genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.260.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89539107--89539151	21	2.2	20	88	4	63	17	26	26	28	1.98
89546176--89546343	47	3.6	47	91	0	264	33	7	29	28	1.85
89549089--89549309	40	5.6	40	85	9	292	25	26	23	24	2.00
89549089--89549309	82	2.8	80	87	8	292	25	26	23	24	2.00
89549089--89549309	122	1.8	117	89	6	345	25	26	23	24	2.00
89553020--89553050	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
89556517--89556573	26	2.1	27	78	12	64	36	24	10	28	1.88
89556678--89556765	28	3.2	28	79	9	101	18	23	21	36	1.95
89563357--89563385	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
89566097--89566201	56	1.9	55	84	9	142	27	17	23	31	1.97
89576234--89576320	39	2.2	39	91	0	138	26	29	21	21	1.99
89580603--89580641	21	1.9	19	85	10	51	35	7	2	53	1.43
89581785--89581863	37	2.1	37	85	0	104	25	29	18	26	1.98
89581982--89582438	47	9.6	47	92	1	734	29	29	8	32	1.87
89581982--89582438	96	4.8	94	92	2	734	29	29	8	32	1.87
89584922--89585130	48	4.4	48	73	4	170	26	23	17	31	1.97
89584927--89585106	96	1.9	96	80	2	209	27	25	17	30	1.97
89593751--89593967	40	5.5	40	92	3	334	23	23	28	24	2.00
89593747--89593967	79	2.8	80	91	4	342	24	22	27	24	2.00
89595573--89595870	40	7.5	40	91	1	458	23	22	27	26	1.99
89601742--89601821	40	2.0	40	92	0	133	25	25	25	25	2.00
89602713--89602737	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89604220--89604367	47	3.1	47	97	0	269	32	9	29	29	1.88
89604304--89604435	68	2.0	67	95	3	239	31	7	30	30	1.85
89604370--89604501	46	2.8	49	81	9	166	32	7	31	28	1.85
89605942--89606514	40	14.6	40	85	5	704	25	20	27	27	1.99
89605942--89606519	314	1.8	312	87	4	867	25	20	27	27	1.99
89608132--89608179	20	2.4	20	79	6	53	54	0	8	37	1.31
89608674--89608698	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
89610160--89610419	46	5.7	47	90	6	401	33	7	29	29	1.85
89610160--89610419	91	2.8	92	89	6	404	33	7	29	29	1.85
89612228--89612307	40	2.0	40	92	0	133	25	25	25	25	2.00
89613194--89613220	13	2.1	13	100	0	54	33	14	14	37	1.88
89614705--89614851	47	3.1	47	96	0	260	32	9	29	28	1.89
89614788--89614919	68	2.0	67	95	3	239	31	7	30	30	1.85
89614854--89614986	47	2.8	49	82	6	175	32	8	31	27	1.86
89614741--89614966	115	2.0	113	91	1	362	30	8	31	28	1.88
89616443--89616556	38	2.9	40	91	7	173	24	21	27	26	2.00
89616450--89616586	40	3.6	38	83	14	142	23	22	24	29	1.99
89618711--89618758	20	2.4	20	79	6	53	54	0	8	37	1.31
89619248--89619272	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
89620760--89621023	95	2.8	96	93	2	455	32	8	29	29	1.86
89620760--89621023	47	5.6	47	92	3	440	32	8	29	29	1.86
89623796--89623995	40	5.1	39	83	11	257	25	22	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89623796--89624012	79	2.8	79	85	11	288	25	22	28	23	2.00
89625597--89625850	77	3.3	73	79	15	255	22	22	28	27	1.99
89625596--89625851	38	6.6	39	76	16	230	22	22	28	26	1.99
89625592--89625851	39	6.7	38	76	16	214	23	21	28	26	1.99
89630239--89630423	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
89630240--89630423	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
89630240--89630456	79	2.7	79	81	7	201	25	22	27	24	2.00
89632727--89632944	40	5.5	40	88	2	298	24	23	27	24	2.00
89637684--89637937	55	4.8	54	77	8	220	35	17	25	21	1.95
89642489--89642542	26	2.0	27	82	10	67	46	11	11	31	1.74
89644450--89644511	31	2.0	31	96	0	115	45	14	12	27	1.82
89644800--89644864	31	2.1	31	94	0	112	23	1	24	50	1.58
89645446--89645698	55	4.8	54	80	8	263	33	17	25	22	1.96
89645454--89645653	108	1.8	110	89	4	316	32	18	26	24	1.97
89648070--89648110	21	2.0	21	90	0	64	17	39	7	36	1.77
89650181--89650476	18	16.1	18	73	11	154	38	15	11	34	1.83
89650279--89650340	19	3.4	19	82	10	76	45	12	9	32	1.75
89650208--89650323	62	1.9	62	81	1	144	40	16	9	33	1.81
89650275--89650476	72	2.8	70	79	5	208	38	15	11	35	1.83
89650820--89650853	16	2.1	16	89	10	52	35	8	0	55	1.31
89652298--89652337	16	2.4	16	88	12	55	2	12	5	80	0.98
89654822--89654897	27	2.8	27	78	11	84	18	22	19	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89662198--89662229	16	2.1	15	94	5	55	50	28	18	3	1.62
89662645--89662756	27	4.2	26	83	10	127	16	24	23	36	1.94
89662645--89662756	54	2.1	54	86	6	156	16	24	23	36	1.94
89667561--89667843	18	15.3	18	70	12	153	37	15	11	35	1.83
89667561--89667843	36	7.6	36	70	13	189	37	15	11	35	1.83
89667642--89667843	72	2.8	71	80	5	219	38	14	10	35	1.82
89668187--89668220	16	2.1	16	89	10	52	35	8	0	55	1.31
89676008--89676058	25	2.0	25	100	0	102	31	11	33	23	1.91
89678904--89678958	28	2.0	28	82	13	69	23	14	3	58	1.52
89679507--89679546	17	2.4	16	88	12	55	2	25	0	72	0.97
89691192--89691373	96	1.9	96	83	2	240	24	21	22	30	1.99
89694401--89694484	32	2.6	33	80	17	97	54	2	2	40	1.26
89698837--89698885	24	2.0	24	100	0	98	20	16	24	38	1.92
89700297--89700357	28	2.2	28	91	5	97	54	3	3	39	1.33
89700284--89700356	28	2.9	24	73	23	78	50	2	2	43	1.30
89700297--89700370	28	2.7	28	85	6	80	51	2	2	43	1.30
89700800--89700834	7	4.9	7	86	6	52	71	0	2	25	1.00
89700800--89700834	15	2.4	15	90	4	54	71	0	2	25	1.00
89704256--89704280	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
89705483--89705515	17	1.9	17	93	0	57	39	0	12	48	1.40
89715342--89715499	43	3.7	42	78	9	135	24	27	22	25	2.00
89715342--89715500	85	1.9	85	84	5	214	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89726302--89726385	35	2.4	35	85	0	105	27	22	16	33	1.96
89726373--89726469	35	2.8	34	78	9	106	27	22	17	31	1.97
89727838--89727904	24	2.8	24	90	2	98	16	29	31	22	1.96
89729536--89729643	39	2.7	39	89	1	162	26	24	19	29	1.98
89736853--89736965	43	2.7	42	80	12	131	34	22	16	26	1.95
89738058--89738082	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
89740279--89740361	41	2.0	43	88	4	125	32	14	28	24	1.94
89747800--89747873	37	2.0	37	100	0	148	35	24	18	21	1.96
89753961--89753998	6	6.3	6	87	0	58	18	2	0	78	0.86
89756409--89756435	14	1.9	14	100	0	54	22	7	7	62	1.46
89767292--89767370	41	1.9	41	89	0	122	32	31	13	21	1.93
89769746--89769810	30	2.2	30	100	0	130	53	3	20	23	1.59
89772473--89772568	22	4.5	22	72	15	58	42	36	1	19	1.59
89772515--89772568	7	7.6	7	81	4	54	48	33	0	18	1.49
89772515--89772563	22	2.3	22	86	10	66	46	36	0	16	1.47
89773822--89773893	16	4.7	16	72	16	62	12	1	38	47	1.50
89773830--89773907	22	3.5	21	77	16	77	16	1	35	46	1.56
89773859--89773893	8	4.4	8	85	0	52	11	0	42	45	1.40
89773821--89773942	45	2.7	45	83	1	154	15	0	35	48	1.51
89773947--89774043	41	2.4	41	85	3	124	20	19	22	37	1.95
89774027--89774114	40	2.2	40	91	2	140	17	17	22	43	1.88
89778896--89778939	7	6.1	7	89	2	61	15	45	0	38	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89778914--89778943	14	2.1	14	93	0	51	16	40	0	43	1.48
89779405--89779524	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
89780653--89780798	40	3.7	40	84	7	181	23	22	27	26	2.00
89780653--89780821	80	2.1	80	81	7	193	25	21	26	26	2.00
89784184--89784222	19	2.1	19	85	9	53	48	2	0	48	1.15
89784410--89784469	5	12.0	5	100	0	120	60	0	0	40	0.97
89784827--89784899	16	4.6	16	80	0	83	34	4	30	31	1.77
89784881--89784974	44	2.1	44	86	4	125	34	5	25	35	1.79
89785069--89785200	53	2.4	55	81	6	142	47	3	2	46	1.33
89788387--89788509	62	2.0	62	100	0	246	26	26	17	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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