genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.187.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64304834--64304972	67	2.0	68	86	5	192	20	28	20	30	1.97
64304941--64304999	27	2.2	27	87	3	84	27	23	13	35	1.92
64307135--64307250	27	4.4	26	81	7	126	37	24	10	28	1.88
64307147--64307274	27	4.8	26	79	5	130	38	21	10	29	1.87
64307147--64307274	54	2.4	53	82	1	148	38	21	10	29	1.87
64307271--64307519	27	9.2	27	87	2	284	30	20	7	40	1.80
64307296--64307519	54	4.1	54	87	2	315	29	20	8	41	1.81
64307271--64307519	81	3.1	81	86	0	345	30	20	7	40	1.80
64307851--64307910	27	2.3	26	82	2	66	21	25	20	33	1.97
64308032--64308092	31	2.0	31	86	0	86	18	22	14	44	1.86
64316520--64316836	64	4.9	64	81	7	309	24	29	15	30	1.95
64316520--64316836	132	2.4	128	80	7	334	24	29	15	30	1.95
64325754--64327061	583	2.2	584	85	2	1720	31	25	18	24	1.97
64331401--64331441	21	2.0	20	90	4	64	41	19	0	39	1.52
64332089--64332144	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
64337917--64337972	18	3.2	18	65	10	53	39	16	5	39	1.71
64337913--64337983	34	2.1	34	100	0	142	38	15	5	40	1.71
64341610--64341715	53	2.0	53	92	0	176	27	29	18	24	1.98
64344425--64344574	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
64344449--64344632	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
64348523--64348930	47	8.6	47	93	2	656	33	8	29	29	1.86
64348523--64348930	144	2.9	143	93	2	678	33	8	29	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64352728--64352798	35	2.0	36	86	10	101	43	8	16	30	1.78
64352774--64352956	45	4.2	45	81	17	194	34	15	19	30	1.93
64352769--64352934	90	1.9	89	84	15	227	35	13	19	30	1.91
64358777--64359062	67	4.4	65	80	9	289	24	30	15	30	1.95
64365508--64365633	62	2.0	64	82	11	154	26	28	11	33	1.92
64372370--64372430	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
64374529--64374564	18	2.0	18	88	0	54	27	19	11	41	1.85
64378768--64378912	39	3.7	39	86	2	193	25	25	20	28	1.99
64384944--64385050	28	3.8	28	92	0	160	34	10	25	29	1.89
64390798--64390916	29	4.2	29	79	6	136	28	14	30	26	1.95
64390802--64390914	58	2.0	57	85	5	156	28	15	30	25	1.95
64392735--64392778	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
64395250--64395328	20	4.0	20	98	0	149	35	12	20	31	1.90
64395254--64395329	11	7.5	11	69	16	65	35	13	19	31	1.90
64395380--64395498	23	5.1	23	94	2	193	26	23	21	28	1.99
64395713--64395776	31	2.1	31	90	0	101	37	15	21	25	1.93
64395763--64395790	7	4.0	7	100	0	56	57	0	14	28	1.38
64409338--64409504	54	3.1	53	88	1	226	40	19	9	31	1.83
64409338--64409516	80	2.2	80	85	5	227	39	20	9	30	1.84
64409338--64409586	27	9.3	27	77	6	202	39	20	10	30	1.85
64409338--64409624	27	10.7	27	74	8	183	39	21	9	30	1.85
64409607--64409722	27	4.3	28	82	8	143	36	19	18	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64410241--64410371	6	21.3	6	72	16	90	19	16	13	50	1.78
64410244--64410305	25	2.5	25	89	0	88	20	17	12	48	1.80
64410241--64410350	31	3.5	31	75	14	109	20	16	13	50	1.78
64410263--64410350	37	2.4	37	82	0	113	19	15	14	50	1.79
64412294--64412529	27	8.7	27	77	6	178	38	22	8	29	1.84
64412287--64412472	54	3.4	54	83	1	203	38	22	8	30	1.84
64412348--64412533	81	2.3	82	81	5	218	39	21	8	30	1.83
64412509--64412582	27	2.7	27	77	4	87	39	24	5	31	1.78
64412565--64412679	27	4.3	27	87	0	140	35	20	19	25	1.95
64412926--64412977	27	2.0	26	84	3	68	17	28	21	32	1.96
64412907--64413065	67	2.4	67	90	2	248	18	31	20	29	1.96
64413083--64413142	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
64412995--64413180	98	1.9	98	84	2	248	20	27	18	33	1.96
64413091--64413247	67	2.3	68	86	2	228	20	28	19	31	1.97
64412926--64413318	165	2.4	165	96	0	707	19	28	19	32	1.96
64413248--64413307	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
64413426--64413547	6	19.8	6	74	14	88	19	18	13	49	1.79
64413429--64413490	25	2.5	25	91	0	97	20	19	12	46	1.83
64413426--64413535	31	3.5	31	75	14	109	20	18	13	48	1.81
64413448--64413535	37	2.4	37	82	0	113	19	18	14	47	1.82
64427123--64427156	16	2.1	16	88	5	50	76	11	11	0	1.02
64428545--64428574	15	2.0	15	93	0	51	36	26	10	26	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64430808--64430887	33	2.4	33	89	0	124	26	20	23	30	1.98
64437671--64437740	36	1.9	36	94	0	122	22	15	34	27	1.95
64438737--64438817	33	2.5	33	89	0	117	27	20	22	29	1.99
64442140--64442181	21	2.0	21	86	4	59	42	4	21	30	1.73
64446550--64446596	19	2.5	19	96	0	85	31	17	21	29	1.96
64448948--64449161	93	2.3	94	86	2	306	32	27	17	22	1.96
64448993--64449159	47	3.6	47	73	13	173	31	28	16	23	1.96
64454310--64454386	27	2.9	27	88	0	109	42	16	15	24	1.87
64457746--64457939	40	4.8	40	89	3	284	22	24	28	24	1.99
64457749--64457911	81	2.0	81	96	0	299	22	24	28	24	1.99
64461686--64461750	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
64461856--64461945	27	3.2	27	79	7	101	18	23	24	33	1.97
64461866--64461956	27	3.2	28	78	4	85	20	25	20	32	1.97
64462409--64462447	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
64470517--64470637	60	2.0	60	98	0	233	18	19	28	34	1.95
64472211--64472266	20	2.8	20	89	10	96	48	0	30	21	1.51
64474314--64474378	31	2.1	31	100	0	130	40	29	9	21	1.84
64474481--64474739	46	5.7	44	78	10	227	27	28	15	27	1.96
64474481--64474833	138	2.5	138	87	2	476	27	28	15	28	1.96
64474524--64474835	46	6.7	46	74	14	214	27	28	16	28	1.97
64474481--64474835	92	3.8	92	74	16	270	27	28	16	27	1.97
64480606--64480644	21	1.9	20	94	5	69	20	25	38	15	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64481538--64481566	12	2.4	12	100	0	58	51	6	0	41	1.28
64482010--64482215	43	4.8	43	88	2	324	28	29	18	23	1.98
64488844--64488917	33	2.2	33	78	4	78	25	22	22	28	1.99
64492492--64492626	28	4.8	28	74	8	121	22	31	17	28	1.97
64494864--64494924	30	2.0	30	100	0	122	29	36	14	19	1.92
64495021--64495165	28	5.1	29	76	8	122	26	29	13	31	1.93
64495380--64495419	16	2.5	17	84	12	57	15	22	12	50	1.77
64498433--64498698	104	2.6	103	93	1	444	18	21	30	30	1.97
64505912--64506178	104	2.6	104	92	2	455	18	20	30	29	1.97
64507974--64508021	25	1.9	25	91	0	78	33	22	14	29	1.94
64508072--64508109	20	2.0	19	90	10	60	31	10	21	36	1.87
64508152--64508222	26	2.8	25	87	4	97	26	25	19	28	1.99
64508151--64508235	25	3.4	25	78	15	79	29	23	20	27	1.99
64510070--64510187	59	2.0	59	93	0	200	27	25	24	22	2.00
64513515--64513612	6	18.2	5	70	17	56	73	3	5	18	1.15
64513538--64513600	6	10.2	6	77	6	63	77	1	6	14	1.03
64513538--64513612	26	2.7	27	76	19	75	76	2	5	16	1.09
64515564--64515748	67	2.9	64	77	8	196	28	16	30	24	1.96
64524716--64524775	26	2.3	26	85	2	75	31	26	13	28	1.94
64525116--64525251	60	2.3	60	82	7	161	29	20	24	25	1.99
64531346--64531521	46	3.8	46	77	12	198	20	20	28	30	1.98
64531343--64531514	93	1.8	93	93	0	299	20	20	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64546486--64546514	10	2.9	10	100	0	58	31	27	10	31	1.90
64550701--64550773	6	12.3	6	73	13	53	16	8	0	75	1.03
64550711--64550774	23	2.7	23	83	13	69	18	7	0	73	1.07
64550701--64550774	11	6.9	10	74	18	60	17	8	0	74	1.05
64550740--64550772	17	1.9	17	88	11	50	21	6	0	72	1.05
64553651--64553857	27	7.7	27	86	2	272	39	19	8	31	1.82
64553642--64553882	81	3.0	81	83	4	238	39	19	9	31	1.83
64553700--64553900	27	7.4	27	77	9	106	38	18	9	32	1.83
64553892--64553965	27	2.7	27	72	0	67	36	22	9	31	1.86
64553952--64554085	27	5.0	27	84	2	164	35	17	22	24	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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