51	2.6	49	83	2	159	27	19	24	29	1.98
82087293--82087438	49	2.9	51	83	2	188	26	19	25	28	1.98
82098616--82098658	14	3.0	14	83	6	52	62	0	4	32	1.15
82098732--82098763	12	2.8	12	90	9	50	68	3	0	28	1.04
82098827--82098871	22	2.0	22	82	8	54	66	0	2	31	1.04
82108159--82108222	17	3.6	17	80	4	65	31	6	0	62	1.20
82120292--82120715	44	9.5	44	78	10	412	31	14	25	28	1.95
82120401--82120588	100	1.9	100	89	2	297	29	15	26	28	1.96
82120305--82120654	188	1.9	183	86	4	495	30	14	25	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82122523--82122585	19	3.4	19	84	8	94	36	11	15	36	1.84
82122527--82122579	17	3.0	17	91	5	79	37	11	15	35	1.83
82127800--82127860	22	2.9	22	80	4	72	32	19	27	19	1.96
82139065--82139125	22	2.9	22	78	4	63	34	19	26	19	1.96
82146313--82146341	15	1.9	15	100	0	58	27	0	37	34	1.57
82149360--82149420	22	2.9	22	78	4	63	34	19	26	19	1.96
82154237--82154265	13	2.1	14	93	6	51	58	0	6	34	1.25
82155507--82155545	20	1.9	21	89	5	62	12	10	38	38	1.78
82156108--82156400	78	3.8	78	88	2	419	31	19	22	25	1.98
82155969--82156763	364	2.2	363	90	3	1267	32	18	23	25	1.97
82156472--82156841	78	4.8	78	87	2	514	32	17	23	25	1.96
82156108--82157401	441	2.9	441	88	2	1905	32	18	23	25	1.97
82156472--82156825	155	2.3	155	88	2	507	33	16	24	25	1.96
82156047--82157196	364	3.2	356	84	5	1180	33	18	22	25	1.97
82156913--82157285	78	4.8	78	89	1	541	32	19	23	25	1.97
82157225--82157491	45	5.9	45	79	6	290	31	16	26	25	1.96
82157315--82157484	89	1.9	89	93	0	295	30	14	28	25	1.95
82157225--82157491	134	2.0	136	81	6	319	31	16	26	25	1.96
82157848--82157945	35	2.7	37	84	12	132	37	9	17	35	1.82
82157848--82157938	19	4.9	19	88	8	143	37	9	16	36	1.82
82157848--82157961	19	5.8	22	77	17	78	36	8	16	37	1.80
82158228--82158262	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82165307--82165352	24	2.1	21	84	15	58	28	0	4	67	1.10
82168211--82168350	72	2.0	71	80	8	160	37	8	14	39	1.76
82170880--82170961	26	3.2	26	92	0	137	31	7	25	35	1.84
82172451--82172502	26	2.0	26	85	7	70	36	23	13	26	1.92
82175517--82175548	10	3.1	11	86	13	50	78	0	0	21	0.76
82175517--82175548	16	2.0	16	93	0	55	78	0	0	21	0.76
82175798--82175927	68	2.0	68	81	7	160	59	1	3	35	1.25
82175890--82175929	10	3.8	10	90	9	62	62	0	0	37	0.95
82175886--82175938	25	2.1	25	82	6	63	62	1	1	33	1.17
82179384--82179434	16	3.0	17	74	8	50	49	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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