genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.223.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76843773--76843849	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
76846765--76846937	44	3.9	44	80	10	206	28	30	20	20	1.98
76846772--76846940	91	1.9	91	94	0	302	27	30	21	20	1.98
76849369--76849546	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
76849390--76849545	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
76852507--76852537	16	1.9	16	93	0	53	51	19	19	9	1.74
76853034--76853088	25	2.2	26	83	3	67	32	18	21	27	1.96
76856074--76856180	43	2.5	43	81	1	126	30	29	16	22	1.96
76873562--76873818	40	6.5	40	89	2	342	25	28	23	23	2.00
76881671--76881924	40	6.4	40	88	2	345	25	28	23	22	1.99
76885158--76885427	47	5.8	46	74	13	200	27	19	30	23	1.98
76885161--76885426	140	1.9	141	83	5	351	27	19	30	23	1.98
76892140--76892363	40	5.6	40	86	3	297	24	23	26	25	2.00
76892144--76892363	83	2.7	79	86	6	282	23	23	27	25	2.00
76896382--76896505	47	2.6	48	84	10	143	28	18	29	24	1.98
76899985--76900020	17	2.1	17	89	0	54	69	0	22	8	1.15
76903122--76903150	12	2.4	12	100	0	58	24	0	13	62	1.32
76904912--76904969	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
76904948--76905080	19	6.9	19	88	8	198	36	17	10	35	1.84
76904941--76905080	37	3.7	38	86	8	198	36	17	10	35	1.84
76904948--76905080	56	2.3	58	90	3	216	36	17	10	35	1.84
76905458--76905578	45	2.7	44	81	10	129	28	28	11	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76905609--76905951	156	2.2	156	95	1	616	24	23	18	33	1.96
76905609--76905951	78	4.4	78	88	2	528	24	23	18	33	1.96
76906008--76906371	87	4.2	87	91	0	559	32	26	15	26	1.95
76906018--76906451	174	2.5	173	84	6	522	30	26	15	27	1.96
76906247--76906547	44	6.9	44	77	9	269	28	25	15	30	1.96
76907473--76907524	7	7.4	7	79	16	63	0	17	0	82	0.66
76907473--76907524	8	6.2	8	77	14	52	0	17	0	82	0.66
76907481--76907530	19	2.5	20	90	6	75	2	16	0	82	0.77
76914292--76914404	19	5.9	19	86	12	160	37	17	10	34	1.85
76914292--76914404	36	3.0	37	89	6	165	37	17	10	34	1.85
76914292--76914403	59	2.0	55	87	10	163	37	17	10	33	1.85
76914589--76914651	30	2.1	30	96	0	117	33	26	17	22	1.96
76916562--76916589	14	2.0	14	100	0	56	35	7	21	35	1.81
76919845--76919875	16	1.9	16	93	0	53	54	6	0	38	1.26
76932940--76933010	31	2.3	31	82	2	79	23	26	1	47	1.60
76938678--76938724	21	2.2	21	80	0	58	48	12	2	36	1.53
76955128--76955177	13	3.9	13	75	12	50	36	0	26	38	1.57
76962139--76962195	20	2.8	20	86	7	80	80	5	1	12	0.95
76962139--76962206	6	10.5	6	77	14	64	79	4	4	11	1.02
76962139--76962215	26	2.9	26	84	3	91	79	3	5	11	1.03
76963582--76963606	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
76963604--76963630	4	6.8	4	100	0	54	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76965858--76965996	49	2.9	48	82	1	170	28	23	26	21	1.99
76965862--76966086	48	4.7	48	74	2	155	27	21	25	25	1.99
76965920--76966137	96	2.3	96	82	4	262	28	19	23	28	1.98
76966188--76966213	12	2.2	12	100	0	52	34	15	23	26	1.94
76968534--76968588	22	2.5	22	85	14	69	54	1	1	41	1.21
76972924--76972948	11	2.3	11	100	0	50	24	8	12	56	1.62
76979796--76979960	79	2.1	79	96	0	303	29	13	26	29	1.95
76990362--76990389	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
76993864--76993948	42	2.0	45	88	6	131	40	3	4	51	1.40
76994866--76994904	10	4.1	9	86	6	51	35	0	2	61	1.10
76994854--76994919	24	2.8	24	78	13	59	34	0	4	60	1.17
76995988--76996021	16	2.1	17	94	5	61	44	11	8	35	1.72
77003594--77003628	17	2.1	17	100	0	70	22	28	5	42	1.76
77007188--77007394	53	3.8	54	78	4	220	20	24	17	37	1.94
77009192--77009225	14	2.4	14	95	0	59	20	2	5	70	1.21
77013159--77013199	20	2.0	20	95	0	73	51	2	2	43	1.28
77013155--77013303	82	1.8	80	82	13	189	51	5	3	39	1.41
77013247--77013353	20	5.8	18	73	18	78	54	2	0	42	1.15
77022174--77022299	43	2.9	44	72	11	118	31	24	17	26	1.97
77025004--77025174	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	22	1.99
77024999--77025171	46	3.7	46	76	13	192	29	27	20	22	1.99
77025596--77025655	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77034359--77034512	41	3.8	39	78	13	138	25	30	22	20	1.98
77034359--77034502	40	3.6	41	82	6	170	26	29	22	21	1.99
77042764--77042921	41	3.9	39	79	11	153	26	29	22	21	1.99
77042764--77042908	40	3.6	41	81	7	165	26	29	22	21	1.99
77047796--77047972	40	4.5	40	89	2	243	24	29	23	23	1.99
77049731--77049837	42	2.6	41	81	8	119	30	24	18	26	1.98
77051462--77051515	21	2.6	21	100	0	108	18	35	27	18	1.94
77054747--77054854	6	17.3	6	69	21	62	48	14	18	18	1.82
77054756--77054831	31	2.5	31	91	0	116	46	14	21	18	1.84
77054798--77054851	19	2.8	19	91	2	81	50	16	16	16	1.79
77054991--77055092	27	3.8	26	87	5	132	36	21	23	18	1.95
77055251--77055315	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
77055742--77056072	27	12.3	27	90	0	473	24	21	18	35	1.96
77056056--77056343	27	10.7	27	82	5	176	32	9	20	37	1.84
77056138--77056343	54	3.8	54	88	1	207	31	9	20	38	1.84
77056104--77056343	81	3.0	81	85	2	277	32	9	20	38	1.84
77056165--77056343	27	6.6	27	90	0	259	31	8	20	39	1.83
77059596--77059779	40	4.6	40	95	0	323	26	27	22	22	1.99
77063970--77064051	34	2.4	35	76	8	89	31	20	19	28	1.97
77068708--77069069	37	9.7	37	71	7	187	38	14	16	30	1.89
77068687--77068992	74	4.1	74	76	10	259	38	13	16	31	1.88
77068758--77069063	112	2.8	111	83	5	343	39	14	15	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77068998--77069093	37	2.5	37	83	6	122	39	21	15	22	1.91
77073138--77073206	34	2.0	34	100	0	138	17	11	17	53	1.72
77073752--77073789	18	2.1	18	90	9	60	18	2	0	78	0.86
77073752--77073792	14	3.0	13	86	10	55	19	2	0	78	0.87
77073761--77073808	19	2.6	19	83	3	53	27	2	0	70	0.98
77076276--77076370	49	1.9	49	97	0	181	27	15	18	37	1.92
77082339--77082433	12	7.8	12	75	13	77	45	10	21	23	1.82
77082364--77082455	6	15.0	6	73	13	80	47	13	18	20	1.81
77082340--77082433	43	2.2	43	92	0	152	45	10	21	22	1.82
77082364--77082455	31	3.0	31	80	4	107	47	13	18	20	1.81
77082574--77082633	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
77082595--77082658	33	2.0	32	84	3	83	35	20	23	20	1.96
77082989--77083254	27	9.6	26	81	7	208	23	18	20	37	1.94
77082989--77083254	54	4.8	54	79	8	264	23	18	20	37	1.94
77082984--77083254	81	3.3	79	81	10	299	23	18	19	37	1.94
77083125--77083201	35	2.2	35	88	0	118	18	15	22	44	1.87
77083098--77083220	62	2.0	62	88	3	185	21	17	20	40	1.91
77083071--77083257	89	2.1	89	86	1	257	22	17	20	39	1.92
77083044--77083278	116	2.0	116	82	3	285	25	17	20	37	1.93
77083276--77083633	27	13.3	27	84	0	374	30	8	21	39	1.84
77083347--77083633	54	5.3	54	90	0	412	30	8	21	39	1.84
77085400--77085437	19	2.0	20	89	5	60	31	5	26	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77085402--77085444	19	2.2	20	83	4	52	32	2	23	41	1.67
77085518--77085574	30	1.9	30	88	0	87	31	8	26	33	1.87
77085956--77086073	46	2.5	46	81	14	136	32	16	27	23	1.96
77086045--77086214	49	3.5	46	76	11	146	30	20	25	23	1.98
77093920--77094026	48	2.3	46	86	4	142	28	18	28	23	1.98
77093938--77094119	49	3.8	49	77	7	149	28	19	29	23	1.98
77099407--77099665	120	2.2	120	83	6	312	25	21	26	26	1.99
77099407--77099632	40	5.7	40	90	4	314	24	21	26	26	1.99
77107437--77107606	39	4.3	40	91	5	258	25	17	28	28	1.98
77118101--77118278	39	4.7	39	83	11	212	25	27	21	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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