genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18071705--18071764	21	2.8	22	76	5	59	41	26	11	20	1.86
18076222--18076379	40	4.0	40	94	2	266	23	22	27	27	1.99
18084214--18084371	40	4.0	40	94	0	264	22	22	26	27	1.99
18087756--18087796	21	1.9	22	85	14	59	51	0	17	31	1.46
18093107--18093278	93	1.8	93	93	0	299	27	30	20	20	1.98
18093099--18093274	46	3.8	46	80	10	205	28	29	20	21	1.98
18095475--18095581	47	2.3	47	83	0	142	21	14	23	41	1.89
18121732--18121769	17	2.2	18	95	4	69	13	5	5	76	1.13
18122056--18122084	13	2.3	13	94	5	51	37	0	13	48	1.43
18127363--18127415	25	2.1	25	100	0	106	24	7	7	60	1.50
18127817--18127918	34	3.0	33	80	7	107	27	25	20	26	1.99
18129347--18129472	46	2.7	46	93	0	207	21	21	26	30	1.98
18139788--18139820	15	2.2	15	89	10	50	21	3	12	63	1.41
18139956--18139988	8	4.1	8	100	0	66	24	36	0	39	1.56
18141983--18142075	41	2.3	40	80	9	109	37	24	23	13	1.92
18152018--18152099	28	2.8	28	92	5	128	54	3	7	34	1.46
18153506--18153533	14	2.0	14	100	0	56	28	7	35	28	1.84
18158537--18158583	19	2.4	19	89	3	67	12	6	23	57	1.58
18162231--18162520	151	1.9	151	90	0	463	25	16	21	36	1.94
18175504--18175544	21	2.0	21	90	0	64	24	7	41	26	1.81
18180075--18180114	20	2.0	20	90	0	62	45	2	15	37	1.59
18180461--18180497	18	2.0	20	84	10	51	8	37	0	54	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18184465--18184503	20	2.0	20	94	0	69	38	0	12	48	1.42
18184470--18184512	20	2.2	20	83	8	52	39	2	11	46	1.53
18185110--18185136	7	3.9	7	100	0	54	29	25	0	44	1.54
18185827--18185859	13	2.4	14	95	5	59	15	39	3	42	1.62
18191919--18193422	749	2.0	749	97	0	2868	34	13	18	33	1.91
18200576--18200606	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
18206993--18207109	43	2.7	43	97	0	216	34	17	19	29	1.94
18209098--18209158	25	2.4	26	81	13	74	55	1	0	42	1.09
18232127--18232166	15	2.7	15	96	0	71	50	27	7	15	1.70
18239886--18239933	22	2.2	21	78	10	51	25	4	8	62	1.41
18241687--18241756	17	3.9	18	75	14	74	22	35	1	40	1.63
18242129--18242223	45	2.1	45	88	3	138	49	3	14	32	1.59
18242483--18242546	31	2.1	31	90	0	101	39	7	23	29	1.83
18245483--18245514	15	2.0	17	88	11	50	62	6	0	31	1.20
18247188--18247548	91	4.0	91	78	6	238	35	18	16	29	1.93
18247189--18247535	90	3.9	88	75	8	292	34	18	16	30	1.94
18247454--18249187	75	22.1	75	71	14	896	33	19	16	31	1.93
18247932--18248084	73	2.1	73	87	6	195	32	19	16	30	1.95
18247361--18249341	158	12.5	158	81	10	1985	33	19	15	31	1.93
18247362--18249341	630	3.1	631	92	3	3095	33	19	15	31	1.93
18249113--18249277	90	1.8	90	93	0	285	32	18	16	32	1.93
18249198--18249354	72	2.2	74	87	7	225	33	19	16	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18251712--18251791	25	3.2	24	78	5	79	22	25	21	31	1.98
18267407--18267458	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
18267333--18267549	101	2.2	100	90	5	341	18	18	31	31	1.95
18267470--18267618	70	2.1	70	90	4	230	22	16	30	30	1.96
18274871--18275093	104	2.2	103	92	2	367	17	18	31	31	1.95
18275013--18275163	71	2.1	72	91	2	243	23	16	29	30	1.96
18279464--18279814	47	7.5	46	71	13	225	28	19	29	22	1.98
18279492--18279666	94	1.9	94	87	2	262	30	20	28	21	1.98
18279464--18279823	141	2.6	141	77	9	371	28	20	29	21	1.98
18283605--18283648	22	2.0	21	83	12	54	59	4	0	36	1.18
18283649--18283684	17	2.2	16	90	9	56	63	5	2	27	1.30
18283662--18284181	95	5.2	101	75	12	457	54	14	0	30	1.44
18283971--18284146	93	1.9	93	84	8	241	55	17	0	27	1.43
18283662--18284144	199	2.4	194	80	10	496	54	15	0	30	1.46
18284149--18284181	17	2.1	17	88	11	52	69	6	0	24	1.10
18284703--18284766	31	2.1	31	94	2	112	25	3	12	59	1.48
18284849--18284888	18	2.1	18	86	9	53	25	0	10	65	1.24
18285346--18285384	17	2.3	17	90	0	60	64	0	0	35	0.94
18298444--18298504	29	2.1	30	81	3	70	37	9	9	42	1.71
18304301--18304403	33	3.1	33	80	6	111	18	45	9	26	1.80
18304610--18304770	76	2.1	74	88	2	232	27	8	10	54	1.63
18306636--18306710	38	2.0	38	94	0	132	26	14	29	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18310955--18311179	40	5.6	40	83	2	281	24	26	23	25	2.00
18310919--18311179	80	3.3	79	82	4	285	24	26	23	26	2.00
18323334--18323381	24	2.0	24	100	0	96	33	8	8	50	1.63
18323667--18323722	10	5.5	11	72	21	50	64	1	0	33	1.04
18323674--18323722	10	5.0	9	80	11	53	65	2	0	32	1.04
18323658--18323722	20	3.2	21	75	18	66	63	1	1	33	1.13
18323657--18323722	21	3.2	21	77	16	75	63	1	1	33	1.13
18323667--18323722	11	5.5	10	76	18	53	64	1	0	33	1.04
18331710--18331818	42	2.6	43	80	10	127	25	19	25	29	1.98
18331671--18331828	42	3.7	42	70	17	112	25	17	26	30	1.97
18333785--18333829	17	2.6	17	96	0	81	28	20	11	40	1.86
18347436--18347468	16	2.1	16	94	0	57	45	33	9	12	1.73
18348648--18348690	16	2.7	16	89	7	61	48	16	23	11	1.78
18348913--18348991	29	2.7	29	84	5	97	27	18	25	27	1.98
18354407--18354480	34	2.2	34	87	0	103	22	8	29	39	1.83
18357405--18357441	17	2.2	18	85	9	51	29	0	18	51	1.47
18361716--18361901	69	2.7	68	87	3	273	32	16	17	33	1.93
18361813--18362058	106	2.3	107	85	0	332	35	15	15	34	1.89
18364234--18364404	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	21	1.99
18364226--18364401	46	3.8	46	79	12	216	28	28	21	21	1.98
18371791--18371961	93	1.8	92	88	1	261	29	28	19	21	1.98
18384934--18385087	41	3.8	40	90	3	209	27	20	26	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18386054--18386104	13	3.8	13	75	12	50	58	1	1	37	1.20
18390858--18390956	43	2.3	43	91	0	153	20	18	32	29	1.96
18392076--18392109	15	2.3	15	89	0	50	64	17	0	17	1.29
18393196--18393275	31	2.5	32	80	8	92	62	18	6	12	1.50
18393953--18393981	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
18400711--18400884	79	2.2	79	90	2	269	25	26	22	25	2.00
18400711--18400887	40	4.5	40	90	3	261	25	26	23	24	2.00
18402088--18402133	24	1.9	24	82	8	58	23	15	0	60	1.34
18405027--18405341	39	8.1	39	90	0	504	22	29	25	22	1.99
18407199--18407232	6	5.7	6	85	0	50	47	11	17	23	1.81
18407522--18407574	27	2.0	27	85	10	74	45	13	0	41	1.43
18408161--18408197	19	1.9	19	94	0	65	0	29	0	70	0.88
18409301--18409495	9	22.1	9	73	11	118	36	1	17	45	1.56
18409318--18409425	45	2.5	43	86	3	144	36	0	18	44	1.56
18409351--18409495	61	2.4	61	88	2	211	35	1	16	46	1.56
18409678--18409732	15	3.7	15	75	22	62	52	0	0	47	1.00
18409668--18409734	29	2.3	29	92	7	109	53	0	0	46	1.00
18409675--18409724	16	3.3	16	74	25	63	48	0	0	52	1.00
18409700--18409790	39	2.4	39	94	1	157	51	4	0	43	1.21
18409730--18409790	20	3.2	19	71	15	63	50	6	0	42	1.28
18409710--18409775	20	3.3	20	73	12	73	54	3	0	42	1.15
18409727--18409793	19	3.5	19	74	11	73	52	5	0	41	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18410522--18410668	57	2.6	57	96	0	267	36	22	8	33	1.84
18411053--18411090	19	2.0	19	100	0	76	36	15	10	36	1.82
18412364--18412668	115	2.7	114	79	7	289	32	18	20	28	1.96
18412722--18412772	7	7.3	7	84	8	59	37	43	0	19	1.51
18412726--18412772	15	3.3	15	82	11	55	38	42	0	19	1.51
18412935--18413132	7	27.7	7	66	13	73	45	32	0	21	1.56
18412935--18413042	49	2.2	49	82	9	123	46	33	0	20	1.51
18412935--18413137	14	14.2	14	67	17	96	46	31	0	21	1.56
18413523--18413656	40	3.3	39	78	11	128	28	18	21	31	1.97
18413559--18413696	40	3.5	39	79	7	127	26	19	20	33	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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