genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15878409--15878449	13	3.0	14	76	20	50	43	0	0	56	0.99
15878610--15878703	35	2.5	40	84	10	108	43	9	1	45	1.43
15879844--15879896	13	4.2	13	79	13	56	71	1	1	24	1.06
15879851--15879885	17	2.0	18	88	5	54	74	2	0	22	0.95
15882291--15882343	27	2.0	26	96	3	97	30	20	0	49	1.50
15890129--15890211	43	1.9	43	95	0	148	38	25	14	21	1.91
15897138--15897175	15	2.6	15	88	12	53	65	0	5	28	1.14
15917453--15917512	23	2.7	23	82	7	70	46	1	3	48	1.28
15918940--15918979	18	2.2	18	86	0	53	40	2	2	55	1.27
15918992--15919030	14	2.7	15	88	11	55	46	0	2	51	1.14
15922057--15922087	7	4.4	7	91	0	53	90	9	0	0	0.46
15929314--15929528	48	4.6	47	76	14	162	27	17	29	25	1.97
15946271--15946389	34	3.5	35	73	13	115	28	13	16	41	1.87
15946448--15946617	45	3.8	45	84	1	234	22	20	15	41	1.90
15946465--15946539	24	3.2	24	68	11	66	25	24	9	41	1.84
15952244--15952285	17	2.5	17	96	0	75	35	16	19	28	1.93
15990579--15990620	18	2.4	18	96	4	77	45	4	11	38	1.62
15993498--15993703	51	4.0	51	94	1	342	30	14	26	29	1.95
15995324--15995353	15	2.0	15	93	0	51	26	0	16	56	1.40
15995897--15996089	56	3.4	56	84	0	242	29	13	23	33	1.94
16002098--16002322	110	2.0	110	98	0	432	34	9	7	48	1.65
16003215--16003248	17	2.0	17	94	0	59	29	29	2	38	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16004393--16004537	74	2.0	74	87	0	209	22	22	35	20	1.96
16008729--16008773	18	2.5	17	79	10	54	60	4	0	35	1.17
16011438--16011496	29	2.0	29	100	0	118	27	10	20	42	1.84
16014344--16014703	46	7.6	49	73	11	182	28	20	27	23	1.99
16020107--16020142	18	2.0	18	100	0	72	55	22	0	22	1.44
16022737--16022766	15	2.0	15	93	0	51	50	33	13	3	1.58
16037746--16037973	48	4.9	48	78	7	252	27	25	20	26	1.99
16050310--16050354	17	2.5	17	85	7	54	55	2	2	40	1.24
16054491--16054590	50	2.0	50	96	0	182	27	19	23	31	1.98
16056288--16056368	33	2.5	33	83	0	99	17	16	43	23	1.88
16058542--16059293	138	5.2	143	82	11	892	28	6	8	57	1.53
16058544--16059293	284	2.6	284	90	4	1141	28	6	8	57	1.53
16059147--16059181	12	2.9	12	86	0	52	22	0	2	74	0.95
16059153--16059413	120	2.1	122	90	2	418	27	6	9	57	1.55
16059486--16059561	16	4.7	16	76	9	82	21	5	2	71	1.19
16060041--16060115	17	4.4	16	78	20	64	1	33	0	65	1.01
16060034--16060115	3	28.3	3	74	16	75	1	35	0	63	1.02
16060034--16060110	22	3.5	22	84	7	68	1	35	0	63	1.03
16060057--16060115	8	7.1	8	76	16	50	0	32	0	67	0.91
16060064--16060114	20	2.5	20	93	6	86	0	31	0	68	0.90
16062626--16062717	21	4.4	21	67	24	61	64	2	5	28	1.27
16062964--16062997	18	1.9	17	94	5	59	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16062949--16063015	21	3.5	20	80	19	72	29	1	1	67	1.09
16062949--16063015	19	3.5	18	78	11	71	29	1	1	67	1.09
16070218--16070362	40	3.6	40	82	0	146	30	22	15	32	1.94
16070270--16070375	40	2.7	40	87	0	149	30	25	13	31	1.93
16070270--16070409	40	3.5	39	82	5	147	31	23	13	31	1.93
16074845--16074876	16	2.0	16	93	0	55	43	9	6	40	1.62
16078100--16078126	14	1.9	14	100	0	54	48	14	7	29	1.71
16081161--16081192	16	2.0	16	93	0	55	15	43	25	15	1.86
16103016--16103239	40	5.6	40	82	2	263	25	23	26	25	2.00
16105100--16105250	28	5.4	28	92	1	223	25	11	28	33	1.92
16113333--16113483	28	5.4	28	92	1	223	25	11	28	33	1.92
16122852--16123076	40	5.6	40	85	2	290	25	24	27	23	2.00
16122852--16123112	80	3.3	80	83	3	303	25	24	26	23	2.00
16128918--16128948	11	2.9	11	95	4	55	6	9	0	83	0.79
16133871--16133927	8	7.1	8	82	6	62	43	1	0	54	1.10
16141162--16141337	46	3.8	45	78	10	194	22	21	28	28	1.99
16141161--16141329	93	1.8	93	92	0	284	22	21	28	27	1.99
16142937--16142968	6	5.3	6	96	0	55	43	15	21	18	1.87
16143813--16143857	20	2.4	19	86	13	67	0	35	0	64	0.94
16143813--16143850	17	2.3	17	86	4	51	0	34	0	65	0.93
16143926--16143957	16	1.9	17	93	6	57	43	0	0	56	0.99
16144531--16144596	25	2.6	25	77	13	73	36	16	25	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16145904--16145966	32	2.0	32	84	6	83	41	7	6	44	1.59
16150438--16150596	43	3.7	43	76	9	146	29	27	18	23	1.98
16162197--16162468	40	6.8	40	88	2	334	27	26	20	24	1.99
16162168--16162467	80	3.8	80	87	2	390	28	26	20	24	1.99
16162168--16162468	120	2.5	120	89	1	435	28	26	20	24	1.99
16165609--16165647	14	2.8	14	100	0	78	20	7	12	58	1.58
16169130--16169260	43	3.0	42	77	8	120	33	22	17	25	1.96
16180338--16180467	47	2.8	47	79	5	122	25	27	18	28	1.98
16185255--16185501	126	2.0	127	89	0	379	30	17	19	31	1.95
16185759--16185825	34	1.9	35	87	3	100	23	37	4	34	1.75
16185807--16185831	13	1.9	13	100	0	50	32	40	4	24	1.73
16188810--16188953	43	3.3	42	83	5	171	28	15	26	29	1.96
16201900--16203565	554	3.0	554	100	0	3332	22	18	19	39	1.92
16207940--16208039	49	2.0	49	96	0	182	31	18	22	29	1.97
16209504--16209683	47	3.9	46	70	14	136	21	31	19	27	1.97
16215152--16215585	47	9.1	47	88	4	636	31	9	30	28	1.88
16215155--16215585	96	4.5	96	95	1	688	31	9	31	28	1.88
16215152--16215585	143	3.0	143	89	3	658	31	9	30	28	1.88
16219020--16219080	30	2.0	30	90	0	95	36	9	14	39	1.80
16219971--16220123	43	3.6	43	77	10	163	24	18	24	32	1.97
16224684--16225119	47	9.3	47	93	0	737	27	29	8	33	1.87
16224994--16225069	22	3.3	22	66	16	64	26	30	10	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16228179--16228276	28	3.5	28	66	10	83	28	33	19	18	1.95
16228206--16228303	28	3.5	28	67	15	85	30	27	20	21	1.98
16228179--16228305	56	2.3	56	93	5	229	29	31	19	19	1.97
16228288--16228342	25	2.2	25	87	6	76	27	29	12	30	1.93
16228511--16228653	40	3.6	40	93	1	234	27	30	21	20	1.98
16228719--16228831	38	3.0	38	86	0	127	24	29	16	29	1.97
16230776--16231211	47	9.3	47	93	0	719	27	29	8	33	1.87
16231086--16231161	22	3.3	22	66	16	64	26	30	10	32	1.90
16233962--16234139	40	4.3	41	75	12	125	28	24	16	31	1.96
16258642--16258790	42	3.5	41	82	9	167	24	19	27	28	1.99
16258640--16258798	43	3.7	41	81	10	169	24	19	27	28	1.99
16259797--16259906	27	4.0	28	82	3	109	35	18	22	23	1.96
16260011--16260071	26	2.3	26	88	0	86	26	8	27	37	1.85
16260011--16260084	26	2.8	26	83	0	67	28	6	24	40	1.80
16264715--16264788	23	3.2	23	86	0	103	25	37	20	16	1.93
16268041--16268095	27	2.1	27	83	10	69	34	21	23	20	1.97
16277548--16277706	44	3.7	42	76	10	146	24	18	25	30	1.98
16281768--16281816	16	3.1	16	79	2	55	48	0	4	46	1.20
16285306--16285336	10	3.0	10	95	4	53	58	0	19	22	1.40
16287050--16287190	57	2.4	58	79	8	155	33	21	14	29	1.94
16298198--16298231	13	2.5	13	95	4	59	52	0	2	44	1.16
16308589--16308646	22	2.6	22	83	0	71	41	24	18	15	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16311805--16311836	15	2.1	15	100	0	64	56	6	0	37	1.25
16316007--16316112	43	2.5	43	81	6	124	29	23	17	29	1.97
16329037--16329079	21	2.1	21	86	4	61	23	2	23	51	1.60
16332006--16332037	15	2.1	15	100	0	64	34	12	0	53	1.39
16344269--16344355	40	2.2	40	93	0	147	18	27	33	20	1.96
16345914--16346057	64	2.2	64	92	0	234	26	28	14	30	1.95
16351972--16352083	46	2.4	46	92	0	179	24	22	27	25	2.00
16351981--16352102	46	2.7	46	89	5	167	22	21	28	27	1.99
16358022--16358116	43	2.2	43	96	0	172	22	35	27	14	1.93
16365711--16365753	12	3.5	12	76	17	52	60	2	4	32	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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