genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.290.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  290  of  295  ( 35319 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98195209--98195244	15	2.5	14	86	8	54	66	0	2	30	1.06
98195229--98195334	10	10.2	10	70	21	58	60	0	8	31	1.27
98195489--98195525	12	3.0	12	84	7	56	59	0	5	35	1.20
98195489--98195522	13	2.7	13	86	4	52	58	0	5	35	1.22
98209265--98209317	20	2.4	21	80	20	56	24	0	1	73	0.93
98211051--98211088	19	2.0	20	89	5	60	76	2	5	15	1.08
98212256--98212291	13	3.0	13	84	15	51	38	50	0	11	1.38
98212316--98212356	6	6.5	6	83	10	55	78	4	0	17	0.93
98212319--98212358	20	2.0	20	90	0	62	75	7	0	17	1.03
98212376--98212443	9	7.6	9	86	0	100	26	8	19	45	1.79
98212376--98212444	36	1.9	36	93	0	120	26	8	18	46	1.78
98213399--98213476	15	5.2	15	70	11	70	43	7	23	25	1.80
98213392--98213476	30	2.8	30	96	0	152	44	7	23	24	1.78
98218060--98218167	15	7.2	15	69	12	87	43	7	23	25	1.79
98218053--98218167	30	3.8	30	97	0	203	44	6	23	25	1.78
98219195--98219278	38	2.3	38	89	4	136	46	11	13	28	1.78
98220068--98220125	30	1.9	30	86	6	82	51	1	0	46	1.11
98226268--98226300	16	2.1	16	100	0	66	21	6	18	54	1.64
98229661--98229693	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
98229974--98230404	46	8.9	45	84	7	340	22	23	13	41	1.89
98229979--98230243	91	2.9	92	85	2	345	21	23	14	41	1.89
98229974--98230396	137	2.9	141	81	9	422	22	22	13	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98230189--98230361	57	3.0	57	97	0	319	26	21	10	41	1.85
98235210--98235259	21	2.3	22	79	6	57	54	0	0	46	1.00
98249513--98249560	19	2.5	19	80	19	55	56	10	0	33	1.34
98260122--98260359	108	2.2	108	96	0	440	26	21	28	23	1.99
98262686--98262751	34	1.9	34	100	0	132	39	16	13	30	1.87
98265015--98265122	15	7.2	15	66	12	69	27	21	6	44	1.76
98265005--98265128	30	4.1	30	90	1	185	27	23	5	43	1.76
98266086--98266131	22	2.1	22	100	0	92	30	4	4	60	1.35
98267736--98267766	15	2.1	15	93	0	53	29	6	16	48	1.70
98268351--98268387	18	2.1	18	100	0	74	32	16	5	45	1.70
98268425--98268465	20	2.0	20	95	0	73	41	14	12	31	1.83
98275368--98275436	33	2.1	33	100	0	138	53	2	2	40	1.31
98282421--98282467	18	2.5	19	96	3	87	36	12	14	36	1.85
98286972--98287137	83	2.0	83	98	0	323	26	12	19	41	1.87
98291812--98291972	89	1.8	87	82	5	207	30	18	23	27	1.98
98292005--98292378	78	4.6	78	86	6	457	32	18	24	24	1.97
98292239--98292512	45	6.1	45	78	6	277	31	15	27	26	1.96
98292239--98292512	89	3.0	90	81	5	268	31	15	27	26	1.96
98292239--98292512	134	2.0	136	81	6	315	31	15	27	26	1.96
98292870--98292933	17	3.6	17	79	8	74	37	10	12	39	1.78
98292862--98292933	19	3.9	19	82	10	105	37	9	13	38	1.78
98292862--98292931	35	1.9	37	88	8	108	37	10	12	40	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98296386--98296429	23	1.9	23	86	9	63	13	9	0	77	0.99
98296404--98296465	13	4.7	13	77	15	56	19	3	0	77	0.90
98296395--98296467	23	3.2	22	78	9	76	17	4	0	78	0.91
98296522--98296561	19	2.2	18	86	4	53	25	7	2	65	1.32
98297423--98297460	16	2.4	16	100	0	76	26	21	15	36	1.93
98304033--98304103	15	4.6	15	72	16	56	49	0	1	49	1.09
98304049--98304085	19	1.9	19	88	0	56	48	0	0	51	1.00
98304658--98304706	18	2.5	20	83	12	66	42	2	4	51	1.32
98304775--98304803	14	2.1	14	93	6	51	62	10	0	27	1.28
98304940--98304985	14	3.3	14	87	0	56	41	6	2	50	1.40
98309208--98309283	38	2.0	38	100	0	152	42	5	10	42	1.62
98310260--98310334	30	2.5	30	79	10	82	38	8	9	44	1.66
98315353--98315418	22	3.0	22	72	10	64	34	0	4	60	1.17
98315381--98315419	19	2.1	19	90	4	62	38	0	5	56	1.22
98324874--98324914	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
98330183--98330238	13	4.3	13	88	0	76	37	28	8	25	1.86
98331051--98331092	6	7.2	6	89	5	68	14	2	0	83	0.75
98334283--98334341	25	2.5	24	84	13	77	45	5	11	37	1.63
98334540--98334580	22	1.9	21	85	14	57	75	2	12	9	1.13
98341698--98341768	21	3.3	21	96	4	124	12	26	28	32	1.93
98341709--98341779	21	3.4	21	94	0	106	15	28	26	29	1.96
98341685--98341793	42	2.5	42	83	2	128	16	22	24	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98344293--98344346	10	5.6	10	75	20	53	38	0	3	57	1.17
98344293--98344349	19	3.0	18	78	19	62	42	0	3	54	1.17
98344339--98344382	13	3.0	15	80	16	56	61	0	0	38	0.96
98344342--98344380	14	2.7	15	88	11	64	61	0	0	38	0.96
98347961--98348007	3	15.7	3	100	0	94	0	34	0	65	0.93
98354994--98355036	18	2.3	19	80	12	52	23	18	16	41	1.89
98355000--98355036	18	2.1	18	89	0	56	24	18	18	37	1.94
98355541--98356045	130	3.9	130	83	1	571	30	17	12	39	1.87
98355576--98355774	63	3.1	63	66	13	152	28	17	14	39	1.89
98355559--98356045	260	1.9	260	83	0	632	30	17	12	39	1.87
98363271--98363320	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
98363291--98363349	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
98370016--98370048	17	1.9	17	93	0	57	24	18	30	27	1.98
98373793--98373817	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
98376247--98376292	13	3.5	13	82	11	58	39	6	4	50	1.48
98376821--98377022	91	2.2	91	84	5	255	32	24	8	34	1.86
98377049--98377108	21	2.9	21	73	11	61	61	0	1	36	1.06
98377367--98377493	29	4.4	27	76	15	87	32	5	2	59	1.33
98377346--98377477	58	2.3	58	84	10	164	30	5	3	61	1.33
98377351--98377477	29	4.4	28	72	15	89	30	5	3	60	1.35
98377385--98377465	19	4.2	19	70	17	60	32	3	1	62	1.20
98377467--98377515	19	2.5	20	83	12	66	38	2	0	59	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98377478--98377539	26	2.3	27	81	10	65	35	1	1	61	1.16
98377476--98377551	29	2.7	27	75	11	64	34	2	2	60	1.24
98377439--98377539	46	2.1	48	84	12	129	34	0	1	62	1.13
98379933--98380035	52	2.0	52	94	0	179	30	17	12	39	1.87
98382829--98382863	14	2.6	13	86	8	52	57	0	0	42	0.99
98384274--98384303	14	2.1	14	93	0	51	36	6	10	46	1.64
98388487--98388560	31	2.6	26	74	24	69	43	1	4	51	1.29
98388495--98388565	27	2.5	28	82	15	76	46	2	2	47	1.31
98396289--98396314	12	2.2	12	100	0	52	57	15	0	26	1.38
98396267--98396349	39	2.2	38	88	2	121	45	10	3	39	1.57
98397177--98397201	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
98403982--98404101	51	2.4	51	84	2	143	37	8	9	45	1.66
98410704--98410750	21	2.2	22	88	3	69	21	36	19	23	1.95
98417418--98417452	17	2.1	17	89	5	54	54	0	2	42	1.15
98417482--98417587	44	2.5	42	85	4	140	47	2	1	48	1.27
98417545--98417583	19	2.1	19	85	9	53	43	2	0	53	1.14
98417520--98417583	18	3.2	18	71	23	56	46	1	0	51	1.10
98417537--98417585	17	2.8	18	75	19	50	48	2	0	48	1.12
98418591--98418629	14	3.0	12	85	14	51	84	0	7	7	0.77
98421051--98421087	19	1.9	19	100	0	74	48	10	5	35	1.61
98421166--98421199	14	2.3	15	90	5	52	11	5	5	76	1.14
98421235--98421303	24	2.9	24	79	16	74	76	1	1	20	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98421275--98421313	17	2.3	17	86	8	53	82	0	2	15	0.79
98425450--98425481	9	3.6	9	100	0	64	12	0	9	78	0.97
98425532--98425580	23	2.1	23	88	7	73	34	12	10	42	1.76
98429910--98429941	9	3.6	9	100	0	64	12	0	9	78	0.97
98437492--98437526	14	2.5	14	90	9	54	28	8	14	48	1.73
98441943--98441983	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
98446155--98446199	18	2.6	17	77	19	56	62	2	2	33	1.20
98450460--98450725	45	5.8	46	76	16	282	28	31	19	20	1.97
98450468--98450730	92	2.8	92	96	0	472	28	31	19	20	1.97
98450513--98450674	47	3.5	47	79	16	219	28	32	19	19	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295