genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.176.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60232619--60232764	42	3.5	42	79	1	157	29	15	26	28	1.96
60232569--60232742	43	4.0	43	75	6	154	28	14	25	31	1.95
60241134--60241220	44	2.0	43	84	8	115	21	16	25	36	1.94
60241138--60241220	42	1.9	44	85	9	118	21	16	24	37	1.94
60241155--60241242	42	2.0	43	82	4	106	26	14	23	35	1.94
60242287--60242389	54	1.9	54	82	7	129	28	27	27	17	1.98
60248995--60249064	25	2.8	25	84	4	88	24	22	25	27	2.00
60249864--60249925	27	2.3	27	80	5	72	22	24	17	35	1.95
60249983--60250112	27	4.7	27	76	11	111	30	6	19	43	1.77
60249985--60250211	54	4.2	53	81	4	186	31	8	19	40	1.81
60250042--60250219	54	3.3	54	84	1	223	29	7	21	41	1.81
60250042--60250219	81	2.2	81	80	4	216	29	7	21	41	1.81
60250042--60250252	54	3.9	52	80	7	201	29	9	20	40	1.84
60250042--60250219	27	6.6	28	83	5	183	29	7	21	41	1.81
60250255--60250394	27	5.2	27	88	1	192	39	7	24	28	1.83
60254925--60255035	43	2.6	42	79	1	123	30	16	23	29	1.96
60261278--60261495	40	5.5	40	90	2	273	29	27	20	22	1.98
60261314--60261499	40	4.7	40	92	2	277	30	28	18	22	1.98
60269477--60269680	40	5.1	40	90	1	259	30	26	19	24	1.98
60269477--60269684	80	2.6	80	86	3	294	30	27	18	23	1.98
60269499--60269684	40	4.7	40	91	1	266	31	27	18	23	1.97
60274431--60274589	42	3.8	42	74	5	133	32	15	23	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60275524--60275585	27	2.2	28	91	8	108	17	25	33	22	1.96
60277148--60277418	46	5.8	46	75	12	223	23	20	27	28	1.99
60277146--60277411	93	2.9	93	91	1	417	23	20	28	28	1.99
60281307--60281358	21	2.5	20	72	9	50	53	1	3	40	1.30
60281462--60281532	9	7.5	10	75	9	51	52	0	1	46	1.09
60281411--60281545	10	14.7	9	74	14	55	47	0	1	51	1.10
60281424--60281501	35	2.3	35	84	4	106	46	0	1	52	1.08
60281480--60281514	13	2.6	14	90	4	54	45	0	0	54	0.99
60281414--60281521	23	4.7	23	69	19	66	47	0	1	50	1.11
60281522--60281727	59	3.4	60	78	13	244	41	1	3	53	1.26
60281625--60281676	24	2.3	23	71	12	54	42	1	0	55	1.10
60282559--60282675	53	2.2	54	85	1	155	38	31	4	25	1.75
60285449--60285482	17	1.9	18	88	5	52	44	2	0	52	1.16
60290569--60290696	49	2.6	49	88	0	166	26	18	25	28	1.98
60294483--60294520	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
60294750--60294920	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
60294745--60294917	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
60302549--60302599	26	2.0	26	84	7	68	50	13	1	33	1.53
60319948--60320103	43	3.6	43	83	6	217	30	26	17	26	1.97
60319948--60320109	85	1.9	86	89	5	256	31	25	17	25	1.97
60331121--60331455	163	2.1	162	93	1	573	29	19	26	24	1.98
60339444--60339526	41	2.0	41	100	0	166	39	16	16	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60345943--60346120	27	6.6	27	74	6	119	28	16	26	29	1.97
60345940--60346120	82	2.2	81	81	4	204	28	16	25	29	1.97
60427013--60427123	40	2.8	40	83	1	98	25	28	23	22	1.99
60427036--60427180	40	3.6	40	85	4	184	24	26	24	25	2.00
60428365--60428439	38	2.0	38	97	2	143	32	24	13	30	1.93
60429529--60429570	21	2.0	21	90	0	66	35	7	26	30	1.83
60436632--60436695	30	2.1	30	85	5	85	17	34	1	46	1.57
60437118--60437155	18	2.1	18	85	9	51	36	5	0	57	1.21
60440375--60440420	16	2.9	15	80	6	56	56	0	0	43	0.99
60440476--60440522	17	2.8	16	83	6	58	65	0	2	31	1.04
60440474--60440518	16	2.6	18	79	17	58	66	0	2	31	1.04
60445485--60445557	28	2.6	29	86	6	96	27	16	31	24	1.96
60455166--60455233	26	2.6	27	78	4	75	41	17	7	33	1.77
60455201--60455478	27	10.3	27	74	10	174	42	19	8	29	1.81
60455201--60455453	54	4.7	55	75	8	214	43	19	8	29	1.80
60455218--60455422	80	2.5	81	83	4	227	45	19	7	27	1.76
60455217--60455451	107	2.2	109	81	4	271	45	19	7	28	1.77
60455718--60455840	41	3.0	41	95	0	210	20	21	31	26	1.98
60455997--60456043	22	2.1	22	88	7	69	23	29	21	25	1.99
60459008--60459076	27	2.6	27	83	0	102	37	18	15	27	1.92
60459063--60459182	27	4.5	27	76	6	100	38	23	7	30	1.82
60459061--60459373	80	3.9	79	76	7	213	40	18	9	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60459124--60459382	27	9.6	27	75	9	127	39	17	11	31	1.85
60459061--60459400	54	6.3	53	75	8	224	39	19	10	31	1.84
60460094--60460138	22	2.0	22	86	0	63	15	22	22	40	1.91
60468341--60468413	21	3.4	21	69	3	56	13	30	38	17	1.89
60471435--60471466	16	2.0	16	100	0	64	31	12	12	43	1.80
60472995--60473088	30	3.1	30	75	9	102	20	29	26	23	1.99
60480980--60481018	18	2.2	18	85	0	51	20	2	25	51	1.60
60486904--60487081	27	6.6	27	83	3	196	26	15	28	29	1.96
60486904--60487081	54	3.3	55	83	4	218	26	15	28	29	1.96
60494948--60495123	27	6.6	27	83	3	194	27	15	28	28	1.96
60502996--60503172	27	6.6	27	84	2	203	27	15	28	29	1.96
60502996--60503172	54	3.3	55	84	4	225	27	15	28	29	1.96
60502997--60503151	81	1.9	81	88	2	231	27	15	28	29	1.96
60502993--60503172	81	2.2	81	83	2	227	27	15	27	29	1.96
60520029--60520115	43	2.0	43	100	0	174	56	9	2	32	1.43
60528155--60528236	40	2.0	40	97	0	155	15	9	25	48	1.76
60536793--60536868	37	2.1	37	97	0	143	27	7	26	38	1.84
60537580--60537689	49	2.2	49	86	0	148	22	18	19	40	1.92
60544641--60544793	48	3.2	48	85	1	209	26	22	22	28	1.99
60570506--60570558	20	2.7	20	100	0	106	15	37	30	16	1.90
60576652--60576683	7	4.6	7	92	0	55	12	53	3	31	1.54
60584913--60584986	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60594979--60595189	105	2.0	105	97	0	395	34	10	25	29	1.89
60599070--60599185	57	2.0	57	98	0	223	32	13	25	28	1.94
60599283--60599379	40	2.4	41	81	6	119	29	17	26	25	1.97
60602246--60602305	27	2.3	26	91	5	102	36	25	23	15	1.93
60617553--60617591	18	2.2	17	86	4	51	28	0	0	71	0.86
60620680--60620907	49	4.6	49	78	3	240	31	27	16	25	1.97
60620725--60620806	26	3.2	26	62	25	66	31	28	14	25	1.95
60621137--60621190	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
60629922--60630077	43	3.7	43	71	14	126	26	15	25	32	1.95
60634909--60634962	27	2.0	27	92	0	90	38	20	1	38	1.63
60634915--60634968	27	2.0	27	88	0	81	37	25	1	35	1.67
60637953--60638216	46	5.7	44	70	14	149	25	17	29	27	1.97
60638001--60638312	140	2.2	139	90	1	482	24	17	30	27	1.98
60639542--60639581	21	2.0	20	85	5	53	10	35	30	25	1.88
60645925--60646239	141	2.2	141	85	2	443	26	18	28	25	1.98
60647419--60647461	21	2.1	21	91	4	70	9	39	32	18	1.83
60653003--60653178	46	3.8	45	78	14	196	19	20	30	29	1.97
60653000--60653171	93	1.8	93	93	0	299	20	20	30	28	1.98
60659364--60659478	29	4.0	28	84	4	140	29	26	15	27	1.96
60659674--60659718	16	2.8	16	86	0	63	17	24	13	44	1.85
60670054--60670080	12	2.2	12	100	0	54	48	0	25	25	1.52
60671434--60671493	15	4.0	15	80	0	75	10	11	16	61	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60671435--60671503	30	2.3	30	87	2	104	8	13	17	60	1.56
60673781--60673952	93	1.8	93	88	0	263	23	19	27	29	1.98
60673794--60674099	139	2.2	139	94	0	522	23	19	27	29	1.98
60673786--60674099	46	6.8	46	76	9	289	23	19	27	29	1.98
60675423--60675498	29	2.6	29	93	0	125	26	30	18	25	1.98
60681405--60681684	48	5.8	48	83	2	312	26	29	19	24	1.98
60689041--60689353	48	6.6	48	80	3	276	28	28	18	25	1.98
60689041--60689366	96	3.4	96	81	4	322	29	27	17	25	1.98
60689041--60689365	144	2.3	141	77	7	334	29	27	17	25	1.98
60709278--60709315	19	2.0	19	85	10	51	44	0	15	39	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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