genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.234.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80914614--80914675	22	2.8	21	74	13	54	17	20	24	37	1.94
80914811--80914911	27	3.8	26	85	5	103	18	23	19	37	1.94
80915048--80915136	6	14.3	6	71	19	67	19	17	14	48	1.81
80915048--80915152	31	3.4	31	81	5	115	19	17	14	49	1.79
80918039--80918071	17	1.9	17	100	0	66	27	0	0	72	0.85
80918966--80919021	25	2.2	25	79	14	62	46	7	3	42	1.48
80919692--80919846	77	2.0	76	85	3	204	43	7	16	32	1.77
80919902--80920149	93	2.7	92	83	4	286	39	6	17	36	1.76
80920590--80920628	20	2.0	20	100	0	78	41	5	15	38	1.69
80922255--80922287	17	1.9	17	88	11	50	39	9	9	42	1.68
80927777--80927812	15	2.4	15	100	0	72	50	8	11	30	1.67
80928302--80928399	35	2.7	37	87	12	150	37	10	16	35	1.82
80928302--80928392	19	4.9	19	92	8	161	37	10	15	36	1.83
80928302--80928415	19	5.8	22	87	10	96	36	9	15	37	1.81
80928684--80928717	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
80937863--80937967	43	2.4	44	88	4	160	32	19	28	20	1.96
80937908--80938392	263	1.8	263	95	0	873	34	17	24	23	1.96
80939167--80939522	78	4.5	78	90	2	525	32	18	24	24	1.97
80939465--80939620	45	3.5	45	91	0	249	34	15	26	23	1.94
80939969--80940042	19	3.9	19	92	3	132	35	12	16	36	1.86
80939969--80940049	37	2.2	38	89	8	132	35	11	17	35	1.85
80939969--80940065	19	4.8	22	87	7	88	35	10	16	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80953395--80953434	18	2.2	18	86	0	53	40	2	2	55	1.27
80957229--80957263	17	2.1	17	100	0	70	17	42	0	40	1.49
80969168--80969202	5	7.0	5	100	0	70	80	0	0	20	0.72
80973493--80973664	58	3.0	57	73	6	168	31	18	24	25	1.97
80973605--80973757	40	3.8	40	85	4	186	35	20	20	23	1.96
80973930--80973974	21	2.1	21	84	8	56	22	0	28	48	1.50
80974148--80974197	14	3.6	14	83	5	57	28	2	24	46	1.64
80975056--80975106	7	7.0	7	88	6	75	66	1	0	31	1.03
80975056--80975114	15	4.0	15	82	4	75	62	1	0	35	1.05
80975056--80975114	22	2.7	22	86	0	91	62	1	0	35	1.05
80980500--80980666	46	3.6	46	75	10	178	22	19	27	30	1.98
80980491--80980661	93	1.8	93	91	0	279	21	19	28	29	1.98
80982449--80982478	15	2.1	14	93	6	51	53	0	6	40	1.27
80984244--80984351	56	1.9	56	92	0	180	23	18	28	29	1.98
80999353--80999530	46	3.8	47	72	16	147	28	20	29	21	1.98
81022478--81022634	43	3.6	44	80	12	182	26	18	23	31	1.97
81023261--81023285	10	2.5	10	100	0	50	28	0	24	48	1.52
81025898--81025979	26	3.2	26	98	0	155	30	8	26	34	1.86
81027570--81027700	27	4.9	27	81	11	162	19	25	20	33	1.97
81027567--81027709	54	2.6	54	92	2	225	20	25	20	34	1.96
81032310--81032450	27	5.2	27	79	14	157	19	24	21	34	1.97
81032307--81032450	54	2.7	54	91	2	218	18	25	22	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81032310--81032468	81	2.0	80	80	10	182	20	25	20	33	1.97
81036630--81036675	14	3.3	14	84	0	56	34	0	36	28	1.58
81041807--81041993	39	4.7	40	83	9	240	24	28	21	25	1.99
81041807--81041993	79	2.4	78	85	5	252	24	28	21	25	1.99
81048427--81048613	39	4.7	40	82	9	231	25	28	21	25	1.99
81048427--81048613	79	2.4	78	84	5	243	25	28	21	25	1.99
81055633--81055818	41	4.6	41	88	4	252	24	24	24	26	2.00
81055662--81055816	81	1.9	82	89	4	242	25	24	24	25	2.00
81058976--81059001	13	2.0	13	100	0	52	38	30	15	15	1.88
81066741--81066792	12	4.1	12	75	20	52	46	0	1	51	1.12
81068787--81068834	24	2.1	22	81	14	53	20	0	31	47	1.50
81069777--81069835	29	2.0	29	93	0	100	50	1	5	42	1.34
81071436--81071467	15	2.1	15	94	0	55	75	9	0	15	1.05
81075331--81075365	13	2.8	12	83	8	52	31	11	0	57	1.34
81075468--81075513	22	2.1	22	88	11	69	32	0	2	65	1.05
81075537--81075576	21	2.0	20	90	5	62	42	0	2	55	1.13
81075486--81075639	57	2.6	57	80	10	170	42	0	3	53	1.24
81078596--81078654	16	3.7	16	81	0	73	30	27	1	40	1.66
81080343--81080393	3	16.0	3	84	11	50	62	5	0	31	1.19
81080468--81080547	3	26.3	3	72	20	53	65	1	3	30	1.18
81080468--81080548	12	6.8	12	75	12	78	65	1	3	29	1.17
81080464--81080543	18	4.4	18	74	16	67	63	1	3	31	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81080965--81081024	13	4.7	13	68	12	52	21	15	48	15	1.81
81080963--81081045	38	2.2	38	95	0	148	20	12	49	18	1.79
81081418--81081524	21	5.2	21	65	4	74	32	21	16	28	1.95
81081415--81081530	41	2.8	41	92	0	196	30	22	17	30	1.96
81081446--81081510	20	3.2	20	67	4	58	30	24	12	32	1.92
81081578--81081908	44	7.6	44	66	14	157	19	22	20	37	1.94
81081577--81081921	87	4.0	87	88	1	440	20	21	20	37	1.95
81082022--81082176	44	3.6	42	76	9	141	21	19	22	36	1.95
81082063--81082211	44	3.4	44	75	7	149	19	23	20	36	1.95
81093079--81093122	12	3.6	12	81	3	52	68	0	2	29	1.02
81093538--81093620	38	2.2	38	91	0	130	24	7	45	22	1.77
81097905--81097939	16	2.1	17	89	5	54	31	0	5	62	1.18
81109351--81109379	6	4.8	6	100	0	58	51	0	31	17	1.45
81109539--81109598	26	2.3	26	91	0	93	45	13	16	25	1.84
81110759--81110789	16	1.9	16	93	0	53	9	9	9	70	1.33
81112098--81112131	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
81112247--81112317	30	2.2	33	75	17	85	56	14	4	25	1.56
81112255--81112317	30	2.1	30	90	0	99	57	14	3	25	1.52
81119272--81119441	92	1.8	92	96	0	313	28	28	21	21	1.99
81119267--81119438	46	3.7	46	80	11	217	29	27	21	21	1.99
81119269--81119457	46	4.1	46	73	17	151	28	28	21	21	1.99
81126348--81126518	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81126343--81126515	46	3.7	46	78	13	210	28	27	21	21	1.99
81131569--81131639	21	3.2	21	71	11	61	56	5	2	35	1.38
81140548--81140666	61	1.9	63	80	10	138	31	15	21	32	1.94
81141656--81141691	14	2.5	15	91	8	58	75	0	25	0	0.81
81141656--81141691	17	2.1	17	94	0	63	75	0	25	0	0.81
81141965--81142065	47	2.1	47	81	3	114	28	8	24	37	1.86
81145993--81146050	21	2.8	21	78	5	64	12	10	37	39	1.77
81150377--81150725	186	1.9	186	85	1	493	36	15	17	30	1.91
81151004--81151069	19	3.4	19	81	8	71	53	6	1	39	1.35
81151020--81151075	19	2.9	19	84	7	60	51	3	1	42	1.29
81151045--81151139	20	4.8	20	73	15	72	57	3	0	38	1.14
81151432--81151471	21	1.9	21	89	0	62	60	12	7	20	1.56
81152941--81153124	33	5.5	33	68	8	104	30	15	25	28	1.96
81152906--81153133	101	2.3	101	83	4	282	29	15	25	29	1.96
81155573--81155636	31	1.9	32	87	12	94	42	3	7	46	1.48
81156243--81156290	24	2.0	24	100	0	96	20	25	33	20	1.97
81157661--81157878	90	2.4	90	88	0	301	40	18	6	33	1.78
81157991--81158036	11	4.2	11	82	0	56	32	10	10	45	1.74
81157991--81158036	22	2.1	22	87	0	65	32	10	10	45	1.74
81166323--81166358	17	2.1	18	89	5	56	47	5	5	41	1.50
81167477--81167584	54	2.0	54	98	0	207	35	11	19	34	1.87
81173793--81174065	129	2.1	129	97	0	521	38	21	5	35	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81174857--81174982	42	2.9	43	77	5	139	33	25	18	23	1.97
81186279--81186369	32	3.0	30	82	9	96	17	23	2	57	1.51
81186416--81186458	21	2.1	20	82	4	50	30	18	20	30	1.97
81186908--81186937	15	2.0	15	93	0	51	66	3	0	30	1.07
81193539--81193571	17	1.9	17	93	0	57	51	12	6	30	1.63
81203810--81203873	23	2.8	22	75	15	67	76	1	10	10	1.09
81203816--81203862	17	2.8	17	86	0	67	80	2	8	8	0.97
81207660--81207740	40	2.0	40	97	0	153	33	17	13	35	1.89
81214611--81214775	87	1.9	86	82	8	210	34	23	15	26	1.94
81218679--81218735	28	2.0	28	100	0	114	42	40	7	10	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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