genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.262.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  262  of  295  ( 35319 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90166647--90166715	33	2.1	33	94	0	120	26	17	15	40	1.89
90170201--90170226	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
90171332--90171376	22	2.0	22	87	8	65	31	4	31	33	1.78
90171339--90171387	22	2.2	22	85	7	64	30	2	30	36	1.69
90171962--90172068	38	2.7	40	86	10	155	49	2	15	31	1.59
90173963--90174042	41	1.9	42	87	2	117	65	6	1	27	1.25
90175224--90175604	188	2.0	188	97	0	726	38	12	13	35	1.82
90177042--90177102	32	1.9	31	87	9	88	65	0	1	32	1.02
90182056--90182269	46	4.6	46	81	12	233	23	31	19	26	1.98
90182056--90182272	94	2.3	93	85	9	282	23	31	18	25	1.98
90190479--90190552	20	4.0	19	81	10	66	66	4	4	25	1.27
90190494--90190551	23	2.6	22	81	10	64	68	3	1	25	1.14
90199825--90199883	30	2.0	30	86	0	82	55	13	5	25	1.58
90201842--90201883	2	21.5	2	95	4	77	50	0	0	50	1.00
90203631--90203685	28	1.9	29	81	3	67	45	1	5	47	1.36
90207849--90207890	19	2.4	19	80	11	54	59	2	0	38	1.10
90208204--90208243	9	4.4	9	93	0	53	65	5	2	27	1.27
90208180--90208234	3	17.7	3	78	14	58	63	1	0	34	1.05
90208422--90208651	3	75.7	3	68	19	115	59	3	5	32	1.35
90210616--90210650	18	1.9	18	88	11	54	40	2	14	42	1.60
90211301--90211441	24	5.6	24	67	20	67	20	23	18	37	1.94
90218691--90218744	27	2.0	27	100	0	108	18	29	11	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90220258--90220347	42	2.1	42	82	8	103	18	24	13	43	1.86
90220329--90220385	21	2.7	21	75	0	60	17	21	19	42	1.90
90220280--90220385	42	2.5	42	84	3	142	16	22	17	43	1.88
90232620--90232661	18	2.3	18	91	0	66	23	26	4	45	1.73
90233064--90233142	33	2.4	33	85	4	97	41	13	1	43	1.53
90238133--90238293	84	1.9	84	86	5	227	36	6	15	41	1.72
90238730--90238773	21	2.1	21	83	8	54	56	0	0	43	0.99
90259461--90259746	96	3.0	96	93	0	464	34	18	34	12	1.88
90262426--90262711	96	3.0	96	94	0	491	34	18	34	11	1.88
90264911--90264962	16	3.2	15	78	19	52	38	1	1	57	1.21
90264911--90264957	18	2.8	17	84	12	53	38	2	2	57	1.23
90276821--90276849	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
90278439--90278488	22	2.4	20	83	9	64	28	24	4	44	1.72
90278618--90278701	37	2.2	37	80	6	96	30	23	16	28	1.96
90280059--90280095	10	3.8	10	89	3	58	81	0	0	18	0.70
90280065--90280094	13	2.2	13	94	5	51	80	0	0	20	0.72
90280051--90280094	23	1.9	23	86	9	63	79	2	0	18	0.83
90280058--90280098	14	2.9	14	82	17	57	80	0	0	19	0.71
90280939--90280971	9	3.7	9	91	0	57	0	24	0	75	0.80
90280969--90281016	13	3.6	14	82	2	55	27	4	0	68	1.07
90280972--90281025	17	2.9	19	86	8	67	29	3	0	66	1.09
90280992--90281035	20	2.3	19	81	14	54	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90282360--90283687	157	8.7	156	81	9	1434	35	12	11	40	1.79
90282360--90283709	301	4.4	303	81	8	1381	35	12	11	40	1.79
90282922--90283687	146	5.0	146	80	10	589	35	11	10	41	1.77
90283388--90283687	161	1.9	162	85	4	428	36	11	10	41	1.75
90296044--90296417	48	7.9	48	72	7	264	27	18	27	26	1.98
90296045--90296419	96	4.0	95	79	7	388	26	18	27	26	1.98
90302222--90302263	19	2.2	20	91	4	68	80	0	2	16	0.81
90321849--90322177	96	3.4	94	86	1	433	24	17	29	28	1.98
90321848--90322177	48	6.9	48	80	2	358	24	17	29	28	1.98
90321849--90322232	96	4.0	96	84	5	303	26	17	27	27	1.98
90322421--90322446	12	2.2	12	100	0	52	19	15	23	42	1.89
90324652--90324810	43	3.7	44	81	5	164	32	28	16	22	1.96
90324691--90324810	44	2.8	44	87	3	163	32	27	16	23	1.96
90327430--90327477	23	2.1	23	96	0	87	47	14	12	25	1.79
90350169--90350228	26	2.2	29	88	8	90	21	10	6	61	1.50
90353019--90353727	264	2.7	264	93	1	1147	34	17	19	28	1.94
90353007--90353727	131	5.5	130	78	6	711	34	16	19	28	1.94
90355531--90355555	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
90358238--90358288	25	2.0	25	100	0	102	49	23	15	11	1.78
90359648--90359689	17	2.4	18	88	11	61	38	0	0	61	0.96
90360806--90360837	7	4.6	7	96	0	55	15	18	12	53	1.73
90360806--90360848	14	3.1	14	89	0	59	13	25	13	46	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90360806--90360846	21	2.0	21	85	0	55	14	21	14	48	1.80
90364334--90364379	21	2.2	21	84	7	58	34	2	10	52	1.49
90366595--90366627	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
90366590--90366725	72	1.9	71	80	10	159	28	0	4	66	1.10
90368364--90368414	22	2.2	23	93	6	86	21	0	31	47	1.51
90368904--90369283	124	3.0	126	88	3	554	35	18	18	27	1.95
90374414--90374547	48	2.8	45	83	10	144	52	5	9	32	1.57
90374680--90374711	11	2.9	11	100	0	64	37	0	18	43	1.51
90375474--90375524	15	3.3	16	75	10	52	45	39	5	9	1.62
90380125--90380364	133	1.8	133	83	3	322	30	18	20	30	1.96
90379983--90380730	45	16.7	44	72	9	422	33	18	19	28	1.96
90380260--90380599	181	1.9	175	84	4	448	34	17	18	29	1.94
90380392--90380724	134	2.5	132	84	3	415	34	20	18	26	1.96
90380392--90380748	132	2.7	132	83	4	420	34	20	19	25	1.96
90380952--90380994	7	6.6	7	84	15	56	62	37	0	0	0.95
90380952--90381009	13	4.5	13	78	6	55	56	39	1	1	1.19
90380956--90380994	6	6.2	6	85	8	51	61	38	0	0	0.96
90382006--90382102	3	32.7	3	78	2	106	30	6	2	60	1.32
90382268--90382335	3	22.0	3	78	11	66	29	1	4	64	1.21
90383499--90383546	25	1.9	25	82	0	60	20	8	6	64	1.43
90384052--90384151	49	2.0	49	90	0	155	31	21	22	26	1.98
90385727--90385766	16	2.7	16	85	11	50	45	2	0	52	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90386042--90386083	3	14.0	3	80	9	50	40	0	0	59	0.97
90386038--90386083	25	1.9	24	91	8	76	41	0	0	58	0.98
90386312--90386339	14	2.0	14	100	0	56	14	7	14	64	1.48
90386891--90387062	70	2.3	75	80	11	176	42	1	19	37	1.59
90387846--90387902	16	3.7	16	71	17	57	47	0	24	28	1.52
90387844--90387912	30	2.3	30	97	2	131	46	0	23	30	1.53
90389133--90389192	26	2.3	26	82	5	77	38	21	21	18	1.94
90392057--90392081	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
90392737--90392777	11	3.9	11	75	12	50	65	0	34	0	0.93
90393967--90394478	87	5.7	89	77	12	387	36	19	16	27	1.93
90394303--90394335	14	2.4	14	100	0	66	66	6	9	18	1.40
90394413--90394553	75	1.9	73	89	2	219	31	21	17	29	1.97
90394602--90394795	76	2.5	75	83	7	237	33	20	17	28	1.95
90394596--90394818	79	2.9	77	84	8	256	34	18	18	28	1.95
90394719--90394909	93	2.1	92	85	3	251	35	16	20	27	1.94
90394660--90395161	170	2.9	170	89	3	717	31	18	19	29	1.96
90394889--90395062	93	1.9	93	82	2	224	31	19	21	27	1.97
90394986--90395739	72	10.0	73	85	5	796	31	18	17	32	1.94
90394986--90395735	221	3.3	222	86	3	921	31	18	17	32	1.94
90394982--90395746	293	2.5	297	84	5	961	31	18	17	32	1.94
90404074--90404109	12	3.0	12	87	0	54	41	5	27	25	1.77
90404070--90404101	16	1.9	17	93	6	57	40	6	28	25	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90406468--90406508	11	3.9	11	75	12	50	65	0	34	0	0.93
90406948--90407008	26	2.3	27	82	5	88	3	4	26	65	1.28
90409543--90409581	5	7.6	5	82	5	51	41	17	0	41	1.50
90413305--90413384	35	2.3	34	80	6	90	35	26	17	21	1.95
90416852--90416898	18	2.5	19	72	6	51	51	8	4	36	1.52
90417206--90417267	23	2.7	24	69	20	60	51	0	1	46	1.10
90417843--90417877	6	5.7	6	86	6	52	51	0	2	45	1.16
90418790--90418846	24	2.5	24	80	5	64	47	12	0	40	1.41
90418921--90418966	23	2.0	23	95	0	83	41	34	6	17	1.75
90427211--90427251	21	2.0	21	100	0	82	24	17	24	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295