genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.220.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75733938--75734070	66	2.0	65	94	1	230	28	16	19	35	1.94
75738004--75738054	26	2.0	26	96	0	93	43	9	17	29	1.81
75742300--75742383	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
75742196--75742441	49	5.0	49	83	2	276	26	17	27	28	1.98
75747711--75747829	43	2.8	43	76	3	125	21	18	30	29	1.97
75757614--75757666	25	2.1	25	100	0	106	50	15	0	33	1.44
75758317--75758341	6	4.2	6	100	0	50	52	16	0	32	1.44
75759384--75759544	41	3.7	43	75	12	125	27	28	18	24	1.98
75759384--75759540	45	3.6	44	78	10	164	27	28	18	25	1.98
75759705--75759750	23	2.0	24	83	12	60	45	15	2	36	1.58
75760131--75760161	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
75768011--75768070	26	2.3	26	79	2	66	20	23	20	36	1.95
75768056--75768105	26	1.9	26	95	0	91	18	18	24	40	1.91
75768936--75768966	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
75771063--75771283	47	4.7	47	77	10	188	28	20	29	22	1.98
75771059--75771283	93	2.4	93	80	5	231	27	20	29	22	1.98
75772904--75772962	23	2.6	23	75	0	64	49	22	10	18	1.77
75779825--75780025	27	7.4	27	86	3	251	30	27	14	27	1.95
75787882--75788050	27	6.2	27	83	4	169	30	27	14	27	1.95
75787899--75788050	82	1.9	81	87	4	225	30	28	14	26	1.95
75793494--75793530	17	2.2	17	100	0	74	35	29	10	24	1.89
75793937--75794114	27	6.6	27	82	6	180	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75799792--75800016	40	5.7	40	87	4	280	25	28	22	23	1.99
75799768--75800016	79	3.2	80	84	4	310	26	27	22	24	1.99
75799793--75800016	119	1.9	119	83	7	294	25	28	22	23	1.99
75813927--75813980	15	3.5	15	82	5	63	44	1	3	50	1.30
75818011--75818045	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
75818632--75818670	19	2.1	19	85	0	51	23	2	15	58	1.49
75818989--75819035	21	2.2	21	77	7	51	44	2	2	51	1.25
75819039--75819086	24	2.0	24	84	12	62	43	0	4	52	1.20
75819053--75819112	29	2.0	30	83	3	77	48	3	1	46	1.28
75832596--75832632	6	6.2	6	100	0	74	0	16	35	48	1.46
75832889--75832927	15	2.6	15	87	0	60	0	10	28	61	1.28
75836684--75836822	56	2.5	57	83	3	174	29	21	17	30	1.97
75837411--75837446	2	18.0	2	88	0	54	47	2	2	47	1.31
75840578--75840618	3	13.7	3	94	0	73	29	0	2	68	1.03
75859876--75859945	37	1.9	36	82	8	88	51	1	2	44	1.25
75867405--75867518	40	2.9	40	79	5	117	28	24	20	26	1.99
75884427--75884461	9	3.8	9	92	3	52	65	2	0	31	1.07
75886194--75886266	34	2.1	34	94	0	128	30	21	23	24	1.99
75890802--75890832	15	2.1	15	100	0	62	54	12	0	32	1.38
75891157--75891273	58	2.0	58	94	0	207	52	14	7	25	1.68
75891495--75891524	4	7.5	4	100	0	60	73	0	0	26	0.84
75893113--75893165	24	2.3	23	78	18	56	45	7	0	47	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75893535--75893564	13	2.2	14	94	5	53	83	0	0	16	0.65
75893536--75893564	9	3.3	9	95	4	51	82	0	0	17	0.66
75894518--75894709	96	2.0	96	96	2	359	33	21	17	27	1.96
75898076--75898103	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
75899824--75899885	31	2.0	31	90	0	97	37	9	8	45	1.67
75903907--75903950	19	2.2	20	84	4	54	61	0	11	27	1.30
75904702--75904780	38	2.1	38	88	4	115	13	21	29	35	1.92
75905461--75905502	12	3.4	12	90	3	57	9	30	38	21	1.85
75906057--75906155	50	2.0	50	91	0	162	45	23	8	23	1.79
75909923--75910154	14	16.6	14	72	4	92	35	12	18	33	1.88
75909922--75910311	42	9.3	42	70	10	188	35	12	20	32	1.90
75909952--75910154	28	7.2	28	82	3	133	34	11	19	33	1.88
75909938--75910257	56	5.7	54	72	12	195	35	12	20	32	1.89
75909993--75910294	84	3.6	84	80	5	301	35	12	20	31	1.89
75909993--75910294	28	10.8	28	75	6	218	35	12	20	31	1.89
75909981--75910311	14	23.6	14	70	11	171	35	11	20	32	1.89
75913073--75913147	22	3.4	22	81	5	80	33	21	21	24	1.97
75913073--75913159	45	2.0	44	81	6	104	34	20	21	22	1.97
75917898--75918042	40	3.6	40	83	6	177	22	24	25	27	2.00
75923813--75923957	40	3.6	40	83	6	177	22	24	25	27	2.00
75925422--75925622	27	7.4	27	86	3	251	30	27	14	27	1.95
75933491--75933695	27	7.6	27	86	3	259	30	27	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75939405--75939547	27	5.3	27	86	3	146	39	19	20	20	1.92
75939583--75939632	23	2.2	23	86	13	68	26	14	18	42	1.87
75939891--75939949	18	3.3	18	76	9	66	25	18	16	38	1.92
75942715--75942822	51	2.1	51	81	6	121	28	29	13	27	1.95
75942777--75942946	51	3.3	50	75	5	153	33	26	14	25	1.94
75963582--75963613	13	2.4	14	85	15	50	56	6	12	25	1.59
75967109--75967228	27	4.6	26	86	4	152	26	25	11	36	1.90
75967109--75967228	53	2.3	51	86	2	159	26	25	11	36	1.90
75971410--75971457	22	2.2	22	85	7	62	20	18	20	39	1.92
75994031--75994098	23	3.0	22	82	16	86	26	23	17	32	1.97
75993982--75994092	23	4.8	23	71	15	77	24	22	18	34	1.96
76005878--76005913	3	12.0	3	87	0	54	61	0	5	33	1.19
76006894--76006931	20	1.9	20	84	10	51	50	2	5	42	1.39
76007411--76007470	30	2.0	30	100	0	120	40	23	3	33	1.71
76013879--76013904	7	3.7	7	100	0	52	42	15	15	26	1.87
76013958--76014033	35	2.3	33	80	11	84	42	34	2	21	1.67
76014088--76014127	21	1.9	21	84	0	53	42	30	5	22	1.75
76014011--76014126	53	2.2	53	87	0	169	44	34	2	18	1.63
76015825--76015863	19	2.0	21	90	10	64	48	0	0	51	1.00
76016210--76016249	19	2.1	19	90	0	62	65	5	10	20	1.42
76018561--76018591	11	2.7	11	95	5	53	90	0	9	0	0.46
76018560--76018591	16	2.0	16	93	0	55	90	0	9	0	0.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76022582--76022652	28	2.5	28	95	2	124	33	19	28	18	1.95
76022725--76022830	47	2.3	47	98	0	203	33	7	4	54	1.49
76024570--76024648	42	1.9	41	87	10	117	16	37	24	21	1.93
76035142--76035282	70	2.0	70	95	0	255	29	18	13	39	1.89
76040066--76040117	25	2.1	25	86	13	72	21	7	21	50	1.73
76047093--76047118	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
76053319--76053376	26	2.2	26	87	0	80	41	15	17	25	1.89
76053422--76053636	65	3.3	65	81	5	272	35	21	18	24	1.96
76057358--76057441	40	2.1	40	93	0	141	33	20	13	33	1.91
76060345--76060382	3	12.7	3	100	0	76	34	31	0	34	1.58
76064213--76064258	17	2.8	17	86	3	67	50	15	4	30	1.63
76066468--76066505	14	2.7	14	95	0	67	44	21	0	34	1.52
76066666--76066714	23	2.0	25	84	7	66	48	16	0	34	1.46
76067005--76067103	3	33.0	3	95	4	182	0	32	0	67	0.91
76067742--76067766	11	2.3	11	100	0	50	20	0	0	80	0.72
76075948--76076002	21	2.8	18	76	17	56	69	1	5	23	1.19
76079071--76079121	26	1.9	27	88	4	77	47	0	3	49	1.20
76084882--76085174	146	2.0	147	89	2	446	23	19	19	37	1.94
76092250--76092300	26	1.9	27	92	4	86	56	0	0	43	0.99
76092250--76092309	26	2.4	25	86	8	79	53	0	0	46	1.00
76097115--76097140	13	2.0	13	100	0	52	38	23	7	30	1.83
76097700--76097800	5	20.2	5	82	4	96	41	16	6	34	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76098335--76098459	49	2.6	49	77	0	115	31	30	17	20	1.96
76101502--76101576	30	2.5	30	82	2	89	22	6	18	52	1.69
76107047--76107212	27	6.2	26	82	10	199	37	23	22	16	1.93
76107047--76107212	54	3.1	54	91	1	262	37	23	22	16	1.93
76114151--76114316	27	6.1	27	81	11	189	36	22	23	17	1.94
76114151--76114316	54	3.1	54	92	1	253	36	22	23	17	1.94
76120312--76120372	18	3.4	18	79	0	77	40	22	8	27	1.82
76120557--76120589	17	2.1	16	88	11	50	51	6	3	39	1.42
76122544--76122593	26	1.9	26	84	8	66	18	16	16	50	1.79
76122544--76122593	13	3.8	13	81	7	57	18	16	16	50	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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