genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.228.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78657934--78657985	26	2.0	26	96	0	95	36	15	7	40	1.76
78664138--78664178	17	2.4	17	95	0	73	21	0	26	51	1.48
78672384--78672445	30	2.1	29	93	3	106	24	19	27	29	1.98
78688359--78688436	37	2.1	37	97	2	149	29	5	26	38	1.78
78707524--78707572	25	2.0	25	87	0	71	32	18	14	34	1.91
78708030--78708072	18	2.4	18	80	3	52	58	16	2	23	1.50
78712699--78712743	20	2.3	20	88	3	65	28	17	26	26	1.98
78712772--78712885	28	3.9	28	71	19	81	26	21	27	25	1.99
78715053--78715151	20	4.9	20	67	9	58	38	17	10	34	1.83
78715296--78715405	23	4.8	23	82	7	125	31	20	24	23	1.98
78715296--78715446	45	3.2	44	80	8	131	33	19	22	24	1.97
78715362--78715431	24	3.0	24	72	2	70	41	18	18	21	1.91
78726683--78726855	45	3.7	47	78	15	191	21	21	28	28	1.98
78730741--78730807	27	2.5	27	80	0	80	29	16	13	40	1.87
78731160--78731193	9	3.7	9	88	4	50	17	35	26	20	1.95
78733221--78733256	18	2.0	18	88	0	54	27	5	11	55	1.57
78741859--78741921	20	3.5	20	64	31	59	47	14	9	28	1.75
78741864--78741933	34	2.1	34	100	0	140	48	14	8	28	1.73
78756626--78756742	20	5.9	19	67	16	69	42	18	23	14	1.88
78756626--78756740	40	2.9	39	81	8	135	43	18	24	13	1.86
78761274--78761323	22	2.3	22	89	0	73	26	18	30	26	1.98
78769494--78769644	28	5.4	28	90	1	214	26	11	27	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78777380--78777533	28	5.5	28	94	0	256	26	12	27	33	1.92
78780338--78780369	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
78784133--78784310	40	4.5	40	87	3	218	24	23	28	24	2.00
78784133--78784308	80	2.2	80	86	5	241	24	23	27	25	2.00
78787666--78787763	44	2.2	44	96	0	178	39	20	19	20	1.92
78788590--78788627	4	9.8	4	85	5	51	0	23	2	73	0.95
78788584--78788629	19	2.4	20	89	7	69	0	26	2	71	0.97
78788634--78788682	21	2.2	22	85	7	64	20	2	4	73	1.10
78796446--78796656	43	4.9	43	91	0	323	13	23	31	30	1.93
78796978--78797086	45	2.5	44	80	8	107	24	26	27	21	1.99
78799974--78800003	15	2.0	15	100	0	60	33	13	20	33	1.91
78806146--78806395	68	3.8	65	74	13	210	32	15	28	24	1.95
78809591--78809812	47	4.8	46	82	9	213	23	19	27	28	1.99
78809638--78809760	47	2.6	47	94	0	219	23	19	27	29	1.98
78819129--78819789	47	14.1	47	93	0	1022	31	9	30	28	1.89
78819908--78819983	37	2.1	37	89	0	116	23	18	31	26	1.97
78823142--78823254	43	2.6	43	84	13	160	26	29	18	25	1.98
78835620--78835776	44	3.5	43	77	10	154	25	30	16	27	1.97
78835614--78835923	91	3.4	91	86	5	394	25	29	18	26	1.98
78835520--78835920	47	8.6	47	75	10	335	24	29	19	26	1.98
78840537--78840576	14	2.9	14	96	0	71	42	15	12	30	1.83
78843074--78843113	21	1.9	21	100	0	80	10	15	37	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78860555--78860587	16	2.1	16	94	0	57	48	12	18	21	1.80
78864130--78864307	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
78864131--78864286	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
78864127--78864307	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
78872319--78872496	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
78872320--78872475	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
78872316--78872496	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
78882115--78882149	6	5.8	6	86	0	52	65	11	2	20	1.37
78883302--78883828	45	11.7	45	73	10	332	27	21	18	32	1.96
78883302--78883835	89	5.9	88	73	12	361	27	21	18	32	1.96
78883347--78883600	134	1.9	134	82	4	316	26	21	20	31	1.97
78883300--78883838	182	3.0	175	82	6	514	27	21	18	32	1.97
78896094--78896136	9	4.9	9	80	2	52	67	11	2	18	1.32
78908988--78909189	53	3.8	52	78	6	190	36	18	23	21	1.95
78910492--78910612	23	5.3	23	92	2	199	32	26	21	19	1.97
78910492--78910612	45	2.7	46	89	2	199	32	26	21	19	1.97
78917876--78917978	23	5.1	21	84	15	146	30	28	21	20	1.98
78925957--78926077	23	5.3	23	92	2	199	32	26	21	19	1.97
78925957--78926077	45	2.7	46	89	2	199	32	26	21	19	1.97
78933950--78933975	12	2.2	12	100	0	52	15	30	7	46	1.74
78934745--78934783	16	2.5	16	83	4	53	53	23	0	23	1.46
78935095--78935131	18	2.1	18	89	0	56	54	13	0	32	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78935276--78935350	10	7.7	10	76	19	70	37	2	0	60	1.11
78935279--78935371	47	2.0	47	81	12	111	37	2	2	58	1.22
78935276--78935376	10	10.7	9	73	18	64	36	1	1	59	1.20
78940937--78941005	26	2.7	26	86	6	104	31	15	11	40	1.84
78944609--78944660	27	1.9	27	84	0	68	32	19	17	30	1.95
78951483--78951528	3	15.7	3	90	4	67	65	4	0	30	1.12
78962457--78962481	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
78969514--78969586	33	2.2	33	87	2	101	27	26	23	23	2.00
78969727--78969784	23	2.5	23	88	0	89	43	20	17	18	1.89
78971876--78971913	17	2.2	18	86	9	53	44	13	15	26	1.83
78982870--78982907	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
78983137--78983307	93	1.8	93	91	0	279	28	27	21	22	1.99
78983135--78983304	46	3.7	46	77	10	184	28	27	21	22	1.99
78983130--78983323	46	4.2	46	70	20	118	28	27	20	23	1.99
78986323--78986578	47	5.5	47	78	7	211	34	16	24	23	1.95
78986565--78986763	108	1.8	109	90	1	319	33	17	25	23	1.96
78986557--78986764	53	3.9	54	84	4	258	34	17	25	23	1.96
78993140--78993261	47	2.6	47	96	0	217	36	13	24	25	1.91
78993248--78993446	108	1.8	109	90	1	319	33	17	25	23	1.96
78993240--78993447	53	3.9	54	84	4	258	34	17	25	23	1.96
78996743--78996824	43	1.9	43	94	0	146	30	32	25	10	1.90
78996794--78996856	27	2.3	27	97	0	117	31	34	26	6	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78996751--78996899	70	2.1	70	92	0	244	33	33	24	8	1.86
78996821--78996924	43	2.4	43	96	0	190	33	33	24	8	1.86
78996922--78997020	37	2.6	37	88	3	135	28	26	22	23	1.99
79002270--79002510	43	5.6	43	89	0	365	31	31	25	12	1.92
79002503--79002626	38	3.2	38	83	2	131	25	25	23	25	2.00
79016464--79016522	2	29.5	2	87	0	82	52	42	1	3	1.28
79028884--79028912	15	1.9	15	100	0	58	27	27	13	31	1.94
79029915--79029954	14	2.9	14	92	3	64	42	5	0	52	1.23
79030457--79030628	85	2.0	85	98	0	335	36	18	13	31	1.89
79037943--79037997	25	2.2	25	80	0	65	34	23	21	20	1.97
79040878--79040991	55	2.1	56	93	1	194	29	9	27	33	1.89
79041588--79041626	20	1.9	21	84	5	53	33	10	23	33	1.88
79042132--79042252	28	4.3	28	84	4	136	30	14	30	24	1.94
79043484--79043517	18	1.9	18	88	5	52	41	5	17	35	1.74
79050058--79050128	28	2.5	28	86	2	88	23	15	35	25	1.94
79051369--79051402	18	1.9	17	88	5	50	41	11	14	32	1.82
79055548--79055775	50	4.6	50	78	5	192	31	25	17	25	1.97
79055536--79055723	50	3.8	49	82	4	207	30	27	17	24	1.97
79058656--79058710	26	2.1	27	80	16	62	32	12	9	45	1.74
79063008--79063196	50	3.8	50	82	2	220	30	28	16	24	1.97
79063008--79063198	99	1.9	99	91	1	310	30	27	17	24	1.97
79077375--79077412	6	6.3	6	93	0	58	15	0	10	73	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79091460--79091618	67	2.4	67	82	5	180	23	22	17	36	1.95
79092485--79092543	21	2.8	21	89	2	82	25	27	5	42	1.76
79098404--79098460	29	2.0	29	92	0	96	21	10	15	52	1.72
79101174--79101400	37	6.1	37	74	5	172	39	17	14	29	1.88
79101173--79101385	75	2.9	73	79	5	225	39	16	15	28	1.89
79101185--79101453	112	2.4	113	83	3	319	39	17	14	28	1.89
79101251--79101468	114	1.9	112	83	1	274	38	17	14	28	1.90
79104114--79104277	42	3.9	42	80	7	188	31	22	13	32	1.93
79115446--79115474	12	2.3	13	94	5	51	20	6	13	58	1.58
79120632--79120967	47	7.1	47	90	2	438	32	10	29	27	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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