genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.250.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86001016--86001062	24	2.0	22	84	8	58	29	0	27	42	1.56
86003166--86003218	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
86009156--86009245	47	1.9	47	97	0	171	21	27	17	33	1.96
86011679--86011859	40	4.6	40	86	2	251	25	27	22	23	2.00
86020035--86020255	40	5.6	40	86	4	297	26	28	22	22	1.99
86027804--86027867	28	2.3	27	91	2	101	37	26	7	28	1.84
86027970--86028085	27	4.3	26	83	7	133	19	22	20	37	1.95
86037590--86037708	43	2.8	41	82	7	148	29	15	26	28	1.96
86038936--86039091	42	3.7	42	81	5	188	30	14	23	30	1.95
86050348--86050439	45	2.0	45	85	4	123	32	28	15	23	1.95
86051808--86052045	49	4.8	49	78	7	246	31	25	16	26	1.97
86053550--86053580	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
86062112--86062190	27	3.0	26	79	3	77	35	20	24	20	1.96
86062139--86062276	67	2.1	67	84	2	179	31	21	28	19	1.97
86062207--86062257	27	1.9	26	84	4	66	35	17	27	19	1.94
86068201--86068248	24	2.0	24	91	0	78	35	12	12	39	1.81
86082862--86082900	17	2.2	17	86	4	51	48	5	12	33	1.63
86083944--86084083	43	3.3	43	78	4	149	30	17	20	30	1.96
86091025--86091092	27	2.5	27	76	9	75	33	19	16	30	1.93
86093564--86093737	86	2.0	84	89	4	260	35	31	12	20	1.90
86098602--86098862	46	5.6	46	73	11	176	29	18	28	22	1.97
86104183--86104244	27	2.3	27	83	5	72	32	14	22	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86122609--86122658	22	2.3	22	89	0	82	56	18	4	22	1.58
86125091--86125280	96	2.0	96	88	2	283	42	14	30	12	1.83
86132693--86132725	4	8.2	4	100	0	66	24	0	0	75	0.80
86149627--86149700	38	1.9	38	91	0	121	32	25	22	18	1.97
86150988--86151111	23	5.4	23	77	9	119	34	17	20	27	1.95
86150989--86151111	45	2.7	45	82	8	142	34	17	20	27	1.95
86152996--86153098	28	3.7	28	80	5	127	27	34	14	23	1.94
86157651--86157754	28	3.7	28	88	5	156	26	35	13	24	1.92
86162226--86162282	27	2.1	27	83	6	71	38	19	21	21	1.93
86162263--86162457	54	3.6	54	84	0	237	27	16	17	37	1.92
86162263--86162457	81	2.4	81	82	1	230	27	16	17	37	1.92
86162263--86162449	27	6.9	27	83	0	194	27	17	17	37	1.93
86162261--86162484	27	8.3	27	81	1	180	27	16	18	37	1.92
86162442--86162512	27	2.6	27	90	0	106	25	7	23	43	1.79
86164613--86164785	46	3.7	46	77	11	192	23	19	26	30	1.98
86164610--86164780	93	1.8	93	91	2	281	23	19	27	29	1.98
86174447--86174495	23	2.1	23	96	0	89	26	24	14	34	1.94
86182016--86182279	27	9.8	27	92	0	411	29	22	7	39	1.82
86182016--86182343	54	6.1	54	87	0	172	32	23	7	36	1.82
86182272--86182507	27	8.8	27	80	6	210	38	21	11	28	1.88
86182272--86182440	81	2.1	81	86	2	232	40	21	9	28	1.84
86182324--86182533	80	2.6	80	80	8	212	37	20	13	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86182468--86182738	27	10.0	27	87	1	346	35	19	20	24	1.95
86182941--86183010	25	2.8	25	88	0	95	27	22	22	27	1.99
86182966--86183037	25	3.0	24	80	13	76	30	22	20	26	1.98
86184911--86185078	38	4.4	38	85	1	192	35	24	19	20	1.95
86184955--86185098	76	1.9	76	84	2	191	31	23	22	22	1.98
86201877--86201911	18	1.9	18	88	0	52	54	0	2	42	1.15
86205054--86205107	28	1.9	28	81	7	65	46	14	9	29	1.76
86206932--86207097	87	1.9	86	95	1	296	34	11	12	41	1.78
86211183--86211313	65	2.0	65	98	0	253	29	10	16	42	1.82
86216856--86216980	27	4.6	27	84	0	115	42	21	9	26	1.83
86216845--86216967	54	2.3	54	82	2	131	43	21	12	22	1.86
86220023--86220075	18	2.9	18	85	0	70	47	13	20	18	1.82
86220372--86220440	27	2.6	27	85	0	84	44	14	10	30	1.78
86221343--86221390	23	2.1	23	92	0	78	45	8	27	18	1.78
86223852--86223949	27	3.6	27	82	5	110	40	20	13	25	1.88
86223841--86223949	54	2.0	54	82	7	132	39	20	15	24	1.91
86224554--86224579	12	2.2	12	100	0	52	26	0	23	50	1.50
86232144--86232235	43	2.2	43	82	5	107	27	18	23	30	1.98
86232542--86232579	16	2.4	16	86	4	51	50	2	15	31	1.58
86234994--86235149	42	3.7	42	82	6	181	30	24	14	31	1.94
86244291--86244386	27	3.6	27	85	0	102	44	18	13	22	1.85
86247819--86247924	27	3.9	27	86	0	131	38	21	14	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86251452--86251557	27	3.9	27	86	0	140	39	20	14	25	1.90
86253466--86253597	44	3.1	43	77	12	135	28	12	21	37	1.90
86253451--86253569	42	2.8	44	75	12	122	28	11	22	36	1.90
86256247--86256309	29	2.1	29	97	2	117	42	4	30	22	1.74
86257356--86257411	23	2.3	25	84	6	71	23	21	17	37	1.94
86257443--86257596	65	2.3	66	81	3	186	22	22	22	32	1.98
86258338--86258369	16	2.0	16	100	0	64	31	0	18	50	1.48
86260057--86260091	18	1.9	18	100	0	70	51	5	11	31	1.61
86260629--86260678	22	2.4	21	81	18	52	40	16	34	10	1.81
86267929--86268013	43	2.0	43	90	0	134	37	25	11	24	1.90
86273447--86273504	26	2.2	26	96	0	107	36	22	5	36	1.77
86274554--86274631	28	2.8	28	88	7	122	37	10	24	28	1.88
86278216--86278305	46	2.0	46	100	0	180	37	23	2	36	1.67
86278229--86278303	25	3.2	25	66	14	77	38	25	2	33	1.70
86287790--86287820	14	2.2	14	94	0	53	41	16	12	29	1.85
86288966--86289112	50	2.9	50	82	3	159	31	27	16	25	1.96
86296612--86296671	24	2.5	24	78	2	68	35	1	8	55	1.40
86296768--86296830	27	2.5	24	81	18	83	44	6	1	47	1.38
86296776--86296830	27	2.0	27	96	0	101	43	7	1	47	1.41
86297580--86297630	19	2.9	17	81	13	59	37	9	17	35	1.83
86297590--86297632	19	2.1	21	91	8	72	37	9	18	34	1.83
86300512--86300569	27	2.2	26	85	8	82	18	22	22	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86300584--86300678	24	3.9	24	75	10	86	13	27	22	36	1.92
86300599--86300678	24	3.3	23	81	8	88	12	28	22	36	1.91
86302303--86302327	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
86306080--86306139	25	2.5	25	78	5	70	15	23	18	43	1.87
86309197--86309344	57	2.6	57	73	11	140	33	17	18	29	1.94
86315296--86315339	20	2.2	20	84	8	54	25	18	4	52	1.64
86319560--86319666	40	2.7	40	89	4	144	24	20	26	28	1.99
86319577--86319666	40	2.2	40	96	0	162	23	21	27	27	1.99
86322627--86322777	33	4.7	33	78	8	112	35	12	23	29	1.91
86324753--86324780	14	2.0	14	100	0	56	35	14	0	50	1.43
86328007--86328106	24	4.2	23	77	10	78	27	22	16	35	1.94
86328057--86328119	23	2.8	23	79	11	69	28	26	14	30	1.95
86335649--86335724	23	3.3	23	78	10	68	22	18	21	38	1.94
86335673--86335724	22	2.3	22	83	9	61	23	19	21	36	1.95
86336362--86336426	33	2.0	33	100	0	130	27	3	18	50	1.61
86338726--86338836	28	3.9	27	76	6	96	26	31	15	27	1.96
86339051--86339101	16	3.2	16	78	15	61	15	19	15	49	1.80
86346495--86346602	28	3.8	28	80	2	110	26	31	14	26	1.95
86349108--86349291	67	2.9	63	79	7	208	29	17	29	22	1.97
86363597--86363656	30	2.0	30	93	0	102	25	1	15	58	1.46
86366287--86366316	15	1.9	16	93	6	53	66	10	3	20	1.35
86366446--86366487	22	2.0	21	90	4	66	14	40	0	45	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86372491--86372535	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
86376203--86376247	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
86381199--86381230	15	2.1	15	94	0	55	53	6	15	25	1.65
86390646--86390719	26	2.8	26	89	2	103	32	10	28	28	1.91
86395675--86395820	43	3.4	44	83	5	165	32	25	15	26	1.95
86395652--86395821	43	4.0	42	78	12	143	34	24	14	27	1.94
86406138--86406176	20	2.0	20	89	0	60	35	10	2	51	1.50
86412286--86412382	20	4.8	20	97	0	176	35	12	19	32	1.89
86412298--86412374	9	7.9	9	70	16	55	35	10	20	33	1.87
86412700--86412763	31	2.1	31	90	0	101	37	14	23	25	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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