genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.254.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87462163--87462192	9	3.3	9	90	0	51	13	23	10	53	1.69
87474292--87474441	43	3.5	44	76	9	130	30	24	18	27	1.98
87487880--87487989	42	2.6	42	86	4	159	33	26	17	22	1.96
87487871--87488033	43	3.8	42	81	8	177	34	26	15	22	1.95
87498059--87498085	9	3.0	9	100	0	54	66	0	22	11	1.22
87504063--87504162	39	2.6	39	88	1	139	38	23	25	14	1.92
87504061--87504162	38	2.7	38	87	1	141	37	23	25	13	1.92
87507014--87507346	48	6.9	48	76	7	291	24	29	19	26	1.98
87507014--87507347	144	2.3	143	81	5	350	24	29	19	26	1.98
87509289--87509460	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
87509282--87509457	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
87516860--87517031	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
87516853--87517028	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
87525146--87525432	144	2.0	143	83	5	364	26	30	17	25	1.97
87525146--87525419	48	5.7	48	84	1	302	25	30	17	26	1.97
87526799--87526852	26	2.1	26	96	0	99	33	0	20	46	1.51
87531086--87531154	30	2.3	30	87	0	93	27	26	14	31	1.95
87533919--87533953	10	3.5	10	92	7	54	54	5	0	40	1.24
87534483--87534507	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
87534832--87534890	27	2.2	27	96	0	109	44	10	6	38	1.65
87536639--87536771	66	2.0	66	91	0	212	39	18	24	17	1.92
87542041--87542091	26	2.0	26	96	0	93	29	3	23	43	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87542695--87542754	30	2.0	30	93	0	102	25	1	15	58	1.46
87545698--87545740	13	3.4	13	80	6	52	30	0	20	48	1.50
87545901--87545997	33	2.8	35	72	20	89	51	1	2	45	1.19
87548669--87548712	22	2.0	22	95	0	79	27	25	13	34	1.93
87550133--87550187	27	2.1	26	89	3	83	43	7	7	41	1.60
87554813--87554881	34	2.0	34	97	0	129	53	10	8	27	1.64
87559763--87559806	22	2.0	23	86	4	63	68	6	2	22	1.25
87563202--87563359	43	3.7	42	81	4	147	32	24	17	26	1.96
87567273--87567309	13	2.8	13	91	0	56	59	8	8	24	1.53
87571830--87571943	56	2.0	56	89	0	174	50	12	8	28	1.69
87572514--87572546	14	2.3	15	89	5	50	63	3	18	15	1.43
87572760--87572856	45	2.1	45	90	1	149	52	21	5	20	1.66
87572817--87572855	13	2.9	14	84	7	53	51	25	2	20	1.60
87572772--87572867	45	2.1	45	88	0	138	48	26	4	20	1.67
87578363--87578447	40	2.1	40	91	0	134	50	7	18	23	1.71
87582441--87582477	16	2.3	17	81	13	51	59	24	0	16	1.37
87591249--87591306	29	2.0	29	100	0	116	37	13	17	31	1.89
87596619--87596815	98	2.0	98	100	0	394	30	21	6	41	1.77
87608679--87608725	23	2.0	23	100	0	94	31	17	12	38	1.87
87613227--87613280	25	2.2	25	86	0	72	25	18	18	37	1.94
87617745--87617775	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
87617742--87617781	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87617988--87618221	55	4.4	54	77	10	225	22	24	17	36	1.94
87618014--87618211	108	1.8	110	87	4	303	23	24	16	35	1.95
87621665--87621755	29	3.2	30	81	9	111	24	14	32	28	1.94
87622050--87622150	27	3.7	27	81	0	103	37	24	9	27	1.87
87624229--87624587	94	3.8	93	79	12	371	28	20	29	21	1.98
87624226--87624587	141	2.6	140	79	10	389	27	21	29	21	1.98
87624226--87624587	47	7.7	46	75	14	278	27	21	29	21	1.98
87632000--87632225	91	2.4	95	79	9	232	27	19	30	22	1.98
87632007--87632173	47	3.6	45	76	10	160	26	18	30	23	1.98
87643964--87643994	16	1.9	16	93	0	53	64	3	12	19	1.41
87645614--87645668	20	2.8	20	88	0	83	34	10	12	41	1.78
87653080--87653143	32	2.0	33	81	9	78	28	18	25	28	1.98
87660775--87660800	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
87662550--87662592	20	2.2	20	100	0	86	41	9	18	30	1.82
87663006--87663154	75	2.0	75	94	2	264	32	16	25	24	1.96
87665520--87665562	22	2.0	21	81	4	50	46	0	0	53	1.00
87666744--87666792	19	2.6	19	86	0	71	53	4	10	32	1.54
87666813--87666965	73	2.1	73	98	0	297	37	7	9	45	1.65
87667089--87667128	20	2.0	20	85	5	53	37	0	5	57	1.21
87667366--87667421	28	2.0	28	86	6	78	39	0	7	53	1.28
87667507--87667541	14	2.4	15	85	4	54	65	2	2	28	1.21
87667507--87667549	15	2.9	15	83	10	54	60	2	2	34	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87675584--87675623	20	2.0	20	85	9	55	50	2	2	45	1.28
87676050--87676081	9	3.6	9	95	0	55	34	6	0	59	1.23
87681738--87681778	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
87685602--87685631	14	2.1	14	100	0	60	56	16	6	20	1.62
87691955--87692486	106	5.1	105	80	8	606	31	12	15	39	1.86
87692296--87692519	106	2.1	107	81	6	265	32	12	13	41	1.83
87693870--87693958	45	2.0	43	86	4	124	53	2	3	40	1.30
87694726--87694762	19	1.9	19	88	0	56	32	13	2	51	1.55
87695409--87695437	5	5.8	5	100	0	58	20	20	20	37	1.94
87695632--87695742	51	2.1	52	81	3	125	29	15	25	29	1.96
87698085--87698122	20	1.9	20	88	0	58	50	10	2	36	1.51
87698705--87698756	15	3.5	15	70	15	54	28	9	9	51	1.66
87698737--87698797	31	2.0	31	83	6	79	27	11	13	47	1.77
87700543--87700584	16	2.6	16	80	0	57	33	2	0	64	1.07
87701047--87701113	23	2.9	23	71	13	57	76	4	13	5	1.13
87701555--87701619	19	3.4	19	78	2	58	44	10	1	43	1.48
87703551--87703594	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
87703618--87703654	16	2.3	17	81	13	51	59	0	2	37	1.12
87703687--87703744	15	3.6	15	72	17	53	50	1	1	46	1.22
87706418--87706486	34	2.0	34	97	0	129	39	15	8	36	1.79
87706783--87706908	58	2.2	58	85	5	166	53	1	1	42	1.19
87706783--87706945	58	2.8	57	80	9	127	55	2	1	40	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87719781--87719995	46	4.7	44	73	13	157	22	28	20	27	1.99
87728304--87728498	40	4.9	40	86	3	268	26	28	20	24	1.99
87731512--87731611	51	2.0	51	84	7	132	33	26	18	23	1.97
87731574--87731655	43	1.9	43	87	0	119	25	26	21	25	2.00
87739543--87739629	43	2.0	42	88	2	129	31	29	14	24	1.95
87746295--87746434	57	2.4	56	75	15	135	32	24	15	27	1.96
87750559--87750619	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
87755027--87755087	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
87758711--87758769	16	3.5	17	76	6	66	64	3	0	32	1.10
87758868--87758896	14	2.1	14	100	0	58	44	6	6	41	1.58
87759244--87759295	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
87761697--87761737	21	1.9	22	85	5	57	53	24	4	17	1.63
87762484--87762587	42	2.4	44	84	9	144	32	25	17	25	1.97
87762988--87763115	44	3.0	42	82	7	132	32	22	17	27	1.96
87763478--87763528	21	2.5	21	75	9	52	31	25	3	39	1.74
87766605--87766663	29	2.0	29	90	3	91	32	25	6	35	1.82
87773111--87773214	43	2.4	44	79	9	117	34	24	14	26	1.94
87777558--87777609	16	3.0	16	75	20	50	46	0	0	53	1.00
87778626--87778680	15	3.7	15	87	2	76	38	0	10	50	1.37
87788827--87788868	20	2.2	20	87	12	61	50	0	21	28	1.49
87798738--87798874	40	3.5	40	80	6	154	24	22	27	25	2.00
87805637--87805688	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87806775--87806799	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
87808010--87808040	14	2.1	15	94	5	55	32	0	0	67	0.91
87812037--87812336	83	3.7	83	81	12	290	28	21	18	32	1.96
87812160--87812306	73	2.0	73	100	0	294	25	19	19	35	1.95
87812262--87813063	119	6.7	119	95	0	1451	30	20	17	32	1.95
87813898--87813957	8	7.0	8	75	17	50	10	6	0	83	0.81
87813901--87813960	24	2.4	26	86	8	81	8	6	0	85	0.76
87813898--87813937	14	3.0	14	85	10	57	12	0	0	87	0.54
87814041--87814176	68	2.0	68	100	0	272	27	27	17	26	1.98
87818919--87819103	92	2.0	91	96	1	343	15	24	13	47	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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