genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.248.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85328829--85328893	28	2.3	28	91	0	103	33	26	7	32	1.85
85329010--85329089	27	2.9	27	88	5	115	23	22	21	32	1.98
85329012--85329100	27	3.2	28	79	7	83	25	24	17	31	1.97
85329000--85329114	55	2.1	56	80	11	130	21	22	20	34	1.97
85341377--85341554	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
85341398--85341553	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
85343417--85344011	47	12.6	47	94	1	1001	29	29	8	32	1.86
85347243--85347473	48	4.9	48	74	9	224	26	19	24	29	1.98
85347243--85347473	96	2.5	94	80	7	258	26	19	24	29	1.98
85348466--85348525	30	2.0	29	84	9	77	10	26	33	30	1.89
85360818--85361246	47	9.1	47	88	0	624	32	11	28	27	1.92
85360845--85360920	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
85360817--85361246	141	3.0	141	94	0	743	32	11	28	27	1.92
85361451--85361630	37	4.9	37	91	0	279	23	20	33	23	1.97
85372539--85372599	25	2.4	27	76	13	67	36	3	1	59	1.24
85378840--85379061	30	7.5	30	78	2	234	38	13	26	21	1.91
85378842--85379061	59	3.7	59	87	4	275	38	14	26	20	1.91
85379042--85379105	30	2.1	30	85	5	85	39	12	20	28	1.89
85384688--85384789	52	2.0	52	94	0	177	35	14	23	26	1.94
85386574--85386647	29	2.5	30	84	2	105	39	9	31	20	1.84
85386633--85386765	30	4.5	30	81	0	142	37	12	24	25	1.90
85386890--85386918	12	2.4	12	100	0	58	27	41	24	6	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85392214--85392435	40	5.6	40	87	4	263	26	27	20	25	1.99
85392212--85392435	79	2.8	78	84	4	270	26	27	20	25	1.99
85392214--85392435	119	1.9	119	83	5	288	26	27	20	25	1.99
85400103--85400325	40	5.6	40	86	3	263	26	27	20	25	1.99
85402571--85402720	67	2.2	67	82	8	171	33	16	28	22	1.95
85404617--85404806	49	3.8	49	83	4	247	28	25	18	26	1.98
85404622--85404806	100	1.9	100	94	2	327	29	25	19	25	1.99
85406805--85406865	30	2.0	30	87	6	88	62	14	13	9	1.55
85409809--85409991	100	1.8	100	95	0	330	29	25	18	26	1.98
85409804--85409993	49	3.8	49	80	2	245	28	25	18	27	1.98
85411265--85411561	45	6.7	45	82	4	275	37	17	20	24	1.93
85411343--85411604	90	2.9	90	76	4	251	37	17	20	24	1.94
85411459--85411606	45	3.3	45	86	0	170	40	16	20	22	1.91
85411331--85411599	135	2.0	135	80	4	301	36	17	20	24	1.94
85411585--85411700	45	2.6	45	81	1	124	44	18	20	16	1.86
85417150--85417412	45	5.8	45	82	3	298	38	17	19	25	1.93
85417165--85417409	135	1.8	135	83	1	330	38	16	19	25	1.92
85418265--85418318	26	2.1	26	100	0	108	48	0	29	22	1.51
85421940--85422111	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
85421933--85422108	46	3.8	46	79	12	207	28	28	21	21	1.98
85421982--85422120	47	3.0	46	75	16	144	29	28	19	22	1.98
85429508--85429679	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85429501--85429676	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
85431048--85431097	24	2.1	24	85	7	66	14	30	8	48	1.72
85434788--85434994	53	3.8	54	77	4	211	21	24	17	36	1.94
85440230--85440288	30	2.0	30	83	6	75	45	11	8	33	1.71
85447817--85447860	22	2.0	22	90	0	70	59	2	0	38	1.10
85447817--85447852	12	3.3	11	88	11	56	66	0	0	33	0.92
85447808--85447859	10	5.1	10	82	11	52	61	3	0	34	1.14
85450809--85450994	79	2.3	81	82	8	229	26	27	22	23	1.99
85450809--85450994	40	4.6	41	82	7	213	26	27	22	23	1.99
85460511--85460632	43	2.9	42	82	2	154	28	15	25	30	1.96
85463900--85464026	45	2.9	45	83	8	138	23	28	22	25	1.99
85464343--85464510	43	3.9	43	96	0	300	29	34	23	11	1.91
85464503--85464585	37	2.2	38	80	2	96	34	26	18	20	1.95
85468326--85468413	45	2.0	45	85	12	121	22	28	25	23	1.99
85468766--85468877	43	2.6	43	89	0	179	33	33	22	11	1.90
85468875--85468949	38	2.0	38	83	0	96	33	25	17	24	1.96
85473174--85473354	37	4.9	37	92	0	274	24	32	18	24	1.97
85473587--85473792	47	4.4	47	91	0	322	27	26	12	33	1.92
85473698--85473774	22	3.4	22	68	16	66	28	27	12	31	1.93
85475146--85475323	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
85475146--85475323	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
85475167--85475322	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85483212--85483386	27	6.5	27	78	6	140	29	28	15	26	1.96
85483231--85483386	54	2.9	54	78	12	176	28	28	16	27	1.97
85489291--85489742	40	11.8	38	75	18	254	25	25	20	28	1.99
85489290--85489742	77	5.9	79	82	14	524	25	25	20	28	1.99
85489301--85489742	117	3.9	113	80	12	462	26	26	20	27	1.99
85490989--85491194	37	5.6	37	92	2	326	25	32	17	24	1.97
85490991--85491194	110	1.8	111	90	3	331	24	32	18	24	1.97
85491403--85491719	47	7.1	46	78	11	331	28	28	10	32	1.90
85491427--85491672	128	1.9	129	83	4	318	28	27	10	32	1.91
85495787--85495838	27	1.9	27	88	0	77	19	25	26	28	1.98
85495812--85496285	40	11.9	40	91	0	759	25	25	21	27	1.99
85497555--85497765	37	5.7	37	95	0	359	24	32	18	24	1.97
85497978--85498289	47	6.7	47	90	1	484	26	28	12	32	1.92
85509803--85509851	24	1.9	26	88	12	75	48	10	4	36	1.56
85517109--85517285	40	4.4	40	80	7	200	27	27	21	23	1.99
85524199--85524363	40	4.2	40	82	5	192	28	27	20	23	1.99
85526297--85526334	16	2.4	15	87	12	58	15	23	13	47	1.81
85533668--85533778	29	3.9	29	82	6	120	29	27	14	27	1.95
85533658--85533753	29	3.3	29	82	7	115	29	27	15	28	1.96
85533655--85533765	58	1.9	57	83	1	141	28	27	16	27	1.97
85535240--85535278	16	2.4	17	91	4	62	7	2	38	51	1.44
85535694--85535733	22	2.0	21	85	14	57	27	7	27	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85535906--85536155	41	6.1	40	76	7	191	22	26	15	36	1.93
85535908--85536148	82	3.0	82	82	5	274	21	27	14	35	1.93
85535989--85536139	20	7.4	20	68	12	92	21	28	15	35	1.93
85543394--85543563	57	3.0	57	92	0	277	30	20	14	35	1.91
85543789--85543821	11	2.8	12	81	9	50	33	0	0	66	0.92
85546889--85547406	27	19.2	27	82	3	533	27	22	9	39	1.85
85546889--85547410	54	9.7	54	85	0	594	27	22	9	40	1.85
85547415--85547610	27	7.3	27	84	0	239	35	19	19	24	1.95
85547809--85547891	27	3.1	26	89	5	121	19	22	21	36	1.95
85547979--85548037	22	2.7	22	78	0	55	22	25	20	32	1.98
85548202--85548270	27	2.6	27	86	4	86	18	24	20	36	1.95
85548418--85548700	6	46.8	6	74	15	210	22	16	12	49	1.78
85548428--85548700	30	9.4	30	80	14	308	22	16	12	49	1.78
85548418--85548700	85	3.3	84	84	5	360	22	16	12	49	1.78
85548428--85548700	115	2.4	115	93	0	456	22	16	12	49	1.78
85550685--85551206	27	19.3	27	80	0	497	28	22	9	40	1.84
85550685--85551206	54	9.7	54	85	0	603	28	22	9	40	1.84
85551219--85551406	27	7.0	27	84	0	232	36	19	19	25	1.95
85551605--85551684	27	3.0	26	90	3	115	20	23	21	35	1.96
85551998--85552071	27	2.8	26	79	6	76	18	25	18	36	1.94
85552214--85552393	6	29.8	6	72	17	142	20	15	14	50	1.79
85552189--85552382	30	6.6	30	77	14	190	20	16	14	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85552222--85552393	24	6.6	25	85	7	163	19	15	14	50	1.79
85557732--85557782	24	2.1	24	96	0	93	50	19	3	25	1.64
85561496--85561614	43	2.8	42	80	8	134	30	24	16	28	1.97
85564536--85564710	27	6.5	27	85	1	199	26	14	28	30	1.95
85564535--85564710	54	3.3	54	84	4	232	26	14	28	30	1.95
85572418--85572595	27	6.6	27	83	3	196	26	14	29	29	1.95
85572418--85572595	54	3.3	55	84	4	236	26	14	29	29	1.95
85575874--85576059	6	30.2	6	69	15	94	51	13	16	18	1.77
85575922--85576059	25	5.6	25	77	5	145	50	14	16	18	1.79
85575917--85576059	74	1.9	74	89	0	223	50	13	16	18	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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