genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.246.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84557639--84557717	38	2.1	38	95	0	140	31	6	12	49	1.66
84561166--84561335	46	3.7	44	77	7	144	25	28	18	27	1.98
84562208--84562233	12	2.2	12	100	0	52	15	15	23	46	1.83
84562238--84562373	40	3.4	41	89	5	206	35	22	23	19	1.96
84562676--84562729	15	3.7	15	76	16	51	22	1	35	40	1.65
84562677--84562736	21	2.8	21	80	7	59	25	1	35	38	1.66
84563371--84563422	6	8.3	6	85	14	70	76	1	0	21	0.87
84563371--84563422	19	2.7	19	94	5	88	76	1	0	21	0.87
84563371--84563422	13	4.2	12	85	14	70	76	1	0	21	0.87
84568605--84568633	14	2.0	15	93	6	51	65	0	34	0	0.93
84570655--84570694	20	2.1	19	85	4	53	80	2	10	7	1.00
84571060--84571105	24	1.9	24	82	8	58	36	6	4	52	1.47
84571291--84571378	24	3.6	24	72	17	74	37	6	2	53	1.40
84575354--84575396	19	2.2	20	87	4	61	27	18	6	46	1.75
84583403--84584099	87	8.0	87	92	0	972	34	22	23	19	1.96
84585092--84585130	19	2.1	18	85	4	51	79	2	10	7	1.02
84585725--84585812	24	3.6	24	72	17	74	37	6	2	53	1.40
84590242--84590370	43	3.0	43	83	8	147	24	17	28	29	1.97
84597154--84597417	132	2.0	132	100	0	528	34	16	20	28	1.94
84607444--84607469	12	2.2	12	100	0	52	7	7	34	50	1.60
84608547--84608603	14	4.0	14	80	8	62	38	28	1	31	1.67
84618336--84618396	30	2.0	30	87	0	86	40	6	22	29	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84631423--84631588	90	1.8	90	80	5	201	24	26	20	28	1.99
84636573--84636657	37	2.2	39	83	10	104	23	29	21	25	1.99
84643913--84644132	40	5.6	38	79	11	178	25	28	20	25	1.99
84649870--84649985	42	2.8	42	85	0	142	29	27	16	26	1.97
84653918--84654140	42	5.2	42	83	3	234	26	18	24	30	1.98
84653915--84654140	84	2.7	85	84	3	285	26	19	24	30	1.98
84661209--84661399	42	4.5	42	84	2	204	24	19	23	32	1.97
84671521--84671701	79	2.3	80	83	8	219	24	28	22	24	1.99
84671521--84671701	40	4.6	40	82	8	219	24	28	22	24	1.99
84677031--84677078	21	2.3	21	82	13	71	45	14	14	25	1.83
84689265--84689370	42	2.5	43	83	7	119	30	28	18	22	1.98
84689256--84689409	43	3.6	42	76	11	143	31	27	19	22	1.98
84719244--84719363	48	2.5	48	80	5	129	27	21	14	36	1.92
84725985--84726024	20	2.0	20	85	14	55	10	37	27	25	1.88
84727925--84728039	46	2.5	46	81	9	119	22	29	18	29	1.97
84731038--84731063	8	3.2	8	100	0	52	46	23	0	30	1.53
84736659--84736803	40	3.6	40	84	4	184	24	26	24	25	2.00
84739394--84739597	63	3.2	63	79	2	169	34	21	18	25	1.96
84739845--84739883	17	2.4	17	86	4	53	51	17	0	30	1.46
84741459--84741500	16	2.6	16	92	0	66	40	11	2	45	1.54
84741964--84742018	26	2.1	26	96	0	101	30	0	45	23	1.53
84750067--84750254	48	3.9	47	78	10	193	25	30	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84750064--84750295	48	4.9	46	72	16	163	25	28	18	26	1.98
84758039--84758633	304	2.0	304	86	3	831	37	11	16	34	1.85
84772170--84772256	43	2.0	43	82	12	108	28	29	17	24	1.97
84772234--84772350	44	2.7	44	93	0	198	31	28	14	25	1.95
84779969--84780007	14	3.0	13	82	10	53	17	10	10	61	1.55
84792811--84792855	20	2.2	20	80	0	54	42	2	20	35	1.64
84802003--84802174	40	4.3	40	88	5	224	23	20	28	26	1.99
84803210--84803270	30	2.0	30	100	0	122	24	16	16	42	1.88
84809480--84809664	40	4.7	40	89	4	259	23	22	27	26	1.99
84809480--84809697	80	2.7	79	81	9	230	25	21	27	26	1.99
84812517--84812546	8	3.8	8	90	0	51	50	23	23	3	1.64
84812778--84812839	26	2.3	27	83	10	83	37	29	8	25	1.85
84812956--84813052	28	3.5	28	79	6	108	24	26	17	30	1.97
84812956--84813059	56	1.9	54	84	4	136	23	25	19	31	1.98
84815567--84815676	20	5.5	19	82	8	71	39	18	8	34	1.80
84815587--84815676	40	2.2	40	79	11	96	40	16	7	35	1.78
84815832--84815891	23	2.5	24	86	8	77	30	21	20	28	1.98
84815854--84815910	23	2.5	22	83	5	69	35	24	17	22	1.95
84816190--84816379	40	4.7	40	74	4	139	31	20	18	30	1.96
84816420--84816505	40	2.2	40	85	4	111	29	18	19	32	1.96
84816545--84816591	20	2.3	20	96	0	85	25	4	6	63	1.36
84817372--84817432	7	8.4	7	83	7	50	75	1	0	22	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84817371--84817419	7	6.9	7	86	4	62	81	0	0	18	0.69
84817386--84817419	15	2.3	15	100	0	68	88	0	0	11	0.52
84817542--84817574	16	1.9	18	88	11	52	66	0	6	27	1.15
84818104--84818153	21	2.3	21	86	10	66	52	0	44	4	1.20
84821149--84821238	41	2.2	40	80	7	99	31	15	25	27	1.96
84821119--84821385	42	6.4	42	74	7	202	25	16	27	31	1.96
84826884--84827060	46	3.8	48	76	12	163	28	20	28	21	1.98
84828076--84828148	21	3.5	21	96	0	119	16	35	27	20	1.94
84829226--84829284	27	2.2	27	100	0	118	20	10	25	44	1.83
84834357--84834717	46	7.7	47	75	10	235	29	18	29	22	1.97
84834405--84834716	46	6.7	46	76	7	247	29	19	28	22	1.98
84834352--84834717	140	2.6	136	79	10	350	29	18	29	22	1.97
84834356--84834712	187	1.9	187	89	0	552	29	18	29	22	1.97
84841682--84841717	17	2.1	18	89	5	56	38	5	5	50	1.49
84845964--84846000	16	2.3	16	100	0	74	29	10	21	37	1.88
84863164--84863216	26	2.0	26	92	7	90	32	11	22	33	1.90
84869613--84869650	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
84869879--84870049	93	1.8	93	88	2	263	29	29	19	21	1.98
84869871--84870046	46	3.8	46	74	14	173	30	28	19	21	1.97
84870468--84870528	30	2.0	30	90	0	95	31	24	8	36	1.85
84877407--84877535	46	2.8	46	88	4	163	30	28	20	20	1.98
84877958--84878017	30	2.0	30	86	0	84	31	25	6	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84883102--84883140	17	2.2	19	86	9	55	20	38	25	15	1.92
84891313--84891398	43	2.0	43	100	0	172	27	16	9	46	1.77
84894096--84894199	54	1.9	54	98	0	199	32	19	14	33	1.92
84907897--84907947	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
84908452--84908570	46	2.6	46	83	11	147	31	17	27	22	1.97
84908489--84908808	49	6.7	49	74	9	200	27	19	28	23	1.98
84908543--84908764	49	4.6	49	76	10	208	26	20	28	24	1.99
84923064--84923115	27	1.9	28	84	7	72	17	21	23	38	1.93
84923137--84923373	27	8.7	27	77	7	183	31	8	19	40	1.81
84923224--84923373	81	1.9	81	87	2	221	30	8	20	42	1.80
84923223--84923406	81	2.3	81	81	7	214	29	10	19	40	1.85
84923247--84923406	27	5.9	27	78	5	144	30	11	20	38	1.87
84923405--84923547	27	5.3	27	88	1	198	39	9	24	25	1.86
84923395--84923547	53	2.9	54	83	4	177	39	10	23	26	1.87
84923385--84923562	80	2.2	78	76	9	205	38	10	22	29	1.87
84925785--84925846	26	2.4	25	76	15	63	22	22	16	38	1.92
84925875--84926111	27	8.7	27	80	5	190	31	9	19	39	1.83
84925985--84926144	54	3.0	54	84	1	187	29	11	20	38	1.88
84925986--84926144	81	2.0	81	85	5	214	29	11	20	38	1.88
84925986--84926144	27	5.9	27	81	5	169	29	11	20	38	1.88
84926143--84926204	26	2.3	27	86	5	90	38	9	27	24	1.86
84928993--84929100	36	3.0	36	97	0	198	29	25	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84939789--84939837	21	2.3	21	89	0	71	22	34	10	32	1.88
84942311--84942340	12	2.5	12	94	0	51	23	0	3	73	0.98
84944815--84945028	40	5.5	39	82	7	188	25	21	28	25	1.99
84952330--84952592	40	6.6	40	84	4	273	25	21	28	25	1.99
84952331--84952627	80	3.7	80	80	6	221	25	21	28	24	1.99
84955284--84955390	28	3.9	28	82	3	130	21	22	18	37	1.94
84959623--84959731	28	4.0	28	85	2	150	20	21	21	37	1.94
84959622--84959732	55	2.0	55	87	3	161	19	20	20	38	1.93
84960868--84960988	43	2.9	43	88	2	192	28	20	28	23	1.99
84968434--84968537	39	2.6	40	76	4	102	27	19	27	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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