genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80690115--80690145	15	2.0	16	93	6	55	41	0	0	58	0.98
80690041--80690191	29	5.1	28	65	23	71	37	1	2	57	1.24
80690174--80690222	13	4.6	11	76	23	52	40	0	0	59	0.98
80690196--80690235	20	1.9	22	90	10	66	45	0	0	55	0.99
80690189--80690240	20	2.7	18	80	16	59	42	0	0	57	0.98
80693615--80693714	30	3.3	30	88	0	137	30	21	24	25	1.99
80695616--80695726	43	2.6	41	83	5	132	31	13	24	30	1.93
80695815--80695852	20	1.9	20	88	0	58	28	2	34	34	1.71
80698811--80698891	34	2.4	34	87	2	108	27	19	20	32	1.97
80701225--80701265	21	2.0	21	90	0	64	29	0	0	70	0.87
80701276--80701321	19	2.3	20	85	3	58	34	4	0	60	1.16
80701406--80701436	13	2.5	12	90	10	53	67	0	0	32	0.91
80701559--80701583	12	2.1	12	100	0	50	60	8	0	32	1.26
80701643--80701694	24	2.2	24	86	6	72	71	5	1	21	1.17
80701757--80701848	45	2.0	47	89	4	143	48	10	18	21	1.78
80705495--80705541	24	2.0	24	87	8	69	55	0	2	42	1.12
80713027--80713083	26	2.2	26	84	6	71	35	15	5	43	1.70
80713041--80713099	26	2.3	26	87	0	82	35	11	8	44	1.72
80716213--80716263	13	3.9	13	89	0	84	31	7	25	35	1.85
80724089--80724139	23	2.1	25	85	7	70	39	3	5	50	1.45
80732663--80732727	19	3.4	18	74	16	53	56	0	7	35	1.28
80732911--80733046	11	14.3	10	68	18	51	35	1	0	62	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80732915--80733030	9	12.6	9	69	17	60	34	0	0	63	1.06
80732941--80733012	29	2.5	30	82	8	87	38	1	0	59	1.06
80732987--80733044	18	3.2	18	78	9	64	29	1	0	68	0.99
80733984--80734030	22	2.1	22	88	0	67	63	2	2	31	1.18
80734032--80734080	12	3.9	12	86	5	62	75	2	0	22	0.90
80734039--80734082	13	3.5	13	90	6	63	75	0	0	25	0.81
80738039--80738128	30	3.0	30	83	3	119	32	20	10	37	1.85
80742088--80742592	47	10.6	47	91	2	785	28	29	8	33	1.86
80742088--80742592	96	5.3	96	92	2	829	28	29	8	33	1.86
80742088--80742592	143	3.5	143	93	1	870	28	29	8	33	1.86
80742817--80742958	40	3.6	39	82	10	162	26	27	21	24	1.99
80746362--80746551	40	4.8	40	92	0	308	24	29	22	23	1.99
80748774--80748957	47	3.9	47	89	4	262	28	30	8	32	1.87
80748934--80748980	22	2.1	22	92	0	76	25	31	8	34	1.86
80748772--80749249	96	4.8	93	79	14	490	28	29	8	33	1.86
80748956--80749249	47	6.2	47	92	3	480	28	29	7	34	1.85
80748885--80749026	69	2.0	70	93	2	241	28	30	8	33	1.87
80748954--80749249	143	2.1	140	89	7	418	29	29	7	33	1.85
80748791--80749123	165	2.0	165	95	0	594	28	30	8	32	1.87
80748772--80749169	212	1.9	211	91	2	654	28	30	8	32	1.86
80749474--80749616	40	3.6	40	83	7	166	26	27	21	24	1.99
80756265--80756301	19	1.9	19	94	0	65	37	16	18	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80757481--80757539	29	2.0	29	86	0	82	25	8	32	33	1.86
80758517--80758612	47	2.0	47	95	0	174	23	20	14	40	1.90
80758975--80759018	21	2.1	21	91	0	70	15	27	29	27	1.96
80759461--80759520	29	2.1	29	100	0	120	38	30	0	31	1.58
80762140--80762164	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
80772162--80772214	25	2.2	24	82	3	61	15	20	22	41	1.89
80772388--80772421	15	2.3	15	100	0	68	11	20	23	44	1.84
80775902--80775936	4	8.2	4	87	12	52	68	0	5	25	1.11
80778183--80778211	7	4.1	7	100	0	58	27	31	0	41	1.56
80778759--80778811	3	17.3	3	78	3	52	37	1	56	3	1.28
80780377--80780406	3	10.0	3	92	0	51	33	3	0	63	1.11
80786214--80786287	20	3.7	20	78	7	71	51	16	10	21	1.74
80786276--80786327	21	2.5	21	81	6	61	53	17	9	19	1.70
80787201--80787261	32	1.9	31	83	3	77	39	19	9	31	1.84
80792362--80792391	15	2.0	15	100	0	60	46	6	20	26	1.75
80793784--80794037	63	4.1	62	78	3	226	26	25	19	27	1.99
80793853--80794037	63	2.9	63	84	0	235	27	27	18	27	1.98
80796214--80796384	46	3.7	46	74	12	161	22	18	28	30	1.98
80796209--80796379	93	1.8	93	86	2	245	22	18	28	30	1.97
80804761--80804889	63	2.0	63	84	0	168	25	26	20	27	1.99
80815041--80815100	18	3.4	18	67	28	56	23	1	30	45	1.63
80815035--80815102	35	1.9	35	100	0	136	20	1	30	47	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80820415--80820481	30	2.2	32	84	10	86	50	2	8	37	1.49
80820431--80820488	30	1.9	30	82	6	73	51	3	10	34	1.53
80821071--80821113	20	2.1	21	82	4	52	32	2	4	60	1.30
80824662--80824701	16	2.5	16	87	0	62	47	0	22	30	1.52
80824865--80824935	37	1.9	37	82	0	88	47	5	0	46	1.26
80824938--80824990	14	3.5	14	80	16	61	60	0	1	37	1.08
80835655--80835692	19	2.0	19	85	10	51	36	5	2	55	1.37
80836517--80836628	25	4.5	25	83	5	131	32	22	23	22	1.98
80836517--80836629	50	2.3	50	83	11	153	32	22	23	22	1.98
80842394--80842488	25	3.8	25	81	4	111	30	22	23	24	1.99
80842376--80842487	50	2.3	50	81	10	133	32	22	22	23	1.98
80845308--80845403	25	3.8	25	80	2	95	32	19	22	25	1.98
80845308--80845403	50	1.9	50	81	12	117	32	19	22	25	1.98
80846372--80846431	10	6.0	10	96	3	104	20	10	0	70	1.16
80847150--80847186	18	2.1	19	90	10	60	27	13	5	54	1.61
80849043--80849072	12	2.5	12	94	0	51	6	30	40	23	1.80
80852470--80852606	46	3.0	46	82	0	166	23	32	10	33	1.89
80852613--80852749	47	2.9	46	89	3	202	25	30	10	32	1.90
80852729--80852768	19	2.1	19	100	0	80	27	30	10	32	1.89
80852682--80852881	66	3.0	66	97	0	364	26	29	12	33	1.92
80852620--80852903	113	2.5	116	80	13	340	26	29	11	33	1.91
80858769--80858927	70	2.3	70	84	0	201	25	22	22	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80861708--80861808	39	2.6	39	90	0	148	12	24	22	39	1.89
80865032--80865059	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
80867378--80867448	31	2.3	31	85	7	101	35	15	7	42	1.74
80869267--80869313	16	3.1	15	82	11	60	25	2	2	70	1.10
80869267--80869316	26	2.0	24	88	7	73	24	2	4	70	1.15
80869698--80870019	79	4.1	79	84	2	364	33	14	13	37	1.86
80870012--80870498	84	5.8	84	83	4	493	32	9	12	46	1.72
80872881--80873529	324	2.0	324	99	0	1280	34	14	23	27	1.93
80874558--80874610	16	3.5	15	77	10	54	24	1	3	69	1.15
80878072--80878117	23	2.0	23	91	0	74	45	10	8	34	1.70
80883934--80883961	14	2.0	14	100	0	56	42	0	21	35	1.53
80891093--80891268	46	3.8	46	77	10	187	18	21	30	29	1.97
80891089--80891261	93	1.9	93	91	0	283	19	21	31	28	1.97
80895312--80895483	67	2.7	64	79	7	186	24	29	16	29	1.97
80897295--80897319	13	1.9	13	100	0	50	48	0	12	40	1.40
80901969--80902040	26	2.8	26	77	8	83	41	11	16	30	1.83
80910146--80910378	27	8.7	27	80	8	246	39	19	9	30	1.84
80910141--80910366	53	4.2	52	80	9	226	39	19	10	31	1.85
80910146--80910376	80	2.9	79	87	7	324	40	19	9	30	1.84
80910370--80910684	27	11.7	27	85	1	407	37	16	20	25	1.94
80910279--80910687	27	15.2	27	80	8	361	38	16	17	27	1.91
80911119--80911183	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80911342--80911425	27	3.1	26	79	6	78	16	22	22	38	1.93
80911364--80911443	27	3.0	26	88	3	106	20	22	21	36	1.95
80911603--80911668	6	10.8	6	76	15	64	19	19	15	45	1.85
80911593--80911659	31	2.2	31	91	0	107	19	20	13	46	1.83
80913615--80913873	80	3.3	79	85	6	319	40	20	8	30	1.83
80913615--80913873	53	4.9	53	80	6	240	40	20	8	30	1.83
80913615--80913873	27	9.7	27	78	10	248	40	20	8	30	1.83
80913857--80914179	27	12.0	27	83	1	387	37	17	19	25	1.93
80913864--80914169	81	3.8	81	89	0	461	38	18	18	24	1.93
80914614--80914667	22	2.5	22	76	11	65	20	22	22	35	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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