genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6423092--6423171	39	2.0	40	90	4	126	33	13	12	40	1.83
6429497--6429700	43	4.7	43	69	6	142	20	20	20	39	1.93
6429757--6429912	44	3.5	44	71	15	151	17	24	20	37	1.93
6429491--6429925	87	5.0	87	85	4	549	20	21	20	38	1.94
6439071--6439319	50	4.8	50	84	4	275	20	29	24	25	1.99
6439070--6439319	100	2.4	104	87	6	348	21	29	24	25	1.99
6439414--6439445	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
6439657--6439714	30	1.9	30	85	0	80	31	24	1	43	1.64
6441113--6441155	22	2.0	22	81	9	52	13	25	6	53	1.65
6443335--6443415	27	3.0	26	77	7	81	58	7	4	29	1.47
6443603--6443650	17	2.8	17	77	3	51	56	4	4	35	1.38
6443749--6443801	24	2.2	24	100	0	106	54	3	11	30	1.53
6445132--6445183	25	2.0	26	85	3	70	25	13	23	38	1.91
6446632--6446715	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
6450476--6450686	64	3.2	64	61	20	142	29	25	18	26	1.98
6450442--6450728	137	2.1	137	98	0	547	31	24	19	24	1.98
6452517--6452600	26	3.2	25	93	3	132	36	23	4	34	1.76
6463437--6463466	14	2.1	14	93	0	51	23	6	3	66	1.30
6463390--6463790	172	2.3	174	86	3	542	27	15	19	36	1.93
6463381--6463944	87	6.7	87	78	8	545	29	16	19	35	1.93
6463709--6463989	76	3.7	75	78	8	279	30	15	18	35	1.92
6463709--6463989	153	1.9	149	82	7	352	30	15	18	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6463803--6464025	78	2.9	78	82	7	199	30	17	18	33	1.94
6464196--6464315	30	4.1	30	78	7	131	32	20	2	44	1.65
6464193--6464331	60	2.4	59	86	2	199	33	21	2	42	1.68
6464536--6464587	16	3.6	14	75	12	52	69	15	5	9	1.35
6467360--6467419	26	2.3	26	79	2	66	61	3	5	30	1.33
6467491--6467543	21	2.7	20	80	8	56	60	5	1	32	1.31
6467503--6467545	21	2.0	21	86	9	59	58	6	2	32	1.38
6477302--6477365	32	2.0	32	84	6	85	56	6	4	32	1.45
6477435--6477505	28	2.5	28	80	17	83	69	0	2	28	1.03
6477480--6477523	17	2.5	17	88	3	61	72	2	2	22	1.07
6477465--6477563	45	2.2	44	79	15	107	66	3	2	28	1.17
6477437--6477508	30	2.5	28	75	18	76	69	0	2	27	1.02
6477582--6477845	7	36.9	7	65	21	79	58	1	3	35	1.27
6477583--6477698	20	5.6	20	67	23	53	56	1	4	37	1.29
6477673--6477881	27	8.0	27	71	17	113	62	1	3	33	1.21
6477725--6477880	37	4.4	34	72	18	117	64	1	1	32	1.16
6479623--6479784	89	1.8	89	84	5	222	26	20	18	33	1.96
6479829--6480451	44	14.2	44	71	17	356	29	25	15	29	1.96
6479837--6480296	176	2.6	176	87	5	635	30	25	15	28	1.95
6480211--6480476	128	2.1	128	80	8	292	28	24	16	30	1.97
6488557--6488593	15	2.5	16	87	12	53	43	10	24	21	1.84
6492254--6492317	32	2.0	32	84	6	85	56	6	4	32	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6492389--6492459	28	2.5	28	80	17	83	69	0	2	28	1.03
6492387--6492516	38	3.5	37	70	23	112	67	2	2	27	1.15
6492434--6492474	17	2.4	17	87	4	55	73	2	2	21	1.07
6492391--6492462	30	2.5	28	75	18	76	69	0	2	27	1.02
6492427--6492478	18	2.8	18	80	11	61	71	1	1	25	1.07
6492537--6492803	7	37.9	7	65	21	80	59	1	3	35	1.26
6492391--6492837	16	26.6	16	64	26	89	61	2	3	32	1.23
6492538--6492653	20	5.6	20	67	23	53	56	1	4	37	1.29
6492399--6492803	27	14.7	27	66	24	122	60	2	3	34	1.25
6492682--6492765	13	6.4	13	78	18	86	63	0	2	34	1.08
6492691--6492839	27	5.7	25	68	20	67	65	2	2	30	1.15
6493506--6493530	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
6493670--6493730	28	2.2	28	90	0	95	26	14	21	37	1.92
6493719--6493773	28	2.0	28	100	0	110	32	18	18	30	1.95
6494267--6494300	17	2.0	17	94	0	59	17	0	32	50	1.47
6495871--6495947	31	2.6	30	77	6	84	36	11	12	38	1.80
6496213--6496258	23	2.0	23	91	0	74	43	17	10	28	1.82
6496690--6496828	55	2.5	57	96	2	255	43	8	20	27	1.81
6496939--6497021	40	2.1	40	86	4	114	39	21	18	20	1.92
6518452--6518510	19	3.1	19	82	4	66	40	28	5	25	1.77
6528749--6528815	30	2.2	30	100	0	134	38	0	11	49	1.40
6529292--6529363	21	3.2	21	66	27	58	37	11	26	25	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6529291--6529544	46	5.6	46	85	7	315	40	14	25	20	1.89
6529301--6529544	87	2.7	87	84	8	292	40	14	25	19	1.90
6530950--6531005	20	2.6	21	78	10	69	55	5	5	33	1.45
6531071--6531095	12	2.1	12	100	0	50	60	0	8	32	1.26
6531010--6531103	49	1.9	49	80	8	111	47	6	11	34	1.65
6531279--6531308	3	10.0	3	92	0	51	63	0	0	36	0.95
6531475--6531535	21	2.8	22	85	7	79	50	4	9	34	1.57
6533793--6533848	19	3.0	20	71	10	55	32	0	1	66	1.03
6535535--6535604	19	3.6	19	75	5	59	67	4	0	28	1.10
6535694--6535736	20	2.2	19	84	12	52	34	4	0	60	1.17
6535803--6535829	14	1.9	14	100	0	54	25	0	0	74	0.83
6536046--6536099	28	2.0	26	85	7	72	51	7	14	25	1.68
6540099--6540134	3	12.0	3	87	0	54	30	30	0	38	1.58
6542554--6542639	4	21.5	4	100	0	172	50	0	24	25	1.50
6547306--6547362	26	2.1	27	83	9	71	61	0	1	36	1.07
6551927--6551972	15	2.9	15	90	6	65	67	0	6	26	1.15
6551894--6551960	21	3.0	23	76	21	72	64	0	5	29	1.17
6551921--6552007	44	2.0	44	82	13	108	65	0	8	26	1.20
6551919--6552005	15	6.0	14	75	13	61	65	0	8	26	1.20
6553023--6553688	44	15.1	44	64	14	257	21	21	21	35	1.96
6553002--6553702	88	8.0	88	88	0	938	21	22	21	34	1.96
6553646--6553919	132	2.1	132	91	0	440	27	22	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6553756--6554271	177	2.9	177	90	0	825	27	22	20	30	1.98
6558806--6558851	19	2.4	19	85	7	58	43	13	21	21	1.86
6560598--6560659	18	3.5	16	79	14	52	37	17	9	35	1.83
6560609--6560661	18	2.9	18	88	0	70	39	16	9	33	1.81
6560804--6560837	6	5.7	6	92	0	59	47	17	17	17	1.84
6563489--6563536	23	2.1	23	84	3	62	60	8	2	29	1.37
6563718--6563784	21	3.0	23	76	21	72	64	0	5	29	1.17
6563717--6563814	29	3.4	28	71	23	69	63	0	8	28	1.23
6563751--6563796	15	2.9	15	90	6	65	67	0	6	26	1.15
6563776--6563816	14	2.8	15	75	20	50	60	0	9	29	1.28
6563751--6563811	15	4.1	14	80	16	54	67	0	6	26	1.15
6568305--6568389	38	2.2	39	85	8	120	24	24	18	31	1.98
6574746--6574886	38	3.7	39	90	4	148	21	24	21	31	1.98
6574764--6574886	38	3.2	38	94	3	203	21	23	21	33	1.97
6579082--6579112	15	2.1	15	100	0	62	41	6	0	51	1.27
6579078--6579125	13	3.5	14	83	10	55	37	8	2	52	1.44
6579153--6579270	13	8.8	13	77	3	92	38	16	0	43	1.55
6579134--6579218	40	2.1	40	84	4	109	37	17	1	43	1.57
6582482--6582569	46	1.9	46	95	0	158	27	9	21	42	1.83
6585570--6585600	9	3.3	9	95	4	53	58	0	0	41	0.98
6586016--6586074	28	2.1	28	84	9	75	47	0	0	52	1.00
6586085--6586200	61	1.9	58	87	5	169	43	3	3	50	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6588773--6588811	21	1.9	20	94	5	69	46	48	0	5	1.24
6590038--6590108	26	2.7	26	75	16	67	26	8	0	64	1.22
6590080--6590110	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
6603058--6603392	73	4.6	72	81	8	351	27	15	23	33	1.95
6603109--6603377	142	1.9	147	85	5	388	26	15	25	33	1.95
6604358--6604396	21	1.9	20	94	5	69	46	48	0	5	1.24
6628489--6628534	17	2.8	17	90	3	67	23	0	45	30	1.53
6633221--6633262	20	2.0	21	86	9	59	38	0	7	54	1.28
6638409--6638460	12	4.3	12	77	0	50	3	17	7	71	1.25
6640728--6640771	20	2.2	20	87	0	61	29	36	20	13	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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