genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23909316--23909353	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
23909378--23909417	18	2.3	18	86	4	55	17	22	2	57	1.52
23910234--23910266	17	1.9	17	93	0	57	60	0	0	39	0.97
23925198--23925243	19	2.4	19	96	0	83	26	19	15	39	1.91
23927910--23927988	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
23928107--23928517	47	8.7	47	95	0	662	29	29	8	33	1.86
23928157--23928235	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
23933675--23933761	38	2.3	38	81	2	102	45	9	5	39	1.60
23943566--23943813	55	4.7	53	79	7	238	35	17	23	22	1.95
23943566--23943768	108	1.9	110	84	6	279	34	17	23	24	1.96
23946363--23946427	21	3.0	22	72	4	78	24	24	4	46	1.72
23946351--23946419	21	3.2	21	71	4	66	23	26	7	43	1.79
23947676--23947720	20	2.2	20	96	0	81	37	17	13	31	1.89
23957656--23957816	42	3.8	42	79	4	155	30	22	16	31	1.95
23966149--23966223	20	3.4	20	67	22	60	54	9	6	29	1.58
23966114--23966233	47	2.6	47	90	0	186	51	10	8	30	1.64
23969264--23969320	14	3.5	17	79	18	68	1	19	1	77	0.95
23969272--23969321	6	8.2	6	80	10	57	0	20	2	78	0.86
23969264--23969321	18	3.2	16	81	13	53	1	18	1	77	0.94
23969277--23969329	24	2.2	24	83	6	63	0	16	5	77	0.96
23971838--23972239	48	8.4	48	96	0	678	34	6	29	30	1.83
23972380--23972482	37	2.8	37	95	0	179	23	19	32	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23973762--23974119	40	8.9	40	89	0	545	22	21	30	26	1.99
23973762--23974119	120	3.0	120	94	0	610	22	21	30	26	1.99
23977661--23978062	48	8.4	48	96	0	678	34	6	29	30	1.83
23979547--23979903	40	8.9	40	89	0	545	22	21	29	26	1.99
23983450--23983816	48	7.4	48	87	7	518	34	5	29	30	1.81
23983496--23983809	107	3.0	106	90	5	500	34	5	28	30	1.81
23983564--23983654	28	3.1	28	66	25	80	32	6	28	31	1.83
23983957--23984096	37	3.8	37	96	0	253	23	19	32	25	1.98
23991852--23991912	30	2.1	29	93	3	104	26	14	22	36	1.93
23993506--23993627	61	2.0	61	100	0	244	31	22	13	32	1.92
23995204--23995277	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
24003931--24004286	46	7.6	46	73	11	183	27	20	28	24	1.99
24004134--24004246	49	2.3	49	87	3	156	29	23	27	20	1.99
24008225--24008394	46	3.7	46	77	10	202	30	30	18	20	1.97
24008233--24008403	93	1.8	93	92	0	288	29	29	19	21	1.98
24010673--24010744	20	3.6	19	67	12	54	25	15	15	44	1.85
24010658--24010740	41	2.0	41	95	0	148	21	16	14	46	1.83
24014106--24014238	49	2.7	50	82	3	144	27	17	31	24	1.97
24016910--24017000	20	4.6	20	66	8	51	38	15	27	18	1.91
24016809--24017015	81	2.6	79	80	6	193	37	14	29	18	1.91
24016866--24017009	40	3.6	41	76	3	123	38	15	27	18	1.91
24022251--24022281	5	6.2	5	100	0	62	38	19	19	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24022807--24022848	16	2.4	17	80	15	50	50	0	26	23	1.50
24023169--24023205	9	4.1	9	85	0	56	29	8	13	48	1.71
24026980--24027084	54	1.9	54	94	0	183	23	27	25	22	2.00
24029291--24029362	33	2.1	34	85	7	94	30	27	22	19	1.98
24029283--24029376	33	2.8	32	81	9	93	29	24	23	22	1.99
24047598--24047705	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
24049186--24049238	26	2.0	26	85	7	72	33	22	15	28	1.94
24051020--24051245	50	4.5	50	78	8	217	25	18	26	29	1.98
24051118--24051201	28	3.2	27	68	25	81	25	15	30	28	1.96
24059419--24059540	50	2.4	50	82	2	129	34	12	10	42	1.77
24059983--24060098	31	3.7	31	79	8	117	28	9	15	46	1.77
24060262--24060311	25	2.0	25	96	0	91	34	10	8	48	1.66
24069581--24069615	18	1.9	18	94	0	61	34	14	20	31	1.92
24070763--24070845	41	2.0	41	100	0	166	24	34	21	19	1.96
24074778--24074815	19	2.0	19	94	0	67	34	15	23	26	1.95
24077740--24077815	39	1.9	39	97	0	143	34	9	10	46	1.70
24077830--24077951	50	2.4	52	81	12	153	36	15	12	36	1.85
24079251--24079293	20	2.1	21	91	4	70	34	23	2	39	1.67
24082421--24082452	15	2.1	15	94	0	55	21	0	53	25	1.46
24085115--24085139	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
24090007--24090094	44	2.0	44	93	0	149	37	12	11	38	1.79
24094331--24094482	43	3.5	42	81	11	166	25	19	25	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24099912--24099957	20	2.3	20	88	0	65	32	19	26	21	1.97
24099923--24099958	10	3.6	10	88	0	54	33	13	30	22	1.93
24102013--24102053	19	2.1	20	95	4	75	0	24	4	70	1.06
24103008--24103042	9	3.8	9	88	3	52	11	2	0	85	0.69
24104304--24104369	33	2.0	33	100	0	132	33	12	27	27	1.92
24105490--24105528	20	2.0	20	89	0	60	41	20	20	17	1.91
24107590--24107630	19	2.1	20	95	4	75	0	24	4	70	1.06
24107678--24107719	14	2.9	15	82	10	52	4	21	4	69	1.26
24109900--24109932	15	2.1	16	88	5	50	63	6	0	30	1.18
24110172--24110217	20	2.3	20	84	0	56	32	17	26	23	1.97
24110338--24110382	17	2.6	17	85	0	63	28	37	13	20	1.90
24113244--24113348	45	2.4	44	73	19	103	48	0	2	48	1.16
24113335--24113383	25	2.0	24	88	4	71	57	0	2	40	1.10
24113955--24114010	23	2.5	21	78	21	60	44	1	0	53	1.11
24114517--24114591	22	3.3	22	68	17	71	41	4	9	45	1.55
24114501--24114594	47	2.0	47	100	0	188	38	4	8	48	1.53
24114501--24114575	25	3.1	25	67	18	77	36	5	8	50	1.54
24114507--24114583	25	3.2	25	66	23	74	35	3	9	51	1.52
24117884--24117931	24	2.0	24	100	0	96	25	16	4	54	1.60
24124040--24124107	33	2.1	33	100	0	136	36	8	17	36	1.81
24126808--24126891	36	2.3	36	91	4	134	41	30	11	15	1.83
24136249--24136455	53	3.8	53	77	4	200	20	24	17	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24149053--24149221	40	4.3	40	87	5	220	23	20	27	28	1.99
24149053--24149221	79	2.1	79	84	6	218	23	20	27	28	1.99
24152309--24152488	89	2.0	89	100	0	360	43	13	11	31	1.79
24159951--24160126	47	3.7	47	96	1	309	32	7	29	29	1.86
24160245--24160323	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
24162124--24162238	29	4.0	30	74	9	107	27	32	11	28	1.91
24162311--24162347	19	2.0	18	89	5	56	18	40	16	24	1.90
24162482--24162512	16	1.9	16	93	0	53	6	25	25	41	1.79
24169837--24169951	29	4.0	29	73	5	99	27	31	12	28	1.92
24170172--24170217	24	1.9	24	90	0	74	8	21	19	50	1.75
24170167--24170217	16	3.2	16	82	0	57	9	21	17	50	1.74
24178142--24178193	27	1.9	27	88	0	77	34	17	17	30	1.93
24184033--24184428	131	3.0	131	97	0	747	27	14	20	37	1.91
24186487--24186562	33	2.3	34	88	8	113	26	19	23	30	1.98
24190872--24191034	81	2.0	81	100	0	326	26	31	20	20	1.98
24190976--24191237	93	2.8	93	90	2	418	29	28	19	23	1.98
24191023--24191191	47	3.6	47	73	15	170	30	28	17	23	1.97
24190969--24191280	46	6.7	46	74	11	287	29	28	18	23	1.98
24194218--24194255	18	2.1	18	100	0	76	42	21	10	26	1.85
24196156--24196195	19	2.1	19	86	9	55	37	2	5	55	1.35
24202944--24203102	43	3.7	43	80	9	164	25	16	25	32	1.97
24202943--24203102	86	1.9	85	81	6	198	25	16	25	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24203264--24203307	21	2.0	22	86	4	63	40	0	27	31	1.56
24205932--24206014	41	2.0	41	95	0	148	40	14	16	27	1.88
24210599--24210758	86	1.9	85	84	8	218	22	18	28	30	1.97
24210600--24210758	43	3.7	43	81	10	191	22	18	28	30	1.98
24211105--24211224	56	2.1	56	96	0	222	45	9	23	21	1.80
24212491--24213040	47	11.6	47	93	1	804	33	9	29	27	1.88
24212891--24213012	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
24215320--24215688	40	9.3	39	87	4	169	24	20	26	27	1.99
24215438--24215757	40	8.0	40	89	0	442	25	20	27	27	1.99
24218342--24218891	47	11.6	47	93	1	804	33	9	29	27	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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