genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  75  of  295  ( 35319 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23227853--23227902	15	3.3	15	85	0	64	54	10	22	14	1.69
23230091--23230121	16	2.0	16	93	6	55	29	12	0	58	1.35
23236233--23236263	8	3.8	8	95	4	53	12	25	38	22	1.90
23236339--23236406	27	2.5	27	78	4	84	35	19	19	26	1.95
23236390--23236505	27	4.3	27	79	4	117	40	23	7	28	1.82
23236387--23236503	54	2.2	55	81	9	150	40	22	8	29	1.83
23236482--23237242	27	28.2	27	85	0	885	30	22	6	40	1.80
23237744--23237837	6	15.3	6	70	16	68	18	19	13	48	1.80
23237744--23237816	31	2.4	31	90	0	110	17	20	13	47	1.81
23237738--23237828	19	4.9	18	72	15	69	18	20	12	48	1.80
23239101--23239137	18	2.1	18	94	0	65	45	16	2	35	1.61
23240863--23240896	14	2.5	14	85	4	52	44	47	0	8	1.34
23240838--23240930	13	6.9	13	72	12	55	46	33	1	19	1.57
23240977--23241026	14	3.7	13	81	7	55	24	12	34	30	1.91
23240977--23241009	7	4.7	7	89	10	50	27	12	30	30	1.92
23241214--23241280	32	2.1	32	88	5	100	50	5	13	29	1.65
23242686--23242737	25	2.1	25	82	13	63	25	9	7	57	1.57
23250458--23250682	40	5.6	39	83	6	256	24	21	28	26	1.99
23250552--23250705	80	1.9	79	84	6	204	25	18	28	26	1.98
23250458--23250715	119	2.2	119	80	6	274	25	20	27	25	1.99
23286562--23286701	39	3.6	40	84	11	159	23	22	27	26	2.00
23294945--23295088	40	3.6	40	83	2	175	22	22	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23298306--23298337	16	2.0	16	100	0	64	37	31	6	25	1.81
23302152--23302414	93	2.8	96	77	8	261	25	29	17	26	1.98
23302141--23302414	49	5.8	49	77	8	237	25	29	18	26	1.98
23310825--23310890	23	2.8	22	77	11	60	21	24	25	28	1.99
23311627--23311662	17	2.1	18	89	5	56	52	0	8	38	1.32
23314124--23314260	60	2.3	59	81	11	145	30	20	24	24	1.98
23322727--23322759	10	3.0	11	91	8	50	36	27	0	36	1.57
23322727--23322758	12	2.8	12	86	13	50	34	28	0	37	1.57
23327099--23327123	13	1.9	13	100	0	50	24	40	8	28	1.83
23341770--23341799	15	2.0	15	100	0	60	26	33	13	26	1.93
23344703--23344784	9	8.7	9	78	9	65	34	2	2	60	1.23
23345659--23345683	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
23346157--23346229	35	2.0	37	86	5	105	63	0	1	35	1.04
23346157--23346216	10	5.9	10	72	18	52	63	0	1	35	1.05
23346157--23346238	16	4.9	16	79	8	83	59	0	1	39	1.05
23353972--23354133	24	6.7	24	78	8	150	27	21	19	31	1.97
23353959--23354087	24	5.3	24	82	8	84	28	21	16	33	1.95
23358619--23358874	83	3.1	81	77	2	246	46	12	12	28	1.78
23358653--23358907	81	3.1	82	78	2	244	45	12	14	27	1.81
23359058--23359088	16	1.9	16	93	0	53	61	0	0	38	0.96
23359057--23359102	22	2.1	21	84	11	58	63	2	0	34	1.07
23359051--23359124	35	2.1	36	82	7	89	64	4	1	29	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23366251--23366298	21	2.2	21	81	3	60	58	12	10	18	1.62
23366862--23366943	41	2.0	40	95	2	146	57	8	7	26	1.55
23366868--23366934	19	3.4	19	66	18	55	55	8	5	29	1.55
23372158--23372209	18	2.8	19	85	8	72	23	28	0	48	1.51
23372337--23372415	32	2.5	32	84	8	92	39	1	5	54	1.30
23384310--23384492	51	3.6	51	89	4	280	31	14	25	28	1.94
23390181--23390264	28	3.2	28	62	25	74	25	16	28	29	1.97
23390131--23391013	402	2.2	402	89	0	1408	26	16	25	31	1.96
23390179--23390969	201	3.9	201	95	0	1375	26	16	25	31	1.96
23390082--23391013	151	6.2	151	77	5	756	26	16	25	31	1.97
23396944--23397091	40	3.7	40	90	0	242	24	27	22	25	2.00
23404899--23405046	40	3.7	40	89	0	242	23	28	22	25	2.00
23410864--23411011	51	2.9	51	89	2	226	31	14	25	28	1.94
23413351--23413400	25	2.0	25	100	0	100	48	16	12	24	1.79
23417869--23417930	30	2.1	30	84	0	79	32	22	8	37	1.83
23430946--23431568	47	13.1	47	92	0	877	28	30	9	32	1.88
23440541--23440573	15	2.1	17	88	11	52	57	3	0	39	1.14
23442271--23442328	30	2.0	30	86	10	84	17	24	20	37	1.93
23442261--23442313	19	2.7	20	76	2	54	20	22	20	35	1.96
23444552--23444722	93	1.8	93	91	2	281	28	28	21	22	1.99
23444544--23444719	46	3.8	46	77	11	189	28	28	20	22	1.98
23444595--23444738	46	3.1	45	73	21	120	29	29	19	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23446220--23446528	94	3.3	94	77	6	288	26	19	29	23	1.98
23446360--23446476	44	2.6	47	84	9	145	24	19	28	27	1.99
23453797--23453920	47	2.7	48	76	9	134	26	20	25	27	1.99
23458376--23458513	69	2.0	67	90	2	213	41	2	4	52	1.33
23459641--23459727	27	3.2	26	84	12	113	34	13	21	29	1.92
23459641--23459755	27	4.3	27	83	5	99	33	15	21	28	1.94
23460385--23460435	27	1.9	26	84	4	66	17	27	19	35	1.94
23467072--23467237	66	2.5	66	77	0	170	27	18	18	36	1.94
23469390--23469537	40	3.7	40	89	0	242	25	21	27	25	1.99
23469390--23469571	40	4.6	40	86	2	233	26	22	27	23	2.00
23477352--23477532	40	4.6	40	86	3	242	27	23	27	22	1.99
23479136--23479179	22	2.0	22	100	0	88	54	9	18	18	1.69
23511758--23511805	20	2.3	21	92	7	89	20	6	4	68	1.28
23519785--23519838	20	2.7	20	88	0	81	44	14	11	29	1.80
23525443--23525491	16	3.1	15	80	11	53	73	12	10	4	1.22
23532902--23532967	29	2.2	29	83	2	87	42	13	7	36	1.73
23541806--23541838	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
23542321--23542532	45	4.9	43	82	7	195	26	29	19	24	1.98
23542366--23542537	45	3.9	45	87	5	228	26	29	20	23	1.99
23544492--23544662	50	3.4	50	77	9	177	29	25	18	26	1.98
23547535--23547570	18	2.0	18	100	0	72	33	11	5	50	1.61
23547874--23547931	29	2.0	29	96	0	107	37	25	6	29	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23551964--23552201	50	4.8	49	78	6	228	30	26	18	25	1.98
23554499--23554536	6	6.2	6	90	3	58	15	21	0	63	1.31
23568392--23568504	39	2.9	39	84	5	138	30	19	20	30	1.97
23568449--23568605	83	1.9	83	82	0	197	31	19	19	29	1.96
23571141--23571551	138	3.1	132	80	11	433	45	5	8	41	1.56
23571527--23571673	75	2.0	74	87	4	215	34	14	8	42	1.76
23574847--23575024	40	4.5	40	90	2	261	25	26	22	25	2.00
23607152--23607265	33	3.5	33	79	7	97	32	11	22	33	1.90
23607176--23607267	33	2.8	33	79	8	98	32	10	22	33	1.89
23608761--23608811	15	3.5	15	81	10	70	31	9	0	58	1.30
23608762--23608828	28	2.4	27	85	2	80	32	11	0	55	1.37
23622150--23622381	40	5.8	40	92	2	374	22	28	21	26	1.99
23622150--23622381	122	1.9	120	93	1	401	22	28	21	26	1.99
23622150--23622389	82	3.0	81	93	1	392	23	28	21	26	1.99
23626783--23626821	19	2.0	20	85	5	53	48	10	30	10	1.70
23639481--23639712	40	5.7	39	75	17	206	24	28	19	27	1.98
23639486--23639712	83	2.8	79	79	14	223	23	28	19	28	1.99
23649257--23649323	26	2.5	27	80	9	75	38	20	1	38	1.62
23649547--23649768	39	5.5	37	75	19	155	23	30	19	26	1.98
23657927--23658156	40	5.8	40	94	0	388	23	29	21	26	1.99
23660589--23660613	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
23660690--23660847	43	3.7	41	77	7	129	31	23	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23666842--23667115	43	6.6	42	72	9	161	35	27	11	25	1.90
23666873--23666943	35	2.0	35	97	0	133	35	30	9	23	1.88
23667799--23667889	43	2.1	43	87	2	130	43	10	10	34	1.75
23668255--23668281	13	2.1	13	100	0	54	48	14	14	22	1.81
23668698--23668731	7	4.9	7	100	0	68	29	29	11	29	1.92
23670081--23670110	14	2.1	14	93	0	51	10	10	26	53	1.66
23670613--23670671	29	2.0	29	80	6	66	40	1	3	54	1.27
23670440--23670858	134	3.1	138	85	6	589	45	5	7	41	1.56
23672801--23672876	40	1.9	40	86	0	107	38	32	11	17	1.86
23675639--23675704	23	3.0	23	71	6	73	40	19	19	19	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295